Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Andre Oliveira via R-br]

Obrigado José Wellingthon! 
 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
 IFES 

Em Terça-feira, 2 de Maio de 2017 8:49, Jose Wellingthon Dos Santos 
<jose-wellingthon.san...@embrapa.br> escreveu:
 

 #yiv5666523799 p {margin:0;}Prezado André,
Um material muito bom é a tese de doutorado de Katia Alves Campos:
Função discriminante de Fisher como alterantiva à análise de variancia 
multivariada, defendida em 2012 na UFLA. Vc pode baixar em pdf. Existem muito 
materiais na literatura.

-- 
José Wellingthon dos Santos 
Pesquisador - Métodos Quantitativos 
Embrapa Algodão 
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) 
Campina Grande, PB 

jose-wellingthon.san...@embrapa.br 
Telefone: +55 (83) 3182-4401 | Fax: +55 (83) 3182-4367 
www.embrapa.br/algodao | https://twitter.com/embrapa_algodao 
Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel 


De: "Andre Oliveira via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Para: "Walmes Zeviani" <walmeszevi...@gmail.com>, "a lista Brasileira oficial 
de discussão do programa R." <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviadas: Sábado, 29 de abril de 2017 12:08:34
Assunto: Re: [R-br] Comparações Múltiplas

Boa tarde,alguém poderia indicar literatura teórica e aplicações sobre a 
sugestão do José Wellington? E como rodar no R! 
obg
 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
 IFES 

Em Quinta-feira, 27 de Abril de 2017 9:20, Walmes Zeviani via R-br 
<r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
 

 Isabela,

Não sou um competente em análise multivariada mas vejo dois caminhos: 1) faça 
análises univariadas e use o método de comparações múltiplas que quiser ou 2) 
faça aglutinação entre níveis do seu fator, reduzindo o número de níveis. A 
primeira situação é bem convencional. A segunda seria uma espécie de 
"Skott-Knott", só que não automatizado. Você proporia uma junção de níveis e 
testaria se ela pode ser feita. Segue fazendo até não mais ser possível juntar. 
Pode dar trabalho, principalmente se você não tiver ideia de quais são os 
vizinhos mais próximos para propor a aglutinação (um dendograma ajudaria). Além 
destas, tem a proposta do José Wellington, que seria uma análise univariada 
sobre o "primeiro componente".

À disposição.
Walmes.
​___
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

   
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https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=https%3a%2f%2flistas.inf.ufpr.br%2fcgi%2dbin%2fmailman%2flistinfo%2fr%2dbr=AFC12ABC-4E4F-9005-8A28-50B5383D7943=21f1be4651a15dc98d8fa3d0e3c599b318018b6d-13bdb9ed78fc3fade0bcef2bb60d3f8c6c082d25
Leia o guia de postagem 
(https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=http%3a%2f%2fwww.leg.ufpr.br%2fr%2dbr%2dguia%29=AFC12ABC-4E4F-9005-8A28-50B5383D7943=21f1be4651a15dc98d8fa3d0e3c599b318018b6d-38dab52b57117518961185429ffa269c08c5d714
 e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.

| 
Aviso de confidencialidade

Esta mensagem da Empresa  Brasileira de Pesquisa  Agropecuaria  (Embrapa),
empresa publica federal  regida pelo disposto  na Lei Federal no. 5.851,  de
7 de dezembro de 1972,  e  enviada exclusivamente  a seu destinatario e pode
conter informacoes  confidenciais, protegidas  por sigilo profissional.  Sua
utilizacao desautorizada  e ilegal e  sujeita o infrator as penas da lei. Se
voce  a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente,
esclarecendo o equivoco.

Confidentiality note

This message from Empresa  Brasileira de Pesquisa  Agropecuaria  (Embrapa), a
government company  established under  Brazilian law  (5.851/72), is directed
exclusively to  its addressee  and may contain  confidential data,  protected
under  professional secrecy  rules. Its unauthorized  use is illegal and  may
subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee,
please send it back, elucidating the failure. |



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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Jose Wellingthon Dos Santos via R-br]

Prezado André,
Um material muito bom é a tese de doutorado de Katia Alves Campos:
Função discriminante de Fisher como alterantiva à análise de variancia 
multivariada, defendida em 2012 na UFLA. Vc pode baixar em pdf. Existem muito 
materiais na literatura.


