Re: [R-es] simulación1
Hola José, He incluido la línea como ejemplo, con fines didácticos para que veas cómo se hace. Sin ningún otro objetivo que pudiera estar asociado a tu estudio. Para añadir una línea/curva o puntos sueltos, tienes primero que conseguir esos puntos en un data.frame y luego representarles como indico a través de las funciones "points()", "lines()"... Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom, 7 mar 2021 a las 20:54, Jose Betancourt Bethencourt (< betans...@gmail.com>) escribió: > El anterior no se veia, esta linea no tiene sentido > > > > > El 7/3/21, Carlos Ortega escribió: > > Hola, > > > > Fíjate que usas "plot()", el sitema gráfico por defecto de "R". > > Sobre el plot que tienes, puedes usar las funciones "points()", o > "lines()" > > para añadir elementos a ese gráfico. > > > > En este ejemplo añado una línea horizontal a la altura de y = 100. > > > > #-- > > library(EpiModel) > > # SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) > > param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, > >rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, > >di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) > > init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) > > control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) > > mod2 <- dcm(param, init, control) > > mod2 > > plot(mod2) > > *lines( 1:10, rep(100,10))* > > #- > > > > Gracias, > > Carlos Ortega > > www.qualityexcellence.es > > > > El dom, 7 mar 2021 a las 12:36, Jose Betancourt Bethencourt (< > > betans...@gmail.com>) escribió: > > > >> Estimados > >> Quisieramos saber como agregar al modelo que se presenta debajo una > >> linea de casos reales a la simulación, la cual ya tiene ya tiene una > >> linea de susceptibles, una de infecciosos y otra de rcuperados > >> > >> > >> saludos > >> José > >> > >> library(EpiModel) > >> SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) > >> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, > >>rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, > >>di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) > >> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) > >> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) > >> mod2 <- dcm(param, init, control) > >> mod2 > >> plot(mod2) > >> > >> -- > >> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > >> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > >> > >> ___ > >> R-help-es mailing list > >> R-help-es@r-project.org > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> > > > > > > -- > > Saludos, > > Carlos Ortega > > www.qualityexcellence.es > > > > > -- > Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] simulación1
El anterior no se veia, esta linea no tiene sentido El 7/3/21, Carlos Ortega escribió: > Hola, > > Fíjate que usas "plot()", el sitema gráfico por defecto de "R". > Sobre el plot que tienes, puedes usar las funciones "points()", o "lines()" > para añadir elementos a ese gráfico. > > En este ejemplo añado una línea horizontal a la altura de y = 100. > > #-- > library(EpiModel) > # SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) > param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, >rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, >di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) > init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) > control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) > mod2 <- dcm(param, init, control) > mod2 > plot(mod2) > *lines( 1:10, rep(100,10))* > #- > > Gracias, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > El dom, 7 mar 2021 a las 12:36, Jose Betancourt Bethencourt (< > betans...@gmail.com>) escribió: > >> Estimados >> Quisieramos saber como agregar al modelo que se presenta debajo una >> linea de casos reales a la simulación, la cual ya tiene ya tiene una >> linea de susceptibles, una de infecciosos y otra de rcuperados >> >> >> saludos >> José >> >> library(EpiModel) >> SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) >> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, >>rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, >>di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) >> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) >> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) >> mod2 <- dcm(param, init, control) >> mod2 >> plot(mod2) >> >> -- >> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt >> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay >> >> ___ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] simulación1
