Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R
Y así es como cada vez te debo más cervezas o cafés!
Mil gracias.
Me faltaba invocar *python*
*system(*
* paste0('python script.py ', paste0(ar[i], '1 '),
ar[i], paste0(' ', ar[i], '3') ) )*
Entiendo que el comando shell() es para que funcione en windows; en Linux
con el original system() es suficiente. Veo que tengo que hacer algo
también para que el sistema espere a que se termine de ejecutar el comando,
porque necesito que lea los ficheros que genera. Pero de eso me desasno
leyendo.
Gracias
Hau idatzi du Marcelino De La Cruz Rot (marcelino.delac...@urjc.es)
erabiltzaileak (2019 eka. 14, or. (12:52)):
> Hola Juan:
>
> en vez de system(), quería decir shell(), es decir:
>
> shell(
> paste0('script.py ',
>
> paste0(ar[i], '1 '),
> ar[i],
> paste0(' ', ar[i], '3')
> )
>
> )
>
> Si el script está en el working directory [getwd()], te debería
> funcionar sin problemas.
>
> Tanto system() como shell() te permiten interactuar con el sistema
> fácilmente. Cada una tiene sus peculiaridades. Consulta ?system y ?shell
>
>
>
>
>
> El 14/06/2019 a las 12:14, Juan Abasolo escribió:
> > Ni idea de eso; te lo agradezco. Seguramente lo voy a terminar usando
> > bastante.
> > Pregunto: ahí debería hacer todas las operaciones propias del sistema?
> > No me encuentra el script, y se me hace raro. Capaz que pasa al
> > sistema desde la carpeta en la que está el script de R, no desde el wd
> > de R.
> > Ahora me toca salir y después intentar probar y que funcione.
> > Gracis de vuelta
> >
> >
> >
> > Hau idatzi du Marcelino De La Cruz Rot (marcelino.delac...@urjc.es
> > ) erabiltzaileak (2019 eka. 14, or.
> > (11:46)):
> >
> > ¿Has probado esto?
> >
> > system(
> > > paste0('script.py ',
> >
> > paste0(ar[i], '1 '),
> > ar[i],
> > paste0(' ', ar[i], '3')
> > )
> >
> > )
> >
> >
> >
> >
> > El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> > > Hola, amigos
> > > Se me acabo la sapienza. A ver:
> > > tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos
> > arg1 arg2
> > > arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en
> > la que lo
> > > tengo y hago:
> > > $ script.py arg1 arg arg3
> > > Funciona perfecto.
> > >
> > > Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
> > >
> > > Lo hago así (copio y pego):
> > >
> > > dir <- getwd()
> > > setwd('data/row/directoriocondatos/')
> > >
> > > py_run_string(
> > > paste0('script.py ',
> > > paste0(ar[i], '1 '),
> > > ar[i],
> > > paste0(' ', ar[i], '3')
> > > ))
> > > setwd(dir)
> > >
> > > El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> > > perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede
> > integrado
> > > para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
> > >> paste0('script.py ',
> > > paste0(ar[i], '1 '),
> > > ar[i],
> > > paste0(' ', ar[i], '3')
> > > )
> > > [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola,
> > todo bien.
> > >
> > > Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o
> > cambiarla o...
> > > manden
> > > Alguien que me desasne?
> > >
> > >
> >
> > --
> > Marcelino de la Cruz Rot
> > Depto. de Biología y Geología
> > Física y Química Inorgánica
> > Universidad Rey Juan Carlos
> > Móstoles España
> >
> >
> >
> > --
> > Juan Abasolo
> >
> > Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
> > Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> > Euskal Herriko Unibertsitatea
> > UPV/EHU
> >
> > Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
> >
> > T: (+34) 94 601 7567
> > Telegram: @JuanAbasolo
> > Skype: abasolo72
> >
> > Tutoretza ordutegia
>
>
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> Marcelino de la Cruz Rot
> Depto. de Biología y Geología
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[R-es] Comparación interacciones
Hola Grupo! Estoy teniendo el inconveniente de no saber como plantear en mi script la sentencia para obtener las comparaciones a posteriori de las interacciones... Tengo un modelo de medidas repetidas que es el siguiente: fit_med_rep3<-lme(IGG1~TTO*dia, random=~1|ANIMAL, correlation=corAR1(form = ~ 1 |ANIMAL ),data=med_rep) summary(fit_med_rep3) anova(fit_med_rep3) Hasta ahí voy bien...(dijo un pato y estaba en la puerta del horno), el tema es cuando pido las comparaciones multiples a posteriori con el siguiente script: compFIT3<-glht(fit_med_rep3, linfct=mcp(TTO ="Tukey",interaction_average = TRUE),test = adjusted(type = "bonferroni")) He probado crear un nuevo objeto (interacción=interaction(TTO,dia)) y ponerlo en el modelo para luego en vez de solo poner el factor TTO en la comparación a posteriori poner el objeto intertacción y tampoco lo pude resolver de esa forma...También probé con interaction_leverage=TRUE...y nada. La que me queda es molestar al grupo o hacer una matriz de contraste a mano... Muchas gracias de antemano!! Saludos [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R
Hola Juan:
en vez de system(), quería decir shell(), es decir:
shell(
paste0('script.py ',
paste0(ar[i], '1 '),
ar[i],
paste0(' ', ar[i], '3')
)
)
Si el script está en el working directory [getwd()], te debería
funcionar sin problemas.