--
José Wellingthon dos Santos
Pesquisador - Métodos Quantitativos
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Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)
Campina Grande, PB

jose-wellingthon.san...@embrapa.br
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- Mensagem original -

De: "Andre Oliveira via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Para: "Walmes Zeviani" <walmeszevi...@gmail.com>, "a lista Brasileira oficial 
de discussão do programa R." <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviadas: Sábado, 29 de abril de 2017 12:08:34
Assunto: Re: [R-br] Comparações Múltiplas



Boa tarde,
alguém poderia indicar literatura teórica e aplicações sobre a sugestão do José 
Wellington? E como rodar no R!

obg



André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
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Em Quinta-feira, 27 de Abril de 2017 9:20, Walmes Zeviani via R-br 
<r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:








Isabela,


Não sou um competente em análise multivariada mas vejo dois caminhos: 1) faça 
análises univariadas e use o método de comparações múltiplas que quiser ou 2) 
faça aglutinação entre níveis do seu fator, reduzindo o número de níveis. A 
primeira situação é bem convencional. A segunda seria uma espécie de 
"Skott-Knott", só que não automatizado. Você proporia uma junção de níveis e 
testaria se ela pode ser feita. Segue fazendo até não mais ser possível juntar. 
Pode dar trabalho, principalmente se você não tiver ideia de quais são os 
vizinhos mais próximos para propor a aglutinação (um dendograma ajudaria). Além 
destas, tem a proposta do José Wellington, que seria uma análise univariada 
sobre o "primeiro componente".

À disposição.

Walmes.


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 e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.


Aviso de confidencialidade

Esta mensagem da Empresa  Brasileira de Pesquisa  Agropecuaria  (Embrapa),
empresa publica federal  regida pelo disposto  na Lei Federal no. 5.851,  de
7 de dezembro de 1972,  e  enviada exclusivamente  a seu destinatario e pode
conter informacoes  confidenciais, protegidas  por sigilo profissional.  Sua
utilizacao desautorizada  e ilegal e  sujeita o infrator as penas da lei. Se
voce  a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente,
esclarecendo o equivoco.

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Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Andre Oliveira via R-br]

Boa tarde,alguém poderia indicar literatura teórica e aplicações sobre a 
sugestão do José Wellington? E como rodar no R! 
obg
 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
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Em Quinta-feira, 27 de Abril de 2017 9:20, Walmes Zeviani via R-br 
 escreveu:
 

 Isabela,

Não sou um competente em análise multivariada mas vejo dois caminhos: 1) faça 
análises univariadas e use o método de comparações múltiplas que quiser ou 2) 
faça aglutinação entre níveis do seu fator, reduzindo o número de níveis. A 
primeira situação é bem convencional. A segunda seria uma espécie de 
"Skott-Knott", só que não automatizado. Você proporia uma junção de níveis e 
testaria se ela pode ser feita. Segue fazendo até não mais ser possível juntar. 
Pode dar trabalho, principalmente se você não tiver ideia de quais são os 
vizinhos mais próximos para propor a aglutinação (um dendograma ajudaria). Além 
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Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Walmes Zeviani via R-br]

Isabela,

Não sou um competente em análise multivariada mas vejo dois caminhos: 1)
faça análises univariadas e use o método de comparações múltiplas que
quiser ou 2) faça aglutinação entre níveis do seu fator, reduzindo o número
de níveis. A primeira situação é bem convencional. A segunda seria uma
espécie de "Skott-Knott", só que não automatizado. Você proporia uma junção
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possível juntar. Pode dar trabalho, principalmente se você não tiver ideia
de quais são os vizinhos mais próximos para propor a aglutinação (um
dendograma ajudaria). Além destas, tem a proposta do José Wellington, que
seria uma análise univariada sobre o "primeiro componente".

