[R-br] Bug R in Debian 8,

2017-07-05 Por tôpico Fernando Souza via R-br 
Caros colegas

Possuo R instalado em uma máquina Debian 8. Recentemente ao utilizar o
pacote nome recebi algumas mesgs estranhas de erro. Fui pesquisar e parece
estar relacionado a falhas de compilação devido ao período de congelamento
de debian8 para passaram para debian9. Já testei e o mesmo acontece com
outros pacote s. O erro pare estar relacionado aos computadores c e fortran

https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=861333

Minha dúvida é. Como resolver isso? Consegui corrigir o nlme(não sei como)
após reinstalar o r e após o nlme. Mas como saber quais são os pacotes
problemáticos e como corrigir? As dicas do link acima não funcionaram para
mim.
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Instalação da lme4

2017-07-05 Por tôpico Andre Oliveira via R-br 
Boa noite, estou usando o terminal Karina.Vinícius os avisos são estes! 

> install.packages("lme4")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
tentando a URL 'https://cran.cnr.berkeley.edu/src/contrib/lme4_1.1-13.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3624472 bytes (3.5 MB)
==
downloaded 3.5 MB

* installing *source* package ‘lme4’ ...
** package ‘lme4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  
-I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" 
-I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppEigen/include"   -DNDEBUG 
-DEIGEN_DONT_VECTORIZE -fpic  -g -O2 -fstack-protector 
--param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 
-g  -c external.cpp -o external.o
In file included from external.cpp:8:0:
predModule.h:12:23: fatal error: RcppEigen.h: Arquivo ou diretório não 
encontrado
 #include 
   ^
compilation terminated.
make: ** [external.o] Erro 1
ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpNtJzRo/downloaded_packages’

 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
 IFES 

Em Quarta-feira, 5 de Julho de 2017 17:48, Vinícius Lionel Mateus via R-br 
 escreveu:
 

  André,
 
 Já tive problemas similares com o lme4 usando o openSUSE.
 No meu caso, havia dependências não atendidas.
 
 Existe mais informação antes do output que você postou?
 
 Abs,
 Vinícius
 
 On 07/05/2017 01:51 AM, Andre Oliveira via R-br wrote:
  
    Bom dia, 
  alguém está com mesmo problema na instalação da lme4? 
  compilation terminated.
 make: ** [external.o] Erro 1
 ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
 * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
 
 The downloaded source packages are in
     ‘/tmp/RtmpRFLqvs/downloaded_packages’
 Warning message:
 In install.packages("lme4") :
   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
 > library(lme4)
 Error in library(lme4) : there is no package called ‘lme4’ 
  
  Grato 
   André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
 IFES 
  
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 -- 
Best regards,

Vinícius Lionel Mateus, PhD (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665)
Atmospheric Chemistry Laboratory - Dep. Chemistry
PUC-Rio - Pontifical Catholic University of Rio de Janeiro
Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ - Brazil CEP: 22451-900
Phone:   (+55) (21) 982 - 889 - 221
Skype: vinicius.lionel
http://www.qui.puc-rio.br/index.html 
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Re: [R-br] Instalação da lme4

2017-07-05 Por tôpico Vinícius Lionel Mateus via R-br 

André,

Já tive problemas similares com o lme4 usando o openSUSE.
No meu caso, havia dependências não atendidas.

Existe mais informação antes do output que você postou?

Abs,
Vinícius

On 07/05/2017 01:51 AM, Andre Oliveira via R-br wrote:

 Bom dia,
alguém está com mesmo problema na instalação da lme4?

compilation terminated.
make: ** [external.o] Erro 1
ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpRFLqvs/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("lme4") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
> library(lme4)
Error in library(lme4) : there is no package called ‘lme4’


Grato

André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do 
Espirito Santo.  IFES



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Re: [R-br] Random Forest

2017-07-05 Por tôpico Jefferson Ferreira-Ferreira via R-br 
Olá Ary. Eu trabalhei bastane com o randomForest e talvez pudesse ajudar
mais efetivamente se tu pudesse fornecer um código mínimo reproduzível que
represente teu problema.
De qualquer maneira, quando me deparei com questão similar à que estás
enfrentando, esta referência foi importante e pode te ajudar também (te
repasso aqui):

https://stats.stackexchange.com/questions/197827/how-to-interpret-mean-decrease-in-accuracy-and-mean-decrease-gini-in-random-fore


Abraços



*Jefferson Ferreira-Ferreira, **PhD (abd)*

*Geographer*



*Ecosystem Dynamics Observatory  -
EcoDyn/UNESP*
*Department of **Geography *
*Institute of Geosciences and Exact Sciences** (IGCE)*
*São Paulo State University (UNESP)*
*Rio Claro, SP - Brazil*


Em 4 de julho de 2017 21:41, Ary Serpa Neto via R-br <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Pessoal,
>
> Estou iniciando os estudos em Random Forest e gostaria de uma ajuda na
> interpretação do modelo. Tenho um modelo com diversas variáveis tentando
> predizer mortalidade hospitalar. Após rodar o random forest, ao verificar a
> importância de cada uma das variáveis (usando o comando varImpPlot) obtive
> resultados conflitantes. Uma variável por exemplo é a última no gráfico de
> Mean Decrease Accuracy (8.079) e a terceira no gráfico de Mean Decrease
> Gini (154.1359).
>
> Como interpretar e lidar com esta diferença? Neste cenário de predição de
> mortalidade, qual levar em conta?
>
> Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD
> Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo, Brazil (
> http://www.einstein.br): Department of Critical Care Medicine & Jewish
> Institute of Education and Research Albert Einstein (
> http://www.einstein.br/pesquisa)
> The PROtective VEntilation NETwork (www.provenet.eu)
> Associate Editor: BMC Anesthesiology and BMC Pulmonary Medicine
> http://publicationslist.org/a.serpa_neto
> http://lattes.cnpq.br/0254664157557375
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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Re: [R-br] Instalação da lme4

2017-07-05 Por tôpico Karina Rebuli via R-br 
Oi, André.

É só com este pacote que dá o erro? Você testou instalar algum outro? Onde
está executando o R (terminal, RStudio, Emacs etc.)? Qual o seu sistema
operacional?




On Wed, Jul 5, 2017 at 1:56 AM Andre Oliveira via R-br <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

>  Bom dia,
> alguém está com mesmo problema na instalação da lme4?
>
> compilation terminated.
> make: ** [external.o] Erro 1
> ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
> * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
>
> The downloaded source packages are in
> ‘/tmp/RtmpRFLqvs/downloaded_packages’
> Warning message:
> In install.packages("lme4") :
>   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
> > library(lme4)
> Error in library(lme4) : there is no package called ‘lme4’
>
>
> Grato
>
> André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística
> aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito
> Santo.  IFES
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