Saludos la linea que genera no tiene sentido para mi, deber ia ser una linea similar a la linea ascendente de los infectados con crecimiento exponencial El 7/3/21, Carlos Ortega escribió: > Hola, > > Fíjate que usas "plot()", el sitema gráfico por defecto de "R". > Sobre el plot que tienes, puedes usar las funciones "points()", o "lines()" > para añadir elementos a ese gráfico. > > En este ejemplo añado una línea horizontal a la altura de y = 100. > > #-- > library(EpiModel) > # SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) > param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, >rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, >di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) > init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) > control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) > mod2 <- dcm(param, init, control) > mod2 > plot(mod2) > *lines( 1:10, rep(100,10))* > #- > > Gracias, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > El dom, 7 mar 2021 a las 12:36, Jose Betancourt Bethencourt (< > betans...@gmail.com>) escribió: > >> Estimados >> Quisieramos saber como agregar al modelo que se presenta debajo una >> linea de casos reales a la simulación, la cual ya tiene ya tiene una >> linea de susceptibles, una de infecciosos y otra de rcuperados >> >> >> saludos >> José >> >> library(EpiModel) >> SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) >> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, >>rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, >>di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) >> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) >> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) >> mod2 <- dcm(param, init, control) >> mod2 >> plot(mod2) >> >> -- >> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt >> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay >> >> ___ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay plot_zoom_png Description: Binary data ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] simulación1
Hola, Fíjate que usas "plot()", el sitema gráfico por defecto de "R". Sobre el plot que tienes, puedes usar las funciones "points()", o "lines()" para añadir elementos a ese gráfico. En este ejemplo añado una línea horizontal a la altura de y = 100. #-- library(EpiModel) # SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) mod2 <- dcm(param, init, control) mod2 plot(mod2) *lines( 1:10, rep(100,10))* #- Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom, 7 mar 2021 a las 12:36, Jose Betancourt Bethencourt (< betans...@gmail.com>) escribió: > Estimados > Quisieramos saber como agregar al modelo que se presenta debajo una > linea de casos reales a la simulación, la cual ya tiene ya tiene una > linea de susceptibles, una de infecciosos y otra de rcuperados > > > saludos > José > > library(EpiModel) > SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) > param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, >rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, >di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) > init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) > control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) > mod2 <- dcm(param, init, control) > mod2 > plot(mod2) > > -- > Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > > ___ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] simulación1
Estimados Quisieramos saber como agregar al modelo que se presenta debajo una linea de casos reales a la simulación, la cual ya tiene ya tiene una linea de susceptibles, una de infecciosos y otra de rcuperados saludos José library(EpiModel) SIR Model with Vital Dynamics (One-Group) param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 10, rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100, di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100) init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 15) mod2 <- dcm(param, init, control) mod2 plot(mod2) -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] Ordenar gráficos de distribución de frecuencias con ggplot2
Hola Manuel, A ver si esto te puede ayudar. *#- Ordenar gráficos de acuerdo a un estadístico no alfabético --* *library(forcats)* pIFd = data %>% gather(x, y, NPP) %>% ggplot(aes(x = y, y =* fct_reorder(Clst, median(x)) *, color = Clst, fill = Clst)) + facet_wrap( ~ x, scale = "free", ncol = 3) + scale_fill_tableau() + scale_color_tableau() + geom_density_ridges(alpha = 0.8) + guides(fill = F, color = F) windows();pIFd *#- Gráficos todos juntos --* Mira esta ayuda: https://www.r-graph-gallery.com/135-stacked-density-graph.html Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom, 7 mar 2021 a las 6:27, Manuel Mendoza () escribió: > Buenos días, como veis en el código que os copio abajo, represento la > distribución de la frecuencia de muestras de las 6 categorías presentes en > la variable Clst, a lo largo de la variable NPP. Me representa los 6 > gráficos ordenados de arriba a abajo. Dos cuestiones: > 1. ¿Cómo le puedo indicar el orden? > 2. ¿Cómo puedo representar los 6 juntos, superpuestos (con cierta > transparencia) en un mismo gráfico? > > Muchas gracias, como siempre, > Manuel > > > pIFd = data %>% > gather(x, y, NPP) %>% > ggplot(aes(x = y, y = Clst, color = Clst, fill = Clst)) + > facet_wrap( ~ x, scale = "free", ncol = 3) + > scale_fill_tableau() + > scale_color_tableau() + > geom_density_ridges(alpha = 0.8) + > guides(fill = F, color = F) > > windows();pIFd > > [[alternative HTML version deleted]] > > ___ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