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Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Isabela M. via R-br]

Eduardo,
Obrigada pela ajuda. Mas acredito que ainda não é isso que eu preciso. Tentarei 
explicar com mais detalhes.
Fizemos uma MANOVA utilizando 5 variáveis respostas correlacionadas onde 
tínhamos um delineamento em bloco com 5 tratamentos qualitativos. As 
pressuposições da MANOVA foram atendidas, e o resultado da MANOVA indicou a 
diferença entre esses tratamentos. Como eu descubro a diferença entre esses 
tratamentos?



De: R-br <r-br-boun...@listas.c3sl.ufpr.br> em nome de Eduardo Junior via R-br 
<r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviado: sábado, 22 de abril de 2017 18:15
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Assunto: Re: [R-br] Comparações Múltiplas

Boa tarde Isabela,

Sugiro a leitura do apêndice sobre modelos lineares multivariados do livro An R 
Companion to Applied Regression, John Fox. O manuscrito é ilustrado com códigos 
R 
<https://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/appendix/Appendix-Multivariate-Linear-Models.pdf>.
Multivariate Linear Models in R - McMaster University, 
Canada<https://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/appendix/Appendix-Multivariate-Linear-Models.pdf>
socserv.socsci.mcmaster.ca
Multivariate Linear Models in R An Appendix to An R Companion to Applied 
Regression, Second Edition John Fox & Sanford Weisberg last revision: 28 July 
2011




Um outro material que pode servir como apoio é 
<https://jreduardo.github.io/lce5859-mem/exercises.pdf> a primeira seção é 
sobre testes de hipóteses em modelos multivariados, o código fonte fica em 
<https://github.com/JrEduardo/lce5859-mem/blob/master/exercises.R>.

Bons estudos.

Att,
Eduardo E. R, Junior<http://jreduardo.github.io/>

2017-04-22 17:28 GMT-03:00 R-br mailing list [via R-br] 
<ml-node+s2285057n466725...@n4.nabble.com<mailto:ml-node+s2285057n466725...@n4.nabble.com>>:
Boa tarde,
Meu nome é Isabela, faço iniciação científica e trabalho com análise 
multivariada, mais especificamente com a MANOVA. Alguém poderia me ajudar com 
script do R, para realizar a comparação múltipla multivariada, no caso para 5 
variáveis?
Desde já agradeço!


___
R-br mailing list
[hidden email]<http:///user/SendEmail.jtp?type=node=4667256=0>
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.


If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Comparacoes-Multiplas-tp4667256.html
To unsubscribe from R-br, click 
here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code=3357982=ZWR1anJyaWJAZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8MjA4MTkxODU5MA==>.
NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer=instant_html%21nabble%3Aemail.naml=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>

___
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[coroasolaris via R-br]

Isabela, boa noite! No livro "Métodos de Análise Multivariada em R", Anderson 
Rodrigues da Silva, Ed. Fealq, 2016, penso que você vai encontrar a ajuda da 
qual precisa. O c.8 cuida do assunto. 


Enviado do meu smartphone Samsung Galaxy.
 Mensagem original De: "Isabela M. via R-br" 
<r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Data: 22/04/17  17:38  (GMT-03:00) Para: "a lista 
Brasileira oficial de discussão do programa R." <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> 
Assunto: [R-br] Comparações Múltiplas 



Boa tarde, 
Meu nome é Isabela, faço iniciação científica e trabalho com análise 
multivariada, mais especificamente com a MANOVA. Alguém poderia me ajudar com 
script do R, para realizar a comparação múltipla multivariada, no caso para 5 
variáveis?
Desde já agradeço!




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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Comparações Múltiplas

[Eduardo Junior via R-br]

Boa tarde Isabela,

Sugiro a leitura do apêndice sobre modelos lineares multivariados do livro *An
R Companion to Applied Regression*, John Fox. O manuscrito é ilustrado com
códigos R <
https://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/appendix/Appendix-Multivariate-Linear-Models.pdf
>.

