Re: [R-es] Combinatoria
Ya me extrañaba a mi!
Mañana a primera hora miro todo lo que me comentas.
Ahora estoy con ecuaciones no lineales y ya veo que hay que cargar
librerias
Muchas gracias. Un saludo
El 23 de marzo de 2015, 0:08, Carlos Ortega c...@qualityexcellence.es
escribió:
Hola,
Por precisar un par de detalles:
- Con el paquete gtools se pueden generar:
- las variaciones, permutaciones, combinaciones, variaciones con
repetición y combinaciones con repetición (mira el ejemplo adjunto con
las
combinaciones con repetición).
- Quedan sin cubrir las permutaciones con repetición.
- Y dentro del paquete base, sí que hay formas de calcular algunas
cosas de combinatoria. Mira la función choose() para el cálculo de las
combinaciones. En el ejemplo de la función incluso aparece una forma de
generar el triángulo de Pascal.
#- Ejemplo de Combinaciones con repetición (gtools) -
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
# Combinaciones sin repetición
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo verde
# Combinaciones con repetición
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=TRUE)
[,1][,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo rojo
[5,] rojo verde
[6,] verde verde
#---
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 22:50, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola amigos, muchas gracias por vuestra ayuda.
Entonces veo que mi sorpresa era legítima. Por todos vuestros mails la
conclusión es que:
- En el módulo base de R no incluye combinatoria elemental, ni siquiera
el número combinatorio Cm,n hay que cargar el paquete *combinat*
- Y para las variaciones con repetición el paquete* gtools*
- Y aún así no tenemos ni las combinaciones ni las permutaciones, ambas
con repetición.
Pues tendremos que ponernos a ello ¿no creéis? y hacer un paquete que lo
resuelva y que genere incluso un triángulo de Pascal y otras cuestiones
del
binomio de Newton.
Ya sé que es matemática elemental pero repito que estoy sorprendido por
este hecho y más porque estas *Técnicas de conteo* son imprescindibles
para
el cálculo básico de probabilidades.
Seguimos en la lucha. Un saludo
El 22 de marzo de 2015, 19:32, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos, creo que el ejemplo que mandas se refiere a las Variaciones con
Repetición de 3 elementos tomados de 3 en 3 y cuyo número asciende a 27
En las Permutaciones con repetición con las observaciones se forman
grupos
disjuntos cuya suma de cardinales es el número total, así pues puede
hablarse de Permutaciones con Repetición de 10 elementos tomados de 5
en 5,
2 en 2 y de 3 en 3, en este caso, el número de combinaciones que sale
seria: PR5;3,2,3 = 10!/(5!·2!·3!)
Este caso es el que digo que seria mas dificil de preparar y quizas si
requiere algo de programacion, porque el numero de grupos es variable,
pero
a lo mejor en lo que mandas se puede introducir algun tipo de vector, en
todo caso lo miro mañana
Un saludo
--
Date: Sun, 22 Mar 2015 13:22:36 +0100
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
From: c...@qualityexcellence.es
To: fjr...@hotmail.com
CC: ourut...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
Sí, también...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el parámetro repeats.allowed controlas si son con o sin
repetción:
#--
#Permutaciones *con repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul verde rojo
[3,] rojo azul verde
[4,] rojo verde azul
[5,] verde azul rojo
[6,] verde rojo azul
#
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 12:18, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos y ya puestos ¿Las permutaciones con repetición, salen también de
aquí?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From:
Re: [R-es] Combinatoria
Carlos y ya puestos �Las permutaciones con repetici�n, salen tambi�n de aqu�?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From: c...@qualityexcellence.es
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
S� se pueden obtener las variaciones con y sin repetici�n en R.
Eso s� est�n un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
#--
#Cargar el paquete gtools
library(gtools)
#Definir el conjunto sobre el que se har� el c�lculo
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
#Utilizar la funci�n permutations() modificando el valor de r y
#modificando el par�metro repeats.allowed dependiendo si sequieren con
o sin repetici�n
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo azul
[4,] rojo verde
[5,] verde azul
[6,] verde rojo
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo azul
[5,] rojo rojo
[6,] rojo verde
[7,] verde azul
[8,] verde rojo
[9,] verde verde
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 9:02, Our Utopy ourut...@gmail.com escribi�:
Hola de nuevo amigos, Gracias por vuestras respuestas. Un placer levantarme
esta ma�ana y ver que alguien hab�a tratado de ayudarme. Espero en unas
semanas poder tambi�n ser yo �til a quien lo necesite.
Me explico de nuevo. Estoy aprendiendo y mi primera visi�n, antes del Data
Mining y las redes neuronales a las que quiero llegar, es ir solucionando
los problemas b�sicos adem�s de explicarles R a mis propios alumnos en
lugar de Wiris (id�neo para secundaria) o Maxima.
Mi problema es de combinatoria b�sica, quiero calcular Cm,n Pn Vm,n y lo
mismo con repetici�n. Son cosas muy b�sicas de secundaria que cualquier
programa o calculadora de mano las resuelve. Supuse que R en su m�dulo
b�sico o CORE las responder�a al igual que responde a logaritmos en
cualquier base, determinantes e inversas de matrices.
Pero no, hay que instalar paquetes adicionales.
Buscando encontr� que el paquete *combinat* incluye dos de estas funciones
- *combn(m,n)*
- *permn(n)*
- *e incluso mCn(m,n)*
N es solo que haga el c�lculod e cuantas son sino que las escribe todas,
por ejemplo
combn(4,2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]111223
[2,]234344
permn(3)
[[1]]
[1] 1 2 3
[[2]]
[1] 1 3 2
[[3]]
[1] 3 1 2
[[4]]
[1] 3 2 1
[[5]]
[1] 2 3 1
[[6]]
[1] 2 1 3
Y mCn las calcula, sin escribirlas:
nCm(4,2)
[1] 6
Pero me choc� que NO incluyese Variaciones con y sin repetici�n, y
combinaciones y permutaciones con repetici�n. Tanto que me las calcule como
que me las escriba. Al menos yo no las encuentro a pesar de ser una
cuesti�n muy b�sica en combinatoria que ayuda a calcular probabilidades y
claro, �es que R es un programa de Estad�stica!
De ah� mi pregunta al grupo.
Si tengo que hacerme mi propia librer�a, pues creo que en unos d�as ser�
capaz de hacerlo. Ayer precisamente ya estuve leyendo sobre construirme mis
propias funciones, pero es que me choca que no haya ninguna librer�a entre
las 6200 del repositorio que ya lo incluya.
Esa era mi pregunta.
Gracias anticipadas.
Miguel
El 21 de marzo de 2015, 19:35, Francisco Rodr�guez fjr...@hotmail.com
escribi�:
En relaci�n con lo que comenta Carlos, por ejemplo para el caso de las
Variaciones sin Repetici�n, puede ser instructivo
ense�ar como se construye como por ejemplo:
VsinR - function(m, n){
return (factorial(m)/factorial(m-n))
}
VsinR(9,3)
-
Creo que con la funci�n factorial que viene por defecto en R puedes
construir siguiendo este modelo r�pidadmente
casi cualquier funci�n de las de bachillerato. Las VconR ser�an m elevado
a n
Quiz�s la �nica que merezca la pena construir es la de Permutaciones con
Repetici�n porque la parte de repetici�n puede tener m�s variedad, voy a
mirar si lo encuentro y si no una funci�n lo puede resolver.
PR(m; n1, ..., nk) donde n1+...+nk = m y PR(m;n1, ...,nk) = m!/(n1!
�...�nk!)
Un saludo
Date: Sat, 21 Mar 2015 16:36:50 +0100
From: c...@datanalytics.com
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola, �qu� tal?
�Qu� quieres hacer, construir las
combinaciones/permutaciones/variaciones o calcular cu�ntas hay?
Es improbable que encuentres funciones que resuelvan exactamente un
problema espec�fico. Pero s� que podr�s, con no mucho esfuerzo,
extender lo que hay para atacar esos problemas.
Un saludo y suerte con R,
Carlos
Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Sí se pueden obtener las variaciones con y sin repetición en R.