Tanto system() como shell() te permiten interactuar con el sistema
fácilmente. Cada una tiene sus peculiaridades. Consulta ?system y ?shell
El 14/06/2019 a las 12:14, Juan Abasolo escribió:
> Ni idea de eso; te lo agradezco. Seguramente lo voy a terminar usando
> bastante.
> Pregunto: ahí debería hacer todas las operaciones propias del sistema?
> No me encuentra el script, y se me hace raro. Capaz que pasa al
> sistema desde la carpeta en la que está el script de R, no desde el wd
> de R.
> Ahora me toca salir y después intentar probar y que funcione.
> Gracis de vuelta
>
>
>
> Hau idatzi du Marcelino De La Cruz Rot (marcelino.delac...@urjc.es
> ) erabiltzaileak (2019 eka. 14, or.
> (11:46)):
>
> ¿Has probado esto?
>
> system(
> > paste0('script.py ',
>
> paste0(ar[i], '1 '),
> ar[i],
> paste0(' ', ar[i], '3')
> )
>
> )
>
>
>
>
> El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> > Hola, amigos
> > Se me acabo la sapienza. A ver:
> > tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos
> arg1 arg2
> > arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en
> la que lo
> > tengo y hago:
> > $ script.py arg1 arg arg3
> > Funciona perfecto.
> >
> > Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
> >
> > Lo hago así (copio y pego):
> >
> > dir <- getwd()
> > setwd('data/row/directoriocondatos/')
> >
> > py_run_string(
> > paste0('script.py ',
> > paste0(ar[i], '1 '),
> > ar[i],
> > paste0(' ', ar[i], '3')
> > ))
> > setwd(dir)
> >
> > El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> > perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede
> integrado
> > para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
> >> paste0('script.py ',
> > paste0(ar[i], '1 '),
> > ar[i],
> > paste0(' ', ar[i], '3')
> > )
> > [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola,
> todo bien.
> >
> > Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o
> cambiarla o...
> > manden
> > Alguien que me desasne?
> >
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Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R
Ni idea de eso; te lo agradezco. Seguramente lo voy a terminar usando
bastante.
Pregunto: ahí debería hacer todas las operaciones propias del sistema? No
me encuentra el script, y se me hace raro. Capaz que pasa al sistema desde
la carpeta en la que está el script de R, no desde el wd de R.
Ahora me toca salir y después intentar probar y que funcione.
Gracis de vuelta
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erabiltzaileak (2019 eka. 14, or. (11:46)):
> ¿Has probado esto?
>
> system(
> > paste0('script.py ',
>
> paste0(ar[i], '1 '),
> ar[i],
> paste0(' ', ar[i], '3')
> )
>
> )
>
>
>
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> El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> > Hola, amigos
> > Se me acabo la sapienza. A ver:
> > tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos arg1 arg2
> > arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en la que lo
> > tengo y hago:
> > $ script.py arg1 arg arg3
> > Funciona perfecto.
> >
> > Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
> >
> > Lo hago así (copio y pego):
> >
> > dir <- getwd()
> > setwd('data/row/directoriocondatos/')
> >
> > py_run_string(
> > paste0('script.py ',
> > paste0(ar[i], '1 '),
> > ar[i],
> > paste0(' ', ar[i], '3')
> > ))
> > setwd(dir)
> >
> > El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> > perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede
> integrado
> > para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
> >> paste0('script.py ',
> > paste0(ar[i], '1 '),
> > ar[i],
> > paste0(' ', ar[i], '3')
> > )
> > [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola, todo bien.
> >
> > Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o cambiarla o...
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Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R
¿Has probado esto?
system(
> paste0('script.py ',
paste0(ar[i], '1 '),
ar[i],
paste0(' ', ar[i], '3')
)
)
El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> Hola, amigos
> Se me acabo la sapienza. A ver:
> tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos arg1 arg2
> arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en la que lo
> tengo y hago:
> $ script.py arg1 arg arg3
> Funciona perfecto.
>
> Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
>
> Lo hago así (copio y pego):
>
> dir <- getwd()
> setwd('data/row/directoriocondatos/')
>
> py_run_string(
> paste0('script.py ',
> paste0(ar[i], '1 '),
> ar[i],
> paste0(' ', ar[i], '3')
> ))
> setwd(dir)
>
> El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede integrado
> para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
>> paste0('script.py ',
> paste0(ar[i], '1 '),
> ar[i],
> paste0(' ', ar[i], '3')
> )
> [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola, todo bien.
>
> Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o cambiarla o...
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Hola, amigos
Se me acabo la sapienza. A ver:
tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos arg1 arg2
arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en la que lo
tengo y hago:
$ script.py arg1 arg arg3
Funciona perfecto.
Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
Lo hago así (copio y pego):
dir <- getwd()
setwd('data/row/directoriocondatos/')
py_run_string(
paste0('script.py ',
paste0(ar[i], '1 '),
ar[i],
paste0(' ', ar[i], '3')
))
setwd(dir)
El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede integrado
para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
> paste0('script.py ',
paste0(ar[i], '1 '),
ar[i],
paste0(' ', ar[i], '3')
)
[1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola, todo bien.
Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o cambiarla o...
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[R-es] 61 - Reunión Grupo de Usuarios de R de Madrid...
Buenas a todos, Ya están disponibles los videos de la sesión de ayer de la reunión del "Grupo de Usuarios de R de Madrid". http://madrid.r-es.org/61-jueves-13-de-junio-2019/ Gracias y en cuanto a las reuniones ya volvemos en septiembre, Carlos. [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