Um outro material que pode servir como apoio é <
https://jreduardo.github.io/lce5859-mem/exercises.pdf> a primeira seção é
sobre testes de hipóteses em modelos multivariados, o código fonte fica em <
https://github.com/JrEduardo/lce5859-mem/blob/master/exercises.R>.

Bons estudos.

Att,
Eduardo E. R, Junior 

2017-04-22 17:28 GMT-03:00 R-br mailing list [via R-br] <
ml-node+s2285057n466725...@n4.nabble.com>:

> Boa tarde,
>
> Meu nome é Isabela, faço iniciação científica e trabalho com análise
> multivariada, mais especificamente com a MANOVA. Alguém poderia me ajudar
> com script do R, para realizar a comparação múltipla multivariada, no caso
> para 5 variáveis?
>
> Desde já agradeço!
>
>
> ___
> R-br mailing list
> [hidden email] 
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a
> c�digo m�nimo reproduz�vel.
>
> --
> If you reply to this email, your message will be added to the discussion
> below:
> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Comparacoes-
> Multiplas-tp4667256.html
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[R-br] Comparações múltiplas em modelos lineares generalizados

[Gilenio Borges Fernandes]

Prezados(as)

Comparações múltiplas (inferência simultânea)
feitas através de funções paramétricas com o pacote multcomp do R são
válidas para modelos lineares ou para o preditor linear dos modelos
lineares generalizados. No caso de modelo de Poisson (ligacao log), modelo
logit, etc., os resultados (conclusões) nos preditores lineares podem ser
estendidos para a resposta média?


Veja o exemplo seguinte do modelo logit com 4 tratamentos e uma covariável
onde fiz os intervalos simultâneos na resposta média:

Trat  = rep(gl(4, 4, label = c('T1','T2', 'T3', 'T4')),3)
y=c(1,0,1,1,0,1,0,0,1,1,0,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,0,0,1,0,0,0,1,1,1,0,0,1,1,1,
1,0,0,1,0)
y_ant=c(0,0,0,1,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0,1,1,0,1,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,1,
1,1,1,0,0,1,0)
d1=data.frame(Trat,y_ant,y)
attach(d1)
gmod1 - glm(y ~ Trat+y_ant, data = d1,family = binomial())
summary(gmod1)
#
# Comparacao de pares de tratamentos (no preditor linear)
library(multcomp)
comp1=glht(gmod1, linfct = mcp(Trat = Tukey,covariate_average = TRUE))
summary(comp1, test = adjusted(Westfall))  # Wastfall (1997)
#
# Teste e IC's para diferencas de pares de tratamentos no preditor linear
gmod1_ci - confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat =
Tukey,covariate_average = TRUE)))
summary(gmod1_ci)
gmod1_ci$confint
#
# Comparacao de pares de tratamentos (nas prob condicionais ajustadas)
gmod1_ci - confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat =
Tukey,covariate_average = TRUE)))
gmod1_ci$confint - apply(gmod1_ci$confint, 1, binomial()$linkinv)
gmod1_ci$confint
#
gmod1_ci - confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat =
Tukey,covariate_average = TRUE)))
gmod1_ci$confint - apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)
gmod1_ci$confint


Desde já Grato,

-- 
Gilenio Borges Fernandes
Professor Associado III
Universidade Federal da Bahia
Instituto de Matemática
Departamento de Estatística
Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina.
40.170-110 - Salvador - BA, Brasil
Tel.: (071)3283-6280/6336  Fax:  (071)3283-6276
URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

Re: [R-br] Comparações múltiplas em modelos lineares generalizados

[walmes .]

Sim, podem.

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: wal...@ufpr.br
skype: walmeszeviani
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
==
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código 
mínimo reproduzível.

