Re: [R-es] BioStatFLOSS y EpiLinux

[José Luis Cañadas]

Gracias Miguel Ángel. Seguro que la distro es de la máxima calidad

El mar., 25 may. 2021 13:42, 
escribió:

> Hola.
>
>
> A los que queráis probar la nueva versión de EpiLinux (6.0) sin
> descargaros ni instalar nada, ya la tenéis disponible en la web de
> DistroTest.net
>
> (se ejecuta en el navegador; obviamente, el rendimiento no es el mismo)
>
>
> https://distrotest.net/EpiLinux/6.0
>
>
>
> Un saludo,
>
> Miguel.
>
>
>
> ?
>
>
>
>
> 
> De: Rodríguez Muíños, Miguel Ángel
> Enviado: miércoles, 19 de mayo de 2021 14:12
> Para: r-help-es@r-project.org
> Asunto: BioStatFLOSS y EpiLinux
>
>
> Hola.
>
>
> Retomando este antiguo hilo, os anuncio la reciente publicación de:
>
>
> - BioStatfloss V5.0:
> https://www.sergas.es/Saude-publica/BioStatFLOSS?idioma=es?
>
>
> - EpiLinux v6.0: https://www.sergas.es/Saude-publica/Epilinux?idioma=es
>
>
>
> Notas (un poco al azar):
>
>
> - Obviamente, R es una de las aplicaciones principales (junto con
> RCommander y RStudio como interfaces gráficas) en ambos proyectos.
>
>
> - A los usuarios de Windows (BioStatFLOSS), os recomiendo que le echéis un
> ojo a Radiant (otro GUI de R basado web -con Shiny-) y como proyectos
> derivados de R: JASP y Jamovi.
>
>
> - Todas las aplicaciones de BioStatFLOSS son portables (no necesitan
> instalación) e independientes unas de otras, por lo que se puede copiar la
> carpeta correspondiente y ejecutar por separado desde un pendrive, HD
> externo o en el propio equipo.
>
>
> - La ISO de EpiLinux se puede probar desde una máquina virtual o
> grabándola en un pendrive (con Rufus o Etcher, por ejemplo); en este caso,
> una vez grabado el pendrive o HD externo, hay que indicarle al equipo que
> arranque desde él.
>
>
> - Tanto en BioStatFLOSS como en EpiLinux se incluye Epidat (otro de
> nuestros proyectos de software). Más info:
> https://www.sergas.es/Saude-publica/EPIDAT?idioma=es
>
>
>
> Espero que a alguien el resulte de utilidad.
>
> Un saludo,
>
> -
>
> Miguel Ángel Rodríguez Muíños
>
> Dirección Xeral de Saúde Pública
>
> Consellería de Sanidade
>
> Xunta de Galicia
>
> https://dxsp.sergas.gal/
>
>
>
> [R-es] EpiLinux 5
> miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es miguel.angel.rodriguez.muinos
> en sergas.es ?Subject=Re%3A%20%5BR-es%5D%20EpiLinux%205=%3C1516609305844.55711%
> 40sergas.es%3E>
> Lun Ene 22 09:21:46 CET 2018
>
>
> Hola.
>
>
> Os anuncio la publicación de la versión 5 de EpiLinux.
>
>
> Es una distribución científica de Linux, basada en Ubuntu de 64 bits con
> entorno de escritorio LXDE, que incluye una recopilación de software
> específicamente orientado al análisis de datos, la bioestadística y/o la
> epidemiología.
>
>
> Obviamente, el "núcleo central" de la distro es R (que viene con tres
> entornos gráficos preinstalados: RCommander, RKward y RStudio) aunque la
> selección de software es amplia.
>
>
> Tenéis más información aquí ->
> https://www.sergas.es/Saude-publica/Epilinux?idioma=es
>
>
> Se puede descargar en forma de ISO (4Gb aprox.). Esta ISO se puede montar
> virtualizada o pasarla a un pendrive para convertirla en una distribución
> live -funciona autónomamente desde el propio pendrive-. También se puede
> instalar en el disco duro del ordenador.
>
>
> Espero que os pueda ser útil. Aunque es difícil que alguien de esta lista
> no tenga ya un entorno de trabajo estable y personalizado, este tipo de
> distribuciones "live" son bastante adecuadas para la formación por no ser
> agresivas con el sistema operativo host del ordenador y/o para iniciarse en
> este campo (nota: para este propósito os recomiendo que probéis JASP, a los
> que no lo conocéis)
>
>
> Si tenéis algún ordenador por ahí que ya no puede con las nuevas versiones
> de Windows, podéis probarla también (mejor instalada en el HD porque ese
> tipo de equipos suele tener puertos USB "lentos"), igual os sorprende su
> ligereza.
>
>
> Se agradecen comentarios, sugerencias, ideas, críticas, 
>
>
> Un saludo,
> Miguel.
>
>
>
> ?
>
>
> 
>
> Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos
> adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu
> destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe,
> por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está
> autorizada.
>
> Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos
> adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su
> destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este
> mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no
> está autorizada.
>
> See more languages: http://www.sergas.es/aviso-confidencialidad
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
> 

Re: [R-es] Se puede ejecutar un programa en la nube?

[José Luis Cañadas]

Hola.
No sé si quizá con rstudio cloud (https://rstudio.cloud/)  o alquilar una
ec2 en aws . Ya hay amis preconfiguradas.
https://www.louisaslett.com/RStudio_AMI/
 De todas formas no me parece excesivo 4 filas y 30 variables, quizá
algún amigo /compañero te pueda dejar su máquina o montar un rstudio server
en su máquina y darte acceso via web.

El dom, 18 abr 2021 a las 9:48, Juan Abasolo ()
escribió:

> Hola, Carlos
> Mientras gente que sabe de verdad contesta en la dirección de tu pregunta,
> yo te epaso mi solución a medio camino:
>
> Usar Parallel, es para ejecutar en cada core de la computadora una parte
> del proceso. Según qué tipo de proceso tengás que hacer, soluciona
> bastante.
>
> Tenía que analizar y ordenar el análisis sintáctico de wikipedia y en una
> noche y una mañana entera no hubo manera. Con parallel me fui a hacer unos
> tramites y cuando volví todo hecho.
>
> Suerte.
>
> Juan
>
> Hau idatzi du Carlos Santos (carlossantos@gmail.com) erabiltzaileak
> (2021 api. 18, ig. (09:18)):
>
> > Hola a todos,
> >
> > Tengo problemas de memoria y espacio en mi PC cuando ejecutó un programa
> > utilizando datasets medios y grandes de más de 4 filas con más de 30
> > columnas
> >
> > Sabéis si hay alguna manera de ejecutar mi programa en la nube para
> > solucionar dicho problema?
> >
> > Gracias por vuestra ayuda
> > Carlos Santos
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
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> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
>
>
> --
> Juan Abasolo, PhD
>
> Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
> Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> Euskal Herriko Unibertsitatea
> UPV/EHU
>
> Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
>
> T   : (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
> Skype   : abasolo72
>
> Tutoretza ordutegia 
> [blo ][gak
> ]
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Re: [R-es] Fórmula con variables al azar

[José Luis Cañadas]

Hola Manuel.
¿No has pensado en hacer un randomforest, poniendo qeu use todos los datos
en cada muestra bootstrap y un porcentaje de las variables?

El jue, 7 ene 2021 a las 1:42, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> Esta es una forma, uso el conjunto de datos "car90" que viene incluido en
> "rpart".
>
> #-
> library(rpart)
>
> data(car90)
> target <- c('Mileage')
> vars   <- setdiff(names(car90), target)
>
> num_loops <- 10
> for( i in 1:num_loops) {
>num_vars <- 6
>vars_samp <- vars[ sample(1:length(vars), num_vars)]
>fmla <- as.formula(paste(target, " ~ ", paste(vars_samp, collapse=
> "+")))
>fit <- rpart(fmla, data = car90)
>print(fit)
> }
>
> #-
>
> Se puede sofisticar esto, para capturar incluso la salida de cada
> iteración... :-).
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El mié, 6 ene 2021 a las 22:44, Manuel Mendoza (<
> mmend...@fulbrightmail.org>)
> escribió:
>
> > Muy buenas, hago un árbol de regresión (aunque podría ser cualquier otro
> > análisis) dentro de un loop y quiero que en cada vuelta coja un conjunto
> > distinto de variables. En la df hay 19 predictores pero quiero que
> utilice
> > solo 6 de ellos, al azar, cada vez. ¿Qué debería poner donde hay un
> > interrogante?
> >
> >   fit<- rpart(IFd ~ ? , data=training)
> >
> > Gracias, como siempre,
> > Manuel
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
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> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
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Re: [R-es] ponderación de casos en R

[José Luis Cañadas]

Mirate el paquete survey de thomas lumley
http://r-survey.r-forge.r-project.org/survey/index.html

El mar., 12 nov. 2019 a las 18:02, José Miguel Contreras (<
jmcontre...@ugr.es>) escribió:

>
> Hola a todos
>
> ¿Existe una forma directa de hacer la ponderación de casos de spss en R?
> Pasar de datos en forma de tabla de frecuencias a datos simpres repitiendo
> los datos tantas veces como diga la frecuencia???
>
> Saludos
>
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>

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Re: [R-es] Clases S3, S4...

