[R-br] (sem assunto)

[Ana Rita Saraiva por (R-br)]

  
  

  

___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak por (R-br)]

As taxas são normalizadas para permitir comparações entre populações
diferentes, sendo de um modo geral numericamente *proporções*.

O uso das expressões por cento, por milhar, e no caso em tela por cem mil,
visam exclusivamente evitar que se tenha que trabalhar com números
quebradinhos quando essas taxas são pequenas estruturalmente.

Assim, no seu caso, a taxa de mortalidade é normalmente¹ dado por milhar
("por mil"), que sói ser abreviado por ‰. Lembrando, ainda, que essa taxa é
implicitamente associada ao tempo de um ano, portanto quando se menciona
uma taxa dessas, "... a taxa de mortalidade entre brancos na faixa etária
25 ⊢ 35 anos na cidade X ..." a comunicação entendida é tantos por mil por
ano.

Essa taxa é denominada *taxa de mortalidade específica etária*.

Essas taxas são definidas por organismos que publicam as estatísticas,
incluindo no nível mundial a OMS, e no Brasil o IBGE.

HTH
--
Cesar Rabak

[1] Há exceções, como a taxa de mortalidade *materna* que dada por cem mil
nascimentos vivos (isto é, sem aborto), a taxa de suicídios, mortes por
acidentes rodoviários, etc.



On Sun, May 29, 2022 at 11:27 PM Elias Carvalho por (R-br) <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Boa noite
>
> Digamos que extrai dados sobre mortalidade de uma população de certa
> cidade. Daí quero avaliar a taxa de mortalidade de brancos na faixa etária
> de 25-34 anos. Se a cidade tem 100.000 habitantes, porém brancos de 25-34
> anos são apenas 50.000, eu devo normalizar a taxa de mortalidade por
> 100.000 ou 50.00?
> ___
> R-br mailing list
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho por (R-br)]

Boa noite

Digamos que extrai dados sobre mortalidade de uma população de certa
cidade. Daí quero avaliar a taxa de mortalidade de brancos na faixa etária
de 25-34 anos. Se a cidade tem 100.000 habitantes, porém brancos de 25-34
anos são apenas 50.000, eu devo normalizar a taxa de mortalidade por
100.000 ou 50.00?
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Souza por (R-br)]

dados <- 
data.frame(individuos=factor(rep(letters[1:3],c(1,2,1))),ocorrencia=c(1,2,3,4));str(dados)
str(dados)

repetidosID<-which(duplicated(dados$individuos)|duplicated(dados$individuos, 
fromLast = TRUE))
if(3 %in% dados[,"ocorrencia"]){
dados2<-dados[-repetidosID,]

}

dados
On Nov 3 2019, at 9:57 pm, Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br) 
 wrote:
> é semelhante a isto:
>
> |individuos | ocorrencia |
> |-|---|
> | a | x |
> | b | z |
> | b | x |
> | c | x |
>
> eliminar os indivíduos repetidos (no caso "b"), dado que "x" ocorre.
>
> obrigado pela compreensão!
>
> att.
> Jersiton Matos
>
>
>  Original message 
> From: "Fernando Souza por (R-br)" 
> Date: 11/3/19 19:21 (GMT-03:00)
> To: "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." 
> 
> Cc: Fernando Souza 
> Subject: Re: [R-br] (sem assunto)
>
> É possível sim. Porém descreva melhor sua dúvida para q possamos ser mais 
> efetivo em lhe ajudar. Se possível crie um dataframe com as características 
> de sua dúvida. Faça um dput(dataframe) e compartilhe a saída.
>
> Att
>
>
> Em dom, 3 de nov de 2019 13:13, Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br) 
> mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br)> escreveu:
> > Bom dia, prezados.
> >
> > Tenho uma dúvida, é possível remover valores repetidos em uma coluna dado 
> > um critério de uma outra coluna do mesmo dataframe?
> >
> > att.
> > Jersiton Mattos
> >
> > ___
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> > R-br@listas.c3sl.ufpr.br (mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br)
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
> > mínimo reproduzível.
>
>
>
> ___
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
> mínimo reproduzível.
>

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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br)]

é semelhante a isto:

|individuos | ocorrencia |
|-|---|
|a |  x |
|b |  z |
|b |  x |
|c |  x |

eliminar os indivíduos repetidos (no caso "b"), dado que "x" ocorre.

obrigado pela compreensão!

att.
Jersiton Matos


 Original message 
From: "Fernando Souza por (R-br)" 
Date: 11/3/19 19:21 (GMT-03:00)
To: "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." 

Cc: Fernando Souza 
Subject: Re: [R-br] (sem assunto)

É possível sim. Porém descreva melhor sua dúvida para q possamos ser mais 
efetivo em lhe ajudar. Se possível crie um dataframe com as características de 
sua dúvida. Faça um dput(dataframe) e compartilhe a saída.

Att


Em dom, 3 de nov de 2019 13:13, Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br) 
mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> escreveu:
Bom dia, prezados.

Tenho uma dúvida, é possível remover valores repetidos em uma coluna dado um 
critério de uma outra coluna do mesmo dataframe?

att.
Jersiton Mattos
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Souza por (R-br)]

É possível sim. Porém descreva melhor sua dúvida para q possamos ser mais
efetivo em lhe ajudar. Se possível crie um dataframe com as características
de sua dúvida. Faça um dput(dataframe) e compartilhe a saída.

Att


Em dom, 3 de nov de 2019 13:13, Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br) <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Bom dia, prezados.
>
> Tenho uma dúvida, é possível remover valores repetidos em uma coluna dado
> um critério de uma outra coluna do mesmo dataframe?
>
> att.
> Jersiton Mattos
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Jersiton Tiago Pereira Matos por (R-br)]

Bom dia, prezados.

Tenho uma dúvida, é possível remover valores repetidos em uma coluna dado um 
critério de uma outra coluna do mesmo dataframe?

att.
Jersiton Mattos
___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak por (R-br)]

Não uma restrição teórica para o teste Kruskall Wallis que as pernas da
amostra sejam balanceadas.

Obviamente, o *bom senso* pediria que o desbalanço não seja tão grande a
ponto de ter um grupo com uma ou duas amostras e outro na casa de
milhares...

HTH
--
Cesar Rabak


On Mon, Jun 10, 2019 at 9:50 PM Fabiana Goncalves Barbosa por (R-br) <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Olá Pessoal
>
> Como faço um teste Kruskal Wallis para amostras não balanceadas?
> ___
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> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Fabiana Goncalves Barbosa por (R-br)]

Olá Pessoal

Como faço um teste Kruskal Wallis para amostras não balanceadas?
___
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br)]

Quando fui rodar o mesmo gráfico para outra característica, apareceu o seguinte 
erro: Error using packet 1 missing value where TRUE/FALSE needed

E então a grande maioria das linhas não são desenhadas. Eu não tenho no banco 
de dados nenhum valor zero, então não sei o que pode ter acontecido na leitura.

E aproveitando, tem como eu identificar a qual grupo pertece cada linha?

Obrigada!!




Não sou versado em ggplot não, mas acho que utilizando o pacote lattice é
muito mais rápido.
Acho que o gráfico que você quer é esse
library(lattice)

xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","smooth"),data=data)
xyplot(EBV~slope|pai, type=c("p","smooth"),data=data)
xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","r"),data=data) # inclui um linha de
regressão linear aos dados
On Feb 11 2019, at 10:56 pm, Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br)
 wrote:
> Olá a todos!
>
> Tenho pouca familiaridade com o R, mas estou tentando utilizá-lo para
> criar os gráficos com os resultados das minhas análises de doutorado.
>
> Eu gostaria de fazer um scatter plot com linhas de tendência para cada
> indivíduo. Eu consigo plotar o gráfico, mas não as linhas. O comando que
> estou utilizando é o seguinte:
>
> ggplot(data, aes(x = slope, y = EBV, group = pai)) + geom_point() +
> geom_smooth(method = ls)
>
> O slope é um gradiente que varia de -2 a +2; EBV são os valores que eu
> calculei e eu gostaria de uma linha para cada pai, que são os animais
> avaliados. Meu interesse não é nem os pontos, mas as linhas (que eu chamo
> de normas de reação), que servirão para discutir os resultados.
>
> Será que alguém pode me ajudar onde está o problema que as linhas não
> aparecem?
>
> Muito obrigada!
> --
> _
> MSc. Bárbara Mazetti Nascimento
> PhD student in Animal Science
>
> Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA
> UFPR - Curitiba - PR - Brazil
>
> +55 41 99142-9495
>
> ___
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a
> c�digo m�nimo reproduz�vel.
>


___
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R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo
m�nimo reproduz�vel.

Quoted from: 
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-sem-assunto-tp4668422p4668423.html


_
Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e fornea cdigo mnimo 
reproduzvel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br)]

Era isso mesmo que eu precisava!

Testei e deu certo!

Muito obrigada!! =)

_
Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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reproduzvel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Souza por (R-br)]

Não sou versado em ggplot não, mas acho que utilizando o pacote lattice é muito 
mais rápido.
Acho que o gráfico que você quer é esse
library(lattice)

xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","smooth"),data=data)
xyplot(EBV~slope|pai, type=c("p","smooth"),data=data)
xyplot(EBV~slope,groups=pai, type=c("p","r"),data=data) # inclui um linha de 
regressão linear aos dados
On Feb 11 2019, at 10:56 pm, Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br) 
 wrote:
> Olá a todos!
>
> Tenho pouca familiaridade com o R, mas estou tentando utilizá-lo para criar 
> os gráficos com os resultados das minhas análises de doutorado.
>
> Eu gostaria de fazer um scatter plot com linhas de tendência para cada 
> indivíduo. Eu consigo plotar o gráfico, mas não as linhas. O comando que 
> estou utilizando é o seguinte:
>
> ggplot(data, aes(x = slope, y = EBV, group = pai)) + geom_point() + 
> geom_smooth(method = ls)
>
> O slope é um gradiente que varia de -2 a +2; EBV são os valores que eu 
> calculei e eu gostaria de uma linha para cada pai, que são os animais 
> avaliados. Meu interesse não é nem os pontos, mas as linhas (que eu chamo de 
> normas de reação), que servirão para discutir os resultados.
>
> Será que alguém pode me ajudar onde está o problema que as linhas não 
> aparecem?
>
> Muito obrigada!
> --
> _
> MSc. Bárbara Mazetti Nascimento
> PhD student in Animal Science
>
> Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA
> UFPR - Curitiba - PR - Brazil
>
> +55 41 99142-9495
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
> m�nimo reproduz�vel.
>

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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Bárbara Mazetti Nascimento por (R-br)]

Olá a todos!

Tenho pouca familiaridade com o R, mas estou tentando utilizá-lo para criar
os gráficos com os resultados das minhas análises de doutorado.

Eu gostaria de fazer um scatter plot com linhas de tendência para cada
indivíduo. Eu consigo plotar o gráfico, mas não as linhas. O comando que
estou utilizando é o seguinte:

ggplot(data, aes(x = slope, y = EBV, group = pai)) + geom_point() +
geom_smooth(method = ls)

O slope é um gradiente que varia de -2 a +2; EBV são os valores que eu
calculei e eu gostaria de uma linha para cada pai, que são os animais
avaliados. Meu interesse não é nem os pontos, mas as linhas (que eu chamo
de normas de reação), que servirão para discutir os resultados.

Será que alguém pode me ajudar onde está o problema que as linhas não
aparecem?

Muito obrigada!
-- 
_
MSc. Bárbara Mazetti Nascimento
PhD student in Animal Science
Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA
UFPR - Curitiba - PR - Brazil
+55 41 99142-9495
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Paulo Dick via R-br]

Veja ?confint


*Paulo Dick*
Estatístico / Epidemiologia em Saúde Pública
Tel.: (55 21) 99591-2716

Em 26 de junho de 2017 12:07, Alice Peres via R-br  escreveu:

> Bom dia pessoal, estou urgentemente precisando de ajuda! Como é o
> intervalo de confiança dos coeficientes do modelo de regressão linear
> múltiplo ?
>
>
> Att
>
> ___
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Alice Peres via R-br]

Bom dia pessoal, estou urgentemente precisando de ajuda! Como é o intervalo
de confiança dos coeficientes do modelo de regressão linear múltiplo ?


