Re: [R-br] Instalação do pacote brms

2018-03-14 Por tôpico Cesar Rabak via R-br 
Pelas mensagens dá a impressão que o pacote rstan requer bibliotecas não
FOSS (não livres no sentido Free Software) e seu OS não está habilitando a
instalação delas...



2018-03-14 7:53 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br 
:

> boa dia,
> estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via
> Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas,  me
> falaram da* brms*. Acontece que são tantos erros que não consegui
> instalar no Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada.
> Alguém tem algumas sugestões?
>
>
> *R version 3.4.3 (2017-11-30) *-- "Kite-Eating Tree"
> Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>
> R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
> Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias.
> Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição.
>
> R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores.
> Digite 'contributors()' para obter mais informações e
> 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações.
>
> Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de
> ajuda,
> ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
> Digite 'q()' para sair do R.
>
> [Workspace loaded from ~/.RData]
>
> > install.packages("rstan")
> Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
> (as ‘lib’ is unspecified)
> tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rstan_2.17.3.tar.
> gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB)
> ==
> downloaded 729 KB
>
> * installing *source* package ‘rstan’ ...
> ** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include"
> -I"../inst/include/boost_not_in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript"
> --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package =
> 'StanHeaders'))"`" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE
> -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12
> -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/RcppEigen/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/BH/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include"-fpic  -g -O2
> -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat
> -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c chains.cpp -o chains.o
>
> .
> .
> .
> .
> .
> In file included from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/phoenix_limits.hpp:11:0,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/support/meta_compiler.hpp:16,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/meta_compiler.hpp:14,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action/action.hpp:14,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action.hpp:14,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi.hpp:14,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/qi.hpp:16,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_def.hpp:4,
>  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_inst.cpp:1,
>  from lang__grammars__bare_type_grammar_inst.cpp:18:
> /home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/
> boost/phoenix/core/limits.hpp:44:0: warning: 
> "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION"
> redefined [enabled by default]
>  # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION
>  ^
> :0:0: note: this is the location of the previous definition
>
> *Não passa deste ponto ! *
>
>
>
>
> # Em allguns momentos da este aviso.
> *installed.packages("rstan")*
> Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests
> Enhances License
> License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum
> NeedsCompilation Built
>
>
> # Aqui estão dependências complicadas!
> installed.packages("rstan")
> install.packages("shinystan")
> installed.packages("brms")
> Grato!
>
>
> ___
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
___
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de

[R-br] Instalação do pacote brms

2018-03-14 Por tôpico Andre Oliveira via R-br 
boa dia,estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via 
Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas,  me 
falaram da brms. Acontece que são tantos erros que não consegui instalar no 
Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada.  Alguém tem algumas 
sugestões? 


R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias.
Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição.

R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores.
Digite 'contributors()' para obter mais informações e
'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações.

Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de ajuda,
ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
Digite 'q()' para sair do R.

[Workspace loaded from ~/.RData]

> install.packages("rstan")
Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rstan_2.17.3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB)
==
downloaded 729 KB

* installing *source* package ‘rstan’ ...
** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include" 
-I"../inst/include/boost_not_in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript" --vanilla -e 
"cat(system.file('include', 'src', package = 'StanHeaders'))"`" 
-DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS 
-DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12 -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION 
-I"/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" 
-I"/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/RcppEigen/include" 
-I"/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include" 
-I"/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include"    -fpic  
-g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat 
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c chains.cpp -o chains.o
.In file included from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/phoenix_limits.hpp:11:0,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/support/meta_compiler.hpp:16,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/meta_compiler.hpp:14,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action/action.hpp:14,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action.hpp:14,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi.hpp:14,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/qi.hpp:16,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/grammars/bare_type_grammar_def.hpp:4,
 from 
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/grammars/bare_type_grammar_inst.cpp:1,
 from lang__grammars__bare_type_grammar_inst.cpp:18:
/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/boost/phoenix/core/limits.hpp:44:0:
 warning: "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION" redefined [enabled by default]
 # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION
 ^
:0:0: note: this is the location of the previous definition 

Não passa deste ponto ! 




# Em allguns momentos da este aviso. 
installed.packages("rstan")
Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests Enhances 
License
License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum NeedsCompilation 
Built


# Aqui estão dependências complicadas! 
installed.packages("rstan")
install.packages("shinystan")
installed.packages("brms")
Grato! 

___
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.