[José Luis Cañadas]

Yo hice el curso de datacamp que dice Carlos Ortega y las R6 parecen fáciles

El mar., 11 dic. 2018 a las 10:35, Manuel Muñoz Márquez ()
escribió:

> Buenas:
>
> Sí, yo he usado las clases S4 en el paquete orloca:
> https://cran.r-project.org/web/packages/orloca/index.html
>
> Incluso teniendo experiencia en lenguajes como c++, me resultó difícil.
> Encontré muy poca documentación.
>
> Tal vez la próxima vez lo intente con las R6.
>
> Un saludo.
>
>
> --
> http://www.uca.es/teloydisren
> http://knuth.uca.es/R
> --
> Proyecto R-UCA
> --
> Nombre: Manuel Muñoz Márquez
> Departamento: Departamento de Estadística e Investigación Operativa
> Institución: Escuela Superior de Ingeniería de Cádiz
> Organización: Universidad de Cádiz
>
> ___
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

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Re: [R-es] Clases S3, S4...

[José Luis Cañadas]

Y para completar, también existen las reference class o las más modernas
R6. https://adv-r.hadley.nz/r6.html
 Que se parecen más a los lenguajes más orientados a objetos, con sus
herencias y demás historias.

dom., 9 dic. 2018 17:23, Carlos J. Gil Bellosta 
escribió:

> Hola, ¿qué tal?
>
> S3 es un sistema de clases bastante primitivo. Está pensado esencialmente
> para poder usar la misma función (p.e., plot) con diversos tipos de
> objetos. Funciona esencialmente así:
>
> 1) Se define una función, p.e., plot, como genérica.
> 2) Los autores de paquetes, etc. crean objetos y les asignan una clase
> (p.e., "lm").
> 3) Si esos autores quieren usar plot para su objeto, crean una función con
> el nombre plot.lm (el nombre de la función genérica, seguido de punto y
> seguido del nombre de la clase).
> 4) R, cuando ve plot(x), pregunta a x su clase (X) y le aplica la función
> plot.X correspondiente (de existir).
>
> Cuando los expertos en informática ven eso siempre preguntan: ¿en serio?
> Porque es muy, muy cutre. Pero efectivo.
>
> Las clases S4 implementan un mecanismo de orientación a objetos más similar
> a los de otros lenguajes con OO: Python, Java y otros.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>
>
>
> El dom., 9 dic. 2018 a las 14:26, Jesús Para Fernández (<
> j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:
>
> > Buenas
> >
> > Desde hace ya bastante tiempo veo viendo que hay diferentes tipos de
> > clases en R, las mas viejas, S3, y luego algunas mas modernas como S4,...
> > ¿Que diferencias existen entre estas clases? Alguna buena referencia la
> > respecto, que sea entendible por un profano de la informatica?=
> >
> >
> > Gracias
> > Jesús
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Materiales - V Xornada de Usuarios de R en Galicia

[José Luis Cañadas]

Gracias Miguel Angel

El lun., 12 nov. 2018 a las 12:08, ceveve () escribió:

> Mil gracias.
>
> El lun., 12 nov. 2018 a las 4:58,  >
> escribió:
>
> > Hola.
> >
> > Por si es de vuestro interés, os informo de que ya están disponibles las
> > presentaciones y los videos de la Jornada de usuarios de Galicia, que
> tuvo
> > lugar el 25 de Octubre en Santiago de Compostela.
> >
> > https://www.r-users.gal/pagina/programa-2018
> >
> >
> >
> > Un Saludo,
> > --
> > Miguel Ángel Rodríguez Muíños
> > Dirección Xeral de Saúde Pública
> > Consellería de Sanidade
> > Xunta de Galicia
> > http://dxsp.sergas.es
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > 
> >
> > Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos
> > adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu
> > destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta
> mensaxe,
> > por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está
> > autorizada.
> >
> > Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos
> > adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su
> > destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este
> > mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no
> > está autorizada.
> >
> > See more languages: http://www.sergas.es/aviso-confidencialidad
> >
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> >
>
>
> --
> *César O. Velázquez Vega**.*
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Chapuza total?? Crear web con R

[José Luis Cañadas]

Cierto. Pero en nuestro caso funcionó por qué se levantaban máquinas de
Amazon aitomaticamente si nos quedábamos sin recursos. Tal vez la opción
buena sea lo que te comentaban de shiny asíncrono con future y promises

El lun., 22 oct. 2018 22:40, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Pero eso de crear un contenedor lo hace shinyproxy atuomaticamente cada
> vez que entra un usuario no?
>
>
>
> Generar un contendor por app noe s un poco locura?
>
>
>
> Esta semana me quiero meter a usar shinyproxy, pero creo que para el tipo
> de web que quiero montar será mejor no usar R, sino un lenguaje mas
> especifico. Dudo entre PHP, .NET CORE o Django, aunque seguramente tire por
> .NET CORE por temas de poder ejecutarla en cualquier tipo de servidor.
>
>
>
> Enviado desde Correo <https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=550986>
> para Windows 10
>
>
> --
> *De:* José Luis Cañadas 
> *Enviado:* Monday, October 22, 2018 10:37:52 PM
> *Para:* Jesús Para Fernández
> *Cc:* Víctor Granda García; r-help-es@r-project.org
>
> *Asunto:* Re: [R-es] Chapuza total?? Crear web con R
>
> Una solución que he visto es usar dockers. En mi antiguo curro hicimos
> varias viz hechas en shiny que estaba en un docker y las gestionaba
> shinyproxy. El tema era que todo estaba en aws y teníamos un administrador
> de sistemas muy bueno que me lo montó detrás de un balanceador de forma que
> cada vez que un usuario se logaba en la web de shiny proxy se le levantaba
> un contenedor para él, por lo que la cosa escalaba bien. Ojo, nuestro
> volumen de usuarios no superaba los 50
>
>
> El lun., 22 oct. 2018 22:29, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>
>> Buenas Victor,
>>
>> Gracias por el mail. Suele pasar lod e descubrir el paquete una vez que
>> has terminado el curro.. jejejeje
>>
>> Las webs estan bien, pero estaba pensando mase n webs de formularios..
>>
>> No obstante, lo tomo en cuenta. Muchas gracias
>> Jesús
>> 
>> De: Víctor Granda García 
>> Enviado: lunes, 22 de octubre de 2018 22:17
>> Para: j.para.fernan...@hotmail.com
>> Cc: r-help-es@r-project.org
>> Asunto: Re: [R-es] Chapuza total?? Crear web con R
>>
>> Buenas!
>>
>> Espero que no sea una locura total o mi trabajo se va al garete jeje.
>> Bromas aparte, si quieres ejemplos "profesionales", la oficina de turismo
>> de Nueva Zelanda tiene su dashboard hecha en shiny (
>> http://tourismdashboard.mbie.govt.nz/), así que poder, se puede hacer.
>> Como este hay unos cuantos ejemplos más, pero ahora ni recuerdo dónde los
>> ví. Además, ahora mismo con las nuevas "capacidades" de ejecutar código
>> asíncrono que tiene shiny en su última versión te permite que muchos más
>> usuarios usen tu app/web sin sufrir mucho (
>> https://blog.rstudio.com/2018/06/26/shiny-1-1-0/).
>> Así que mi opinión es que no es una locura, es viable, siempre y cuando
>> sepas que tiene límites y que según el tipo de web o de uso que se le
>> pretenda dar es probable que haya soluciones mejores.
>>
>> Y ahora un poco de autopromoción, para que veas ejemplos menos
>> "profesionales". En mi trabajo he desarrollado estás páginas con shiny y de
>> momento parecen aguantar, La primera es una app contenida en una web hecha
>> con diango (python), las dos siguientes son páginas web hechas con shiny,
>> antes de conocer el paquete pkgdown, que me hubiese simplificado mucho la
>> vida.
>> http://sapfluxnet.creaf.cat/shiny/sfn_progress_dashboard/ (código en
>> https://github.com/sapfluxnet/sfn_progress_dashboard)
>> http://vegmod.ctfc.cat/meteolandweb (código en
>> https://github.com/MalditoBarbudo/meteoland_shiny)
>> http://vegmod.ctfc.cat/medfateweb (código en
>> https://github.com/MalditoBarbudo/medfate_shiny)
>>
>> [[elided Hotmail spam]]
>>
>>
>> Víctor Granda García
>> Data Technician
>>
>> [http://www.creaf.uab.cat/_signatura/CREAF30_ESP.png]
>> v.gra...@creaf.uab.cat<mailto:v.gra...@creaf.uab.cat>
>> Tel. +34 93 581 33 53
>>
>>
>> www.creaf.cat<http://www.creaf.cat/> | http://blog.creaf.cat<
>> http://blog.creaf.cat/>
>> CREAF. Campus UAB. Edifici C. 08193 Bellaterra (Barcelona)
>>
>>
>> Antes de imprimir este mensaje electrónico piense en el medio ambiente.
>>
>>
>>
>>
>>
>> On Mon, 22 Oct 2018 at 20:48, Jesús Para Fernández <
>> j.para.fernan...@hotmail.com<mailto:j.para.fernan...@hotma

Re: [R-es] Chapuza total?? Crear web con R

[José Luis Cañadas]

Una solución que he visto es usar dockers. En mi antiguo curro hicimos
varias viz hechas en shiny que estaba en un docker y las gestionaba
shinyproxy. El tema era que todo estaba en aws y teníamos un administrador
de sistemas muy bueno que me lo montó detrás de un balanceador de forma que
cada vez que un usuario se logaba en la web de shiny proxy se le levantaba
un contenedor para él, por lo que la cosa escalaba bien. Ojo, nuestro
volumen de usuarios no superaba los 50