Att
___
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho via R-br]

Pessoal, estou construindo um pacote onde uso o pacote Rgraphviz do site "
http://bioconductor.org/biocLite.R;, porém quando vou checar o pacote gera
o seguinte alerta:

check.package: no visible global function definition for
‘biocLite’Undefined global functions or variables:  biocLite


Alguém sabe como resolver isso ? Embora seja um Warning eu gostaria de
resolver

-- 


*In Jesu et Maria*
*Obrigado*
*Prof. Elias Carvalho*

*"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he
who has been able to understand the cause of things"*
___
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Wilmar Freitas via R-br]

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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Wilmar Freitas via R-br]

___
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak via R-br]

Elias,

Se você exportou para docx como propôs o Leonard, a tabela é um objeto Word
e portanto as larguras e outros detalhes de formatação são manipuláveis no
docx, não?

Se não é esse o caso, por favor especifique um pouco melhor o quê
exatamente o "assim" significa!

Melhor ainda, usando um dos conjuntos de dados do próprio R (como você
começou usando o cars no seu primeiro post, diga como gostaria que uma
tabela (e resultando de que análise[s]) ficasse exatamente.



2016-09-06 15:37 GMT-03:00 Elias Carvalho via R-br :

> Muito Obrigado Leonardo
>
> Gerou perfeitamente, porém a tabela gerada ficou assim:
>
> Gostaria de gerá-la com a largura relativa para pelo menos ficar assim:
>
> ​
> Alguma sugestão ? Estou procurando uma forma de criar assim
> ​
>
>
>
>
>
>
>
> Em 6 de setembro de 2016 14:04, Leonard Assis 
> escreveu:
>
>> Rode ela como rmarkdown e gere um  docx
>>
>> Em 6 de set de 2016 14:00, "Elias Carvalho via R-br" <
>> r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>>> Boa tarde a todos.
>>>
>>> Eu tenho uma matriz, chamada "matrix.results", como resultado de algumas
>>> análises:
>>>
>>>
>>> ​Consigo imprimir uma tabela no console com o comando:
>>> kable(head(matrix.results ), format = "rst", align = "r")
>>>
>>>
>>> ​​
>>> ​Agora eu gostaria de salvar​ uma imagem desta tabela para inserir em um
>>> documento.
>>>
>>> No entanto eu gostaria de salvar como imagem uma tabela mais bem
>>> formatada, como esta:
>>>
>>>
>>> ​
>>> Alguém poderia ajudar ?
>>>
>>> ​​
>>>
>>>
>>> *In Jesu et Maria*
>>> *Obrigado*
>>> *Prof. Elias Carvalho*
>>>
>>> ___
>>> R-br mailing list
>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>
>
> --
>
>
> *In Jesu et Maria*
> *Obrigado*
> *Prof. Elias Carvalho*
>
> ___
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho via R-br]

Muito Obrigado Leonardo

Gerou perfeitamente, porém a tabela gerada ficou assim:

Gostaria de gerá-la com a largura relativa para pelo menos ficar assim:

​
Alguma sugestão ? Estou procurando uma forma de criar assim
​







Em 6 de setembro de 2016 14:04, Leonard Assis 
escreveu:

> Rode ela como rmarkdown e gere um  docx
>
> Em 6 de set de 2016 14:00, "Elias Carvalho via R-br" <
> r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
>> Boa tarde a todos.
>>
>> Eu tenho uma matriz, chamada "matrix.results", como resultado de algumas
>> análises:
>>
>>
>> ​Consigo imprimir uma tabela no console com o comando:
>> kable(head(matrix.results ), format = "rst", align = "r")
>>
>>
>> ​​
>> ​Agora eu gostaria de salvar​ uma imagem desta tabela para inserir em um
>> documento.
>>
>> No entanto eu gostaria de salvar como imagem uma tabela mais bem
>> formatada, como esta:
>>
>>
>> ​
>> Alguém poderia ajudar ?
>>
>> ​​
>>
>>
>> *In Jesu et Maria*
>> *Obrigado*
>> *Prof. Elias Carvalho*
>>
>> ___
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>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>


-- 


*In Jesu et Maria*
*Obrigado*
*Prof. Elias Carvalho*
___
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Leonard Assis via R-br]

Rode ela como rmarkdown e gere um  docx

Em 6 de set de 2016 14:00, "Elias Carvalho via R-br" <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Boa tarde a todos.
>
> Eu tenho uma matriz, chamada "matrix.results", como resultado de algumas
> análises:
>
>
> ​Consigo imprimir uma tabela no console com o comando:
> kable(head(matrix.results ), format = "rst", align = "r")
>
>
> ​​
> ​Agora eu gostaria de salvar​ uma imagem desta tabela para inserir em um
> documento.
>
> No entanto eu gostaria de salvar como imagem uma tabela mais bem
> formatada, como esta:
>
>
> ​
> Alguém poderia ajudar ?
>
> ​​
>
>
> *In Jesu et Maria*
> *Obrigado*
> *Prof. Elias Carvalho*
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho via R-br]

Boa tarde a todos.

Eu tenho uma matriz, chamada "matrix.results", como resultado de algumas
análises:


​Consigo imprimir uma tabela no console com o comando:
kable(head(matrix.results ), format = "rst", align = "r")


​​
​Agora eu gostaria de salvar​ uma imagem desta tabela para inserir em um
documento.

No entanto eu gostaria de salvar como imagem uma tabela mais bem formatada,
como esta:


​
Alguém poderia ajudar ?

​​


*In Jesu et Maria*
*Obrigado*
*Prof. Elias Carvalho*
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Rodrigo Coster via R-br]

acrescenta o parâmetro stringsAsFactors = FALSE no read.csv()

2016-07-23 14:16 GMT-03:00 Elias Carvalho via R-br :

> Ola Pessoal
>
> Estou lendo meu data set assim:
> data <- read.csv(file.choose(), header = TRUE, na.strings=c("", " ",
> "NA"))
>
> No entanto no meu data set o atributo msg com a frase: "Documento
> pendente" é convertido para fator .
>
> Alguém sabe se é possivel evitar esse tipo de problema ?
>
> Obrigado
>
> --
>
>
> *In Jesu et Maria*
> *Obrigado*
> *Prof. Elias Carvalho*
>
> ___
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho via R-br]

Ola Pessoal

Estou lendo meu data set assim:
data <- read.csv(file.choose(), header = TRUE, na.strings=c("", " ", "NA"))

No entanto no meu data set o atributo msg com a frase: "Documento pendente"
é convertido para fator .

Alguém sabe se é possivel evitar esse tipo de problema ?

Obrigado

-- 


*In Jesu et Maria*
*Obrigado*
*Prof. Elias Carvalho*
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Éder Comunello via R-br]

Elias, bom dia!

Já tentou diminuir pointsize em png()?



Éder Comunello
Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM)
---
Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil ||

GEO, -22.2752, -54.8182, 408m
UTC-04:00 / DST: UTC-03:00




2016-06-21 17:09 GMT-04:00 Elias Carvalho via R-br :

> *Pessoal estou fazendo um grafo e usei os seguintes comandos:*
>
> graph.structure<- Rgraphviz::layoutGraph(graph.structure,
> edgeAttrs=list(label=labels))
>
> graph::nodeRenderInfo(graph.structure)
>
> *e salvando ele:*
>
> png(filename=graph.name, units="in", width=10, height=8, pointsize=12,
> res=300)
> graph <- Rgraphviz::renderGraph(graph.structure)
> dev.off()
>
> *Quando abro o grafo vejo o problema abaixo onde o label extrapola o
> tamanho do nó*
>
>
> ​
> Alguem pode me dar uma dica ?
>
> --
> Best regards... 8^)
>
> “The mind that is open to new ideas never come back
> to its original size”  *Albert Einstein*
>
>
> --
> Obrigado
> Elias
>
> ___
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> código mínimo reproduzível.
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[R-br] (sem assunto)

[Elias Carvalho via R-br]

*Pessoal estou fazendo um grafo e usei os seguintes comandos:*

graph.structure<- Rgraphviz::layoutGraph(graph.structure,
edgeAttrs=list(label=labels))

graph::nodeRenderInfo(graph.structure)

*e salvando ele:*

png(filename=graph.name, units="in", width=10, height=8, pointsize=12,
res=300)
graph <- Rgraphviz::renderGraph(graph.structure)
dev.off()

*Quando abro o grafo vejo o problema abaixo onde o label extrapola o
tamanho do nó*


​
Alguem pode me dar uma dica ?

-- 
Best regards... 8^)

“The mind that is open to new ideas never come back
to its original size”  *Albert Einstein*


-- 
Obrigado
Elias
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m�nimo reproduz�vel.

[R-br] (sem assunto)

[Rudiney S Pereira]

Bom dia!

Preciso fazer a carga de imagens formato Geotiff e, não consigo pois um dos
pacotes rgdal, não está disponível na lista para a instalação. Uso Linux
Distribuição DEBIAN, SID. A versão do R é a última. Agradeço desde já!

Rudiney


-- 
Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira
UFSM - CCR - DER - Núcleo de Geotecnologias
Prédio 44 J, Sala 214
RS 509 KM 9 - Campus Universitário
97.105-900 Santa Maria RS
Brasil
site: http://www.ufsm.br/geosere
skype: rudiney.s.pereira
fone: 55 3220-9468
55 9118-4142
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Éder Comunello]

Rudiney, bom dia!

Se ao tentar instalar o {rgdal} aparece uma mensagem mencionando a falta do
arquivo proj_api.h, você vai precisar adicionar umas bibliotecas no linux:

sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev

Feito isso, possivelmente vai poder instalar o {rgdal} no R.

​

Éder Comunello
PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]




Em 4 de fevereiro de 2016 08:22, Rudiney S Pereira <
rudiney.s.pere...@gmail.com> escreveu:

> Bom dia!
>
> Preciso fazer a carga de imagens formato Geotiff e, não consigo pois um
> dos pacotes rgdal, não está disponível na lista para a instalação. Uso
> Linux Distribuição DEBIAN, SID. A versão do R é a última. Agradeço desde já!
>
> Rudiney
>
>
> --
> Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira
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> RS 509 KM 9 - Campus Universitário
> 97.105-900 Santa Maria RS
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Rudiney S Pereira]

Sua Dica, Éder Comunello, resolveu o problema de instalação do pacote rgdal.

Muito obrigado.

Rudiney

Em 4 de fevereiro de 2016 10:13, Éder Comunello 
escreveu:

> Rudiney, bom dia!
>
> Se ao tentar instalar o {rgdal} aparece uma mensagem mencionando a falta
> do arquivo proj_api.h, você vai precisar adicionar umas bibliotecas no
> linux:
>
> sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev
>
> Feito isso, possivelmente vai poder instalar o {rgdal} no R.
>
> ​
> 
> Éder Comunello
> PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
>
>
>
>
> Em 4 de fevereiro de 2016 08:22, Rudiney S Pereira <
> rudiney.s.pere...@gmail.com> escreveu:
>
>> Bom dia!
>>
>> Preciso fazer a carga de imagens formato Geotiff e, não consigo pois um
>> dos pacotes rgdal, não está disponível na lista para a instalação. Uso
>> Linux Distribuição DEBIAN, SID. A versão do R é a última. Agradeço desde já!
>>
>> Rudiney
>>
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[R-br] (sem assunto)

[Lester Cavero]

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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Walmes Zeviani]

Existem vários pacotes que permitem obter a matriz de parentesco a partir
do pedgree. Eu googlei ingenuamente com pedgree matrix in R e tive muitos
resultados. Eu apreciaría se você me apontasse qual dos pacotes lhe parece
melhor e porque.

À disposição.
Walmes.
​
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Gleyson Vieira dos Santos]

Olá.

Pessoal estou tentando analisar uma característica de OPG, utilizando
o pacote MCMCglmm, no entanto o mesmo requer uma matriz de parentesco.
Quando tento calcular a matriz  9a partir de um pedigree) utilizando a
função kin.morgan do pacote gap o programa R para e fecha. Creio que
seja o número de animais existente no pedigree (2011 animais), pois
quando utilizo um pedigree com menos animais (até 1000 animais)
consigo calcular.
setwd(D:\\ANALISES\\Alencariano J. S. Falcão - LINDENBERG)
dados=read.table(dados.txt,h=T)
dim(dados)
ped=read.table(gre.txt)
colnames(ped)=c(ani,pai,mae)
dim(ped)
outersect = function(x, y) {sort(c(setdiff(x, y), setdiff(y, x)))}
out=outersect(dados[,1],ped[,1])
length(out)
int=merge(dados,ped,by=intersect(ani,ani))
dim(int)
library(gap) # pacote para calcular matriz de parentesco
A0=kin.morgan(ped) #funcao  do pacote
A=2*A0$kin.matrix
 Como posso calcular essa matriz?


