Re: [R] plot.drm in "drc" package

[PIKAL Petr]

Hi

I do not consider myself as an expert in drc.

AFAIK in drc plotting you plot response against actual dose.

You have 3 options
Plot dose values in non log axis
plot(mod, type="all", log="")

Plot dose values in log axis
plot(mod, type="all", log="x")

or plot log(dose) values in non log axis
plot(log(dose),y)
which is not used in plot.drc

The fourth option
plot(log(dose),y, log="x")
discards dose values below zero from plot.

So my opinion is that plotting with dose is better option just because in 
log(dose) you get negative values and it is not easy to decipher what dose is 
-0.6931472.

Cheers
Petr



From: li li [mailto:hannah@gmail.com]
Sent: Friday, September 2, 2016 4:42 AM
To: PIKAL Petr <petr.pi...@precheza.cz>
Cc: r-help <r-help@r-project.org>
Subject: Re: [R] plot.drm in "drc" package

Thanks Petr for the reply.
When I run "plot(mod, type="all",log="x")", the tickmarks of the x axix include 
(0.02, 0.1, 1,10).
But the log(Dose) should be less than 4.
Anyway, I think there is something missing in the plot.drm function.

   Hanna

2016-08-31 7:41 GMT-04:00 PIKAL Petr 
<petr.pi...@precheza.cz<mailto:petr.pi...@precheza.cz>>:
Hi

Thanks for code.
see in line

> -Original Message-
> From: R-help 
> [mailto:r-help-boun...@r-project.org<mailto:r-help-boun...@r-project.org>] On 
> Behalf Of li li
> Sent: Tuesday, August 30, 2016 5:07 PM
> To: r-help <r-help@r-project.org<mailto:r-help@r-project.org>>
> Subject: [R] plot.drm in "drc" package
>
> Hi all,
>   I am trying to use the drc package to fit 4L curve.
> I am so confused about the plot.drm function in the drc package.
> Particularly, I am confused about the scale of the xaxis in the plots 
> generated
> using the plot.drm function. See the example below:
>
> ## generate data and fit the model
> dose <- rep(50*2^(-(0:11)),3)
> dose
> d <- 100
> c <- 1
> b <- 1
> e <- 1.6
> y <- rnorm(length(dose))+ c+ (d-c)/(1+exp(b*(log(dose)-log(e
> library(drc)
> mod <- drm(y~dose, fct = LL.4())
> summary(mod)
>
> Now I plot the data and the fitted curve with the plot.drm using the code
> below and get the figure 1 below.
>
>
> ##obtaining figure 1
> plot(mod, type="all",log="x")
>
>
> Next I plot the raw data and add the curve by extracting the estimate of the
> parameters.
>
> ##extract parameters
> para <- mod$fit$par
> bhat<- para[1]
> chat <- para[2]
> dhat <- para[3]
> ehat <- para[4]
>
> ##plot figure 2
> plot(log(dose),y)
> points(log(50*2^(-(0:11))),  chat +
> (dhat-chat)/(1+exp(bhat*(log(50*2^(-(0:11)))-log(ehat, type="l")
>
> My question is regarding the figure 1 generated by the plot.drm.
> The x axis is the not the log scale of the doses. I checked the package 
> manual,
 ^^^
Well I am either missing something obvios but when I tried

plot(mod, type="all",log="x")

I got x axis with log scaling. Actually the result is the same as

plot(mod, type="all")

If you want x axis to be in original range you need to put empty string

plot(mod, type="all",log="")

Cheers
Petr

> it says the default is log base 10. But it is not true in this case.
> Does some have some insight on the correct usage of the plot.drm function.
>
> Thanks much in advance.
>   Hanna
>
>   [[alternative HTML version deleted]]
>
> __
> R-help@r-project.org<mailto:R-help@r-project.org> mailing list -- To 
> UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.


Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny 
pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně 
jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze 
svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email 
jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či 
zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a 
to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; 
Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce 
s dodatk

Re: [R] plot.drm in "drc" package

[li li]

Thanks Petr for the reply.
When I run "plot(mod, type="all",log="x")", the tickmarks of the x axix
include (0.02, 0.1, 1,10).
But the log(Dose) should be less than 4.
Anyway, I think there is something missing in the plot.drm function.