Eso sí están un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
#--
#Cargar el paquete gtools
library(gtools)
#Definir el conjunto sobre el que se hará el cálculo
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
#Utilizar la función permutations() modificando el valor de r y
#modificando el parámetro repeats.allowed dependiendo si sequieren con
o sin repetición
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo azul
[4,] rojo verde
[5,] verde azul
[6,] verde rojo
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo azul
[5,] rojo rojo
[6,] rojo verde
[7,] verde azul
[8,] verde rojo
[9,] verde verde
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 9:02, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola de nuevo amigos, Gracias por vuestras respuestas. Un placer levantarme
esta mañana y ver que alguien había tratado de ayudarme. Espero en unas
semanas poder también ser yo útil a quien lo necesite.
Me explico de nuevo. Estoy aprendiendo y mi primera visión, antes del Data
Mining y las redes neuronales a las que quiero llegar, es ir solucionando
los problemas básicos además de explicarles R a mis propios alumnos en
lugar de Wiris (idóneo para secundaria) o Maxima.
Mi problema es de combinatoria básica, quiero calcular Cm,n Pn Vm,n y lo
mismo con repetición. Son cosas muy básicas de secundaria que cualquier
programa o calculadora de mano las resuelve. Supuse que R en su módulo
básico o CORE las respondería al igual que responde a logaritmos en
cualquier base, determinantes e inversas de matrices.
Pero no, hay que instalar paquetes adicionales.
Buscando encontré que el paquete *combinat* incluye dos de estas funciones
- *combn(m,n)*
- *permn(n)*
- *e incluso mCn(m,n)*
N es solo que haga el cálculod e cuantas son sino que las escribe todas,
por ejemplo
combn(4,2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]111223
[2,]234344
permn(3)
[[1]]
[1] 1 2 3
[[2]]
[1] 1 3 2
[[3]]
[1] 3 1 2
[[4]]
[1] 3 2 1
[[5]]
[1] 2 3 1
[[6]]
[1] 2 1 3
Y mCn las calcula, sin escribirlas:
nCm(4,2)
[1] 6
Pero me chocó que NO incluyese Variaciones con y sin repetición, y
combinaciones y permutaciones con repetición. Tanto que me las calcule como
que me las escriba. Al menos yo no las encuentro a pesar de ser una
cuestión muy básica en combinatoria que ayuda a calcular probabilidades y
claro, ¡es que R es un programa de Estadística!
De ahí mi pregunta al grupo.
Si tengo que hacerme mi propia librería, pues creo que en unos días seré
capaz de hacerlo. Ayer precisamente ya estuve leyendo sobre construirme mis
propias funciones, pero es que me choca que no haya ninguna librería entre
las 6200 del repositorio que ya lo incluya.
Esa era mi pregunta.
Gracias anticipadas.
Miguel
El 21 de marzo de 2015, 19:35, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
En relación con lo que comenta Carlos, por ejemplo para el caso de las
Variaciones sin Repetición, puede ser instructivo
enseñar como se construye como por ejemplo:
VsinR - function(m, n){
return (factorial(m)/factorial(m-n))
}
VsinR(9,3)
-
Creo que con la función factorial que viene por defecto en R puedes
construir siguiendo este modelo rápidadmente
casi cualquier función de las de bachillerato. Las VconR serían m elevado
a n
Quizás la única que merezca la pena construir es la de Permutaciones con
Repetición porque la parte de repetición puede tener más variedad, voy a
mirar si lo encuentro y si no una función lo puede resolver.
PR(m; n1, ..., nk) donde n1+...+nk = m y PR(m;n1, ...,nk) = m!/(n1!
·...·nk!)
Un saludo
Date: Sat, 21 Mar 2015 16:36:50 +0100
From: c...@datanalytics.com
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola, ¿qué tal?
¿Qué quieres hacer, construir las
combinaciones/permutaciones/variaciones o calcular cuántas hay?
Es improbable que encuentres funciones que resuelvan exactamente un
problema específico. Pero sí que podrás, con no mucho esfuerzo,
extender lo que hay para atacar esos problemas.
Un saludo y suerte con R,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 21 de marzo de 2015, 8:39, Our Utopy ourut...@gmail.com
escribió:
Hola buenos días, me presento, me llamo Miguel y 'soy de' y 'vivo en'
Galicia.
Soy profesor de secundaria (Bachillerato Adultos) y llevo 15 días
estudiando R a un buen ritmo, pero todavía me faltan miles de cosas.
He visto que R facilita, no solo el análisis de datos y que posee una
Re: [R-es] Combinatoria
Sí, también...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el parámetro repeats.allowed controlas si son con o sin repetción:
#--
#Permutaciones *con repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul verde rojo
[3,] rojo azul verde
[4,] rojo verde azul
[5,] verde azul rojo
[6,] verde rojo azul
#
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 12:18, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos y ya puestos ¿Las permutaciones con repetición, salen también de
aquí?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From: c...@qualityexcellence.es
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Sí se pueden obtener las variaciones con y sin repetición en R.
Eso sí están un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
#--
#Cargar el paquete gtools
library(gtools)
#Definir el conjunto sobre el que se hará el cálculo
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
#Utilizar la función permutations() modificando el valor de r y
#modificando el parámetro repeats.allowed dependiendo si sequieren
con
o sin repetición
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo azul
[4,] rojo verde
[5,] verde azul
[6,] verde rojo
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1] [,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo azul
[5,] rojo rojo
[6,] rojo verde
[7,] verde azul
[8,] verde rojo
[9,] verde verde
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 9:02, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola de nuevo amigos, Gracias por vuestras respuestas. Un placer
levantarme
esta mañana y ver que alguien había tratado de ayudarme. Espero en unas
semanas poder también ser yo útil a quien lo necesite.
Me explico de nuevo. Estoy aprendiendo y mi primera visión, antes del
Data
Mining y las redes neuronales a las que quiero llegar, es ir
solucionando
los problemas básicos además de explicarles R a mis propios alumnos en
lugar de Wiris (idóneo para secundaria) o Maxima.
Mi problema es de combinatoria básica, quiero calcular Cm,n Pn Vm,n y
lo
mismo con repetición. Son cosas muy básicas de secundaria que cualquier
programa o calculadora de mano las resuelve. Supuse que R en su módulo
básico o CORE las respondería al igual que responde a logaritmos en
cualquier base, determinantes e inversas de matrices.
Pero no, hay que instalar paquetes adicionales.
Buscando encontré que el paquete *combinat* incluye dos de estas
funciones
- *combn(m,n)*
- *permn(n)*
- *e incluso mCn(m,n)*
N es solo que haga el cálculod e cuantas son sino que las escribe
todas,
por ejemplo
combn(4,2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 1 1 2 2 3
[2,] 2 3 4 3 4 4
permn(3)
[[1]]
[1] 1 2 3
[[2]]
[1] 1 3 2
[[3]]
[1] 3 1 2
[[4]]
[1] 3 2 1
[[5]]
[1] 2 3 1
[[6]]
[1] 2 1 3
Y mCn las calcula, sin escribirlas:
nCm(4,2)
[1] 6
Pero me chocó que NO incluyese Variaciones con y sin repetición, y
combinaciones y permutaciones con repetición. Tanto que me las calcule
como
que me las escriba. Al menos yo no las encuentro a pesar de ser una
cuestión muy básica en combinatoria que ayuda a calcular
probabilidades y
claro, ¡es que R es un programa de Estadística!
De ahí mi pregunta al grupo.
Si tengo que hacerme mi propia librería, pues creo que en unos días
seré
capaz de hacerlo. Ayer precisamente ya estuve leyendo sobre
construirme mis
propias funciones, pero es que me choca que no haya ninguna librería
entre
las 6200 del repositorio que ya lo incluya.
Esa era mi pregunta.
Gracias anticipadas.
Miguel
El 21 de marzo de 2015, 19:35, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
En relación con lo que comenta Carlos, por
Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure?
Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum) aggregate(z1~v1,f1,sum) aggregate(v4~v2,f1,sum) aggregate(z1~v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 6:49 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, Thank you for your message. I am looking into ave() and tapply() as you suggested but at the same time I have prepared a example of input and output files, just in case you or someone else would like to make an attempt to generate a code that goes from input to output. Please see below or download it from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is (an extract of) the OUTPUT file I would like to obtain: f2 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(17.83529, 3.43806,0.00295, 1.77918, 1.05786, 0.0002, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # please notice that while the aggregated v4 on v3 has changed … aggregate(f1[,c(v4)],list(f1$v3),sum) aggregate(f2[,c(v4)],list(f2$v3),sum) # … the aggregated v4 over v1xv2 has remained unchanged: aggregate(f1[,c(v4)],list(f1$v1,f1$v2),sum) aggregate(f2[,c(v4)],list(f2$v1,f2$v2),sum) Thank you very much in advance for your assitance. Luca 2015-03-21 13:18 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: 1. Still not sure what you mean, but maybe look at ?ave and ?tapply, for which ave() is a wrapper. 2. You still need to heed the rest of Jeff's advice. Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 4:53 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Jeff other R-experts, Thank you for your note. I have tried myself to solve the issue without success. Following your suggestion, I am providing a sample of the dataset I am using below (also downloadble in plain text from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0): #this is an extract of the overall dataset (n=1200 cases)
[R] Why can't I access this type?