-- 
GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS
ZOOTECNISTA - UFPI
DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI
TEL: (89) 9985-5488
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak]

Caro Gleyson,

Seja benvindo à lista R-br!

Você terá mais chances de receber uma reposta útil se ao postar nesta lista
você colocar uma linha de assunto relevante ao problema/questão que deseja
esclarecer.

Ajuda bastante se você fornecer mais informações, como por exemplo que
comando efetivamente foram dados e se possível fazê-lo com um CMR (código
mínimo reproduzível).

Seu depoimento sobre o tamanho da matriz também me parece confuso: ...para
calcular sendo que existem mais de 100 animais...matriz so é
calculada quando o numero de indivíduos e menor que 999 animais.

Você já tentou usar as ferramentas de busca do próprio R?

[]s
--
Cesar Rabak

2015-08-16 22:57 GMT-03:00 Gleyson Vieira dos Santos 
gleysonvie...@zootecnista.com.br:

 Olá.
 Estou tentando calcular uma matriz de parentesco utilizando  pacote
 gap porém quando o programa vai calcular ocorre um erro o R trava.
 Gostaria de saber se existe outro pacote para calcular sendo que
 existem mais de 100 animais, coisa que o 'gap não fez ( a matriz so é
 calculada quando o numero de indivíduos e menor que 999 animais).

 desde ja grato

 --
 GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS
 ZOOTECNISTA - UFPI
 DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Gleyson Vieira dos Santos]

Olá.
Estou tentando calcular uma matriz de parentesco utilizando  pacote
gap porém quando o programa vai calcular ocorre um erro o R trava.
Gostaria de saber se existe outro pacote para calcular sendo que
existem mais de 100 animais, coisa que o 'gap não fez ( a matriz so é
calculada quando o numero de indivíduos e menor que 999 animais).

desde ja grato

-- 
GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS
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DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Wagner Bonat]

Da uma olhada neste pacote talvez ajude

nadiv R package

https://cran.r-project.org/web/packages/nadiv/index.html

Por curiosidade qual pacote vc vai usar para ajustar o seu modelo?

Em 17 de agosto de 2015 03:57, Gleyson Vieira dos Santos 
gleysonvie...@zootecnista.com.br escreveu:

 Olá.
 Estou tentando calcular uma matriz de parentesco utilizando  pacote
 gap porém quando o programa vai calcular ocorre um erro o R trava.
 Gostaria de saber se existe outro pacote para calcular sendo que
 existem mais de 100 animais, coisa que o 'gap não fez ( a matriz so é
 calculada quando o numero de indivíduos e menor que 999 animais).

 desde ja grato

 --
 GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS
 ZOOTECNISTA - UFPI
 DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI
 TEL: (89) 9985-5488
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-- 
Wagner Hugo Bonat
--
Department of Mathematics and Computer Science (IMADA)
University of Southern Denmark (SDU) and
Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG)
Universidade Federal do Paraná (UFPR)
___
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[R-br] (sem assunto)

[Alessandro Araujo]

Gostaria de saber uma forma para isolar o x para que a derivada da expressão 
abaixo ficasse assim:


x=b4*id1-b3*id1*log(ab1)-b2+b5*id1*s


eqimm=expression(exp(b0+b1/s+b2/x+b3*(id1/x)*log(ab1)+b4*(1-id1/x)+b5*(1-id1/x)*s)/x);



der.eqimm=expression(exp(b0 + b1/s + b2/x + b3 * (id1/x) * log(ab1) + b4 * (1 - 
id1/x) + 
 b5 * (1 - id1/x) * s) * (b4 * (id1/x^2) - (b3 * (id1/x^2) 
* 
log(ab1) + b2/x^2) + b5 * (id1/x^2) * s)/x - exp(b0 + b1/s 
+ 
b2/x + b3 * (id1/x) * log(ab1) + b4 * (1 - id1/x) + b5 * 
(1 - id1/x) * s)/x^2)


Desde já agradeço!___
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[R-br] (sem assunto)

[Thaís Brenda Martins]

Boa noite prezad@s,

Desenvolvi uma interface gráfica no R com a biblioteca Tcl/Tk.

Gostaria que o usuário inserisse os elementos de uma amostra populacional na 
caixa de entrada (tkentry) ou importasse esses dados de um txt por exemplo.

A primeira parte já fiz, funciona corretamente. 

Mas a segunda não consegui. 

O que tentei fazer foi:


- criei um botão pra que o usuário escolha o arquivo. 

- Na escopo da função desse botão precisaria jogar os valores do arquivo em 
forma de uma string na caixa de entrada (onde o usuário digita os elementos 
quando não quer importar). Para quando o usuário clicar no botão de realizar 
teste não seja impedido de prosseguir porque o campo esta vazio?


Alguém que trabalhe com está biblioteca poderia me dar uma ajuda? 




Att.,
Thaís Brenda Martins___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Ari Clecius]

Caros colegas, uso alguns modelos de isotermas de adsorção, para o modelo de 
Langmuir existem algumas linearizações, como faço para avaliar no R se o modelo 
não linear é melhor que o modelo linearizado?

Att,
 
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)88412345
(085)33669042

#CRM
ce=c(0.66450,0.92395,1.22510,1.53040,12.89600,32.44400,70.93000,135.54800)
qe=c(0.65864,0.83815,1.09135,1.42049,11.57060,15.42198,16.41500,20.42020)
#Modelo linear
ce_inv=1/ce
qe_inv=1/qe
Langmuir_Linear=lm(qe_inv~ce_inv)
summary(Langmuir_Linear)
names(Langmuir_Linear)
Langmuir_Linear$coefficients
Langmuir_Linear$coefficients[1]
qmax_L=1/Langmuir_Linear$coefficients[1]
qmax_L
kl_L=1/qmax*Langmuir_Linear$coefficients[2]
kl_L
qe_est_L=qmax_L* kl_L*ce/(1+  kl_L *ce)
plot(ce,qe)
lines(ce,qe_est_L,col=blue)
##

library(nlstools)
adsorption=list(ce,qe)
langmuir-nls(qe~qmax*kl*ce/(1+kl*ce),adsorption,start=list(qmax=30,kl=0.02))
summary(langmuir)

qe_Est_NL=21.40602*  0.07498 *ce/(1+  0.07498 *ce)
qe_Est_NL
plot(ce,qe)
lines(ce,qe_Est_NL,col=red)
legend(top,legend=c(LangmuirExp,Langmuir_Est_NL), lty=c(NA,1), 
col=c(black,red),pch=c(3,NA),cex=0.6)

#
plot(ce,qe)
lines(ce,qe_est_L,col=blue)
lines(ce,qe_Est_NL,col=red)
legend(topleft,legend=c(LangmuirExp,Langmuir_Est_L,Langmuir_Est_NL), 
lty=c(NA,1,1), col=c(black,blue,red),pch=c(3,NA,NA),cex=0.6)

#___
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[walmes .]

Faça uma boa análise de diagnóstico nos resíduos. A qualidade das suas
inferências depende disso. Se estiver tudo ok nos dois modelos concorrentes
eleja um critério de comparação. As medidas mais consideradas são R², RMSE,
PRESS. Medidas como log-verossimilhança e AIC/BIC são coisas que dou
preferência porém, quando a resposta é transformada, a log-verossimilhança
não é diretamente comparada (BIC e AIC também não). Para ser precisa-se
considerar um fator de correção que depende do jacobiano da transformação.
Do meu ponto de vista, usar o modelo linearizado se tornou uma prática
porque, sendo o modelo linear após a transformação, obter estimativas para
os parâmetros é muito simples, mínimos quadrados. Já na versão não linear,
envolve passar valores iniciais e otimizar, o que de fato não é um fator
limitador nos dias de hoje. Quase sempre o interesse está no modelo não
linear e não em sua versão linearizada. O mais importante disso é que ao
aplicar uma transformação você muda as suposições sobre a distribuição das
variáveis aleatórias do modelo.

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
skype: walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
==

2014-10-24 9:01 GMT-02:00 Ari Clecius ari072...@yahoo.com.br:

 Caros colegas, uso alguns modelos de isotermas de adsorção, para o modelo
 de Langmuir existem algumas linearizações, como faço para avaliar no R se o
 modelo não linear é melhor que o modelo linearizado?

 Att,

 Ari Clecius Alves de Lima
 Engenheiro Químico
 Me. Engenharia Civil
 (085)88412345
 (085)33669042

 #CRM

 *ce=c(0.66450,0.92395,1.22510,1.53040,12.89600,32.44400,70.93000,135.54800)*
 *qe=c(0.65864,0.83815,1.09135,1.42049,11.57060,15.42198,16.41500,20.42020)*
 *#Modelo linear*
 *ce_inv=1/ce*
 *qe_inv=1/qe*
 *Langmuir_Linear=lm(qe_inv~ce_inv)*
 *summary(Langmuir_Linear)*
 *names(Langmuir_Linear)*
 *Langmuir_Linear$coefficients*
 *Langmuir_Linear$coefficients[1]*
 *qmax_L=1/Langmuir_Linear$coefficients[1]*
 *qmax_L*
 *kl_L=1/qmax*Langmuir_Linear$coefficients[2]*
 *kl_L*
 *qe_est_L=qmax_L* kl_L*ce/(1+  kl_L *ce)*
 *plot(ce,qe)*
 *lines(ce,qe_est_L,col=blue)*
 *##*

 *library(nlstools)*
 *adsorption=list(ce,qe)*

 *langmuir-nls(qe~qmax*kl*ce/(1+kl*ce),adsorption,start=list(qmax=30,kl=0.02))*
 *summary(langmuir)*

 *qe_Est_NL=21.40602*  0.07498 *ce/(1+  0.07498 *ce)*
 *qe_Est_NL*
 *plot(ce,qe)*
 *lines(ce,qe_Est_NL,col=red)*
 *legend(top,legend=c(LangmuirExp,Langmuir_Est_NL), lty=c(NA,1),
 col=c(black,red),pch=c(3,NA),cex=0.6)*
 **
 *#*
 *plot(ce,qe)*
 *lines(ce,qe_est_L,col=blue)*
 *lines(ce,qe_Est_NL,col=red)*
 *legend(topleft,legend=c(LangmuirExp,Langmuir_Est_L,Langmuir_Est_NL),
 lty=c(NA,1,1), col=c(black,blue,red),pch=c(3,NA,NA),cex=0.6)*

 *#*

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 código mínimo reproduzível.

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[R-br] (sem assunto)

[Luís Fernando Pirondi Junior]

Olá,

escrevi o seguinte script:

 A-read.table(A.txt, header=TRUE)
 A
  Dias Massa
1   38   370
2  121  4200
3  208 13200
4  291 17100
5  381 18000
 plot(A$Dias,A$Massa,xlab=Dias,ylab=Massa, col=blue)
 modelo-glm(Massa~Dias, data=A, family=binomial)
Mensagens de aviso perdidas:
In eval(expr, envir, enclos) : #sucessos não-inteiro em um glm binomial!
 summary(modelo)

Call:
glm(formula = Massa ~ Dias, family = binomial, data = A)

Deviance Residuals:
   1 2 3 4 5
-0.19282  -0.03793   0.15578   0.09105  -0.11083

Coefficients:
 Estimate Std. Error z value Pr(|z|)
(Intercept) -3.737847   4.166859  -0.897 0.37
Dias 0.006566   0.014028   0.468 0.64

(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)

Null deviance: 0.339765  on 4  degrees of freedom
Residual deviance: 0.083459  on 3  degrees of freedom
AIC: 5.1496

Number of Fisher Scoring iterations: 6

E obtive o gráfico em anexo.

Minha intenção era fazer uma regressão logística com os valores da Tabela
A, no entanto a curva não parece muito ajustada aos parâmetros. O que
pode estar errado ?

-- 
*Luís Fernando Pirondi Junior*
attachment: Logística.jpg___
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Wagner Bonat]

Talvez o que vc queira fazer e o modelo logistico para descrever o
crescimento de alguma coisa. E nao uma regressao logistica que seria
adequado para dados do tipo (0 ou 1) um numero de sucessos em n ensaios.
Que nao parece ser o seu caso.