El lun., 22 oct. 2018 22:29, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Buenas Victor,
>
> Gracias por el mail. Suele pasar lod e descubrir el paquete una vez que
> has terminado el curro.. jejejeje
>
> Las webs estan bien, pero estaba pensando mase n webs de formularios..
>
> No obstante, lo tomo en cuenta. Muchas gracias
> Jesús
> 
> De: Víctor Granda García 
> Enviado: lunes, 22 de octubre de 2018 22:17
> Para: j.para.fernan...@hotmail.com
> Cc: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] Chapuza total?? Crear web con R
>
> Buenas!
>
> Espero que no sea una locura total o mi trabajo se va al garete jeje.
> Bromas aparte, si quieres ejemplos "profesionales", la oficina de turismo
> de Nueva Zelanda tiene su dashboard hecha en shiny (
> http://tourismdashboard.mbie.govt.nz/), así que poder, se puede hacer.
> Como este hay unos cuantos ejemplos más, pero ahora ni recuerdo dónde los
> ví. Además, ahora mismo con las nuevas "capacidades" de ejecutar código
> asíncrono que tiene shiny en su última versión te permite que muchos más
> usuarios usen tu app/web sin sufrir mucho (
> https://blog.rstudio.com/2018/06/26/shiny-1-1-0/).
> Así que mi opinión es que no es una locura, es viable, siempre y cuando
> sepas que tiene límites y que según el tipo de web o de uso que se le
> pretenda dar es probable que haya soluciones mejores.
>
> Y ahora un poco de autopromoción, para que veas ejemplos menos
> "profesionales". En mi trabajo he desarrollado estás páginas con shiny y de
> momento parecen aguantar, La primera es una app contenida en una web hecha
> con diango (python), las dos siguientes son páginas web hechas con shiny,
> antes de conocer el paquete pkgdown, que me hubiese simplificado mucho la
> vida.
> http://sapfluxnet.creaf.cat/shiny/sfn_progress_dashboard/ (código en
> https://github.com/sapfluxnet/sfn_progress_dashboard)
> http://vegmod.ctfc.cat/meteolandweb (código en
> https://github.com/MalditoBarbudo/meteoland_shiny)
> http://vegmod.ctfc.cat/medfateweb (código en
> https://github.com/MalditoBarbudo/medfate_shiny)
>
> [[elided Hotmail spam]]
>
>
> Víctor Granda García
> Data Technician
>
> [http://www.creaf.uab.cat/_signatura/CREAF30_ESP.png]
> v.gra...@creaf.uab.cat
> Tel. +34 93 581 33 53
>
>
> www.creaf.cat | http://blog.creaf.cat<
> http://blog.creaf.cat/>
> CREAF. Campus UAB. Edifici C. 08193 Bellaterra (Barcelona)
>
>
> Antes de imprimir este mensaje electrónico piense en el medio ambiente.
>
>
>
>
>
> On Mon, 22 Oct 2018 at 20:48, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> wrote:
> Buenas,
>
> Crear una web con R y shiny + shinyproxy en vez de un lenguaje propio como
> .Net + d3 es un chapuzon? Me da miedo sobretodo si la web tiene muchos
> usuarios a la vez...
>
> Que opinais?
>
> Un saludo
> Jesús
>
> Obtener Outlook para Android
>
>
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>
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Re: [R-es] Prediccion de series temporales con keras

[José Luis Cañadas]

Con las lstm y con Keras en particular hay q tener claro el shape del array
que entra (y a veces es complicado llorar). También hay que tener el cuenta
el batch y que el número de filas de tu dataset a predecir sea divisible
por el tamaño del batch.

Este ejemplo en particular es complicado de entender, porque dentro de los
datos hace un shuffle (por fin entendí para que lo hacía) porque toma solo
una medida de las que tiene en el intervalo que considera y encima usa
generadores por lo que adaptarlo a tu problema puede ser un poco más
complicado.
Me gusta más el ejemplo que hay en el blog
http://www.business-science.io/timeseries-analysis/2018/04/18/keras-lstm-sunspots-time-series-prediction.html
que es más fácil de entender. Eso sí, ojo con el batch y el número de filas
de tus datasets. Yo suelo coger para datos diarios un tamaño de 7 (una
semana) para el batch y luego ya elijo el train de x semanas y lo mismo
para el test.

Saludos

El sáb., 2 jun. 2018 11:44, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Es justo ese ejemplo el que estoy mirando, pero no sale la prediccion
>
> He probado a cambiar la funcion generadora, haciendo que devuelva como
> lista solo los input, pero sigue devolviendo error:
>
>
>
> Error in py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords) :
>   ValueError: Error when checking model : the list of Numpy arrays that
> you are passing to your model is not the size the model expected. Expected
> to see 1 array(s), but instead got the following list of 2 arrays:
> [array([[[-0.96836436,  0.47144857,  0.58940583, ..., -0.91705155,
>  -0.8551915 , -0.24787408],
> [-0.9651101 ,  0.41106144,  0.53349024, ..., -0.8296852 ,
>  -0.8551915 ,  0.958038...
>
>
> 
> De: Carlos Ortega 
> Enviado: sábado, 2 de junio de 2018 11:33
> Para: Jesús Para Fernández
> Cc: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] Prediccion de series temporales con keras
>
> Hola,
>
> Mira este ejemplo detallado:
>
>
> https://tensorflow.rstudio.com/blog/time-series-forecasting-with-recurrent-neural-networks.html
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
> El 2 de junio de 2018, 7:29, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com>
> escribió:
> Buenas
>
> Alguien sabe como se hacen las predicciones de las series temporslea
> usando keras?
>
> Baaado en esto:
>
> https://tensorflow.rstudio.com/blog/time-series-forecasting-with-recurrent-neural-networks.html
>
> He intentado hacer un predict_generator(test_data) pero siempre me
> devuelve el error de que el array no coincid con las dimensiones
>
> Gracias!!
>
> Obtener Outlook para Android
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
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Re: [R-es] [Grupo de Usuarios de R de Madrid]: Mañana 8-marzo. Reunión.

[José Luis Cañadas]

Gracias Carlos. Una pena no haber podido ir.

El vie., 9 mar. 2018 21:16, Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>
escribió:

> Disculpad, la dirección correcta es esta:
>
> http://madrid.r-es.org/49-jueves-8-de-marzo-2018/
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
> El 9 de marzo de 2018, 20:04, Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>
> escribió:
>
> > Buenas a todos,
> >
> > ¡Gracias a los que pudieron venir!.
> >
> > Ya están disponibles los videos de la sesión de ayer aquí:
> >
> > http://madrid.r-es.org/49-jueves-8-de-marzo-2017/
> >
> > Gracias,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> >
> >
> > El 7 de marzo de 2018, 11:10, José Luis Cañadas <canadasre...@gmail.com>
> > escribió:
> >
> >> Lamentablemente no puedo ir. Luego veo las charlas cuando las colguéis.
> >>
> >>
> >>
> >> El mié., 7 mar. 2018 a las 9:41, Carlos Ortega (<
> c...@qualityexcellence.es>)
> >> escribió:
> >>
> >>> Buenas a todos,
> >>>
> >>> Mañana celebramos la reunión mensual del "Grupo de Usuarios de R de
> >>> Madrid". Para todos aquellos que quieran y puedan asistir.
> >>>
> >>> Para más detalles aquí:
> >>>
> >>> https://www.meetup.com/es-ES/Grupo-de-Usuarios-de-R-de-Madri
> >>> d/events/248021127/
> >>>
> >>> Gracias,
> >>> Carlos Ortega
> >>> www.qualityexcellence.es
> >>>
> >>> [[alternative HTML version deleted]]
> >>>
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> >>>
> >>
> >
> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
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Re: [R-es] [Grupo de Usuarios de R de Madrid]: Mañana 8-marzo. Reunión.

[José Luis Cañadas]

Lamentablemente no puedo ir. Luego veo las charlas cuando las colguéis.



El mié., 7 mar. 2018 a las 9:41, Carlos Ortega ()
escribió:

> Buenas a todos,
>
> Mañana celebramos la reunión mensual del "Grupo de Usuarios de R de
> Madrid". Para todos aquellos que quieran y puedan asistir.
>
> Para más detalles aquí:
>
>
> https://www.meetup.com/es-ES/Grupo-de-Usuarios-de-R-de-Madrid/events/248021127/
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
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Re: [R-es] Avro.-

[José Luis Cañadas]

Quizá algún paquete de cloudyr te sirva.
https://github.com/cloudyr

El vie., 2 feb. 2018 16:57, Freddy Omar López Quintero <
freddy.lopez.quint...@gmail.com> escribió:

> Hola.
>
> Espero que estén bien.
>
> Les cuento. Tengo acceso a unos datos .avro en un s3 de amazon pero estoy
> desconcertado con la forma de leerlos desde sparkR (*no sparklyr*) sin
> tener que descargar el archivo.
>
> Como antecedente, descargando el archivo, he utilizado felizmente las
> instrucciones:
>
> Sys.setenv(SPARK_HOME="/opt/apache-spark/")
>
> library(SparkR, lib.loc = c(file.path(Sys.getenv("SPARK_HOME"), "R",
> "lib")))
>
> sparkR.session(master = "local[*]", sparkConfig = list(spark.driver.memory
> = "2g"), sparkPackages = c("com.databricks:spark-avro_2.11:4.0.0"
>
> dd <- read.df(path="/home/vate01/Descargas/TR_TRN_1.avro", source =
> 'com.databricks.spark.avro')
>
> Pero quisiera evitar el paso de la descarga, teniendo las credenciales de
> la cuenta de amazon.
>
> ¡Gracias!
>
> --
> «...homines autem hominum causa esse generatos...»
>
> Cicero
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] Asignar nombre de variable

[José Luis Cañadas]

Hola, qué tal?
¿Algo como  esto?

x <- c("C_1", "C_2")
assign(x[1], runif(23))
C_1

El sáb., 25 nov. 2017 a las 19:38, José Miguel Contreras García (<
jmcontre...@ugr.es>) escribió:

> Hola a todos
>
> Una pregunta… necesito asignar como nombre de una nueva variable el
> contenidos, caracteres, de otra variable
>
> Por ejemplo
>
> Si x<-c(“C_1”, “C_2”)
>
> Como saco el contenido de x[1] para asignarlo como nombre de una nueva
> variable.
>
> C_1<- algo
>
> Saludos
>
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Re: [R-es] Tibble o data.table?