Hi, I'm just learning my way around R. I got a bunch of states and would like to access to get all of the ones where it's cold. But when I do the following, I will get the following error: all.states - as.data.frame(state.x77) cold.states - all.states[all.states$Frost 150, c(Name, Frost)] Error in `[.data.frame`(all.states, all.states$Frost 150, c(Name, : undefined columns selected I don't get it. When I look at all.states, this is what I see: str(all.states) 'data.frame': 50 obs. of 8 variables: $ Population: num 3615 365 2212 2110 21198 ... $ Income: num 3624 6315 4530 3378 5114 ... $ Illiteracy: num 2.1 1.5 1.8 1.9 1.1 0.7 1.1 0.9 1.3 2 ... $ Life Exp : num 69 69.3 70.5 70.7 71.7 ... $ Murder: num 15.1 11.3 7.8 10.1 10.3 6.8 3.1 6.2 10.7 13.9 ... $ HS Grad : num 41.3 66.7 58.1 39.9 62.6 63.9 56 54.6 52.6 40.6 ... $ Frost : num 20 152 15 65 20 166 139 103 11 60 ... $ Area : num 50708 566432 113417 51945 156361 ... What am I messing up? [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
[R] My R stopped working
Hi, I was downloading some shape files in R then I use the package lsmeans in R but I received the message R for winfows GUI front end has stopped working . What I have to do to overcome this problem [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
[R] Fwd: Joining two datasets - recursive procedure?
Sorry forgot to keep the rest of the group in the loop - Luca -- Forwarded message -- From: Luca Meyer lucam1...@gmail.com Date: 2015-03-22 16:27 GMT+01:00 Subject: Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure? To: Bert Gunter gunter.ber...@gene.com Hi Bert, That is exactly what I am trying to achieve. Please notice that negative v4 values are allowed. I have done a similar task in the past manually by recursively alterating v4 distribution across v3 categories within fix each v1v2 combination so I am quite positive it can be achieved but honestly I took me forever to do it manually and since this is likely to be an exercise I need to repeat from time to time I wish I could learn how to do it programmatically Thanks again for any further suggestion you might have, Luca 2015-03-22 16:05 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: Oh, wait a minute ... You still want the marginals for the other columns to be as originally? If so, then this is impossible in general as the sum of all the values must be what they were originally and you cannot therefore choose your values for V3 arbitrarily. Or at least, that seems to be what you are trying to do. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 7:55 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: I would have thought that this is straightforward given my previous email... Just set z to what you want -- e,g, all B values to 29/number of B's, and all C values to 2.567/number of C's (etc. for more categories). A slick but sort of cheat way to do this programmatically -- in the sense that it relies on the implementation of factor() rather than its API -- is: y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] Then proceed to z1 as I previously described -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:00 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum) aggregate(z1~v1,f1,sum) aggregate(v4~v2,f1,sum) aggregate(z1~v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 6:49 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, Thank you for your message. I am looking into ave() and tapply() as you suggested but at the same time I have prepared a example of input and output
Re: [R] My R stopped working
You could use a search engine to find other people's solutions to this problem. Or you could just try again. Unfortunately, if you want help here, your explanation is simply too brief. The normal expectation here is that you provide a reproducible example. Since R works by accepting text commands, that means give us the sequence of commands you used starting from a freshly opened R session that lead to the problem. Also give us an abbreviated amount of data to work with. Please post using plain text email, since the HTML you used to post this question usually messes up the R code by the time it gets to us. --- Jeff NewmillerThe . . Go Live... DCN:jdnew...@dcn.davis.ca.usBasics: ##.#. ##.#. Live Go... Live: OO#.. Dead: OO#.. Playing Research Engineer (Solar/BatteriesO.O#. #.O#. with /Software/Embedded Controllers) .OO#. .OO#. rocks...1k --- Sent from my phone. Please excuse my brevity. On March 22, 2015 2:11:29 AM PDT, adeela uaf adeela@gmail.com wrote: Hi, I was downloading some shape files in R then I use the package lsmeans in R but I received the message R for winfows GUI front end has stopped working . What I have to do to overcome this problem [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
[R] Package build help - thanks
Hello All, I have finally addressed all the cmd issues with my package build bondlab. I would like to thank everyone that took the time to answer my questions. I have the following question: Currently the package has a non-standard directory/folder structure. The non-standard folders are listed below. I use connections to open and close directories during an analysis run. I don't think having these directories in the bondlab directory is a long term viable option as the number of mortgage and REMIC cusips is well over 2 million. My question is two parts: First part, what do you believe is the best way to store these objects as blobs (everything is serialized) in a database or in a folder structure residing on the local machine. In the event I first start with a folder structure on a local machine. Is it possible to instruct R to create the directory and move the examples to the appropriate folder? For example, could I create a folder data and then move each of the below folders to data and on install move the data folders to say a bondlabdata folder? Best Regards, Glenn Non Standard Folders are below BondData - bond objects (S4) identified by cusip with structural information: coupon, payment dates, etc... Groups - collateral group data: (S4) identifies the underlying collateral group of a mortgage REMIC PrepaymentModel - S4 object which holds mortgage prepayment model tuning parameters RatesData - holds swap rate curve history RDME - REMIC Disclosure Month End (S4): updated REMIC information REMICData - REMIC structures (S4) Scenario - Interest rate scenarios (S4) for total return analysis Schedules - structure elements (S4) for REMIC (PAC Schedules, etc) Tranches - Tranches for REMIC structure tool (S4) Waterfall - source - cash allocation rules for REMIC cash flow __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R] Why can't I access this type?
Your data frame contains no column named Name . Maybe what you want is rownames(all.states)[all.state$Frost150] However, what you clearly need to do is stop posting until you have done your homework by spending some time with one of the many good R tutorials that are out there (possibly Intro to R, which ships with R, though it's getting a bit dated now). This appears to be a very basic question. If you are going through a tutorial and got stuck here, then note that row names are an attribute of the data frame, not a column name of one of its columns. See ?rownames and the links therein for more info. Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 7:39 AM, Yves S. Garret yoursurrogate...@gmail.com wrote: Hi, I'm just learning my way around R. I got a bunch of states and would like to access to get all of the ones where it's cold. But when I do the following, I will get the following error: all.states - as.data.frame(state.x77) cold.states - all.states[all.states$Frost 150, c(Name, Frost)] Error in `[.data.frame`(all.states, all.states$Frost 150, c(Name, : undefined columns selected I don't get it. When I look at all.states, this is what I see: str(all.states) 'data.frame': 50 obs. of 8 variables: $ Population: num 3615 365 2212 2110 21198 ... $ Income: num 3624 6315 4530 3378 5114 ... $ Illiteracy: num 2.1 1.5 1.8 1.9 1.1 0.7 1.1 0.9 1.3 2 ... $ Life Exp : num 69 69.3 70.5 70.7 71.7 ... $ Murder: num 15.1 11.3 7.8 10.1 10.3 6.8 3.1 6.2 10.7 13.9 ... $ HS Grad : num 41.3 66.7 58.1 39.9 62.6 63.9 56 54.6 52.6 40.6 ... $ Frost : num 20 152 15 65 20 166 139 103 11 60 ... $ Area : num 50708 566432 113417 51945 156361 ... What am I messing up? [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R] My R stopped working
restart R. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:11 AM, adeela uaf adeela@gmail.com wrote: Hi, I was downloading some shape files in R then I use the package lsmeans in R but I received the message R for winfows GUI front end has stopped working . What I have to do to overcome this problem [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure?