Tente isso
dias - c(38,121,208,291,381)
Massa - c(370,4200,13200,17100,18000)
mod1  = nls(Massa ~ a1/(1+exp((a2-dias)/a3)),
start = list(a1 = 16000, a2 = 200, a3 = 100))
summary(mod1)
plot(Massa ~ dias)
lines(dias, predict(mod1))




2014-03-21 17:46 GMT+01:00 Luís Fernando Pirondi Junior 
lufepiro...@gmail.com:

 Olá,

 escrevi o seguinte script:

  A-read.table(A.txt, header=TRUE)
  A
   Dias Massa
 1   38   370
 2  121  4200
 3  208 13200
 4  291 17100
 5  381 18000
  plot(A$Dias,A$Massa,xlab=Dias,ylab=Massa, col=blue)
  modelo-glm(Massa~Dias, data=A, family=binomial)
 Mensagens de aviso perdidas:
 In eval(expr, envir, enclos) : #sucessos não-inteiro em um glm binomial!
  summary(modelo)

 Call:
 glm(formula = Massa ~ Dias, family = binomial, data = A)

 Deviance Residuals:
1 2 3 4 5
 -0.19282  -0.03793   0.15578   0.09105  -0.11083

 Coefficients:
  Estimate Std. Error z value Pr(|z|)
 (Intercept) -3.737847   4.166859  -0.897 0.37
 Dias 0.006566   0.014028   0.468 0.64

 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)

 Null deviance: 0.339765  on 4  degrees of freedom
 Residual deviance: 0.083459  on 3  degrees of freedom
 AIC: 5.1496

 Number of Fisher Scoring iterations: 6

 E obtive o gráfico em anexo.

 Minha intenção era fazer uma regressão logística com os valores da Tabela
 A, no entanto a curva não parece muito ajustada aos parâmetros. O que
 pode estar errado ?

 --
 *Luís Fernando Pirondi Junior*

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 código mínimo reproduzível.




-- 
Wagner Hugo Bonat
LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
UFPR - Universidade Federal do Paraná
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[R-br] (sem assunto)

[Fátima Lima Paula]

Prezados, eu tenho um data frame assim

cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9,A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,
 sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7,4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
df=cbind(cap,Var1,Var2)
df=as.data.frame(df)
df

   cap Var1 Var2
1   A1  nao2
2   A3  nao5
3   B2  nao7
4   B5  nao4
5   C6  nao1
6   C8  nao2
7   D4  nao4
8   F5  nao8
9   G8  nao9
10  H1  nao6
11  K9  nao7
12  A1  sim4
13  A3  sim5
14  B2  sim3
15  B5  sim2
16  C6  sim4
17  C8  sim5
18  D4  sim8
19  F5  sim7
20  G8  sim0
21  H1  sim1
22  K9  sim1


E gostaria que ficasse assim:

cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao)
Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7)
Var3=c(sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
Var4=c(4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
df=cbind(cap,Var1,Var2,Var3,Var4)
df=as.data.frame(df)
df
   cap Var1 Var2 Var3 Var4
1   A1  nao2  sim4
2   A3  nao5  sim5
3   B2  nao7  sim3
4   B5  nao4  sim2
5   C6  nao1  sim4
6   C8  nao2  sim5
7   D4  nao4  sim8
8   F5  nao8  sim7
9   G8  nao9  sim0
10  H1  nao6  sim1
11  K9  nao7  sim1

Alguém poderia me ajudar?
Obrigada
Fátima

-- 
Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos
___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Éder Comunello]

Fátima, boa tarde!

Nessa solução uso os rótulos 'sim' e 'nao' como nome das novas colunas,
eliminando a necessidade de mais duas colunas com essa informação.

### code r
cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9,A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,
 sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7,4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
df=cbind(cap,Var1,Var2)
df=as.data.frame(df)
df

require(reshape)
cast(df, cap~Var1, value='Var2')
### /code

Éder Comunello c comunello.e...@gmail.comomunello.e...@gmail.com
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]


Em 10 de março de 2014 15:22, Fátima Lima Paula fatima.lima.pa...@gmail.com
 escreveu:


 Prezados, eu tenho um data frame assim


 cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9,A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
 Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,
  sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
 Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7,4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
 df=cbind(cap,Var1,Var2)
 df=as.data.frame(df)
 df

cap Var1 Var2
 1   A1  nao2
 2   A3  nao5
 3   B2  nao7
 4   B5  nao4
 5   C6  nao1
 6   C8  nao2
 7   D4  nao4
 8   F5  nao8
 9   G8  nao9
 10  H1  nao6
 11  K9  nao7
 12  A1  sim4
 13  A3  sim5
 14  B2  sim3
 15  B5  sim2
 16  C6  sim4
 17  C8  sim5
 18  D4  sim8
 19  F5  sim7
 20  G8  sim0
 21  H1  sim1
 22  K9  sim1


 E gostaria que ficasse assim:

 cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
 Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao)
 Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7)
 Var3=c(sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
 Var4=c(4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
 df=cbind(cap,Var1,Var2,Var3,Var4)
 df=as.data.frame(df)
 df
cap Var1 Var2 Var3 Var4
 1   A1  nao2  sim4
 2   A3  nao5  sim5
 3   B2  nao7  sim3
 4   B5  nao4  sim2
 5   C6  nao1  sim4
 6   C8  nao2  sim5
 7   D4  nao4  sim8
 8   F5  nao8  sim7
 9   G8  nao9  sim0
 10  H1  nao6  sim1
 11  K9  nao7  sim1

 Alguém poderia me ajudar?
 Obrigada
 Fátima

 --
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Fátima Lima Paula]

Perfeito, Éder.
Obrigada.


Em 10 de março de 2014 17:06, Éder Comunello comunello.e...@gmail.comescreveu:

 Fátima, boa tarde!

 Nessa solução uso os rótulos 'sim' e 'nao' como nome das novas colunas,
 eliminando a necessidade de mais duas colunas com essa informação.

 ### code r

 cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9,A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
 Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,
  sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
 Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7,4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
 df=cbind(cap,Var1,Var2)
 df=as.data.frame(df)
 df

 require(reshape)
 cast(df, cap~Var1, value='Var2')
 ### /code

 Éder Comunello c comunello.e...@gmail.comomunello.e...@gmail.com
 Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]


 Em 10 de março de 2014 15:22, Fátima Lima Paula 
 fatima.lima.pa...@gmail.com escreveu:


 Prezados, eu tenho um data frame assim


 cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9,A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
 Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,
  sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
 Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7,4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
 df=cbind(cap,Var1,Var2)
 df=as.data.frame(df)
 df

cap Var1 Var2
 1   A1  nao2
 2   A3  nao5
 3   B2  nao7
 4   B5  nao4
 5   C6  nao1
 6   C8  nao2
 7   D4  nao4
 8   F5  nao8
 9   G8  nao9
 10  H1  nao6
 11  K9  nao7
 12  A1  sim4
 13  A3  sim5
 14  B2  sim3
 15  B5  sim2
 16  C6  sim4
 17  C8  sim5
 18  D4  sim8
 19  F5  sim7
 20  G8  sim0
 21  H1  sim1
 22  K9  sim1


 E gostaria que ficasse assim:

 cap=c(A1,A3,B2,B5,C6,C8,D4,F5,G8,H1,K9)
 Var1=c(nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao,nao)
 Var2=c(2,5,7,4,1,2,4,8,9,6,7)
 Var3=c(sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim,sim)
 Var4=c(4,5,3,2,4,5,8,7,0,1,1)
 df=cbind(cap,Var1,Var2,Var3,Var4)
 df=as.data.frame(df)
 df
cap Var1 Var2 Var3 Var4
 1   A1  nao2  sim4
 2   A3  nao5  sim5
 3   B2  nao7  sim3
 4   B5  nao4  sim2
 5   C6  nao1  sim4
 6   C8  nao2  sim5
 7   D4  nao4  sim8
 8   F5  nao8  sim7
 9   G8  nao9  sim0
 10  H1  nao6  sim1
 11  K9  nao7  sim1

 Alguém poderia me ajudar?
 Obrigada
 Fátima

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Re: [R-br] (sem assunto)

[David Feitosa]

Existe a função text( ) que permite vc add um texto em uma dada coordenada
(x,y).
É isso o que vc quer?



Atenciosamente,

David Feitosa

(\_(\
(=°;°)
(()()


Em 6 de janeiro de 2014 12:46, Ari Clecius ari072...@yahoo.com.brescreveu:

 Bom dia alguém sabe como acrescento o valor da média e do desvio padrão em
 cada ,ponto deste gráfico, ou seja, um label para cada ponto?

 Att,

 Ari Clecius Alves de Lima
 Engenheiro Químico
 Me. Engenharia Civil
 (085)87687786
 (085)33669042

 #código
 *library(scatterplot3d)*
 *x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)*
 *y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)*
 *z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)*
 *w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45, scale.y =
 .5,xlab=Concentração, ylab=pH,zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)*
 *w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)*


 ___
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[R-br] (sem assunto)

[Ari Clecius]

Bom dia alguém sabe como acrescento o valor da média e do desvio padrão em cada 
,ponto deste gráfico, ou seja, um label para cada ponto?

Att,
 
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)87687786
(085)33669042

#código
library(scatterplot3d)
x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)
y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)
z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)
w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45, scale.y = 
.5,xlab=Concentração, ylab=pH,zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)
w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Mayer]

Uma opção seria

library(scatterplot3d)
x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)
y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)
z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)
w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45,
scale.y = .5,xlab=Concentração, ylab=pH,
zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)
w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)

# calcula media e desvio por ponto
med - format(apply(cbind(x, y, z), 1, mean), digits = 3)
dp - format(apply(cbind(x, y, z), 1, sd), digits = 3)
dp - paste((, dp, ), sep = )
# cria o label
lab - paste(med, dp, sep = \n)
# insere o label
text(w$xyz.convert(x, y, z), labels = lab, pos = 4, cex = .7)



---
Fernando de Pol Mayer
Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - ESALQ
Universidade de São Paulo - USP
URL: http://fernandomayer.github.io
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}


2014/1/6 David Feitosa cont...@davidfeitosa.com

 Existe a função text( ) que permite vc add um texto em uma dada coordenada
 (x,y).
 É isso o que vc quer?



 Atenciosamente,

 David Feitosa

 (\_(\
 (=°;°)
 (()()


 Em 6 de janeiro de 2014 12:46, Ari Clecius ari072...@yahoo.com.brescreveu:

 Bom dia alguém sabe como acrescento o valor da média e do desvio padrão
 em cada ,ponto deste gráfico, ou seja, um label para cada ponto?

 Att,

 Ari Clecius Alves de Lima
 Engenheiro Químico
 Me. Engenharia Civil
 (085)87687786
 (085)33669042

 #código
 *library(scatterplot3d)*
 *x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)*
 *y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)*
 *z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)*
 *w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45, scale.y =
 .5,xlab=Concentração, ylab=pH,zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)*
 *w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)*


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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Ari Clecius]

Obrigado Fernando, o resultado final ficou muito bom.

Att,
 
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)87687786
(085)33669042



Em Segunda-feira, 6 de Janeiro de 2014 14:17, Fernando Mayer 
fernandoma...@gmail.com escreveu:
 
Uma opção seria

library(scatterplot3d)
x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)
y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)
z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)
w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45,
    scale.y = .5,xlab=Concentração, ylab=pH,
    zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)
w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)

# calcula media e desvio por ponto
med - format(apply(cbind(x, y, z), 1, mean), digits = 3)
dp - format(apply(cbind(x, y, z), 1, sd), digits = 3)
dp - paste((, dp, ), sep = )
# cria o label
lab - paste(med, dp, sep = \n)
# insere o label
text(w$xyz.convert(x, y, z), labels = lab, pos = 4, cex = .7)





---
Fernando de Pol Mayer
Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - ESALQ
Universidade de São Paulo - USP
URL: http://fernandomayer.github.io
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}


2014/1/6 David Feitosa cont...@davidfeitosa.com

Existe a função text( ) que permite vc add um texto em uma dada coordenada 
(x,y).
É isso o que vc quer?






Atenciosamente,

David Feitosa



(\_(\
(=°;°)
(()()


Em 6 de janeiro de 2014 12:46, Ari Clecius ari072...@yahoo.com.br escreveu:

Bom dia alguém sabe como acrescento o valor da média e do desvio padrão em 
cada ,ponto deste gráfico, ou seja, um label para cada ponto?