[José Luis Cañadas]

Te pongo enlace de Presto. De postgress hay muchas referencias.
https://aws.amazon.com/es/emr/details/presto/

Y para Presto existe Rpresto, que permite usar DBI sobre Presto.
Básicamente, permite ver tablas hive en R y hacer sql muy rápidas sobre
grandes volúmenes de datos, sin tener que levantar un spark.

El mié., 22 nov. 2017 22:07, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Que es postgres y presto?? Se uqe google tiene la respuesta,
> ------
> *De:* José Luis Cañadas <canadasre...@gmail.com>
> *Enviado:* miércoles, 22 de noviembre de 2017 22:01
> *Para:* Jesús Para Fernández
> *Cc:* Carlos Ortega; r-help-es@r-project.org
>
> *Asunto:* Re: [R-es] Tibble o data.table?
>
> Yo la ventaja que le veo a tibble y demás cosas del mundo tidy es la
> conexión a fuentes externas , como postgres,spark, presto y usar dplyr como
> front.
>
>
> El mié., 22 nov. 2017 21:51, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>
> Tienes razon de que hay una serie de paquetes que lo usan, pero me da que
> vienen impulsados por Rstudio desde el paquete tidyverse...
>
> Yo me resisto a usarlo. Me parece que queda mas limpio, pero no se porque
> no le pillo la gracia...Quizas sea el apoyo de Rstudio lo que me tire para
> atras...
> 
> De: Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>
> Enviado: miércoles, 22 de noviembre de 2017 21:29
> Para: Jesús Para Fernández
> Cc: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] Tibble o data.table?
>
> Hola,
>
> Si te mueves en el "tidyverse" y te gustan los "pipes", realmente no te
> queda otra opción que usar los tibbles.
>
> La sintaxis de data.table es un tanto compleja frente a la sencillez que
> ofrece el trabajar con pipelines y para conjuntos medianos, no hay tanta
> diferencia en rendimiento.
> Por otro lado, son cada vez más los paquetes que se quieren hacer
> compatibles con este esquema "tidyverse" ("tidytext", "tidyquant", hasta el
> mismo "sparklyr").
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
> <https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.qualityexcellence.es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C6c89c3a810f24aebef8408d531ec3e03%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469813071210024=7xIo1ziqT0P2%2FjCSbXT%2Fsl4WqKElhFhTUOqcny7riR0%3D=0>
> <
> https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.qualityexcellence.es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C1ec53787fa774b89b75108d531e7b193%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469793538852484=ynjSePt%2B7%2B4hjxRlVetzbh37RmBUCVW8BaBYC0GqY8Y%3D=0
> >
>
> El 22 de noviembre de 2017, 10:39, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com<mailto:j.para.fernan...@hotmail.com>>
> escribió:
> Buenas
>
> Os queria preguntar que ventaja le veis a las tibbles frente a los
> data.table, ya que para mi, quitando el uso de librerias como tidyr o
> purrr, en el resto prefiero usar data.table. Me parece igual de potente y
> mucho más rápido, y no le veo las supuestas ventajas, pero quiero conocer
> vuestra opinion.
>
> Gracias
> Jesús
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org<mailto:R-help-es@r-project.org>
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> <
> https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fstat.ethz.ch%2Fmailman%2Flistinfo%2Fr-help-es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C1ec53787fa774b89b75108d531e7b193%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469793538852484=LBGtHVYjOSxGOJQGFL9KcHApdkoFKSv89psbhpA489A%3D=0
> >
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
> <https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.qualityexcellence.es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C6c89c3a810f24aebef8408d531ec3e03%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469813071210024=7xIo1ziqT0P2%2FjCSbXT%2Fsl4WqKElhFhTUOqcny7riR0%3D=0>
> <
> https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.qualityexcellence.es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C1ec53787fa774b89b75108d531e7b193%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469793538852484=ynjSePt%2B7%2B4hjxRlVetz

Re: [R-es] Tibble o data.table?

[José Luis Cañadas]

Yo la ventaja que le veo a tibble y demás cosas del mundo tidy es la
conexión a fuentes externas , como postgres,spark, presto y usar dplyr como
front.


El mié., 22 nov. 2017 21:51, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Tienes razon de que hay una serie de paquetes que lo usan, pero me da que
> vienen impulsados por Rstudio desde el paquete tidyverse...
>
> Yo me resisto a usarlo. Me parece que queda mas limpio, pero no se porque
> no le pillo la gracia...Quizas sea el apoyo de Rstudio lo que me tire para
> atras...
> 
> De: Carlos Ortega 
> Enviado: miércoles, 22 de noviembre de 2017 21:29
> Para: Jesús Para Fernández
> Cc: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] Tibble o data.table?
>
> Hola,
>
> Si te mueves en el "tidyverse" y te gustan los "pipes", realmente no te
> queda otra opción que usar los tibbles.
>
> La sintaxis de data.table es un tanto compleja frente a la sencillez que
> ofrece el trabajar con pipelines y para conjuntos medianos, no hay tanta
> diferencia en rendimiento.
> Por otro lado, son cada vez más los paquetes que se quieren hacer
> compatibles con este esquema "tidyverse" ("tidytext", "tidyquant", hasta el
> mismo "sparklyr").
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<
> https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.qualityexcellence.es=02%7C01%7Cj.para.fernandez%40hotmail.com%7C1ec53787fa774b89b75108d531e7b193%7C84df9e7fe9f640afb435%7C1%7C0%7C636469793538852484=ynjSePt%2B7%2B4hjxRlVetzbh37RmBUCVW8BaBYC0GqY8Y%3D=0
> >
>
> El 22 de noviembre de 2017, 10:39, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com>
> escribió:
> Buenas
>
> Os queria preguntar que ventaja le veis a las tibbles frente a los
> data.table, ya que para mi, quitando el uso de librerias como tidyr o
> purrr, en el resto prefiero usar data.table. Me parece igual de potente y
> mucho más rápido, y no le veo las supuestas ventajas, pero quiero conocer
> vuestra opinion.
>
> Gracias
> Jesús
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
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> >
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<
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[R-es] Fwd: Es todo python

[José Luis Cañadas]

-- Forwarded message -
From: José Luis Cañadas <canadasre...@gmail.com>
Date: sáb., 11 nov. 2017 21:16
Subject: Re: [R-es] Es todo python
To: Francisco Rodríguez <fjr...@hotmail.com>


Cierto.
Hay mucho Python por ahí fuera, ¿Y qué? Es software libre igual que R y
funciona bien.  También es cierto que R da más detalle de salida y más
funcionalidades de cara a entender un modelo, por ejemplo para diagnosis de
los residuos.

Dicen que en esta era del bigdata, Python (y pyspark) es el futuro, pero yo
no lo he hecho de menos teniendo R, sparkr, sparklyr y H2O y el gran
repositorio de GitHub cloudyr para, por ejemplo, conectar R con googlecloud
o los servicios de Amazon web services como Alexa o leer y escribir datos
de S3

También comentan que en entornos de producción Python es mejor, la verdad
que creo que R también puede competir ahi, utilizando librerías como
opencpu, shiny o el ultra fácil plumber para hacer un API REST. Creo que
hay mucho desconocimiento de herramientas de R para ponerlo en entornos
productivos..

Como nota diré que R y particularmente los paquetes FactomineR y factoextra
me han salvado la vida un par de veces cuando tenía datos con variables
categóricas y tenía que hacer clustering u otras cosas raras de esas que
piden los clientes. Muchas de estas técnicas no están implementadas en
Python ni en spark, aunque sería fácil, solo es transformar un poco la
matriz de datos antes de aplicar una descomposición en valores singulares.