I would have thought that this is straightforward given my previous email... Just set z to what you want -- e,g, all B values to 29/number of B's, and all C values to 2.567/number of C's (etc. for more categories). A slick but sort of cheat way to do this programmatically -- in the sense that it relies on the implementation of factor() rather than its API -- is: y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] Then proceed to z1 as I previously described -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:00 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum) aggregate(z1~v1,f1,sum) aggregate(v4~v2,f1,sum) aggregate(z1~v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 6:49 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, Thank you for your message. I am looking into ave() and tapply() as you suggested but at the same time I have prepared a example of input and output files, just in case you or someone else would like to make an attempt to generate a code that goes from input to output. Please see below or download it from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is (an extract of) the OUTPUT file I would like to obtain: f2 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(17.83529, 3.43806,0.00295, 1.77918, 1.05786, 0.0002, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # please notice that while the aggregated v4 on v3 has changed … aggregate(f1[,c(v4)],list(f1$v3),sum) aggregate(f2[,c(v4)],list(f2$v3),sum) # … the aggregated v4 over v1xv2 has remained unchanged: aggregate(f1[,c(v4)],list(f1$v1,f1$v2),sum) aggregate(f2[,c(v4)],list(f2$v1,f2$v2),sum) Thank you very much in advance for your assitance. Luca 2015-03-21 13:18 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: 1. Still not sure what
Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure?
Oh, wait a minute ... You still want the marginals for the other columns to be as originally? If so, then this is impossible in general as the sum of all the values must be what they were originally and you cannot therefore choose your values for V3 arbitrarily. Or at least, that seems to be what you are trying to do. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 7:55 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: I would have thought that this is straightforward given my previous email... Just set z to what you want -- e,g, all B values to 29/number of B's, and all C values to 2.567/number of C's (etc. for more categories). A slick but sort of cheat way to do this programmatically -- in the sense that it relies on the implementation of factor() rather than its API -- is: y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] Then proceed to z1 as I previously described -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:00 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum) aggregate(z1~v1,f1,sum) aggregate(v4~v2,f1,sum) aggregate(z1~v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 6:49 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, Thank you for your message. I am looking into ave() and tapply() as you suggested but at the same time I have prepared a example of input and output files, just in case you or someone else would like to make an attempt to generate a code that goes from input to output. Please see below or download it from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is (an extract of) the OUTPUT file I would like to obtain: f2 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(17.83529, 3.43806,0.00295, 1.77918, 1.05786, 0.0002, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872,
Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure?
Hi Bert, Thanks again for your assistance. Unfortunately when I apply the additional code you suggest I get B=40.23326 C=-8.66603 and not B=29 C=2.56723. Any idea why that might be happening? Please see below or on https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 the code I am running: rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] # z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Thanks again, Luca 2015-03-22 15:55 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: I would have thought that this is straightforward given my previous email... Just set z to what you want -- e,g, all B values to 29/number of B's, and all C values to 2.567/number of C's (etc. for more categories). A slick but sort of cheat way to do this programmatically -- in the sense that it relies on the implementation of factor() rather than its API -- is: y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] Then proceed to z1 as I previously described -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:00 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum) aggregate(z1~v1,f1,sum) aggregate(v4~v2,f1,sum) aggregate(z1~v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 6:49 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, Thank you for your message. I am looking into ave() and tapply() as you suggested but at the same time I have prepared a example of input and output files, just in case you or someone else would like to make an attempt to generate a code that goes from input to output. Please see below or download it from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 # this is (an extract of) the INPUT
Re: [R] Why can't I access this type?
Well, first off, you have no variable called Name. You have lost the state names as they are rownames in the matrix state.x77 and not a variable. Try this. It's ugly and I have no idea why I had to do a cbind() but it seems to work. Personally I find subset easier to read than the indexing approach. state - rownames(state.x77) all.states - as.data.frame(state.x77) all.states - cbind(state, all.states) ### ? coldstates - subset(all.states, all.states$Frost 50, select = c(state,Frost) ) John Kane Kingston ON Canada -Original Message- From: yoursurrogate...@gmail.com Sent: Sun, 22 Mar 2015 10:39:03 -0400 To: r-help@r-project.org Subject: [R] Why can't I access this type? Hi, I'm just learning my way around R. I got a bunch of states and would like to access to get all of the ones where it's cold. But when I do the following, I will get the following error: all.states - as.data.frame(state.x77) cold.states - all.states[all.states$Frost 150, c(Name, Frost)] Error in `[.data.frame`(all.states, all.states$Frost 150, c(Name, : undefined columns selected I don't get it. When I look at all.states, this is what I see: str(all.states) 'data.frame': 50 obs. of 8 variables: $ Population: num 3615 365 2212 2110 21198 ... $ Income: num 3624 6315 4530 3378 5114 ... $ Illiteracy: num 2.1 1.5 1.8 1.9 1.1 0.7 1.1 0.9 1.3 2 ... $ Life Exp : num 69 69.3 70.5 70.7 71.7 ... $ Murder: num 15.1 11.3 7.8 10.1 10.3 6.8 3.1 6.2 10.7 13.9 ... $ HS Grad : num 41.3 66.7 58.1 39.9 62.6 63.9 56 54.6 52.6 40.6 ... $ Frost : num 20 152 15 65 20 166 139 103 11 60 ... $ Area : num 50708 566432 113417 51945 156361 ... What am I messing up? [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. FREE ONLINE PHOTOSHARING - Share your photos online with your friends and family! Visit http://www.inbox.com/photosharing to find out more! __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R] Fwd: Joining two datasets - recursive procedure?
Hi Bert, Maybe I did not explain myself clearly enough. But let me show you with a manual example that indeed what I would like to do is feasible. The following is also available for download from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 rm(list=ls()) This is usual (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) This are the initial marginal distributions aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) First I order the file such that I have nicely listed 6 distinct v1xv2 combinations. f1 - f1[order(f1$v1,f1$v2),] Then I compute (manually) the relative importance of each v1xv2 combination: tAA - (18.18530+1.42917)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=A tAB - (3.43806+1.05786)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=B tAC - (0.00273+0.00042)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=C tBA - (2.37232+1.13430)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=A tBB - (3.01835+0.92872)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=B tBC - (0.0+0.0)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=C # and just to make sure I have not made mistakes the following should be equal to 1 tAA+tAB+tAC+tBA+tBB+tBC Next, I know I need to increase v4 any time v3=B and the total increase I need to have over the whole dataset is 29-27.01676=1.98324. In turn, I need to dimish v4 any time V3=C by the same amount (4.55047-2.56723=1.98324). This aspect was perhaps not clear at first. I need to move v4 across v3 categories, but the totals will always remain unchanged. Since I want the data alteration to be proportional to the v1xv2 combinations I do the following: f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==A f1$v3==B, f1$v4+(tAA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==A f1$v3==C, f1$v4-(tAA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==B f1$v3==B, f1$v4+(tAB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==B f1$v3==C, f1$v4-(tAB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==C f1$v3==B, f1$v4+(tAC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==C f1$v3==C, f1$v4-(tAC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==A f1$v3==B, f1$v4+(tBA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==A f1$v3==C, f1$v4-(tBA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==B f1$v3==B, f1$v4+(tBB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==B f1$v3==C, f1$v4-(tBB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==C f1$v3==B, f1$v4+(tBC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==C f1$v3==C, f1$v4-(tBC*1.98324), f1$v4) This are the final marginal distributions: aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) Can this procedure be made programmatic so that I can run it on the (8x13x13) categories matrix? if so, how would you do it? I have really hard time to do it with some (semi)automatic procedure. Thank you very much indeed once more :) Luca 2015-03-22 18:32 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: Nonsense. You are not telling us something or I have failed to understand something. Consider: v1 = c(a,b) v2 = c(a,a) It is not possible to change the value of a sum of values corresponding to v2=a without also changing that for v1, which is not supposed to change according to my understanding of your specification. So I'm done. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 8:28 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Sorry forgot to keep the rest of the group in the loop - Luca -- Forwarded message -- From: Luca Meyer lucam1...@gmail.com Date: 2015-03-22 16:27 GMT+01:00 Subject: Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure? To: Bert Gunter gunter.ber...@gene.com Hi Bert, That is exactly what I am trying to achieve. Please notice that negative v4 values are allowed. I have done a similar task in the past manually by recursively alterating v4 distribution across v3 categories within fix each v1v2 combination so I am
Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure?