[R-br] Comparações múltiplas usando MMC (mean–mean multiple comparisons) plots

[ASANTOS]

*Bom dia pessoal,

 Estou tendo problemas em visualizar os resultados de uma 
comparação múltipla usando GLM, com o uso MMC plots do pacote HH. Bom, 
tenho quatro grupos funcionais de cupins que são humívoros (humi), 
ceifadores(ceifa), intermediários (inter) e xilófagos (xilo) que são 
meus tratamentos e como variável resposta o número de ocorrência de 
espécies de cada grupo (acorr). Para coleta da variável resposta, 
fizemos 6 transectos que são as repetições. Para ver se existe diferença 
entre os grupos funcionais fiz:*


 #
mod2-glm(ocorr~grupo, family=quasipoisson, data=trat1_90antes)## Um 
plot(mod2) prévio mostrou que quasipoisson foi a distribuição mais 
adequada aos dados que poisson

summary(mod2)
glm(formula = ocorr ~ grupo, family = quasipoisson, data = trat1_90antes)
Deviance Residuals:
Min   1Q   Median   3Q  Max
-1.9148  -0.4946   0.1213   0.4178   1.3813
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(|t|)
(Intercept)   1.5041 0.1624   9.260 1.13e-08 ***
grupohumi-1.0986 0.3249  -3.382  0.00296 **
grupointer   -0.8979 0.3019  -2.974  0.00750 **
grupoxilo-0.6568 0.2780  -2.363  0.02838 *
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for quasipoisson family taken to be 0.7123377)
Null deviance: 28.663  on 23  degrees of freedom
Residual deviance: 16.889  on 20  degrees of freedom
AIC: NA
Number of Fisher Scoring iterations: 5
anova(mod2, test=Chi) ## Anova do modelo
Analysis of Deviance Table
Model: quasipoisson, link: log
Response: ocorr
Terms added sequentially (first to last)
  Df Deviance Resid. Df Resid. Dev  Pr(Chi)
NULL 23 28.663
grupo  3   11.77420 16.889 0.0008834 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
plot(mod2)

##Teste de comparação múltipla
summary(glht(mod2, linfct=mcp(grupo=Tukey)))

 Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses

Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts

Fit: glm(formula = ocorr ~ grupo, family = quasipoisson, data = 
trat1_90antes)


Linear Hypotheses:
   Estimate Std. Error z value Pr(|z|)
humi - ceifa == 0   -1.0986 0.3249  -3.382  0.00405 **
inter - ceifa == 0  -0.8979 0.3019  -2.974  0.01491 *
xilo - ceifa == 0   -0.6568 0.2780  -2.363  0.08255 .
inter - humi == 00.2007 0.3794   0.529  0.95122
xilo - humi == 0 0.4418 0.3606   1.225  0.60632
xilo - inter == 00.2412 0.3401   0.709  0.89176
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Adjusted p values reported -- single-step method)

 ##Resultados
 tapply(trat1_90antes$ocorr, trat1_90antes$grupo,mean, na.rm = 
TRUE)##Media dos tratamentos

   ceifa humiinter xilo
4.50 1.50 1.83 2.33
 
tapply(trat1_90antes$ocorr,trat1_90antes$grupo,sd,na.rm=TRUE)/sqrt(tapply(trat1_90antes$ocorr,trat1_90antes$grupo,length))###Erros 
padrão da media

ceifa  humi inter  xilo
0.6708204 0.500 0.5426274 0.333

*Aqui tornou-se difícil saber a diferença entre os grupos funcionais em 
termos de atribui a, b, c, as médias, então resolvi fazer uma análise 
gráfica usando o pacote HH:*


 ##Visualizando as comparações
 contrast.1-
+ if.R(r=glht(mod2, linfct=mcp(grupo=Tukey)),
+  s=multicomp(mod2, plot=FALSE))
 plot(contrast.1)


*Que me deu um gráfico pouco informativo, porém seguindo o help do mmc 
{HH}, encontrei que o gráfico de comparações deveria ser feito usando as 
funções glht.mmc e multicomp.mmc, que requerem o uso de aov(), então fiz:*