Lo dicho, a mí me gustan ambos lenguajes, aunque encuentro más sencillo R.
Y para los que quieran usar cosas de Python dentro de R el paquete
reticulate es fabuloso. Para temas de deeplearnig existe  tensorflow y
keras para R, sin olvidarnos del magnífico MxNet (de los chicos de xgboost)

Un saludo y no olvidéis que el próximo jueves empiezan las jornadas de R
hispano en Granada

El sáb., 11 nov. 2017 16:16, Francisco Rodríguez <fjr...@hotmail.com>
escribió:

> Lo de la multiplicidad de soluciones es algo interesante y de lo que más
> me gusta en R. A veces python resulta muy encasillado y no da la
> flexibilidad suficiente.
>
>
> Es cierto que entre muchas soluciones una es mejor que otra, pero en
> general cuando se empieza por R fácilmente se suele llegar a una solución
> (por lo menos se llega a una) y si se avanza y si le merece la pena, uno
> puede profundizar más.
>
>
> Debo admitir que la empresa privada, por causa en general de gente no
> estadística que primero aprendieron python están apostando más por esta
> tecnología que no está exenta de problema y que tiene sus fortalezas.
>
>
> Pero 2 puntos en los que yo, personal destaco a R sobre python es el
> entorno de desarrollo RStudio donde lo más parecido en Python (que yo
> conozca) es el PyCharm que se acerca pero no llega, y el entorno de
> desarrollo Shiny, que permite rápidamente montar una web sin conocer mucho
> de otras tecnologías donde lo más parecido en Python es el Flask que aunque
> da aspectos bastante amigables (en ocasiones mejores que el shiny) es mucho
> menos trivial en su uso.
>
>
> Otro punto que se ha destacado es que un lenguaje para Estadísticos (nota,
> no me gusta dividir el mundo entre data scientist y data ingeneers, es como
> si ahora hubieran desaparecido los estadísticos y los informáticos) esto
> tiene lo bueno de que los métodos en R ofrecen en general más riqueza de
> salida que los de python pero si no hay una mano "informática" por detrás,
> veo difícil que pueda retomar algunas batallas con éxito frente al mundo
> python como el tema deep learning y este punto es crucial si R quiere estar
> a la altura en un futuro.
>
>
> Un saludo
>
>
> 
> De: R-help-es <r-help-es-boun...@r-project.org> en nombre de Javier
> Marcuzzi <javier.ruben.marcu...@gmail.com>
> Enviado: sábado, 11 de noviembre de 2017 13:44
> Para: Jesús Para Fernández
> Cc: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] Es todo python
>
> Estimados
>
> Antes de R, intenté algunas cosas con python, hablemos de más de 15 a anos
> (no me sale la letra en espannniiiol), yo estaba con le jefe de cátedra de
> genética y mejoramiento animal haciendo cosas con fortran y me pareció
> mucho más simple, luego encontré R y fue este para muchas cosas. Hace una
> semana o dos vi algo porque lo tiene visual studio y un conocido lo usa y
> le encanta. Leí sobre modelos mixtos, ellos incluso realizan referencia a
> la documentación de R, es algo de costumbre, pero profundizando los
> algoritmos de R tienen funcionalidades para los análisis que ellos no
> disponen, por otro lado me gustó la forma de colocar cosas, en otras
> palabras, si uno quiere conectar R con C# el R.dotnet hace que se yo cuánto
> no se actualiza y hoy no lo puedo hacer andar, estaría el sqlserve

Re: [R-es] Leer parquet files desde R

[José Luis Cañadas]

Hola Carlos.

spark_read_parquet es de sparklyr y necesita un sparkcontext inicializado
para leer el fichero de parquet.

El mié., 4 oct. 2017 22:11, Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>
escribió:

> Hola José Luis,
>
> ¿Has probado directamente con "dplyr"?...
>
> spark_read_parquet
> <https://spark.rstudio.com/reference/sparklyr/latest/spark_read_json.html>
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
> El 4 de octubre de 2017, 21:33, José Luis Cañadas <canadasre...@gmail.com>
> escribió:
>
>> Buenas a todos.
>> Ya sé que con sparkR o sparklyr puedo leer fácilmente ficheros con formato
>> parquet, pero ¿hay alguna forma de leerlos sin tener que arrancar spark?
>>
>> Mi situación es que tengo unos ficheros en formato parquet en s3 y quiero
>> leerlos desde una instancia pequeñita de amazon EC2 que quiero mantener
>> sin
>> instalarle spark.
>>
>> Estoy bicheando la librería https://github.com/cloudyr/aws.s3 y va bien,
>> pero no encuentro como leer ficheros parquet.
>>
>> Un saludo
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>

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[R-es] Leer parquet files desde R

[José Luis Cañadas]

Buenas a todos.
Ya sé que con sparkR o sparklyr puedo leer fácilmente ficheros con formato
parquet, pero ¿hay alguna forma de leerlos sin tener que arrancar spark?

Mi situación es que tengo unos ficheros en formato parquet en s3 y quiero
leerlos desde una instancia pequeñita de amazon EC2 que quiero mantener sin
instalarle spark.

Estoy bicheando la librería https://github.com/cloudyr/aws.s3 y va bien,
pero no encuentro como leer ficheros parquet.

Un saludo

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[R-es] 9 Jornadas R Granada. C4P

[José Luis Cañadas]

Hola.
Os paso información sobre las próximas jornadas de usuarios de R en
Granada.


La Asociación R-Hispano tiene el placer de anunciar la celebración de las
IX Jornadas de Usuarios de R. En esta ocasión, será la Universidad de
Granada , en la ETS de Ingenierías Informática y de Telecomunicación
, quien acoja las Jornadas los días 16 y 17 de
noviembre de 2017.

El objetivo de las Jornadas es proporcionar un punto de encuentro a la
diversidad de usuarios de R por lo que, independientemente de la filiación
o del área de trabajo o investigación, todo usuario de R es bienvenido.

Como en años anteriores, la presentación de trabajos en las Jornadas puede
ser en forma de *Presentación oral, *en distintas sesiones paralelas, que
reflejen el amplio abanico de análisis de datos mediante R, *Póster, en una
sesión específica,* o como un *Taller* que permita profundizar en aspectos
interesantes y menos conocidos de R.

El envío de trabajos ha de hacerse a través de enlace a easychair
habilitado en la web del congreso en http://r-es.org/9jornadasR/
 . En esta edición de las Jornadas también se
otorgará un premio al mejor trabajo presentado por un investigador joven
(ver bases en la web de las Jornadas).

Finalmente, queremos agradecer la colaboración de nuestros patrocinadores,
sin los que las Jornadas no serían posible. Si tú o tu institución estáis
interesados en patrocinar las Jornadas puedes consultar cómo hacerlo en
http://r-es.org/9jornadasR/


Las fechas importantes son:

Envío de comunicaciones (presentación/póster/taller): del 15/04/2017 al
15/06/2017

Decisión sobre envíos: 01/07/2017
Registro: Hasta completar aforo  En https://www.meetup.com/es-ES/
Granada-Geek/events/239294739/

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Re: [R-es] Shiny problemas con updateSelectInput

[José Luis Cañadas]

Buenas,
La solución que he encontrado (más bien la que un amigo me ha sugerido) es
usar uiOuput y renderUI para crear un ui dinámico que cambie según uno de
los input.

En el ejemplo sería algo así.

---
title: "Test observe"
output: html_document
runtime: shiny
---



```{r echo=FALSE}

datos <- mtcars
datos <- split(datos, datos$cyl )
un_cyl <- unique(mtcars$cyl)
gears <- c(3,4,5)
disp_list <- unique(mtcars$disp)


inputPanel(
 selectInput("cyl", label = "cyl",
  choices = un_cyl),
 uiOutput("ui")
)


output$ui <- renderUI({
  eventos <- datos[[as.character(input$cyl)]]
  tmp <- unique(eventos$disp)
  selectInput("disp", label="Disp", choices = tmp, selected = tmp[1])
})







El vie., 21 abr. 2017 a las 13:01, José Luis Cañadas (<
canadasre...@gmail.com>) escribió:

> Buenas a todos.
>
> Os cuento mi problema.
> Tengo un documento rmd interactivo, con shiny y quiero que un selectinput
> se actualice según lo seleccionado en otro selectInput.
> En realidad lo que quiero con el primer selectInput es seleccionar un
> data.frame de una lista de data.frame, y que se actulaice el segundo
> selectInput con los valores únicos de una variable del data.frame elegido.
>
> El caso es que no consigo hacerlo funcionar. Sin embargo, si en vez de una
> lista de data.frame tengo un solo data.frame y con el primer selectInput
> hago un subset si funciona. Os pongo dos ejemplso reproducibles para que se
> vea mejor.
>
>
> Ejemplo 1. Subset de un data.frame. Si funciona. Al seleccionar un valor
> de cyl en  el documento resultante se actualiza la lista de disp
> disponibles sólo a los que están en ese data.frame
>
>
> ---
> title: "Test observe"
> output: html_document
> runtime: shiny
> ---
>
>
>
> ```{r echo=FALSE}
>
> datos <- mtcars
> # datos <- split(datos, datos$cyl )
> un_cyl <- unique(mtcars$cyl)
> gears <- c(3,4,5)
> disp_list <- unique(mtcars$disp)
>
>
> inputPanel(
>  selectInput("cyl", label = "cyl",
>   choices = un_cyl),
>   selectInput("disp", label = "disp",
>   choices = disp_list,  selected = disp_list[1])
> )
>
>
> eventos_sel <- reactive({
>   eventos <- datos[datos$cyl == input$cyl,]
>   eventos
> })
>
>
> elegibles <- reactive({
>   tmp <- eventos_sel()
>   tmp <- unique(tmp$disp)
>   return(tmp)
> })
>
> # hacer un updateSelectInput
>
> observe({
>   updateSelectInput(session, inputId = "disp", choices = elegibles())
>   })
>
>
> renderPrint(elegibles())
>
>
> ```
>
>
> Ejemplo 2. Elegir un data.frame de una lista. No funciona.  Da
> error  Error in [[: attempt to select less than one element in get1index.
> Aunque si comento el observe, se ve qeu en renderPrint(elegibles()) si que
> está bien.  Pongo en negrita los cambios con respecto al ejemplo 1
>
> ---
> title: "Test observe"
> output: html_document
> runtime: shiny
> ---
>
>
>
> ```{r echo=FALSE}
>
> datos <- mtcars
>
> # creo lista de data.frame, cada elemento tiene nombre del
> # cyl
>
> *datos <- split(datos, datos$cyl )*
> un_cyl <- unique(mtcars$cyl)
> gears <- c(3,4,5)
> disp_list <- unique(mtcars$disp)
>
>
> inputPanel(
>  selectInput("cyl", label = "cyl",
>   choices = un_cyl),
>   selectInput("disp", label = "disp",
>   choices = disp_list,  selected = disp_list[1])
> )
>
>
> eventos_sel <- reactive({
> *  eventos <- datos[[input$cyl]]*
>   eventos
> })
>
>
> elegibles <- reactive({
>   tmp <- eventos_sel()
>   tmp <- unique(tmp$disp)
>   return(tmp)
> })
>
> # hacer un updateSelectInput
>
> observe({
>   updateSelectInput(session, inputId = "disp", choices = elegibles())
>   })
>
>
> renderPrint(elegibles())
>
>
> ```
>
> Gracias
>
>
>
>

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[R-es] Shiny problemas con updateSelectInput

[José Luis Cañadas]

Buenas a todos.

Os cuento mi problema.
Tengo un documento rmd interactivo, con shiny y quiero que un selectinput
se actualice según lo seleccionado en otro selectInput.
En realidad lo que quiero con el primer selectInput es seleccionar un
data.frame de una lista de data.frame, y que se actulaice el segundo
selectInput con los valores únicos de una variable del data.frame elegido.

El caso es que no consigo hacerlo funcionar. Sin embargo, si en vez de una
lista de data.frame tengo un solo data.frame y con el primer selectInput
hago un subset si funciona. Os pongo dos ejemplso reproducibles para que se
vea mejor.


Ejemplo 1. Subset de un data.frame. Si funciona. Al seleccionar un valor de
cyl en  el documento resultante se actualiza la lista de disp disponibles
sólo a los que están en ese data.frame


---
title: "Test observe"
output: html_document
runtime: shiny
---