On Mar 22, 2015, at 1:12 PM, Luca Meyer wrote: Hi Bert, Maybe I did not explain myself clearly enough. But let me show you with a manual example that indeed what I would like to do is feasible. The following is also available for download from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0 rm(list=ls()) This is usual (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) This are the initial marginal distributions aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) First I order the file such that I have nicely listed 6 distinct v1xv2 combinations. f1 - f1[order(f1$v1,f1$v2),] Then I compute (manually) the relative importance of each v1xv2 combination: tAA - (18.18530+1.42917)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=A tAB - (3.43806+1.05786)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=B tAC - (0.00273+0.00042)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=A v2=C tBA - (2.37232+1.13430)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=A tBB - (3.01835+0.92872)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=B tBC - (0.0+0.0)/(18.18530+1.42917+3.43806+1.05786+0.00273+0.00042+2.37232+1.13430+3.01835+0.92872+0.0+0.0) # this is for combination v1=B v2=C # and just to make sure I have not made mistakes the following should be equal to 1 tAA+tAB+tAC+tBA+tBB+tBC Next, I know I need to increase v4 any time v3=B and the total increase I need to have over the whole dataset is 29-27.01676=1.98324. In turn, I need to dimish v4 any time V3=C by the same amount (4.55047-2.56723=1.98324). This aspect was perhaps not clear at first. I need to move v4 across v3 categories, but the totals will always remain unchanged. Since I want the data alteration to be proportional to the v1xv2 combinations I do the following: f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==A f1$v3==B, f1$v4+(tAA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==A f1$v3==C, f1$v4-(tAA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==B f1$v3==B, f1$v4+(tAB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==B f1$v3==C, f1$v4-(tAB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==C f1$v3==B, f1$v4+(tAC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==A f1$v2==C f1$v3==C, f1$v4-(tAC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==A f1$v3==B, f1$v4+(tBA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==A f1$v3==C, f1$v4-(tBA*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==B f1$v3==B, f1$v4+(tBB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==B f1$v3==C, f1$v4-(tBB*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==C f1$v3==B, f1$v4+(tBC*1.98324), f1$v4) f1$v4 - ifelse (f1$v1==B f1$v2==C f1$v3==C, f1$v4-(tBC*1.98324), f1$v4) Seems that this could be done a lot more simply with a lookup matrix and ordinary indexing lookarr - array(NA, dim=c(length(unique(f1$v1)),length(unique(f1$v2)),length(unique(f1$v3)) ) , dimnames=list( unique(f1$v1), unique(f1$v2), unique(f1$v3) ) ) lookarr[] - c(tAA,tAA,tAB,tAB,tAC,tAC,tBA,tBA, tBB, tBB, tBC, tBC) lookarr[ A,B,C] [1] 0.1250369 lookarr[ with(f1, cbind(v1, v2, v3)) ] [1] 6.213554e-01 1.110842e-01 1.424236e-01 1.250369e-01 9.978703e-05 [6] 0.00e+00 6.213554e-01 1.110842e-01 1.424236e-01 1.250369e-01 [11] 9.978703e-05 0.00e+00 f1$v4mod - f1$v4*lookarr[ with(f1, cbind(v1,v2,v3)) ] f1 v1 v2 v3 v4v4mod 2A A B 18.18530 1.129954e+01 41 A A C 1.42917 1.587582e-01 9A B B 3.43806 4.896610e-01 48 A B C 1.05786 1.322716e-01 11 A C B 0.00273 2.724186e-07 50 A C C 0.00042 0.00e+00 158 B A B 2.37232 1.474054e+00 197 B A C 1.13430 1.260028e-01 165 B B B 3.01835 4.298844e-01 204 B B C 0.92872 1.161243e-01 167 B C B 0.0 0.00e+00 206 B C C 0.0 0.00e+00 -- david. This are the final marginal distributions: aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) Can this procedure be made programmatic so that I can run it on the (8x13x13) categories matrix? if so, how would you do it? I have really hard time to do it with some (semi)automatic procedure. Thank you very much
Re: [R] Fwd: Joining two datasets - recursive procedure?
Nonsense. You are not telling us something or I have failed to understand something. Consider: v1 = c(a,b) v2 = c(a,a) It is not possible to change the value of a sum of values corresponding to v2=a without also changing that for v1, which is not supposed to change according to my understanding of your specification. So I'm done. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 8:28 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Sorry forgot to keep the rest of the group in the loop - Luca -- Forwarded message -- From: Luca Meyer lucam1...@gmail.com Date: 2015-03-22 16:27 GMT+01:00 Subject: Re: [R] Joining two datasets - recursive procedure? To: Bert Gunter gunter.ber...@gene.com Hi Bert, That is exactly what I am trying to achieve. Please notice that negative v4 values are allowed. I have done a similar task in the past manually by recursively alterating v4 distribution across v3 categories within fix each v1v2 combination so I am quite positive it can be achieved but honestly I took me forever to do it manually and since this is likely to be an exercise I need to repeat from time to time I wish I could learn how to do it programmatically Thanks again for any further suggestion you might have, Luca 2015-03-22 16:05 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: Oh, wait a minute ... You still want the marginals for the other columns to be as originally? If so, then this is impossible in general as the sum of all the values must be what they were originally and you cannot therefore choose your values for V3 arbitrarily. Or at least, that seems to be what you are trying to do. -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 7:55 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: I would have thought that this is straightforward given my previous email... Just set z to what you want -- e,g, all B values to 29/number of B's, and all C values to 2.567/number of C's (etc. for more categories). A slick but sort of cheat way to do this programmatically -- in the sense that it relies on the implementation of factor() rather than its API -- is: y - f1$v3 ## to simplify the notation; could be done using with() z - (c(29,2.567)/table(y))[c(y)] Then proceed to z1 as I previously described -- Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sun, Mar 22, 2015 at 2:00 AM, Luca Meyer lucam1...@gmail.com wrote: Hi Bert, hello R-experts, I am close to a solution but I still need one hint w.r.t. the following procedure (available also from https://www.dropbox.com/s/qhmpkkrejjkpbkx/sample_code.txt?dl=0) rm(list=ls()) # this is (an extract of) the INPUT file I have: f1 - structure(list(v1 = c(A, A, A, A, A, A, B, B, B, B, B, B), v2 = c(A, B, C, A, B, C, A, B, C, A, B, C), v3 = c(B, B, B, C, C, C, B, B, B, C, C, C), v4 = c(18.18530, 3.43806,0.00273, 1.42917, 1.05786, 0.00042, 2.37232, 3.01835, 0, 1.13430, 0.92872, 0)), .Names = c(v1, v2, v3, v4), class = data.frame, row.names = c(2L, 9L, 11L, 41L, 48L, 50L, 158L, 165L, 167L, 197L, 204L, 206L)) # this is the procedure that Bert suggested (slightly adjusted): z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - round(with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)), digits=5) aggregate(v4~v1*v2,f1,sum) aggregate(z1~v1*v2,f1,sum) aggregate(v4~v3,f1,sum) aggregate(z1~v3,f1,sum) My question to you is: how can I set z so that I can obtain specific values for z1-v4 in the v3 aggregation? In other words, how can I configure the procedure so that e.g. B=29 and C=2.56723 after running the procedure: aggregate(z1~v3,f1,sum) Thank you, Luca PS: to avoid any doubts you might have about who I am the following is my web page: http://lucameyer.wordpress.com/ 2015-03-21 18:13 GMT+01:00 Bert Gunter gunter.ber...@gene.com: ... or cleaner: z1 - with(f1,v4 + z -ave(z,v1,v2,FUN=mean)) Just for curiosity, was this homework? (in which case I should probably have not provided you an answer -- that is, assuming that I HAVE provided an answer). Cheers, Bert Bert Gunter Genentech Nonclinical Biostatistics (650) 467-7374 Data is not information. Information is not knowledge. And knowledge is certainly not wisdom. Clifford Stoll On Sat, Mar 21, 2015 at 7:53 AM, Bert Gunter bgun...@gene.com wrote: z - rnorm(nrow(f1)) ## or anything you want z1 - f1$v4 + z - with(f1,ave(z,v1,v2,FUN=mean)) aggregate(v4~v1,f1,sum)
Re: [R-es] Combinatoria
Hola de nuevo amigos, Gracias por vuestras respuestas. Un placer levantarme
esta mañana y ver que alguien había tratado de ayudarme. Espero en unas
semanas poder también ser yo útil a quien lo necesite.
Me explico de nuevo. Estoy aprendiendo y mi primera visión, antes del Data
Mining y las redes neuronales a las que quiero llegar, es ir solucionando
los problemas básicos además de explicarles R a mis propios alumnos en
lugar de Wiris (idóneo para secundaria) o Maxima.
Mi problema es de combinatoria básica, quiero calcular Cm,n Pn Vm,n y lo
mismo con repetición. Son cosas muy básicas de secundaria que cualquier
programa o calculadora de mano las resuelve. Supuse que R en su módulo
básico o CORE las respondería al igual que responde a logaritmos en
cualquier base, determinantes e inversas de matrices.
