Re: [R-es] Fwd: Asignar color a violin plot por categoria
Hola,
Mira este ejemplo, al final que de hecho usa como tu la función
"plot_richness()".
- https://stackoverflow.com/questions/65876168/violin-plot-color
Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El lun, 25 ene 2021 a las 22:35, jose luis via R-help-es (<
r-help-es@r-project.org>) escribió:
> puedes probar a añadirle a tu código:
> +scale_fill_manual(values=c("red", "blue", "black")).
> Obviamente con los colores que te gusten.
> Quizá debas quitar el fill="grey" de arriba, aunque creo que funcionaria
> igual.
>
>
> En lunes, 25 de enero de 2021 21:51:16 CET, Adrian Gonzalez <
> adriangonzalez070...@gmail.com> escribió:
>
>
>
>
> -- Forwarded message -
> From: *Adrian Gonzalez*
> Date: Sun, Jan 24, 2021 at 12:14 AM
> Subject: Asignar color a violin plot por categoria
> To:
>
>
> Buen día estimada comunidad,
>
> Tengo el siguiente código:
>
> plot_richness(carbom, "Organism", measures="Shannon") +
> geom_violin(trim=FALSE, fill="grey") + geom_boxplot(width=0.1,
> fill="white") + labs(title="Alpha Diversity Measure",x="organism",
> y="Shannon Index") + theme_bw() + theme(panel.grid.major = element_blank(),
> panel.grid.minor = element_blank())
>
> Me genera el plot que adjunto, sin embargo quiero tener un color X en cada
> violín, ya probe con varias opciones en fill, por ejemplo fill="blue" o
> fill="red" y colorea el color seleccionado, además, de con palette="blues"
> pero no marca error.
>
> Gracias de antemano,
>
> Saludos cordiales
>
>
> [image: Captura de Pantalla 2021-01-24 a la(s) 0.09.34.png]
>
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> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] Fwd: Asignar color a violin plot por categoria
puedes probar a añadirle a tu código:+scale_fill_manual(values=c("red",
"blue", "black")).Obviamente con los colores que te gusten.
Quizá debas quitar el fill="grey" de arriba, aunque creo que funcionaria igual.
En lunes, 25 de enero de 2021 21:51:16 CET, Adrian Gonzalez
escribió:
-- Forwarded message -
From: Adrian Gonzalez
Date: Sun, Jan 24, 2021 at 12:14 AM
Subject: Asignar color a violin plot por categoria
To:
Buen día estimada comunidad,
Tengo el siguiente código:
plot_richness(carbom, "Organism", measures="Shannon") + geom_violin(trim=FALSE,
fill="grey") + geom_boxplot(width=0.1, fill="white") + labs(title="Alpha
Diversity Measure",x="organism", y="Shannon Index") + theme_bw() +
theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())
Me genera el plot que adjunto, sin embargo quiero tener un color X en cada
violín, ya probe con varias opciones en fill, por ejemplo fill="blue" o
fill="red" y colorea el color seleccionado, además, de con palette="blues" pero
no marca error.
Gracias de antemano,
Saludos cordiales
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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[R-es] Fwd: Asignar color a violin plot por categoria
-- Forwarded message - From: Adrian Gonzalez Date: Sun, Jan 24, 2021 at 12:14 AM Subject: Asignar color a violin plot por categoria To: Buen día estimada comunidad, Tengo el siguiente código: plot_richness(carbom, "Organism", measures="Shannon") + geom_violin(trim=FALSE, fill="grey") + geom_boxplot(width=0.1, fill="white") + labs(title="Alpha Diversity Measure",x="organism", y="Shannon Index") + theme_bw() + theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) Me genera el plot que adjunto, sin embargo quiero tener un color X en cada violín, ya probe con varias opciones en fill, por ejemplo fill="blue" o fill="red" y colorea el color seleccionado, además, de con palette="blues" pero no marca error. Gracias de antemano, Saludos cordiales [image: Captura de Pantalla 2021-01-24 a la(s) 0.09.34.png] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] gbm vs. gbm.step
Muy buenas, tengo algunas dudas sobre gradient boosting que quizás alguien pueda resolverme. gbm.step, del paquete dismo, tarda mucho más que gbm, del paquete gbm. Yo había asumido que es porque busca el número óptimo de árboles por validación cruzada. He visto, sin embargo, que gbm también te da ese número óptimo, y con modelo$cv.fitted te da, además, las predicciones sobre las muestras OOB de la VC, lo que me permite representarlas frente a a variable objetivo y evaluar, además, la capacidad predictiva del algoritmo con R2. gbm.step te da directamente esa varianza, con modelo$cv.statistics[3], pero no consigo las predicciones sobre las OOB para representarlas frente a la variable objetivo. En resumen, mis dos cuestiones son: ¿qué hace gbm.step que no hace gbm, si tarda tanto? ¿es posible obtener con gbm.step esas predicciones sobre las OOB? Gracias, como siempre, Manuel [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] (sin asunto)
Muy buenas, tengo algunas dudas sobre gradient boosting que quizás alguien pueda resolverme. gbm.step, del paquete dismo, tarda mucho más que gbm, del paquete gbm. Yo había asumido que es porque busca el número óptimo de árboles por validación cruzada. He visto, sin embargo, que gbm también te da ese número óptimo, y con modelo$cv.fitted te da, además, las predicciones sobre las muestras OOB de la VC, lo que me permite representarlas frente a a variable objetivo y evaluar, además, la capacidad predictiva del algoritmo con R2. gbm.step te da directamente esa varianza, con modelo$cv.statistics[3], pero no consigo las predicciones sobre las OOB para representarlas frente a la variable objetivo. En resumen, mis dos cuestiones son: ¿qué hace gbm.step que no hace gbm, si tarda tanto? ¿es posible obtener con gbm.step esas predicciones sobre las OOB? Gracias, como siempre, Manuel [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