```{r echo=FALSE}

datos <- mtcars
# datos <- split(datos, datos$cyl )
un_cyl <- unique(mtcars$cyl)
gears <- c(3,4,5)
disp_list <- unique(mtcars$disp)


inputPanel(
 selectInput("cyl", label = "cyl",
  choices = un_cyl),
  selectInput("disp", label = "disp",
  choices = disp_list,  selected = disp_list[1])
)


eventos_sel <- reactive({
  eventos <- datos[datos$cyl == input$cyl,]
  eventos
})


elegibles <- reactive({
  tmp <- eventos_sel()
  tmp <- unique(tmp$disp)
  return(tmp)
})

# hacer un updateSelectInput

observe({
  updateSelectInput(session, inputId = "disp", choices = elegibles())
  })


renderPrint(elegibles())


```


Ejemplo 2. Elegir un data.frame de una lista. No funciona.  Da error  Error
in [[: attempt to select less than one element in get1index. Aunque si
comento el observe, se ve qeu en renderPrint(elegibles()) si que está
bien.  Pongo en negrita los cambios con respecto al ejemplo 1

---
title: "Test observe"
output: html_document
runtime: shiny
---



```{r echo=FALSE}

datos <- mtcars

# creo lista de data.frame, cada elemento tiene nombre del
# cyl

*datos <- split(datos, datos$cyl )*
un_cyl <- unique(mtcars$cyl)
gears <- c(3,4,5)
disp_list <- unique(mtcars$disp)


inputPanel(
 selectInput("cyl", label = "cyl",
  choices = un_cyl),
  selectInput("disp", label = "disp",
  choices = disp_list,  selected = disp_list[1])
)


eventos_sel <- reactive({
*  eventos <- datos[[input$cyl]]*
  eventos
})


elegibles <- reactive({
  tmp <- eventos_sel()
  tmp <- unique(tmp$disp)
  return(tmp)
})

# hacer un updateSelectInput

observe({
  updateSelectInput(session, inputId = "disp", choices = elegibles())
  })