Pero no, hay que instalar paquetes adicionales.
Buscando encontré que el paquete *combinat* incluye dos de estas funciones
- *combn(m,n)*
- *permn(n)*
- *e incluso mCn(m,n)*
N es solo que haga el cálculod e cuantas son sino que las escribe todas,
por ejemplo
combn(4,2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]111223
[2,]234344
permn(3)
[[1]]
[1] 1 2 3
[[2]]
[1] 1 3 2
[[3]]
[1] 3 1 2
[[4]]
[1] 3 2 1
[[5]]
[1] 2 3 1
[[6]]
[1] 2 1 3
Y mCn las calcula, sin escribirlas:
nCm(4,2)
[1] 6
Pero me chocó que NO incluyese Variaciones con y sin repetición, y
combinaciones y permutaciones con repetición. Tanto que me las calcule como
que me las escriba. Al menos yo no las encuentro a pesar de ser una
cuestión muy básica en combinatoria que ayuda a calcular probabilidades y
claro, ¡es que R es un programa de Estadística!
De ahí mi pregunta al grupo.
Si tengo que hacerme mi propia librería, pues creo que en unos días seré
capaz de hacerlo. Ayer precisamente ya estuve leyendo sobre construirme mis
propias funciones, pero es que me choca que no haya ninguna librería entre
las 6200 del repositorio que ya lo incluya.
Esa era mi pregunta.
Gracias anticipadas.
Miguel
El 21 de marzo de 2015, 19:35, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
En relación con lo que comenta Carlos, por ejemplo para el caso de las
Variaciones sin Repetición, puede ser instructivo
enseñar como se construye como por ejemplo:
VsinR - function(m, n){
return (factorial(m)/factorial(m-n))
}
VsinR(9,3)
-
Creo que con la función factorial que viene por defecto en R puedes
construir siguiendo este modelo rápidadmente
casi cualquier función de las de bachillerato. Las VconR serían m elevado
a n
Quizás la única que merezca la pena construir es la de Permutaciones con
Repetición porque la parte de repetición puede tener más variedad, voy a
mirar si lo encuentro y si no una función lo puede resolver.
PR(m; n1, ..., nk) donde n1+...+nk = m y PR(m;n1, ...,nk) = m!/(n1!
·...·nk!)
Un saludo
Date: Sat, 21 Mar 2015 16:36:50 +0100
From: c...@datanalytics.com
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola, ¿qué tal?
¿Qué quieres hacer, construir las
combinaciones/permutaciones/variaciones o calcular cuántas hay?
Es improbable que encuentres funciones que resuelvan exactamente un
problema específico. Pero sí que podrás, con no mucho esfuerzo,
extender lo que hay para atacar esos problemas.
Un saludo y suerte con R,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 21 de marzo de 2015, 8:39, Our Utopy ourut...@gmail.com
escribió:
Hola buenos días, me presento, me llamo Miguel y 'soy de' y 'vivo en'
Galicia.
Soy profesor de secundaria (Bachillerato Adultos) y llevo 15 días
estudiando R a un buen ritmo, pero todavía me faltan miles de cosas.
He visto que R facilita, no solo el análisis de datos y que posee una
potencia en cálculos estadísticos a cualquier nivel, sino gran caudal
de
recursos para Data Mining, Redes Neuronales, reconocimiento de
patrones y
probablemente todo cuanto deseemos, pero ... aqui va mi primera
pregunta
1. Si quiero calcular unas combinaciones, la función *combn* ó la
*nCm* me
lo resuelven
2. Si quiero permutaciones, entonces ya tengo que cargar el paquete
combinat
3. Pero no encuentro , y no puedo entenderlo, que no encuentre una
función análoga para las variaciones con y sin repetición y para las
permutaciones con repetición. y ya llevo varias horas buscando ¡!
puede que ayer y hoy me encuentre algo espeso, no lo descarto.
Me podríais ayudar en esta tan básica duda.
Gracias
[[alternative HTML version deleted]]
___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R] ordering a boxplot
Dear Boris, Thanks very much, have a great week. Best regards Antônio Olinto Fisheries Institute São Paulo, Brasil 2015-03-21 21:09 GMT-03:00 Boris Steipe boris.ste...@utoronto.ca: ... just for completeness - the more concise way: (no need to go through names()). boxplot(mydata[,order(apply(mydata,2,median))]) ... or descending boxplot(mydata[,order(-apply(mydata,2,median))]) B. On Mar 21, 2015, at 7:04 PM, Boris Steipe boris.ste...@utoronto.ca wrote: There may be more concise ways to do this - but you are 99% there with your approach: try: boxplot(mydata[,names(sort(apply(mydata,2,median)))]) B. On Mar 21, 2015, at 6:49 PM, Antonio Silva aolinto@gmail.com wrote: Thanks Bill and David Here goes an example SP1-c(9,6,7,8,5,8,7,5,9,7) SP2-c(1,3,4,2,4,2,5,3,2,1) SP3-c(4,6,7,5,7,8,7,6,5,4) SP4-c(5,4,3,5,2,3,4,3,4,2) mydata-data.frame(SP1,SP2,SP3,SP4) rownames(mydata)-c(ST1,ST2,ST3,ST4,ST5,ST6,ST7,ST8,ST9,ST10) mydata boxplot(mydata) Note that this data frame does not have the format Response ~ Group. In my real matrix I have up to 40 species. Is there any way to have the species ordered by their median abundance (or other parameter?) The desired order is given by names(sort(apply(mydata,2,median))) Thanks once more, Antonio Olinto Fisheries Institute Sao Paulo, Brazil 2015-03-21 15:13 GMT-03:00 William Dunlap wdun...@tibco.com: You can use the reorder() function to reorder the grouping vector's factor levels according to a function of the data in each group. E.g., compare the following two plots: d - data.frame(Response=cos(1:15), Group=rep(c(A,B,C),c(6,5,4))) par(mfrow=c(1,2)) boxplot(Response ~ Group, data=d) boxplot(Response ~ reorder(Group, X=Response, FUN=median), data=d) Bill Dunlap TIBCO Software wdunlap tibco.com On Fri, Mar 20, 2015 at 2:20 PM, Antonio Silva aolinto@gmail.com wrote: Hello I'm using a dataframe (mydata) where row names are sampling points and column names are species in a multivariate analysis. If I write boxplot(mydata) I'll have boxplots for each species abundance in alphabetical order. How to get the boxes orderer by the median? Usually for this I write boxplot(value~category,at=rank(tapply(mydata$value,mydata$category,median))) but for this to work I need a column for the categories and another column for the values. Thanks in advance, best regards. Antonio Olinto [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R-es] Combinatoria
Hola,
Por precisar un par de detalles:
- Con el paquete gtools se pueden generar:
- las variaciones, permutaciones, combinaciones, variaciones con
repetición y combinaciones con repetición (mira el ejemplo
adjunto con las
combinaciones con repetición).
- Quedan sin cubrir las permutaciones con repetición.
- Y dentro del paquete base, sí que hay formas de calcular algunas
cosas de combinatoria. Mira la función choose() para el cálculo de las
combinaciones. En el ejemplo de la función incluso aparece una forma de
generar el triángulo de Pascal.
#- Ejemplo de Combinaciones con repetición (gtools) -
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
# Combinaciones sin repetición
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo verde
# Combinaciones con repetición
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=TRUE)
[,1][,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo rojo
[5,] rojo verde
[6,] verde verde
#---
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 22:50, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola amigos, muchas gracias por vuestra ayuda.
Entonces veo que mi sorpresa era legítima. Por todos vuestros mails la
conclusión es que:
- En el módulo base de R no incluye combinatoria elemental, ni siquiera
el número combinatorio Cm,n hay que cargar el paquete *combinat*
- Y para las variaciones con repetición el paquete* gtools*
- Y aún así no tenemos ni las combinaciones ni las permutaciones, ambas
con repetición.
Pues tendremos que ponernos a ello ¿no creéis? y hacer un paquete que lo
resuelva y que genere incluso un triángulo de Pascal y otras cuestiones del
binomio de Newton.
Ya sé que es matemática elemental pero repito que estoy sorprendido por
este hecho y más porque estas *Técnicas de conteo* son imprescindibles para
el cálculo básico de probabilidades.