   Hanna

2016-08-31 7:41 GMT-04:00 PIKAL Petr :

> Hi
>
> Thanks for code.
> see in line
>
> > -Original Message-
> > From: R-help [mailto:r-help-boun...@r-project.org] On Behalf Of li li
> > Sent: Tuesday, August 30, 2016 5:07 PM
> > To: r-help 
> > Subject: [R] plot.drm in "drc" package
> >
> > Hi all,
> >   I am trying to use the drc package to fit 4L curve.
> > I am so confused about the plot.drm function in the drc package.
> > Particularly, I am confused about the scale of the xaxis in the plots
> generated
> > using the plot.drm function. See the example below:
> >
> > ## generate data and fit the model
> > dose <- rep(50*2^(-(0:11)),3)
> > dose
> > d <- 100
> > c <- 1
> > b <- 1
> > e <- 1.6
> > y <- rnorm(length(dose))+ c+ (d-c)/(1+exp(b*(log(dose)-log(e
> > library(drc)
> > mod <- drm(y~dose, fct = LL.4())
> > summary(mod)
> >
> > Now I plot the data and the fitted curve with the plot.drm using the code
> > below and get the figure 1 below.
> >
> >
> > ##obtaining figure 1
> > plot(mod, type="all",log="x")
> >
> >
> > Next I plot the raw data and add the curve by extracting the estimate of
> the
> > parameters.
> >
> > ##extract parameters
> > para <- mod$fit$par
> > bhat<- para[1]
> > chat <- para[2]
> > dhat <- para[3]
> > ehat <- para[4]
> >
> > ##plot figure 2
> > plot(log(dose),y)
> > points(log(50*2^(-(0:11))),  chat +
> > (dhat-chat)/(1+exp(bhat*(log(50*2^(-(0:11)))-log(ehat, type="l")
> >
> > My question is regarding the figure 1 generated by the plot.drm.
> > The x axis is the not the log scale of the doses. I checked the package
> manual,
>  ^^^
> Well I am either missing something obvios but when I tried
>
> plot(mod, type="all",log="x")
>
> I got x axis with log scaling. Actually the result is the same as
>
> plot(mod, type="all")
>
> If you want x axis to be in original range you need to put empty string
>
> plot(mod, type="all",log="")
>
> Cheers
> Petr
>
> > it says the default is log base 10. But it is not true in this case.
> > Does some have some insight on the correct usage of the plot.drm
> function.
> >
> > Thanks much in advance.
> >   Hanna
> >
> >   [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > __
> > R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> > guide.html
> > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
> 
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie
> vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany
> příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn
> nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> 

Re: [R] plot.drm in "drc" package

[PIKAL Petr]

Hi

Thanks for code.
see in line

> -Original Message-
> From: R-help [mailto:r-help-boun...@r-project.org] On Behalf Of li li
> Sent: Tuesday, August 30, 2016 5:07 PM
> To: r-help 
> Subject: [R] plot.drm in "drc" package
>
> Hi all,
>   I am trying to use the drc package to fit 4L curve.
> I am so confused about the plot.drm function in the drc package.
> Particularly, I am confused about the scale of the xaxis in the plots 
> generated
> using the plot.drm function. See the example below:
>
> ## generate data and fit the model
> dose <- rep(50*2^(-(0:11)),3)
> dose
> d <- 100
> c <- 1
> b <- 1
> e <- 1.6
> y <- rnorm(length(dose))+ c+ (d-c)/(1+exp(b*(log(dose)-log(e
> library(drc)
> mod <- drm(y~dose, fct = LL.4())
> summary(mod)
>
> Now I plot the data and the fitted curve with the plot.drm using the code
> below and get the figure 1 below.
>
>
> ##obtaining figure 1
> plot(mod, type="all",log="x")
>
>
> Next I plot the raw data and add the curve by extracting the estimate of the
> parameters.
>
> ##extract parameters
> para <- mod$fit$par
> bhat<- para[1]
> chat <- para[2]
> dhat <- para[3]
> ehat <- para[4]
>
> ##plot figure 2
> plot(log(dose),y)
> points(log(50*2^(-(0:11))),  chat +
> (dhat-chat)/(1+exp(bhat*(log(50*2^(-(0:11)))-log(ehat, type="l")
>
> My question is regarding the figure 1 generated by the plot.drm.
> The x axis is the not the log scale of the doses. I checked the package 
> manual,
 ^^^
Well I am either missing something obvios but when I tried

plot(mod, type="all",log="x")

I got x axis with log scaling. Actually the result is the same as

plot(mod, type="all")

If you want x axis to be in original range you need to put empty string

plot(mod, type="all",log="")

Cheers
Petr

> it says the default is log base 10. But it is not true in this case.
> Does some have some insight on the correct usage of the plot.drm function.
>
> Thanks much in advance.
>   Hanna
>
>   [[alternative HTML version deleted]]
>
> __
> R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.


Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny 
pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně 
jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze 
svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email 
jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či 
zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a 
to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; 
Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce 
s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným 
dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost 
žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně 
pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně 
osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi 
či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are 
intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. 
Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from 
your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to 
use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by 
modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a 
contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately 
accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of 
the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an 
express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into 
any contracts