renderPrint(elegibles())


```

Gracias

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Re: [R-es] Gracias a RStudio!...Una breve historia del "Grupo de Usuarios de R de Madrid"...

[José Luis Cañadas]

Estupendo.
Gracias Carlos.

El 10 de marzo de 2017, 20:33, Carlos Ortega 
escribió:

> Buenas a todos,
>
> RStudio nos acaba de publicar una entrada en su blog (RViews) en la que
> hemos contado brevemente la historia del "Grupo de Usuarios de R de
> Madrid".
>
> https://www.rstudio.com/rviews/2017/03/10/madrid-r-
> user-group-a-brief-history/
>
> ​Gracias a todos los han hecho posible que nos encontremos en este buen
> momento y muy especiales recuerdos al tristemente desaparecido Gregorio
> Serrano uno de sus fundadores.
>
> Ójala podamos celebrar otros nuevos cinco años más.​
>
> ​Gracias,
> Carlos Ortega
>
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Re: [R-es] Balancear y luego cv?

[José Luis Cañadas]

Hola.

Lo que yo haría es crear los folds, (10 por ejemplo) antes de balancear.
Luego en cada ciclo de la validación cruzada, balancearía los datos que
utilizo para entrenar el modelo y valido sobre el fold que queda sin
balancear. Creo que caret hace justo eso.

Saludos

El 19 de enero de 2017, 14:40, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> buenas
>
>
> Tengo unos datos muy desbalanceados en l avariable respuesta. Mi duda es
> si tengo que primero balancear los datos mediante alguna sde las técnicas,
> como SMOTE y luego hacer el cv o al reves??
>
>
> Como lo planteariais vosotros?
>
> Gracias
>
> Jesús
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] ¿Está R perdiendo la batalla?

[José Luis Cañadas]

Hola.
Pues no sabría decirte. Yo vivo rodeado de pythonistas, supongo que por
todo el auge del Big data y los "learning" machine learning,deep learning
¿quien pone los nombres? ;),  mucha gente viene de otras áreas y están
acostumbrados a usar Python y otros lenguajes.
También es cierto que todo lo relacionado con el Big data ha llegado con
Scala y Python. Pero aparte de sparklyr, que pienso que todavía anda un
poco cojo hay que destacar que en la última versión de spark, la api para R
(sparkr) ya incorpora los algoritmos de MLlib. Y tampoco podemos olvidarnos
de h2o que se integra bastante bien con R. Y por último y no menos
importante, para la gran mayoría de problemas de analisis con Big Data no
hace falta el Big, el muestreo lleva tiempo con nosotros y tomando pequeñas
y medianas muestras se obtienen iguales resultados y con menor esfuerzo.
Pero claro, está la cosa esta de decir, ¡ he hecho un glm con 30 millones
de datos!  ¿y?
No sé si impondrá python, R o lo que esté por venir. Aunque he de decir que
para analizar datos me parece más natural R que Python.

Saludos

El dom., 15 ene. 2017 14:55, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Hace poco me puse al tema del big data y la verdad es que een este campo
> la decisión parece clara. Python ahora mismo está un paso por delante de R,
> aunque sparklyR puede igualar la contienda.
>
> Pero lo que me empieza a preocupar es que parece que si nos alejamos del
> Big Data, Python tb está ganando adeptos a pasos agigantados. ¿Está
> perdiendo R la batalla?
>
>
>
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Re: [R-es] input en markdown

[José Luis Cañadas]

Hola
¿Quizá por aquí?

https://github.com/yihui/knitr/issues/268

El 13 de enero de 2017, 12:26, Rubén Gómez Antolí 
escribió:

>
>
> El 13/01/17 a las 11:50, Antonio Maurandi López escribió:
> > Hola lista:
> >
> > Una duda rápida (espero).
> >
> > ¿Se puede hacer un "inlcude" o un "input" en markdown?
> >
> > sin emplear Rmarkdown o knitr solo puro markdown, de modo que por
> > ejemplo github lo interprete o un visor básico de markdown.
>
> En Markdown puro, no.
>
> http://stackoverflow.com/questions/4779582/markdown-
> and-including-multiple-files
>
> No obstante, y como pone uno de los comentarios del enlace anterior, a
> mi me suena que en su día busqué algo similar y hay algún proyecto que
> lo permitía.
>
> Por mi parte, lo resolví creando un guión en Bash que llama a Pandoc y a
> los distintos ficheros que quiero incluir, algo así:
>
>  Guión ---
> $ cat ~/Proyectos/Varios/banda_de_rock/Crea_trabajo.sh
> #!/bin/bash
>
> SALIDA="Trabajo_final"
>
> pandoc --latex-engine=xelatex \
>--filter pandoc-citeproc \
>--from=markdown+yaml_metadata_block \
>-V documentclass:article \
>-V papersize:a4paper \
>-o ${SALIDA}.pdf \
>00_Esqueleto.md \
>Capitulos/Descripcion_banda.md \
>Capitulos/Ritmo.md \
>Capitulos/Armonia_melodia.md \
>Capitulos/Guitarra_electrica.md \
>Capitulos/Bajo_electrico.md \
>Capitulos/Bateria_musical.md \
>Capitulos/Amplificadores_y_otros.md \
>Capitulos/Otros_instrumentos.md \
>Capitulos/Escritura_musical.md \
>Capitulos/Historia_mundial.md \
>Capitulos/Historia_esp.md \
>Capitulos/Mujeres_rockeras.md \
>Capitulos/composiciones_representativas.md \
>Capitulos/Grandes_interpretes_mundial.md \
>Capitulos/Lista_de_audiciones.md \
>Capitulos/Bibliografia.md
>
> - Fin de guión ---
>
> El 00_Esqueleto es donde va el título y alguna cosa más, p. ej. la
> introducción:
>
> --- Archivo inicial 
> $ cat ~/Proyectos/Varios/banda_de_rock/00_Esqueleto.md
> ---
> Title: Banda de rock y generos similares
> Author:
> - name: Gómez Antolí, Rubén
> - name: Gómez Rivas, Antonio
> bibliography: [Bibliografia_Ant.bib, Bibliografia_Rub.bib]
> ...
>
> \title{Bandas de rock y géneros similares}
> \author{Gómez Antolí, Rubén \and Gómez Rivas, Antonio}
>
> \maketitle
>
> \tableofcontents
>
> ## Introducción
>
> ¿Que es el rock? Fuerza, contundencia, velocidad... es algo que te
> golpea y te
> deja perdido, que te arrastra y te fuerza a que te mueva. O,
> simplemente, como
> dije Jordi Sierra i Fabra: A-wop-bop-a-loo-bop-alop-bam-boom
> [@Sierra_1987:cadaveres].
>  Fin de archivo inicial ---
>
> Como puedes ver, yo mezclo comandos de LaTeX en el fichero Markdown,
> posiblemente por comodidad, todavía no he investigado como hacer ciertas
> cosas con CSS.
>
> > la idea es q un file muestre(contenga) todo pero tener la info
> > distribuida en varios files.
> >
> >
> > Gracias.
>
> Espero que esto te ayude o, por lo menos, te oriente.
>
> Salud y Revolución.
>
> Lobo.
> --
> Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
> para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
> Porque la libertad no es tu derecho, es tu responsabilidad.
> http://www.mucharuina.com
> -
> Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
> http://www.counter.li.org
>
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Re: [R-es] Regresión Logística desbalanceada

[José Luis Cañadas]

Hola.
En principio podrías hacer sobremuestreo de tus FALSE. Teóricamente el
sobre muestreo NO debería mejorar sustancialmente un modleo logístico y si
se utiliza hay que corregir las estimaciones.  Un par de referencias de los
compañeros Raúl Vaquerizo y Carlos Gil, respectivamente

1- http://analisisydecision.es/el-sobremuestreo-%C2%BFmejora-mi-estimacion/
2-
https://www.datanalytics.com/2014/11/17/los-coeficientes-de-la-regresion-logistica-con-sobremuestreo/


Si sigues pensando en utilizar "oversampling" o "undersampling"  mira la
técnica SMOTE  (crea ejemplos sintéticos de la clase minoritaria). está
implementada en el paquete DMwR
https://rdrr.io/cran/DMwR/

Saludos

El 5 de enero de 2017, 13:28, Milagros Camacho Bellido <
mila.camachobell...@gmail.com> escribió:

> Hola Comunidad, Feliz Año 2017:
>
>
> Tengo un problemilla con una regresión logística desbalanceada, tengo
> demasiados TRUE (93%). ¿Sabría alguién alguna forma de corregir el problema
> con R?
>
>
> Un slaudo,
>
>
> Milagros Camacho
>
>
>
> ---
> El software de antivirus Avast ha analizado este correo electrónico en
> busca de virus.
> https://www.avast.com/antivirus
>
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[R-es] Big data con R

[José Luis Cañadas]

Hola.

Últimamente ha habido en la lista varios hilos sobre análisis de grandes
volúmenes de datos con R.
Las alternativas que se han mencionado son:
-  Usar una máquina más potente, vía Amazon Web Services, por ejemplo
 -  Paralelización con openMp
-  h2o y su paquete para R,
-  Paquete sparklyr como wrapper de los algoritmos de spark,

Y por supuesto, utilizar muestreo o incluso si tenemos grandes volúmenes de
datos, utilizar varias muestras para ajustar los modelos.

A todo esto, se añade ahora la disponibilidad en SparkR de los algoritmos
de spark (en la versión 2.1 de spark liberada hace menos de un mes)
 http://spark.apache.org/docs/latest/sparkr.html#machine-learning

Parece que la tendencia es hacia el uso de entornos hadoop y spark. ¿qué
opináis al respecto? ¿Es una tendencia pasajera?
Saludos

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Big data con R o phyton?

[José Luis Cañadas]

Hola
Hombre, aprender python no estorba. Pero en realidad en temas de bigdata
python lo que tiene es pyspark que es una api para los modelos que hay en
spark. En R está sparkR pero no están todos los modelos que hay en mllib de
spark, se supone que el paquete sparklyr soluciona este tema, a ver como
evoluciona.
Por otro lado tienes h2o http://www.h2o.ai/ , que puede integrarse con
spark y tiene apis para R, python y scala.  Y bueno, también existe la
posibilidad de muestrear los datos, ¿o ya no nos acordamos?

Saludos

El 5 de diciembre de 2016, 10:49, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Merece la pena aprender python para Big data con Spark o usando la
> libreria que acaba de salir para R es suficiente? Qué creeis?
>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
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Re: [R-es] Regresión multinivel en R

[José Luis Cañadas]

Hola. Usa lme4 o MCMCglmm, o rstan

El mié., 17 de junio de 2015 14:39, José Miguel Contreras García 
jmcontre...@ugr.es escribió:



 Hola a todos

 Una pregunta, ¿existe algún paquete para trabajar modelos de regresión
 multinivel con R?

 Saludos

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Re: [R-es] usar Selenium para web scraping

[José Luis Cañadas Reche]

  
  

Gracias. 

Voy a verlo.


El 05/06/15 a las 13:49, Carlos Ortega
  escribió:


  
Hola José Luis,
  

Además de lo que puso
  en su blog, Gregorio hizo una presentación muy clara de cómo
  usar RSelenium en el grupo de R de Madrid. El video de lo que
  contó es este:


  https://vimeo.com/96023824
  

Por si en él encuentras
  la clave



Saludos,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es
  

  
  
El 5 de junio de 2015, 13:28, José Luis
  Cañadas Reche canadasre...@gmail.com
  escribió:
  Hola.

Tengo que bajarme varias tablas del INE y necesito
interactuar con el navegador. Ví el fantástico post que 
escribió Gregorio Serrano (que la tierra le sea leve), en http://www.grserrano.net/wp/2014/01/relenium-el-siguiente-nivel-de-web-scraping-con-r/
y estoy intentando reproducirlo para aprender como funciona
relenium

Pero relenium me da error después de

if(!require(relenium)) install.packages("relenium")

precios - "http://www.ine.es/jaxi/tabla.do?path=/t38/bme2/t07/a081/l0/file=1300010.pxtype=pcaxisL=0"

firefox - firefoxClass$new()

Error in exceptionTable[, 1] : subíndice fuera de  los
límites

Total que me he puesto a trastear con RSelenium,  y consigo
seleccionar el elemento combobox pero no sé como obtener los
valores que muestra ni como seleccionarlos. ¿Alguna idea?



library(RSelenium)
checkForServer()
startServer()

remDr - remoteDriver(remoteServerAddr = "localhost"
                             , port = 
                             , browserName = "firefox"
)

remDr$open()


remDr$navigate(precios)

# buscar por id
webElem1 - remDr$findElement(using = 'id', value =
'cri1')

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Re: [R-es] una preguntica