Seguimos en la lucha. Un saludo
El 22 de marzo de 2015, 19:32, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos, creo que el ejemplo que mandas se refiere a las Variaciones con
Repetición de 3 elementos tomados de 3 en 3 y cuyo número asciende a 27
En las Permutaciones con repetición con las observaciones se forman
grupos
disjuntos cuya suma de cardinales es el número total, así pues puede
hablarse de Permutaciones con Repetición de 10 elementos tomados de 5 en
5,
2 en 2 y de 3 en 3, en este caso, el número de combinaciones que sale
seria: PR5;3,2,3 = 10!/(5!·2!·3!)
Este caso es el que digo que seria mas dificil de preparar y quizas si
requiere algo de programacion, porque el numero de grupos es variable,
pero
a lo mejor en lo que mandas se puede introducir algun tipo de vector, en
todo caso lo miro mañana
Un saludo
--
Date: Sun, 22 Mar 2015 13:22:36 +0100
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
From: c...@qualityexcellence.es
To: fjr...@hotmail.com
CC: ourut...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
Sí, también...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el parámetro repeats.allowed controlas si son con o sin
repetción:
#--
#Permutaciones *con repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul verde rojo
[3,] rojo azul verde
[4,] rojo verde azul
[5,] verde azul rojo
[6,] verde rojo azul
#
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 12:18, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos y ya puestos ¿Las permutaciones con repetición, salen también de
aquí?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From: c...@qualityexcellence.es
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Sí se pueden obtener las variaciones con y sin repetición en R.
Eso sí están un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
Re: [R-es] Combinatoria
Hola amigos, muchas gracias por vuestra ayuda.
Entonces veo que mi sorpresa era legítima. Por todos vuestros mails la
conclusión es que:
- En el módulo base de R no incluye combinatoria elemental, ni siquiera
el número combinatorio Cm,n hay que cargar el paquete *combinat*
- Y para las variaciones con repetición el paquete* gtools*
- Y aún así no tenemos ni las combinaciones ni las permutaciones, ambas
con repetición.
Pues tendremos que ponernos a ello ¿no creéis? y hacer un paquete que lo
resuelva y que genere incluso un triángulo de Pascal y otras cuestiones del
binomio de Newton.
Ya sé que es matemática elemental pero repito que estoy sorprendido por
este hecho y más porque estas *Técnicas de conteo* son imprescindibles para
el cálculo básico de probabilidades.
Seguimos en la lucha. Un saludo
El 22 de marzo de 2015, 19:32, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos, creo que el ejemplo que mandas se refiere a las Variaciones con
Repetición de 3 elementos tomados de 3 en 3 y cuyo número asciende a 27
En las Permutaciones con repetición con las observaciones se forman grupos
disjuntos cuya suma de cardinales es el número total, así pues puede
hablarse de Permutaciones con Repetición de 10 elementos tomados de 5 en 5,
2 en 2 y de 3 en 3, en este caso, el número de combinaciones que sale
seria: PR5;3,2,3 = 10!/(5!·2!·3!)
Este caso es el que digo que seria mas dificil de preparar y quizas si
requiere algo de programacion, porque el numero de grupos es variable, pero
a lo mejor en lo que mandas se puede introducir algun tipo de vector, en
todo caso lo miro mañana
Un saludo
--
Date: Sun, 22 Mar 2015 13:22:36 +0100
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
From: c...@qualityexcellence.es
To: fjr...@hotmail.com
CC: ourut...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
Sí, también...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el parámetro repeats.allowed controlas si son con o sin repetción:
#--
#Permutaciones *con repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul verde rojo
[3,] rojo azul verde
[4,] rojo verde azul
[5,] verde azul rojo
[6,] verde rojo azul
#
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 12:18, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos y ya puestos ¿Las permutaciones con repetición, salen también de
aquí?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From: c...@qualityexcellence.es
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Sí se pueden obtener las variaciones con y sin repetición en R.
Eso sí están un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
#--
#Cargar el paquete gtools
library(gtools)
#Definir el conjunto sobre el que se hará el cálculo
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
#Utilizar la función permutations() modificando el valor de r y
#modificando el parámetro repeats.allowed dependiendo si sequieren
con
o sin repetición
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo azul
[4,] rojo verde
[5,] verde azul
[6,] verde rojo
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1] [,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo azul
[5,] rojo rojo
[6,] rojo verde
[7,] verde azul
[8,] verde rojo
[9,] verde verde
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 9:02, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola de nuevo amigos, Gracias por vuestras respuestas. Un placer
levantarme
esta mañana y ver que alguien había tratado de ayudarme. Espero en unas
semanas poder también ser yo útil a quien lo necesite.
Me explico de nuevo. Estoy aprendiendo y mi primera visión, antes del
Data
Mining y las redes neuronales a las que quiero llegar, es ir
solucionando
los problemas básicos además de explicarles R a mis propios alumnos en
lugar de Wiris (idóneo
[R] 1st script
So... wrote my first script, rather than just using the interactive console. I think I got everything working more or less the way I want, but I'm sure there's a ton of room for improvement. Specifically in the way of automation - but thats where I kind of ran out of steam. Any suggestions would be much appreciated. case_data.r # Import CSV file into a data frame. case_weights - read.csv(file = case_weights.csv) # For each row, take the number in the Weight column and replicate it # as many times as there are in each count column. LC09 - rep(case_weights$Weight, case_weights$LC09) LC10 - rep(case_weights$Weight, case_weights$LC10) LP14b1 - rep(case_weights$Weight, case_weights$LP14b1) LP14b2 - rep(case_weights$Weight, case_weights$LP14b2) # Determine the longest vector, to help with the next step. max.len - max(length(LC09), length(LC10), length(LP14b1), length(LP14b2)) # Pad each vector with NA so they are all the same length and will # go in a data frame. LC09 - c(LC09, rep(NA, max.len - length(LC09))) LC10 - c(LC10, rep(NA, max.len - length(LC10))) LP14b1 - c(LP14b1, rep(NA, max.len - length(LP14b1))) LP14b2 - c(LP14b2, rep(NA, max.len - length(LP14b2))) # Stick everything back into one data frame. case_dat - data.frame(LC09) case_dat$LC10 - LC10 case_dat$LP14b1 - LP14b1 case_dat$LP14b2 - LP14b2 # Stuff said data frame back into a CSV for use elsewhere (plot.ly). write.csv(case_dat, file = expanded_case_weights.csv) # Boxplot it boxplot(case_dat, varwidth = TRUE, notch = TRUE, horizontal = TRUE, main = Case Weights, xlab = Weight (grains), ylab = Batch, las = 1, names = c(LC09, LC10, LP14b1, LP14b2)) -- Shiny! Let's be bad guys. Reach me @ memilanuk (at) gmail dot com __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R-es] Combinatoria
Hola, ¿qué tal?
Efectivamente, no hay demasiado soporte para combinatoria (y para
matemática simbólica, y para...). Quienes se dedican a esas cosas
siempre puede usar Sage. Puedes echarle un vistazo a
http://www.sagemath.org/doc/reference/combinat/sage/combinat/tutorial.html
Es cierto que en estadística contar es un problema. Pero se parece mucho más a
http://andrewgelman.com/2008/05/08/doing_the_candy/
(una pequeña historia que te recomiendo) que a aquellas historias de
las variaciones con y sin repetición de mi primero de BUP.
Un saludo,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 22 de marzo de 2015, 22:50, Our Utopy ourut...@gmail.com escribió:
Hola amigos, muchas gracias por vuestra ayuda.
Entonces veo que mi sorpresa era legítima. Por todos vuestros mails la
conclusión es que:
- En el módulo base de R no incluye combinatoria elemental, ni siquiera
el número combinatorio Cm,n hay que cargar el paquete *combinat*
- Y para las variaciones con repetición el paquete* gtools*
- Y aún así no tenemos ni las combinaciones ni las permutaciones, ambas
con repetición.
Pues tendremos que ponernos a ello ¿no creéis? y hacer un paquete que lo
resuelva y que genere incluso un triángulo de Pascal y otras cuestiones del
binomio de Newton.
Ya sé que es matemática elemental pero repito que estoy sorprendido por
este hecho y más porque estas *Técnicas de conteo* son imprescindibles para
el cálculo básico de probabilidades.