Att,
 
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)87687786
(085)33669042


#código
library(scatterplot3d)
x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0)
y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0)
z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0)
w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45, scale.y = 
.5,xlab=Concentração, ylab=pH,zlab=Agitação,col.axis=blue,type=n)
w$points3d(x,y,z,col=red,pch=20,cex=5)


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Re: [R-br] (sem assunto)

[walmes .]

Todas as mensagens são bem vindas nessa lista. No entanto você enviou
mensagem sem título. Em mensagens futuras atribua um título à sua mensagem
que identifique o seu conteúdo. Isso orienta os leitores. Lembre-se que as
mensagens permanecem arquivadas para consulta futura. O seu código não é
reproduzível. Forneça CMR (código mínimo reproduzível). Você não forneceu
dados e nem mencionou de que pacote é a função qda(). Você não pode esperar
que a pessoa disposta te ajudar vá providenciar tudo para você. Seja gentil
e encurte o caminho, ajude quem quer de ajudar. Como ponto de partida, cole
no google a mensagem de erro e explore os resultados. No rodapé de todas as
mensagens tem link para o guia de postagem.

À disposição.
Walmes.
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Jane Freitas]

Bom dia!!

Pessoal, ajustei um modelo utilizando a função pedigreemm  (incorporando a
informação do pedigree) e lmer (do pacote, lme4, sem o pedigree). Notei que
os BLUps obtidos (via ranef) com a pedigreemm são maiores do que os obtidos
com a lmer.

A dúvida é que acredito que quando usamos a informação do
pedigree, predizemos o *Valor Genético Aditivo* (*Breeding Values*). E
quando não utilizamos a informação do pedigree, predizemos o *Valor
Genético Total* (*incluindo os efeitos aditivos, dominância e epistático*),
por isso esperava maiores valores dos BLUPs.


Será que alguém pode me esclarecer??

Segue a rotina e dados em anexo:


#-
# EXEMPLO:
# Variável analisada: Prod
# Número de indivíduos no pedigree: 9
# Número de indivíduos com informação fenotipica: 5
# Número de bloco: 3
# Número de corte: 2
# Número de local: 3
#--

rm(list = ls())





*1 - Com o pedigree*


*# reading pedigree file*


dadped-read.table(genealogia2.csv, head=T, sep=;, dec=,)

head(dadped)
require(lme4)
require(pedigreemm)



*# Constructing pedigree*


pedCana - pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),
dam = as.integer(dadped$Mon),
label= as.character(1:9))
fac - relfactor(pedCana)
MpedCana - crossprod(fac)



*# reading phenotype file*


dat2-read.table(dados_sem_ascestrais.csv, head=T, sep=;, dec=,,
na.strings=NA)
head(dat2)
attach(dat2)


Bloco1 - factor(bloco)
Corte1 - factor(corte)
Local1 - factor(local)



*# fitting model with pedigree*



fm2 - pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data =
dat2, pedigree = list(id = pedCana))


BLUP.a - ranef(fm2)$id; BLUP.a   *   # BLUPs dos efeitos genéticos
aditivo*







*2 - Sem o pedigree*



* # fitting model without pedigree*



fm3 -lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)


BLUP.g - ranef(fm3)$id; BLUP.g  *# BLUPs dos efeitos genéticos
(aditivo + dominância + epistáticos)
*

data.frame(BLUP.g, BLUP.a) *# BLUPs dos efeitos genéticos e
genéticos aditivo*



*Resultados:*

**

* fm2*
Linear mixed model fit by REML
Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1)
   Data: dat2
   AIC   BIC logLik deviance REMLdev
 764.3 789.3 -372.1777.8   744.3
Random effects:
 GroupsNameVariance   Std.Dev.
 Bloco1:Local1 (Intercept) 1.0992e-13 3.3155e-07
 id (Intercept) 4.8287e+00 2.1974e+00
 Local1 (Intercept) 3.0252e+01 5.5002e+00
 Residual  3.3712e+02 1.8361e+01
Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3




* fm3*
Linear mixed model fit by REML
Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1)
   Data: dat2
   AIC   BIC logLik deviance REMLdev
 764.4 789.4 -372.2777.8   744.4
Random effects:
 GroupsNameVariance   Std.Dev.
 Bloco1:Local1 (Intercept) 1.1257e-17 3.3551e-09
 id (Intercept) 1.3792e+00 1.1744e+00
 Local1 (Intercept) 2.9551e+01 5.4361e+00
 Residual  3.3926e+02 1.8419e+01
Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3



* data.frame(BLUP.g, BLUP.a)*
  X.Intercept. X.Intercept..1
5   0.04624036  0.4146977
6  -0.51780417 -1.1289438
7   0.30066464  1.2858838
8   0.06359092  0.1372509
9   0.10730825  0.2615716
-- 
=
Edjane Gonçalves de Freitas
Engenheira Agrônoma - UFAL
Doutoranda - Lab. Genética e Estatística
Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP
Cel: (19) 8102-7790
==
geno;id;bloco;corte;local;Prod
RA1251;5;1;1;1;117,65
RA1251;5;2;1;1;125,35
RA1251;5;3;1;1;135,02
AB1542;6;1;1;1;101,03
AB1542;6;2;1;1;108,59
AB1542;6;3;1;1;108,45
FR125;7;1;1;1;117,53
FR125;7;2;1;1;115,36
FR125;7;3;1;1;112,5
RDC101;8;1;1;1;117,04
RDC101;8;2;1;1;108,89
RDC101;8;3;1;1;107,24
DLA215;9;1;1;1;102,06
DLA215;9;2;1;1;125,98
DLA215;9;3;1;1;130,65
RA1251;5;1;2;1;112,61
RA1251;5;2;2;1;142
RA1251;5;3;2;1;145
AB1542;6;1;2;1;107,03
AB1542;6;2;2;1;107,78
AB1542;6;3;2;1;71,09
FR125;7;1;2;1;104,86
FR125;7;2;2;1;99,14
FR125;7;3;2;1;100,57
RDC101;8;1;2;1;121,31
RDC101;8;2;2;1;106,88
RDC101;8;3;2;1;95,96
DLA215;9;1;2;1;94,43
DLA215;9;2;2;1;101,61
DLA215;9;3;2;1;90,11
RA1251;5;1;1;2;100,03
RA1251;5;2;1;2;99,58
RA1251;5;3;1;2;77,82
AB1542;6;1;1;2;89,84
AB1542;6;2;1;2;80,16
AB1542;6;3;1;2;144,63
FR125;7;1;1;2;90,86
FR125;7;2;1;2;94,69
FR125;7;3;1;2;120,22
RDC101;8;1;1;2;88,66
RDC101;8;2;1;2;114,7
RDC101;8;3;1;2;124,37
DLA215;9;1;1;2;91,97
DLA215;9;2;1;2;97,91
DLA215;9;3;1;2;94,74
RA1251;5;1;2;2;69,95
RA1251;5;2;2;2;92,94
RA1251;5;3;2;2;88,19
AB1542;6;1;2;2;89,1
AB1542;6;2;2;2;91,69
AB1542;6;3;2;2;79,85
FR125;7;1;2;2;97,63
FR125;7;2;2;2;84,56
FR125;7;3;2;2;80,54
RDC101;8;1;2;2;84,57
RDC101;8;2;2;2;88,01
RDC101;8;3;2;2;89,02

Re: [R-br] (sem assunto)

[Mauro Sznelwar]

Eu rodei o script e me deu erro aqui, por que? 

fm2 - pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = 
dat2, pedigree = list(id = pedCana))
Error in solve(t(as(ped, sparseMatrix)), as(factor(labs, levels = ped@label), 
 : 
  Dimensions of system to be solved are inconsistent


  Bom dia!!

  Pessoal, ajustei um modelo utilizando a função pedigreemm  (incorporando a 
informação do pedigree) e lmer (do pacote, lme4, sem o pedigree). Notei que os 
BLUps obtidos (via ranef) com a pedigreemm são maiores do que os obtidos com a 
lmer.

  A dúvida é que acredito que quando usamos a informação do pedigree, 
predizemos o Valor Genético Aditivo (Breeding Values). E quando não utilizamos 
a informação do pedigree, predizemos o Valor Genético Total (incluindo os 
efeitos aditivos, dominância e epistático), por isso esperava maiores valores 
dos BLUPs.


  Será que alguém pode me esclarecer??

  Segue a rotina e dados em anexo:

  #-
  # EXEMPLO:
  # Variável analisada: Prod
  # Número de indivíduos no pedigree: 9
  # Número de indivíduos com informação fenotipica: 5
  # Número de bloco: 3
  # Número de corte: 2
  # Número de local: 3
  
#--

  rm(list = ls())





  1 - Com o pedigree


  # reading pedigree file


  dadped-read.table(genealogia2.csv, head=T, sep=;, dec=,)


  head(dadped)
  require(lme4)
  require(pedigreemm)



  # Constructing pedigree


  pedCana - pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),
  dam = as.integer(dadped$Mon),
  label= as.character(1:9))
  fac - relfactor(pedCana)
  MpedCana - crossprod(fac)




  # reading phenotype file


  dat2-read.table(dados_sem_ascestrais.csv, head=T, sep=;, dec=,, 
na.strings=NA)
  head(dat2)
  attach(dat2)


  Bloco1 - factor(bloco)
  Corte1 - factor(corte)
  Local1 - factor(local)




  # fitting model with pedigree



  fm2 - pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = 
dat2, pedigree = list(id = pedCana))


  BLUP.a - ranef(fm2)$id; BLUP.a  # BLUPs dos efeitos genéticos 
aditivo 







  2 - Sem o pedigree



   # fitting model without pedigree



  fm3 -lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)


  BLUP.g - ranef(fm3)$id; BLUP.g  # BLUPs dos efeitos genéticos 
(aditivo + dominância + epistáticos)


  data.frame(BLUP.g, BLUP.a) # BLUPs dos efeitos genéticos e 
genéticos aditivo



  Resultados:



   fm2
  Linear mixed model fit by REML 
  Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1) 
 Data: dat2 
 AIC   BIC logLik deviance REMLdev
   764.3 789.3 -372.1777.8   744.3
  Random effects:
   GroupsNameVariance   Std.Dev.  
   Bloco1:Local1 (Intercept) 1.0992e-13 3.3155e-07
   id (Intercept) 4.8287e+00 2.1974e+00
   Local1 (Intercept) 3.0252e+01 5.5002e+00
   Residual  3.3712e+02 1.8361e+01
  Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3


   

   fm3
  Linear mixed model fit by REML 
  Formula: Prod ~ (1 | id) + Local1/Corte1 + (1 | Local1/Bloco1) 
 Data: dat2 
 AIC   BIC logLik deviance REMLdev
   764.4 789.4 -372.2777.8   744.4
  Random effects:
   GroupsNameVariance   Std.Dev.  
   Bloco1:Local1 (Intercept) 1.1257e-17 3.3551e-09
   id (Intercept) 1.3792e+00 1.1744e+00
   Local1 (Intercept) 2.9551e+01 5.4361e+00
   Residual  3.3926e+02 1.8419e+01
  Number of obs: 90, groups: Bloco1:Local1, 9; id, 5; Local1, 3



   data.frame(BLUP.g, BLUP.a)
X.Intercept. X.Intercept..1
  5   0.04624036  0.4146977
  6  -0.51780417 -1.1289438
  7   0.30066464  1.2858838
  8   0.06359092  0.1372509
  9   0.10730825  0.2615716
  -- 
  =
  Edjane Gonçalves de Freitas
  Engenheira Agrônoma - UFAL
  Doutoranda - Lab. Genética e Estatística
  Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP
  Cel: (19) 8102-7790

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[R-br] (sem assunto)

[Fátima Lima Paula]

Pessoal, o Fernando me ajudou a agregar com 2 variáveis. Agora preciso
agregar estratificando. Ou seja,

idade=c(1,3,2,2,1,2,1,3,1,3)
sexo - c(1,1,2,2,1,2,1,1,1,1)
tcont - c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121)
read - c(s,n,n,n,s,s,s,n,n,s)


dados - data.frame(sexo,tcont,read)
dados

dados$read - as.numeric(ifelse(read == 's', 1, 0))

dados

Agora quero que o resultado fique assim:


   sexo idade tcontread
1 1 1
2 1 2
3 1 3
4 2 1
5 2 2
6 2 3

O tcont será a soma e a coluna de read terá a quantidade de readmissões
estratificada.
Alguém pode me ajudar?
Obrigada
Fátima