 ## Contraste por mmc
 contrast.aov - aov(ocorr ~ grupo, data=trat1_90antes)
 contrast.mmc -
+ if.R(r=glht.mmc(contrast.aov, linfct=mcp(grupo=Tukey)),
+  s=multicomp.mmc(contrast.aov, plot=FALSE))
 plot(contrast.mmc)
 #

*Pois bem, agora tenho a comparação entre os grupos, mas não utilizando 
a distribuição de erros quasipoisson e não sei o que fazer, pois o 
pacote HH não me permite utilizar os objetos criados usando glm(), para 
se fazer as comparações múltiplas. Alguém do grupo teria alguma sugestão,


Obrigado,

Alexandre*

--
Alexandre dos Santos
Engenheiro Florestal, Dr.
Universidade Federal de Lavras
Departamento de Entomologia
Laboratório de Entomologia Florestal
Caixa Postal 3037
37200-000 - Lavras/MG
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Re: [R-br] Comparações múltiplas usando MMC (mean–mean multiple comparisons) plots

[Walmes Zeviani]

Alexandre,

Você vai ter que abrir a função que faz o gráfico, ver o que ela recebe do
objeto de classe aov() e criar uma nova função, com as devidas
modificações, para que você passe os elementos um a um. Eu fiz isso uma vez
mas perdi o script, mas eu lembro que não é difícil.Porém, antes de tentar
isso pense que essas comparações são na escala do preditor linear e não na
escala da variável, ou seja, apesar do gráfico ser elaborado e tal o
usuário terá que reconhecer que o que está plotado são intervalos para
diferenças na escala do preditor linear e fazer um exercício para converter
esses valores na escala dos dados, no caso da Poisson, passando exp().
Possivelmente por essa razão que o desenvolvedor do pacote restringiu a
função para classes lm() e aov().

À disposição.
Walmes.

==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
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Re: [R-br] Comparações múltiplas usando MMC (mean–mean multiple comparisons) plots

[ASANTOS]

Walmes,

Muito obrigado, vou seguir o seu conselho e quando conseguir posto 
o script.


Alexandre

Em 10/05/2012 16:01, Walmes Zeviani escreveu:

Alexandre,

Você vai ter que abrir a função que faz o gráfico, ver o que ela 
recebe do objeto de classe aov() e criar uma nova função, com as 
devidas modificações, para que você passe os elementos um a um. Eu fiz 
isso uma vez mas perdi o script, mas eu lembro que não é 
difícil.Porém, antes de tentar isso pense que essas comparações são na 
escala do preditor linear e não na escala da variável, ou seja, apesar 
do gráfico ser elaborado e tal o usuário terá que reconhecer que o que 
está plotado são intervalos para diferenças na escala do preditor 
linear e fazer um exercício para converter esses valores na escala dos 
dados, no caso da Poisson, passando exp(). Possivelmente por essa 
razão que o desenvolvedor do pacote restringiu a função para classes 
lm() e aov().


À disposição.
Walmes.

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Re: [R-br] Comparações Múltiplas em modelo linear com co-variável.

[Walmes Zeviani]

Você pode usar a dobradinha contrast::contrast() com multcomp::glht(). O
correto não seria comparar os tratamentos sob a mesma densidade? Veja este
script da análise de covariância em experimento zootecnico, pode ser um
começo.

http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf/cap14ancova-iso.R

À disposição.
Walmes.

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[R-br] Comparações Múltiplas em modelo linear com co-variável.

[Danilo Scorzoni Ré]

Prezados,

Estou realizando uma análise estatística através de um modelo de análise de
covariância:
y ~ sítio + bloco + tratamento + densidade + sitio:bloco + sitio:tratamento

onde:
sitio, bloco e tratametno são qualitativos
densidade é quantitativo, foi inserido no modelo para reduzir a variação
dos dados

Os resultados da análise apontam efeitos significativos de tratamento e
densidade.
O desafio, agora, é fazer comparações múltiplas entre os tratamentos, no
entanto, fixando-se densidades médias que variam entre os tratamentos, ou
seja, descontando os efeitos de sítios e blocos que não são significativos.
Tenho densidades médias para os quatro tratamentos: (400, 1200, 1150 e 900
para os tratamentos A, B, C e D), desta forma, utilizando os parâmetros
estimados para cada tratamento + efeitos da densidade, gostaria de saber
como eu poderia comparar as estimativas e verificar se os tratamentos
diferem entre si. Eu poderia usar o tukey? Lembrando que a variável
resposta é contínua...