Seguimos en la lucha. Un saludo
El 22 de marzo de 2015, 19:32, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos, creo que el ejemplo que mandas se refiere a las Variaciones con
Repetición de 3 elementos tomados de 3 en 3 y cuyo número asciende a 27
En las Permutaciones con repetición con las observaciones se forman grupos
disjuntos cuya suma de cardinales es el número total, así pues puede
hablarse de Permutaciones con Repetición de 10 elementos tomados de 5 en 5,
2 en 2 y de 3 en 3, en este caso, el número de combinaciones que sale
seria: PR5;3,2,3 = 10!/(5!·2!·3!)
Este caso es el que digo que seria mas dificil de preparar y quizas si
requiere algo de programacion, porque el numero de grupos es variable, pero
a lo mejor en lo que mandas se puede introducir algun tipo de vector, en
todo caso lo miro mañana
Un saludo
--
Date: Sun, 22 Mar 2015 13:22:36 +0100
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
From: c...@qualityexcellence.es
To: fjr...@hotmail.com
CC: ourut...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
Sí, también...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el parámetro repeats.allowed controlas si son con o sin repetción:
#--
#Permutaciones *con repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetición*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul verde rojo
[3,] rojo azul verde
[4,] rojo verde azul
[5,] verde azul rojo
[6,] verde rojo azul
#
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 12:18, Francisco Rodríguez fjr...@hotmail.com
escribió:
Carlos y ya puestos ¿Las permutaciones con repetición, salen también de
aquí?
Un saludo y gracias
Date: Sun, 22 Mar 2015 12:15:45 +0100
From: c...@qualityexcellence.es
To: ourut...@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Sí se pueden obtener las variaciones con y sin repetición en R.
Eso sí están un poco escondidas...
Se pueden calcular de esta forma:
#--
#Cargar el paquete gtools
library(gtools)
#Definir el conjunto sobre el que se hará el cálculo
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
#Utilizar la función permutations() modificando el valor de r y
#modificando el parámetro repeats.allowed dependiendo si sequieren
con
o sin repetición
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo azul
[4,] rojo verde
[5,] verde azul
[6,] verde rojo
permutations(n=3, r=2, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1] [,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo azul
[5,] rojo rojo
[6,]
Re: [R-es] Combinatoria
Hola Miguel,
Exactamente que necesitas hacer con ecuaciones no lineales? Encontrar la
raiz? Si este es el caso, no necesitas, en principio, cargar ningun
paquete. Con la funcion ?optim en base podrias hacer lo basico.
Saludos cordiales,
Jorge.-
2015-03-23 10:22 GMT+11:00 Our Utopy ourut...@gmail.com:
Ya me extra�aba a mi!
Ma�ana a primera hora miro todo lo que me comentas.
Ahora estoy con ecuaciones no lineales y ya veo que hay que cargar
librerias
Muchas gracias. Un saludo
El 23 de marzo de 2015, 0:08, Carlos Ortega c...@qualityexcellence.es
escribi�:
Hola,
Por precisar un par de detalles:
- Con el paquete gtools se pueden generar:
- las variaciones, permutaciones, combinaciones, variaciones con
repetici�n y combinaciones con repetici�n (mira el ejemplo adjunto
con las
combinaciones con repetici�n).
- Quedan sin cubrir las permutaciones con repetici�n.
- Y dentro del paquete base, s� que hay formas de calcular algunas
cosas de combinatoria. Mira la funci�n choose() para el c�lculo de
las
combinaciones. En el ejemplo de la funci�n incluso aparece una forma
de
generar el tri�ngulo de Pascal.
#- Ejemplo de Combinaciones con repetici�n (gtools) -
x - c('rojo', 'azul', 'verde')
# Combinaciones sin repetici�n
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=FALSE)
[,1] [,2]
[1,] azul rojo
[2,] azul verde
[3,] rojo verde
# Combinaciones con repetici�n
combinations(n=3, r=2, v=x, repeats=TRUE)
[,1][,2]
[1,] azul azul
[2,] azul rojo
[3,] azul verde
[4,] rojo rojo
[5,] rojo verde
[6,] verde verde
#---
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 22 de marzo de 2015, 22:50, Our Utopy ourut...@gmail.com escribi�:
Hola amigos, muchas gracias por vuestra ayuda.
Entonces veo que mi sorpresa era leg�tima. Por todos vuestros mails la
conclusi�n es que:
- En el m�dulo base de R no incluye combinatoria elemental, ni
siquiera
el n�mero combinatorio Cm,n hay que cargar el paquete *combinat*
- Y para las variaciones con repetici�n el paquete* gtools*
- Y a�n as� no tenemos ni las combinaciones ni las permutaciones,
ambas
con repetici�n.
Pues tendremos que ponernos a ello �no cre�is? y hacer un paquete que lo
resuelva y que genere incluso un tri�ngulo de Pascal y otras cuestiones
del
binomio de Newton.
Ya s� que es matem�tica elemental pero repito que estoy sorprendido por
este hecho y m�s porque estas *T�cnicas de conteo* son imprescindibles
para
el c�lculo b�sico de probabilidades.
Seguimos en la lucha. Un saludo
El 22 de marzo de 2015, 19:32, Francisco Rodr�guez fjr...@hotmail.com
escribi�:
Carlos, creo que el ejemplo que mandas se refiere a las Variaciones
con
Repetici�n de 3 elementos tomados de 3 en 3 y cuyo n�mero asciende a
27
En las Permutaciones con repetici�n con las observaciones se forman
grupos
disjuntos cuya suma de cardinales es el n�mero total, as� pues puede
hablarse de Permutaciones con Repetici�n de 10 elementos tomados de 5
en 5,
2 en 2 y de 3 en 3, en este caso, el n�mero de combinaciones que sale
seria: PR5;3,2,3 = 10!/(5!�2!�3!)
Este caso es el que digo que seria mas dificil de preparar y quizas si
requiere algo de programacion, porque el numero de grupos es variable,
pero
a lo mejor en lo que mandas se puede introducir algun tipo de vector,
en
todo caso lo miro ma�ana
Un saludo
--
Date: Sun, 22 Mar 2015 13:22:36 +0100
Subject: Re: [R-es] Combinatoria
From: c...@qualityexcellence.es
To: fjr...@hotmail.com
CC: ourut...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
S�, tambi�n...
Para las permutaciones, n=r.
Y con el par�metro repeats.allowed controlas si son con o sin
repetci�n:
#--
#Permutaciones *con repetici�n*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=TRUE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul azul azul
[2,] azul azul rojo
[3,] azul azul verde
[4,] azul rojo azul
[5,] azul rojo rojo
[6,] azul rojo verde
[7,] azul verde azul
[8,] azul verde rojo
[9,] azul verde verde
[10,] rojo azul azul
[11,] rojo azul rojo
[12,] rojo azul verde
[13,] rojo rojo azul
[14,] rojo rojo rojo
[15,] rojo rojo verde
[16,] rojo verde azul
[17,] rojo verde rojo
[18,] rojo verde verde
[19,] verde azul azul
[20,] verde azul rojo
[21,] verde azul verde
[22,] verde rojo azul
[23,] verde rojo rojo
[24,] verde rojo verde
[25,] verde verde azul
[26,] verde verde rojo
[27,] verde verde verde
#Permutaciones *sin repetici�n*
permutations(n=3, r=3, v=x, repeats.allowed=FALSE)
[,1][,2][,3]
[1,] azul rojo verde
[2,] azul
[R] R Freezes (Mac) using file.choose()
I'm using a mac with OSX Yosemite (10.10.2), running the latest version of R (3.1.3). But I've been having this same issue since Mavericks came out, using all of the different versions of R that have come out since Mavericks. Often (approximately 15% of the time I would say), whenever I use a function in R that pulls up a mac finder window, R will freeze and I am left with the spinning beach ball until I force-quit R. This happens most frequently when using file.choose() to open a file, but has happened to me when changing the working directory through the Misc tab as well: Misc- Change Working Directory This has happened on at least three different Mac machines of varying ages, so I don't think this is a computer specific issue. And as much of the scripts I have written use file.choose(), this happens on a regular basis. Have other people run into this same issue? If so, is there a fix for it? [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
[R] average wind direction calculation
Dear All, I am wondering if you have an R script or know an R package for an average wind direction Best, Alemu [[alternative HTML version deleted]] __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Re: [R] average wind direction calculation
On Mar 22, 2015, at 9:18 PM, Alemu Tadesse alemu.tade...@gmail.com wrote: Dear All, I am wondering if you have an R script or know an R package for an average wind direction pkg:circular Best, Alemu [[alternative HTML version deleted]] R is a plain text mailing list. — David Winsemius, MD Alameda, CA, USA __ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