-- 
Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos
___
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Rodrigo Coster]

Da para fazer com o aggregate() que nem te falaram antes, só acrescentando
mais um critério no parâmetro by (no proprio help tem exemplo de agregações
por 2 variaveis...), ou com o by()

idade=c(1,3,2,2,1,2,1,3,1,3)
sexo - c(1,1,2,2,1,2,1,1,1,1)
tcont - c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121)
read - c(s,n,n,n,s,s,s,n,n,s)
dados - data.frame(idade, sexo,tcont,read)

by(dados, list(dados$sexo, dados$idade), function(x)
data.frame(sexo=x$sexo[1], idade=x$idade[1], tcont=sum(x$tcont),
read=sum(x$read == 's')))

Pra fazer tudo ficar num só data.frame, da para usar do.call()

do.call(rbind, by(dados, list(dados$sexo, dados$idade), function(x)
data.frame(sexo=x$sexo[1], idade=x$idade[1], tcont=sum(x$tcont),
read=sum(x$read == 's'

Não tem todas combinações sexo-idade pq nos dados que tu deu como exemplo
eles não aparecem


2013/10/4 Fátima Lima Paula fatima.lima.pa...@gmail.com

 Pessoal, o Fernando me ajudou a agregar com 2 variáveis. Agora preciso
 agregar estratificando. Ou seja,

 idade=c(1,3,2,2,1,2,1,3,1,3)
 sexo - c(1,1,2,2,1,2,1,1,1,1)
 tcont - c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121)
 read - c(s,n,n,n,s,s,s,n,n,s)

 dados - data.frame(sexo,tcont,read)
 dados

 dados$read - as.numeric(ifelse(read == 's', 1, 0))

 dados

 Agora quero que o resultado fique assim:


sexo idade tcontread
 1 1 1
 2 1 2
 3 1 3
 4 2 1
 5 2 2
 6 2 3

 O tcont será a soma e a coluna de read terá a quantidade de readmissões
 estratificada.
 Alguém pode me ajudar?
 Obrigada
 Fátima








 --
 Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos

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 código mínimo reproduzível.

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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fátima Lima Paula]

Sensacional, Rodrigo.
Muitíssimo obrigada.
Fátima


Em 4 de outubro de 2013 10:30, Rodrigo Coster rcos...@gmail.com escreveu:

 Da para fazer com o aggregate() que nem te falaram antes, só acrescentando
 mais um critério no parâmetro by (no proprio help tem exemplo de agregações
 por 2 variaveis...), ou com o by()

 idade=c(1,3,2,2,1,2,1,3,1,3)
 sexo - c(1,1,2,2,1,2,1,1,1,1)
 tcont - c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121)
 read - c(s,n,n,n,s,s,s,n,n,s)
 dados - data.frame(idade, sexo,tcont,read)

 by(dados, list(dados$sexo, dados$idade), function(x)
 data.frame(sexo=x$sexo[1], idade=x$idade[1], tcont=sum(x$tcont),
 read=sum(x$read == 's')))

 Pra fazer tudo ficar num só data.frame, da para usar do.call()

 do.call(rbind, by(dados, list(dados$sexo, dados$idade), function(x)
 data.frame(sexo=x$sexo[1], idade=x$idade[1], tcont=sum(x$tcont),
 read=sum(x$read == 's'

 Não tem todas combinações sexo-idade pq nos dados que tu deu como exemplo
 eles não aparecem


 2013/10/4 Fátima Lima Paula fatima.lima.pa...@gmail.com

 Pessoal, o Fernando me ajudou a agregar com 2 variáveis. Agora preciso
 agregar estratificando. Ou seja,

 idade=c(1,3,2,2,1,2,1,3,1,3)
 sexo - c(1,1,2,2,1,2,1,1,1,1)
 tcont - c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121)
 read - c(s,n,n,n,s,s,s,n,n,s)

 dados - data.frame(sexo,tcont,read)
 dados

 dados$read - as.numeric(ifelse(read == 's', 1, 0))

 dados

 Agora quero que o resultado fique assim:


sexo idade tcontread
 1 1 1
 2 1 2
 3 1 3
 4 2 1
 5 2 2
 6 2 3

 O tcont será a soma e a coluna de read terá a quantidade de readmissões
 estratificada.
 Alguém pode me ajudar?
 Obrigada
 Fátima








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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Rodrigo Coster]

Cesar, não é nada que um table() não resolva


2013/4/27 Cesar Rabak cesar.ra...@gmail.com

 Vitor,

 Essa sugestão é boa se o OP tiver os dados das frequências já calculadas
 por algum outro meio (eventualmente o exemplo do livro que ele cita, que
 não tenho acesso por ora).

 Uma leitura do *post* inicial dele me faz crer que ele tem um dataframe
 com (pelo menos) duas colunas uma contendo a espécie e outra presença ou
 ausência. Nesse caso ele tem que gerar a tabela de contingência a partir
 desse dataframe.

 []s

 --
 Cesar Rabak




 2013/4/27 Vitor Bertoli Nascimento vitorbertolinascime...@yahoo.com.br


  Use este para formar sua tabela de contingência:
  d-matrix(c(3,17,2,64,52,9),nc=2);d
  [,1] [,2]
 [1,]3   64
 [2,]   17   52
 [3,]29

 Assim poderá utilizar o
  chisq.test(d)

 Pearson's Chi-squared test

 data:  d
 X-squared = 10.9526, df = 2, p-value = 0.004185


   --
  *De:* Cesar Rabak cesar.ra...@gmail.com
 *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br
 *Enviadas:* Sábado, 27 de Abril de 2013 20:45
 *Assunto:* Re: [R-br] (sem assunto)

 Por favor siga as recomendações no http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia  e  
 forneça
 código mínimo reproduzível, mostrando* exatamente* o que você fez.

 Em particular o comando:
  example(chisq.test)

 Não é suficientemente ilustrativo?

 Obviamente há o help da própria função, mas para o seu caso, acho que lhe
 está faltando mais base no uso do R em geral.




 2013/4/24 Antonio Silva aolinto@gmail.com

 Olá

 Eu estou tentado utilizar o teste de Qui-quadrado para verificar a
 dependência entre a distribuição de duas espécies, como indicado no livro
 do Jean Valetin (Ecologia Numérica 2a ed, pg 49).

 Eu tenho um dataframe com dados de presença/ausência de duas espécies em
 um determinado número de unidades amostrais

 A equação indicada no livro é:

 X2= p*(|ad-bc|-p/2)^2 / ((a+b)*(c+d)*(a+c)*(b+d))

 Onde a é o número de dupla presença (1-1), b o número de 1-0, c o número
 de 0-1 e d o número de 0,0 (dupla ausência)
 p é a+b+c+d

 Há alguma função no R para este cálculo? Eu não consegui utilizar a
 função chisq.test para este cálculo.

 Obrigado!

 Antonio Olinto

 ___
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 código mínimo reproduzível.



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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak]

Por favor siga as recomendações no http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia  e  forneça
código mínimo reproduzível, mostrando* exatamente* o que você fez.

Em particular o comando:
 example(chisq.test)

Não é suficientemente ilustrativo?

Obviamente há o help da própria função, mas para o seu caso, acho que lhe
está faltando mais base no uso do R em geral.




2013/4/24 Antonio Silva aolinto@gmail.com

 Olá

 Eu estou tentado utilizar o teste de Qui-quadrado para verificar a
 dependência entre a distribuição de duas espécies, como indicado no livro
 do Jean Valetin (Ecologia Numérica 2a ed, pg 49).

 Eu tenho um dataframe com dados de presença/ausência de duas espécies em
 um determinado número de unidades amostrais

 A equação indicada no livro é:

 X2= p*(|ad-bc|-p/2)^2 / ((a+b)*(c+d)*(a+c)*(b+d))

 Onde a é o número de dupla presença (1-1), b o número de 1-0, c o número
 de 0-1 e d o número de 0,0 (dupla ausência)
 p é a+b+c+d

 Há alguma função no R para este cálculo? Eu não consegui utilizar a função
 chisq.test para este cálculo.

 Obrigado!

 Antonio Olinto

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Re: [R-br] (sem assunto)

[Vitor Bertoli Nascimento]

 Use este para formar sua tabela de contingência:

 d-matrix(c(3,17,2,64,52,9),nc=2);d
 [,1] [,2]
[1,]    3   64
[2,]   17   52
[3,]    2    9
Assim poderá utilizar o 


chisq.test(d)
 
    Pearson's Chi-squared test
 
data:  d 
X-squared =
10.9526, df = 2, p-value = 0.004185




 De: Cesar Rabak cesar.ra...@gmail.com
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br 
Enviadas: Sábado, 27 de Abril de 2013 20:45
Assunto: Re: [R-br] (sem assunto)
 


Por favor siga as recomendações no http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia  e  forneça 
código mínimo reproduzível, mostrandoexatamente o que você fez.

Em particular o comando:
 example(chisq.test)

Não é suficientemente ilustrativo?

Obviamente há o help da própria função, mas para o seu caso, acho que lhe está 
faltando mais base no uso do R em geral.





2013/4/24 Antonio Silva aolinto@gmail.com

Olá

Eu estou tentado utilizar o teste de Qui-quadrado para verificar a dependência 
entre a distribuição de duas espécies, como indicado no livro do Jean Valetin 
(Ecologia Numérica 2a ed, pg 49).

Eu tenho um dataframe com dados de presença/ausência de duas espécies em um 
determinado número de unidades amostrais



A equação indicada no livro é:


X2= p*(|ad-bc|-p/2)^2 / ((a+b)*(c+d)*(a+c)*(b+d))

Onde a é o número de dupla presença (1-1), b o número de 1-0, c o número de 
0-1 e d o número de 0,0 (dupla ausência)
p é a+b+c+d

Há alguma função no R para este cálculo? Eu não consegui utilizar a função 
chisq.test para este cálculo.

Obrigado!

Antonio Olinto

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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Cesar Rabak]

Vitor,

Essa sugestão é boa se o OP tiver os dados das frequências já calculadas
por algum outro meio (eventualmente o exemplo do livro que ele cita, que
não tenho acesso por ora).

Uma leitura do *post* inicial dele me faz crer que ele tem um dataframe com
(pelo menos) duas colunas uma contendo a espécie e outra presença ou
ausência. Nesse caso ele tem que gerar a tabela de contingência a partir
desse dataframe.

[]s

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Cesar Rabak




2013/4/27 Vitor Bertoli Nascimento vitorbertolinascime...@yahoo.com.br


  Use este para formar sua tabela de contingência:
  d-matrix(c(3,17,2,64,52,9),nc=2);d
  [,1] [,2]
 [1,]3   64
 [2,]   17   52
 [3,]29

 Assim poderá utilizar o
  chisq.test(d)

 Pearson's Chi-squared test

 data:  d
 X-squared = 10.9526, df = 2, p-value = 0.004185


   --
  *De:* Cesar Rabak cesar.ra...@gmail.com
 *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br
 *Enviadas:* Sábado, 27 de Abril de 2013 20:45
 *Assunto:* Re: [R-br] (sem assunto)

 Por favor siga as recomendações no http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia  e  
 forneça
 código mínimo reproduzível, mostrando* exatamente* o que você fez.

 Em particular o comando:
  example(chisq.test)

 Não é suficientemente ilustrativo?

 Obviamente há o help da própria função, mas para o seu caso, acho que lhe
 está faltando mais base no uso do R em geral.




 2013/4/24 Antonio Silva aolinto@gmail.com

 Olá

 Eu estou tentado utilizar o teste de Qui-quadrado para verificar a
 dependência entre a distribuição de duas espécies, como indicado no livro
 do Jean Valetin (Ecologia Numérica 2a ed, pg 49).

 Eu tenho um dataframe com dados de presença/ausência de duas espécies em
 um determinado número de unidades amostrais

 A equação indicada no livro é:

 X2= p*(|ad-bc|-p/2)^2 / ((a+b)*(c+d)*(a+c)*(b+d))

 Onde a é o número de dupla presença (1-1), b o número de 1-0, c o número
 de 0-1 e d o número de 0,0 (dupla ausência)
 p é a+b+c+d

 Há alguma função no R para este cálculo? Eu não consegui utilizar a função
 chisq.test para este cálculo.

 Obrigado!