Caso não tenha sido claro, trago alguns resultados para exemplificar o
problema.

Desde já agradeço o empenho de todos e Feliz Natal!

Att.

-- 
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
FCA / UNESP - Botucatu
(14) 8180-2494
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mínimo reproduzível.

[R-br] Comparações Múltiplas em GLM

[Danilo Scorzoni Ré]

Bom dia a todos,

É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto
que eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não
encontrei nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já
enviadas...), mas meu problema é o seguinte.

Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em
blocos em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento
está instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria
de avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso
checar a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual, usei
então um teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não
foi rejeitada, ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam
heterogêneas. Porém, dada a natureza dos dados, não acho que seja isso
(proporções de variâncias entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa
forma, procedi a análise através do GLM com resposta com distribuição Gama.
Consegui um bom ajuste com boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é:
como fazer comparações múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe
modelos paramétricos, mas não me recordo se ele precisa pressupor
distribuição normal.

Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.

Um abraço,

-- 
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
FCA / UNESP - Botucatu
(14) 8180-2494
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Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM

[Edson Lira]

Danilo, caso o seus dados não atenda as pressuposições,tem um teste não 
paramétrico que faz teste de médias. Veja o exemplo abaixo do pacote agricolae.

Não esqueça de instalar o pacote agricolae

library(agricolae)

?kruskal

data(corn)
attach(corn)
str(corn)
comparison-kruskal(observation,method,group=TRUE, main=corn)
detach(corn)

No caso da homogeneidade da variância no pacote MASS tem a transformação de 
BOXCOX que é muito usada.

#Examples
?boxcox
require(MASS)
boxcox(Volume ~ log(Height) + log(Girth), data = trees,
   lambda = seq(-0.25, 0.25, length = 10))

boxcox(Days+1 ~ Eth*Sex*Age*Lrn, data = quine,
   lambda = seq(-0.05, 0.45, len = 20)) 


 []'s.
Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas



De: Danilo Scorzoni Ré danilo.scorz...@gmail.com
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Quarta-feira, 26 de Outubro de 2011 8:11
Assunto: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM


Bom dia a todos,

É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto que 
eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não encontrei 
nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já enviadas...), mas meu 
problema é o seguinte.

Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em blocos 
em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento está 
instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria de 
avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso checar 
a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual, usei então um 
teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não foi rejeitada, 
ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam heterogêneas. Porém, 
dada a natureza dos dados, não acho que seja isso (proporções de variâncias 
entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa forma, procedi a análise 
através do GLM com resposta com distribuição Gama. Consegui um bom ajuste com 
boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é: como fazer comparações 
múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe modelos paramétricos, mas não 
me recordo se
 ele precisa pressupor distribuição normal.

Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.

Um abraço,

-- 
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
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Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM

[Benilton Carvalho]

Hipoteses de distribuicao para casos assim referem-se `a distribuicao
dos **estimadores**, nao dos dados... E minha (fraca) memoria nao se
recorda de nenhuma hipotese de distribuicao no teste de Tukey, mas
posso estar enganado
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Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM

[Walmes Zeviani]

Tukey supõe distribuição normal para os estimadores (como Benilton
assinalou) pois é baseado da distribuição da amplitude total studentizada.
Assintóticamente os estimadores nos GLMs terão distribuição normal. Então é
possível usar o procedimento. Detalhe é que como nos GLMs a variância não é
constante e é em geral dependente da média, as estimativas terão diferentes
erros padrões, e por isso assim também serão os contrastes entre elas. A
multcomp::glht() oferece recursos para isso, mas não aplica teste de Tukey,
faz os contrastes de Tukey (2 a 2) e corrige p-valor por diversos métodos
(opções da função).

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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