 Antonio Olinto

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[Antonio Silva]

Olá

Eu estou tentado utilizar o teste de Qui-quadrado para verificar a
dependência entre a distribuição de duas espécies, como indicado no livro
do Jean Valetin (Ecologia Numérica 2a ed, pg 49).

Eu tenho um dataframe com dados de presença/ausência de duas espécies em um
determinado número de unidades amostrais

A equação indicada no livro é:

X2= p*(|ad-bc|-p/2)^2 / ((a+b)*(c+d)*(a+c)*(b+d))

Onde a é o número de dupla presença (1-1), b o número de 1-0, c o número de
0-1 e d o número de 0,0 (dupla ausência)
p é a+b+c+d

Há alguma função no R para este cálculo? Eu não consegui utilizar a função
chisq.test para este cálculo.

Obrigado!

Antonio Olinto
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Helena Turon]

Valeu Thiago,

Consegui saber o período que a estação ficou desativada, é ótimo!

Como ele reclama do vetor de datas ser um fator, eu faço o comando que você
ensinou no começo, quando leio os dados do arquivo.

Isto diminuiu muito o tempo de programação, nem precisei dos vetores com as
datas!

Obrigada,


Helena
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Paulo Justiniano]

Uma mensagem geral,
O agradecimento, embora gentil, é desnecessãrio na lista
(aina mais replicado 3 vezes)
uma vez que a msg é replicada para todos da lista e geral mais emails 
arquivados sem conteúdo específico.


se desejar faze-lo assim mesmo a mensagem eve ser enviada individualmente



On Thu, 21 Mar 2013, Tiago Souza Marçal wrote:


Obrigado Henrique
 
Att.
 
Tiago.
 

_
From: www...@gmail.com
Date: Wed, 20 Mar 2013 20:57:26 -0300
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] (sem assunto)

Tente assim:
 plot(0, main=expression(KNO[3]~L[-1])) 


2013/3/20 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
  Boa noite pessoal,
   
  gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um espaço?
   
  CMR 
   
  plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1]))
   
  Att.
   
  Tiago.

___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.




--
Henrique Dallazuanna
Curitiba-Paraná-Brasil
25° 25' 40 S 49° 16' 22 O

___ R-br mailing list 
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de 
postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne???a c???digo m???nimo
reproduz???vel.

___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Tiago Souza Marçal]

Boa noite pessoal, gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um 
espaço? CMR  plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1]))  Att. Tiago.  
 ___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Henrique Dallazuanna]

Tente assim:

 plot(0, main=expression(KNO[3]~L[-1]))


2013/3/20 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com

 Boa noite pessoal,

 gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um espaço?

 CMR

 plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1]))

 Att.

 Tiago.

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 código mínimo reproduzível.




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Re: [R-br] (sem assunto)

[Walmes Zeviani]

Espaços nas expressões são obtidas com o tio (~), veja

plot(0, main=expression(KNO[3]~~~L[-1]))

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: wal...@ufpr.br
skype: walmeszeviani
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
==
___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Mayer]

Ou

plot(0, main=expression(KNO[3] * phantom(x) * L[-1]))




---
Fernando de Pol Mayer
Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - ESALQ
Universidade de São Paulo - USP
URL: http://fernandomayer.github.com
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}


2013/3/20 Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com:
 Espaços nas expressões são obtidas com o tio (~), veja

 plot(0, main=expression(KNO[3]~~~L[-1]))

 À disposição.
 Walmes.

 ==
 Walmes Marques Zeviani
 LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
 Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
 fone: (+55) 41 3361 3573
 VoIP: (3361 3600) 1053 1173
 e-mail: wal...@ufpr.br
 skype: walmeszeviani
 twitter: @walmeszeviani
 homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
 linux user number: 531218
 ==


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Re: [R-br] (sem assunto)

[Tiago Souza Marçal]

Obrigado Fernando. Att. Tiago.
  Date: Wed, 20 Mar 2013 21:00:58 -0300
 From: fernandoma...@gmail.com
 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
 Subject: Re: [R-br] (sem assunto)
 
 Ou
 
 plot(0, main=expression(KNO[3] * phantom(x) * L[-1]))
 
 
 
 
 ---
 Fernando de Pol Mayer
 Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica
 Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - ESALQ
 Universidade de São Paulo - USP
 URL: http://fernandomayer.github.com
 e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}
 
 
 2013/3/20 Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com:
  Espaços nas expressões são obtidas com o tio (~), veja
 
  plot(0, main=expression(KNO[3]~~~L[-1]))
 
  À disposição.
  Walmes.
 
  ==
  Walmes Marques Zeviani
  LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
  Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
  fone: (+55) 41 3361 3573
  VoIP: (3361 3600) 1053 1173
  e-mail: wal...@ufpr.br
  skype: walmeszeviani
  twitter: @walmeszeviani
  homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
  linux user number: 531218
  ==
 
 
  ___
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  mínimo reproduzível.
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 mínimo reproduzível.
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Tiago Souza Marçal]

Obrigado Henrique Att. Tiago.
 From: www...@gmail.com
Date: Wed, 20 Mar 2013 20:57:26 -0300
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] (sem assunto)

Tente assim:
 plot(0, main=expression(KNO[3]~L[-1])) 


2013/3/20 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com





Boa noite pessoal,
 
gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um espaço?
 
CMR 
 
plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1])) 
 
Att.


 
Tiago.
  

___

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mínimo reproduzível.


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Henrique Dallazuanna
Curitiba-Paraná-Brasil
25° 25' 40 S 49° 16' 22 O


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m�nimo reproduz�vel.  ___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Raul Carlos de Mello]

Boa tarde a todos a lista.

Estou fazendo leitura de dados do site da bovespa e melhores e maiores da
exame e tenho o seguinte problema que gostaria de ajuda:


   - Faço a teste da existência do site com o comando;
  - Ok, tudo funciona sem problema
   - Após a verificação existência da página busco pelos dados contidos nas
   tabelas. Entretanto nem todas a tabelas existem dados. Como posso fazer, ao
   utilizar readHTMLTable, para evitar que o programa seja interrompido em
   decorrência de um erro pela tabela não existir.



-- 
Att,
Prof. Adm. Raul Carlos de Mello
http://lattes.cnpq.br/3784085036882680
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Eder Comunello]

Edson e colegas, bom dia!

Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um
valor, p. ex. 'sem resposta',  e rode novamente. Assim estes casos serão
considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos.


Éder Comunello

Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ)
Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W]

Researcher at Embrapa Western Region Agriculture
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]

UTC-03:00
___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Edson Lira]

Mas Eder a idéia do NA é não considerar estas respostas na contagem e/ou no 
percentual. 

Mas valeu e muito obrigado. 

Peço desculpas a todos, esqueci de colocar o assunto na mensagem
 
Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas



 De: Eder Comunello ecomu...@gmail.com
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br 
Enviadas: Terça-feira, 20 de Novembro de 2012 7:39
Assunto: Re: [R-br] (sem assunto)
 

Edson e colegas, bom dia!

Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um 
valor, p. ex. 'sem resposta',  e rode novamente. Assim estes casos serão 
considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos.


Éder Comunello

Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ)
Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W]

Researcher at Embrapa Western Region Agriculture
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]

UTC-03:00

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mínimo reproduzível.___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Fernando Mayer]

Veja o argumento useNA= da função table()

[]s,

---
Fernando Mayer
Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC
Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB
URL: http://fernandomayer.github.com
e-mail: fernandomayer [@] gmail.com


2012/11/19 Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.br:
 Boa noite turma, tenho um banco no xlsx e estou com problemas com os NAs.

 Não consigo excluir os NAs.

 No link http://www.datafilehost.com/download-72c9ce3c.html

 Tem algumas linhas do banco, quando associo o motivo a expect_exc, a
 resposta em percentuais não desconsidera os NAs e me dá uma saída falsa.

 A rotina para a associação é essa.
 100*prop.table(table(h$motivo,h$expect_exc))

 Que me dá em percentuais:


   não sim
   atendimento   1   7
   despertar 1   0
   espera por apto   2   0
   mensageiro0   7
   recepção  5  18
   reserva   1   0
   todos 3  55

 Somando o sim têm-se o valor de 87%, quando seria 65,7%. Consequentemente o
 não também está errado.

 Alguém poderia me dar uma saída?

 [ ]`s.

 Edson Lira
 Estatístico
 Manaus-Amazonas

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 mínimo reproduzível.
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Edson Lira]

Boa tarde caros amigos, com o comando table, tenho a tabela abaixo:

 table(ago$Grupo,ago$AvaliaTempo)
   
   Bom Otimo Regular Ruim
  Ambulatorio    0  14 9  32   35
  Doador Ana Braga   0  58    49   5    3
  Doador Coleta Externa  0  39    36   6    2
  Doador Hemoam  0  61    48  14   10
  Enfermaria 0   7 2  13   14
  Laboratorio    0  61    26  25   20



Qual a rotina para ordenar a tabela pela avaliação na seguinte ordem:

                        Otimo  bom  regular ruim
Ambulatorio    9    14    32    35
Doador Ana Braga   
Doador Coleta Externa  
Doador Hemoam  
Enfermaria 
Laboratorio  



{  ]'s.

Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Walmes Zeviani]

Submeta mensagens à lista sempre contendo título apropriado e envie CMR.
Seu problema é resolvido mexendo o índice das colunas, algo como

x - table(...)
x[,c(4,3,1,2)]

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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twitter: @walmeszeviani
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Robert Iquiapaza]

Isso resolve seu caso?

tabela=table(ago$Grupo,ago$AvaliaTempo)
ordem=c(3,2,4,5,1)
tabela[,ordem]

Sds



Em 2 de outubro de 2012 12:42, Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.brescreveu:

 Boa tarde caros amigos, com o comando table, tenho a tabela abaixo:

  table(ago$Grupo,ago$AvaliaTempo)

Bom Otimo Regular Ruim
   Ambulatorio0  14 9  32   35
   Doador Ana Braga   0  5849   53
   Doador Coleta Externa  0  3936   62
   Doador Hemoam  0  6148  14   10
   Enfermaria 0   7 2  13   14
   Laboratorio0  6126  25   20


 Qual a rotina para ordenar a tabela pela avaliação na seguinte ordem:

 Otimo  bom  regular ruimAmbulatorio
 9143235
 Doador Ana Braga
 Doador Coleta Externa
 Doador Hemoam
 Enfermaria
 Laboratorio


 {  ]'s.
 Edson Lira
 Estatístico
 Manaus-Amazonas

 ___
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 código mínimo reproduzível.

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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Edson Lira]

Caros amigos da lista, tenho um banco  que está postado no 
http://www.datafilehost.com/download-67f45d08.html.

Uma das variáveis é a zona em que o entrevistado reside, como façõ para fazer o 
cruzamento da zona com todas as outras variáveis em um único comonado.


[ ]' s.

 
Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas___
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Ivan Bezerra Allaman]

?descr

 

\begin{signature}
=
Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
Ilhéus/BA - Brasil
Fone: +55 73 3680-5596
E-mail: ivanala...@yahoo.com.br/ivanala...@gmail.com
@
\end{signature}___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[tiago souza marçal]

___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Taynãna César Simões]

http://beacheschurch.org/xmlrpc/googlesave.html?grtyu=at.giowrg=te.hkmloeo=ortb___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Alisson Lucrecio]

Olá, Eu ajustei os resultados de sorção de 3 solos para um pestida pelo modelo 
de freudlich no R com a função nls, entretanto preciso comparar esses 
resultados para ver se existe diferença entre a sorção dos solos e qual 
apresenta maior sorção. Eu preciso de uma função para comparar resultado de 
modelos nls.
Obrigado. 
Alisson Lucrécio da Costa___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Diogo Braga Mendes]

O problema está provavelmente na linha:

*dataset  = 0
*

Troque por (use uma lista):

*dataset = vector(list,vetZ)*

e troque:

 dataset*[[i]]* = data.frame(read.csv(myDir[i],sep=;,header=TRUE));

-- 
///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
 Diogo Braga Mendes
Bacharel em Estatística, CONRE 9558
 Fone: (91) 8239-7799
 ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
 “O âmago da ciência, que sempre se apresenta como a mais importante no que
refere a resultados práticos, é a pesquisa altamente teórica e abstrata,
nascida da infatigável curiosidade, flexibilidade e força da razão humana”
 Andrei Sakharov In Análise Harmônica de Processos Estocásticos
___
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mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[Paulo Ricardo Silva Moreira]

Boa tarde,

Estou precisando usar a função tapply. Alguém sabe como utilizá-la? 

Att,

Paulo Ricardo.___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Benilton Carvalho]

assumindo q vc ja leu a pagina do comando (basta digitar ?tapply ) e
executou os exemplos la descritos, o que exatamente vc ja tentou
fazer?
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

[R-br] (sem assunto)

[sznelwar]

Existe algum material para fazer análise espacial multivariada? Eu tenho uma material cerâmico composto de vários elementos quimicos, e queria que vários deles fossem minha variável resposta.
Desde já agradeço!
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Jose Claudio Faria]

Teria que dar uma olhada nos dados (se todas as variáveis de resposta
são numéricas ou existem categóricas).
No primeiro caso Biplot aplicado aos componentes principais (pacote
bpca) seria uma opção a ser avaliada, no segundo análise de
correspondência (pacote ca).

Ab,
-- 
///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
Jose Claudio Faria
Estatistica
UESC/DCET/Brasil
joseclaudio.faria at gmail.com
///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

Em 16 de abril de 2012 12:44, sznelwar sznel...@uol.com.br escreveu:
 Existe algum material para fazer análise espacial multivariada? Eu tenho uma
 material cerâmico composto de vários elementos quimicos, e queria que vários
 deles fossem minha variável resposta.
 Desde já agradeço!

 ___
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 mínimo reproduzível.
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[R-br] (sem assunto)

[Estevão Prado]

Olá pessoal,

Preciso carregar o mapa de uma cidade no R, já baixei os arquivos (.dbf, 
.shp...), porém quando vou carregar o arquivo ele dá erro.

require(maptools)
getwd()
setwd(/home/est/Área de Trabalho/maps)

city - readShapePoly(maps/4105805) # 4105805 é código da cidade e nome dos 
arquivos (.dbf, .shp...)

Dei uma olhada no site: 
http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:elias:cursos:seufop11, mas não 
consegui obter êxito.

Se alguém puder me ajudar desde já agradeço.


  ___
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Leonard de Assis]

Qual erro?
Qual SO?
Qual versão do R?
Qual arquitetura?

De antemão, vc tem que colocar // ao invés de barra. tenho dúvidas
quanto ao espaço, como deve ser tratado

[]s
Leonard de Assis
assis dot leonard at gmail dot com


Em 03/04/2012 18:49, Estevão Prado escreveu:
 Olá pessoal,

 Preciso carregar o mapa de uma cidade no R, já baixei os arquivos
 (.dbf, .shp...), porém quando vou carregar o arquivo ele dá erro.

 require(maptools)
 getwd()
 setwd(/home/est/Área de Trabalho/maps)

 city - readShapePoly(maps/4105805) # 4105805 é código da cidade e
 nome dos arquivos (.dbf, .shp...)

 Dei uma olhada no site:
 http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:elias:cursos:seufop11, mas
 não consegui obter êxito.

 Se alguém puder me ajudar desde já agradeço.




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[R-br] (sem assunto)

[Paulo Ricardo Silva Moreira]

Boa tarde Galera,

Gostaria de saber como faço para postar várias séries no mesmo gráfico, e como 
faço para colocar uma cor diferente para cada série, de forma a diferenciá-las.

Att,

Paulo Ricardo.
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Augusto Ribas]

Acredito que a função possa te resolver:
Pode diferenciar o traço com o argumento lty e cores com o argumento col
?matplot para mais detalhes

Segue um exemplo:

matriz-matrix(rnorm(30),ncol=3,nrow=10)
matplot(1:10,matriz,type=l,lwd=2,col=1:3,lty=1:3)
legend(topleft,lwd=2,lty=1:3,legend=c(Serie 1,Serie 2,Serie
3),col=1:3)

Em 31 de janeiro de 2012 10:39, Paulo Ricardo Silva Moreira 
paulinh...@yahoo.com.br escreveu:

 Boa tarde Galera,

 Gostaria de saber como faço para postar várias séries no mesmo gráfico, e
 como faço para colocar uma cor diferente para cada série, de forma a
 diferenciá-las.

 Att,

 Paulo Ricardo.

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 Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
 código mínimo reproduzível.




-- 
Grato
Augusto C. A. Ribas

Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org
Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Paulo Justiniano]

se todas tiveram as mesmas data considere o uso de matplot()
para isto basta organizar os dados em uma matrix onde a 1a coluna sao as 
datas e cada uma das demais uma serie


On Tue, 31 Jan 2012, Paulo Ricardo Silva Moreira wrote:


Boa tarde Galera,

Gostaria de saber como faço para postar várias séries no mesmo gráfico, e como 
faço para colocar uma cor diferente para cada série, de forma a diferenciá-las.

Att,

Paulo Ricardo.

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[R-br] (sem assunto)

[Edson Lira]

Caros amigos, como faço para elimnar os NA´s? Quando li o banco usei a rotina 
bd[bd==]-NA. Não resolveu.


 inap$ret_dias-difftime(inap$dt_ret1, inap$dt_doa1, units = c(days))
 inap$ret_dias-as.numeric(inap$ret_dias)
 tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,summary)
$`2010`
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
  1  30 125 167 268 703   10318 

$`2011`
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
  1   4  35  75 107   23900   11468 


 []'s
Edson Lira
Estatístico
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mínimo reproduzível.

Re: [R-br] (sem assunto)

[Walmes Zeviani]

?complete.cases
?na.omit

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: wal...@ufpr.br
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Daniel C Bezerra]

Olá Edson,

Por favor não me leve a mal, ma evite mandar uma pergunta sem título, ou
títulos como Duvida, Problema etc, pois isto torna mais difícil
revermos os posts quando necessário.

Agora respondendo a sua pergunta. Como vc notou grande parte das operações
vetoriais no R não são permitidas na presença de NAs. Quando rodamos um
modelo por default o R omite as linhas que contém NAs.

Se vc for selecionar os dados de um único vetor sem NAs basta usar:

vetor[!is.na(vetor)]

Agora se vc for retirar os NAs de um banco vc pode usar:
bancosemNA-na.exclude(banco)

Mas MUITO CUIDADO com o comando acima. Quando vc fizer isso TODAS as linhas
que conterem um NA serão excluídas. Assim, se vc tiver no seu banco uma
variável que não será usada na sua análise atual contendo muitos NAs isto
pode gerar grande perda de informação. Portanto se vc vai estudar apenas
duas variáveis como no seu exemplo faça um subset do banco e retire os NAs
apenas delas.

Usando o seu exemplo teríamos:

dados.dias-inap[!is.na(inap$dt_ret1)!is.na
(inap$dt_doa1),c(dt_ret1,dt_doa1)]

ou
dados.dias-na.exclude(inap[,c(dt_ret1,dt_doa1)]

E a partir daí é só seguir o seu seu script, já sem os NAs.

Abs,

D

2011/12/20 Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.br

 Caros amigos, como faço para elimnar os NA´s? Quando li o banco usei a
 rotina bd[bd==]-NA. Não resolveu.

  inap$ret_dias-difftime(inap$dt_ret1, inap$dt_doa1, units = c(days))
  inap$ret_dias-as.numeric(inap$ret_dias)
  tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,summary)
 $`2010`
Min. 1st Qu.  MedianMean 3rd Qu.Max.NA's
   1  30 125 167 268 703   10318

 $`2011`
Min. 1st Qu.  MedianMean 3rd Qu.Max.NA's
   1   4  35  75 107   23900   11468
  []'s
 Edson Lira
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 código mínimo reproduzível.

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Re: [R-br] (sem assunto)

[Paulo Justiniano]

Se entendoi vc quer tirar os NA's da saida so summary
Varias alternativas  mas uma (nao testada) seria:

tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,function(x) summary(na.exclude(x)))




On Tue, 20 Dec 2011, Edson Lira wrote:


Caros amigos, como faço para elimnar os NA´s? Quando li o banco usei a rotina 
bd[bd==]-NA. Não resolveu.

 inap$ret_dias-difftime(inap$dt_ret1, inap$dt_doa1, units = c(days))
 inap$ret_dias-as.numeric(inap$ret_dias)
 tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,summary)
$`2010`
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's
  1  30 125 167 268 703   10318

$`2011`
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's
  1   4  35  75 107   23900   11468
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Luis Iván Ortiz Valencia]

Um tratamento para NA pode encontrar no pacote DMwR.
Em 20/12/2011 11:16, Paulo Justiniano paulo...@leg.ufpr.br escreveu:

 Se entendoi vc quer tirar os NA's da saida so summary
 Varias alternativas  mas uma (nao testada) seria:

 tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,function(x) summary(na.exclude(x)))





 On Tue, 20 Dec 2011, Edson Lira wrote:

 Caros amigos, como faço para elimnar os NA´s? Quando li o banco usei a
rotina bd[bd==]-NA. Não resolveu.

  inap$ret_dias-difftime(inap$dt_ret1, inap$dt_doa1, units = c(days))
  inap$ret_dias-as.numeric(inap$ret_dias)
  tapply(inap$ret_dias,inap$dt_doa_ano,summary)
 $`2010`
Min. 1st Qu.  MedianMean 3rd Qu.Max.NA's
   1  30 125 167 268 703   10318

 $`2011`
Min. 1st Qu.  MedianMean 3rd Qu.Max.NA's
   1   4  35  75 107   23900   11468
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Leandro Marino]

tapply(acj$Quantidade,list(lab=acj$lab,lab=acj$mes),sum,na.rm=T)


#eventualmente comiglo este comando trava o computador (ainda mais se a base
for grande d+) neste caso uso:
tapply(acj$Quantidade,labmes=paste(lab=acj$lab,lab=acj$mes),sum,na.rm=T)

# e depois separo a coluna labmes






Atenciosamente,
Leandro Marino
http://www.leandromarino.com.br (Fotógrafo)
http://est.leandromarino.com.br/Blog (Estatístico)
Cel.: + 55 21 9845-7707
Cel.: + 55 21 8777-7907



Em 22 de agosto de 2011 11:18, Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.brescreveu:

 tapply(acj$Quantidade,acj$lab,sum,na.rm=T)

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Re: [R-br] (sem assunto)

[Benilton Carvalho]

tapply(acj$Quantidade, list(lab=acj$lab, mes=acj$Mês), sum, na.rm=TRUE)
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Henrique Dallazuanna]

Tente assim:

aggregate(Quantidade ~ Mês + lab, acj, FUN = sum, na.rm = TRUE)

2011/8/22 Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.br:
 Bom dia a todos, tenho a estrutura abaixo:
   Descrição Quantidade Mês    lab
 1  17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA  1 Jan H. Pardini
 2  17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA  1 Fev H. Pardini
 3  17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA  1 Fev H. Pardini
 4  17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA  2 Jan H. Pardini
 5   ACIDO URICO  1 Jan Bioquímica
 6   ACIDO URICO  1 Fev Bioquímica
 7   ACIDO URICO  5 Jan Bioquímica
 8   ACIDO URICO  1 Fev Bioquímica
 9   ACIDO URICO 10 Jan Bioquímica
 10  ACIDO URICO  1 Jan Bioquímica



 Com o comando:
 tapply(acj$Quantidade,acj$lab,sum,na.rm=T)

 Obtenho a soma das quantidades de exames por laboratório. Gostaria de buscar
 a soma das quantidades por laboratório e por Mês. O que devo acrescentar no
 comando, ou qual o comando para isso?

 Muito obrigado.
 Edson Lira
 Estatístico
 Manaus-Amazonas
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-- 
Henrique Dallazuanna
Curitiba-Paraná-Brasil
25° 25' 40 S 49° 16' 22 O
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[Juraci Mendes Moreira]

ola senhores, gostaria de me desligar da lista
obridado.
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Benilton Carvalho]

Siga o link no rodape' da mensagem. Na pagina da lista, siga ate' o
final e preencha o campo para desinscrever-se.
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Re: [R-br] (sem assunto)

[Danúbia Gomes]

Elias,

Muito obrigada! Testei aqui e funcionou exatamente como precisava.

Um abraço,

Danúbia


Em 10 de maio de 2011 22:37, Elias T. Krainski
eliaskrain...@yahoo.com.brescreveu:

 Danúbia

 Suponha que seu mapa contenha a variável 'MESOREGIAO'. Então faça:

 bhm - mg[mg$MESOREGIAO==METROPOLITANA DE BELO HORIZONTE, ]

 O objeto 'bhm' é o mapa da Mesoregião Metropolitana de BH.

 Elias T. Krainski
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