[José Luis Cañadas Reche]

  
  
Hola. 

Si descomprimes  el tar.gz  de la instalación base de R
http://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz verás que en
el directorio src/library hay un directorio compiler. Parece que
compiler forma parte de la instalación por defecto de R.

¿que te muestra al hacer require(compiler) ?

Saludos

El 18/05/15 a las 12:31, Carlos Ortega
  escribió:


  
No lo encontré en CRAN.
  Y en Mac, lo quise instalar, y no me aparece como disponible.
  

Es curioso porque
  puedes encontrar documentación de las funciones del paquete,
  pero no la página del paqeute dentro de la lista completa de
  CRAN:
   http://cran.rstudio.com/web/packages/available_packages_by_name.html
  

También miré en los
  deprecados/antiguos... y nada.
  

Gracias,

Carlos.



  
  
El 18 de mayo de 2015, 12:11, José Luis
  Cañadas Reche canadasre...@gmail.com
  escribió:
  Hola.

Pues a mi me funciona en la última versión de R. De hecho el
maintainer es el R Core Team

Package: compiler
Version: 3.2.0
Priority: base
Title: The R Compiler Package
Author: Luke Tierney luke-tier...@uiowa.edu
Maintainer: R Core Team r-c...@r-project.org
Description: Byte code compiler for R.
License: Part of R 3.2.0
Built: R 3.2.0; ; 2015-04-17 02:29:56 UTC; unix

El 18/05/15 a las 00:32, Carlos Ortega escribió:

  

  Hola,
  
  La opción en la que he pensado cuando he visto tu
  correo es en el paquete
  "compiler" que permite compilar bytecode una función,
  con el objetivo de
  acelerar su ejecución.
  
  El problema es que cuando he ido a ver su
  disponibilidad en CRAN no la he
  encontrado...
  ​Te dejo la referencia​ de cómo se utiliza y las
  ventajas que ofrece:
  
  http://www.r-statistics.com/2012/04/speed-up-your-r-code-using-a-just-in-time-jit-compiler/
  
  Saludos,
  Carlos.
  
  El 17 de mayo de 2015, 19:48, heber sarmiento via
  R-help-es 
  r-help-es@r-project.org
  escribió:
  
  
Cordial saludo
a todos

Quisiera saber si alguien me puede colaborar con dos
cosillas
1) Cómo debo hacer para construir una tabla en la
que las columnas salgan
los encabezados.2) He escrito un pequeño script y
quiero ocultarlo para que
no quede al alcanace de los usuarios, pero desde
luego que puedan usar sus
funciones. Agradezco sugenerncias e ideas.
Muy amables a todos y de pasadas aclaro que no soy
experto en esto luego
cualquier ayuda bienvenida.
Heber

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  Carlos Ortega
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Re: [R-es] una preguntica

[José Luis Cañadas Reche]

Hola.

Pues a mi me funciona en la última versión de R. De hecho el maintainer 
es el R Core Team


Package: compiler
Version: 3.2.0
Priority: base
Title: The R Compiler Package
Author: Luke Tierney luke-tier...@uiowa.edu
Maintainer: R Core Team r-c...@r-project.org
Description: Byte code compiler for R.
License: Part of R 3.2.0
Built: R 3.2.0; ; 2015-04-17 02:29:56 UTC; unix

El 18/05/15 a las 00:32, Carlos Ortega escribió:

Hola,

La opción en la que he pensado cuando he visto tu correo es en el paquete
compiler que permite compilar bytecode una función, con el objetivo de
acelerar su ejecución.

El problema es que cuando he ido a ver su disponibilidad en CRAN no la he
encontrado...
​Te dejo la referencia​ de cómo se utiliza y las ventajas que ofrece:

http://www.r-statistics.com/2012/04/speed-up-your-r-code-using-a-just-in-time-jit-compiler/

Saludos,
Carlos.

El 17 de mayo de 2015, 19:48, heber sarmiento via R-help-es 
r-help-es@r-project.org escribió:


Cordial saludo
a todos

Quisiera saber si alguien me puede colaborar con dos cosillas
1) Cómo debo hacer para construir una tabla en la que las columnas salgan
los encabezados.2) He escrito un pequeño script y quiero ocultarlo para que
no quede al alcanace de los usuarios, pero desde luego que puedan usar sus
funciones. Agradezco sugenerncias e ideas.
Muy amables a todos y de pasadas aclaro que no soy experto en esto luego
cualquier ayuda bienvenida.
Heber

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Re: [R-es] Interpretación de coeficientes en un cox proportional hazards con variable strata

[José Luis Cañadas Reche]

El 04/02/15 a las 13:54, José Luis Cañadas Reche escribió:

Buenas.

Abajo pongo la  salida de un modelo de cox , dónde he estratificado
por una variable de país (Countryb)  y por otra (Q6). Además hay
interacción entre la variable mobilityPDurG2 (es una variable 0,1, y 0
es la categoría de referencia)  país.
  La categoría de referencia para país es united kingdom.

Mi duda surge si quiero calcular el hazard ratio para los que tienen
un 1 en mobilityPDurG2 en los diferentes países respecto a los que
tienen 0.

En principio sería con los exp(coef), de forma que por ejemplo para el
Reino unido sería 0.78592 y para  Bélgica 0.65489, pero no estoy
seguro y no he encontrado por ahí como se interpreta cuando tengo
interacción entre la variable de estrato y una covariable.

Gracias..

summary(mod.cph.strat3)
Call:
coxph(formula = S1.nuevo ~ mobilityPDurG2 * strata(Countryb) +
 strata(Q6), data = datos[filtro, ], method = breslow)

   n= 5885, number of events= 4397

coef exp(coef) se(coef)  z Pr(|z|)
mobilityPDurG2 -0.24090   0.78592  0.06930 -3.476 0.000509 ***
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=belgium -0.42328   0.65489
0.21738 -1.947 0.051514 .
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=france -0.13352   0.87501
0.13945 -0.957 0.338326
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=germany -0.01344   0.98665
0.13199 -0.102 0.918871
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=italy 0.19129   1.21081
0.11428  1.674 0.094149 .
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=netherlands -0.10238
0.90269  0.13224 -0.774 0.438819
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=poland 0.17324   1.18916
0.25840  0.670 0.502579
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=spain -0.49122   0.61188
0.14938 -3.288 0.001008 **
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=sweden -0.28491   0.75208
0.12522 -2.275 0.022884 *
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=switzerland -0.14876
0.86178  0.16448 -0.904 0.365771
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[R-es] Interpretación de coeficientes en un cox proportional hazards con variable strata

[José Luis Cañadas Reche]

Buenas.

Abajo pongo la  salida de un modelo de cox , dónde he estratificado por 
una variable de país (Countryb)  y por otra (Q6). Además hay interacción 
entre la variable mobilityPDurG2 (es una variable 0,1, y 0 es la 
categoría de referencia)  país.

 La categoría de referencia para país es united kingdom.

Mi duda surge si quiero calcular el hazard ratio para los que tienen un 
1 en mobilityPDurG2 en los diferentes países respecto a los que tienen 0.


En principio sería con los exp(coef), de forma que por ejemplo para el 
Reino unido sería 0.78592 y para  Bélgica 0.65489, pero no estoy seguro 
y no he encontrado por ahí como se interpreta cuando tengo interacción 
entre la variable de estrato y una covariable.


Gracias..

summary(mod.cph.strat3)
Call:
coxph(formula = S1.nuevo ~ mobilityPDurG2 * strata(Countryb) +
strata(Q6), data = datos[filtro, ], method = breslow)

  n= 5885, number of events= 4397

coef exp(coef) se(coef)  z Pr(|z|)
mobilityPDurG2 -0.24090   0.78592  0.06930 -3.476 0.000509 ***
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=belgium -0.42328   0.65489  
0.21738 -1.947 0.051514 .
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=france -0.13352   0.87501  
0.13945 -0.957 0.338326
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=germany -0.01344   0.98665  
0.13199 -0.102 0.918871
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=italy 0.19129   1.21081  
0.11428  1.674 0.094149 .
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=netherlands -0.10238   0.90269  
0.13224 -0.774 0.438819
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=poland 0.17324   1.18916  
0.25840  0.670 0.502579
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=spain -0.49122   0.61188  
0.14938 -3.288 0.001008 **
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=sweden -0.28491   0.75208  
0.12522 -2.275 0.022884 *
mobilityPDurG2:strata(Countryb)Countryb=switzerland -0.14876   0.86178  
0.16448 -0.904 0.365771

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Re: [R-es] Cómo aplicar weights a las observaciones en un GLM binomial

[José Luis Cañadas]

Hola.
Efectivamente, no leí bien tu pregunta.
Quizá este post de Raúl Vaquerizo te pueda ayudar. Compara el sobremuestreo
en reg logística con asignar pesos a las observaciones (e ilustra como
calcular las ponderaciones)

http://analisisydecision.es/sobremuestreo-y-pesos-a-las-observaciones-ahora-con-r/

Espero que esta vez si te sea útil.
Saludos
El 14/11/2014 17:09, Carlos Ortega c...@qualityexcellence.es escribió:

 Hola,

 Hubo un hilo en el R-Help que trató de este tema.

 
 Weights in binomial glm
 http://r.789695.n4.nabble.com/Weights-in-binomial-glm-td1991249.html
 

 Saludos,
 Carlos Ortega
 www.qualityexcellence.es

 El 14 de noviembre de 2014, 16:37, Isa García Barón xan...@gmail.com
 escribió:

  Gracias por la ayuda Jose Luis. pero o no te he entendido bien o mi duda
 es
  tan sencilla que no me he explicado.
 
  SI yo tampoco he entendido mal tu explicación, mi problema es cómo
 obtengo
  ese tus.pesos para introducir, por ejemplo, en la función:
 
  library(survey)
 
  # objeto del diseño muestral
 
  ddatos - svydesign(id=~1, weights =~ tus.pesos, data = tus.datos)
 
  # en caso de una reg logística
 
  modelo - svyglm(respuesta~ var1 + var2, family = binomial, design =
  ddatos)
 
 
  Después si se proseguir con la realización del modelo, pero lo que no sé
 es
  cómo pondero la muestra, es decir si ese tus.pesos es una vecotr, osea
  una nueva variable en mi dataset, qué valores debe contener.
 
  Perdonad las molestias,
 
  Un saludo y gracias
 
  Isa
 
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 Carlos Ortega
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Re: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vacío

[José Luis Cañadas Reche]

  
  
Hola.

Parece que usas una distribucin derivada de debian, ya sea la misma
debian, ubuntu, linux mint o similar. 
Puedes instalar R desde los repositorios del sistema con 
sudo apt-get install r-base

Suele ser una versin de R bastante actual, pero si quieres la
ltima versin
en cran.r-project.org tienes instrucciones de como instalar R para
estos sistemas. 

Bsicamente es aadir un repositorio en /etc/apt/sources.list y ya
luego instalas R con sudo apt-get install r-base.

A no ser, claro, que desees compilar R desde el cdigo fuente por
algn motivo.

Espero haberte ayudado.

Saludos

De todas formas, 
El 20/06/14 11:24, Ruben Tobalina
  Ramirez escribi:


  hola,

s que esto no tiene mucho que ver con R, pero he estado mirando y no s
muy bien que me pasa y no s si es problema de los paquetes de R. He bajado
la version 3.0.3 de las fuentes de R. Y para instalarlo, he hecho lo de
siempre:
sudo ./configure --enable-R-shlib
sudo make
y aqui me da el siguiente error:
make: *** No se especific ningn objetivo y no se encontr ningn
makefile.  Alto.

he mirado la carpeta de R y ahi esta el fichero makefile, varios de hecho,
que he hecho mal, alguien me puede guiar, porfa?
gracias



El 18 de junio de 2014, 13:25, Ruben Tobalina Ramirez 
lagrimaescr...@gmail.com escribi:


  
Muchas gracias isidro,

a la noche reinstalo R y os digo si me ha funcionado. Perdona mi
ignorancia de novato pero no he entendido muy bien eso de avisar al
desarrollador. Entiendo que es a los de los paquetes, no?

un saludo!

ruben


El 18 de junio de 2014, 13:10, Isidro Hidalgo ihida...@jccm.es escribi:

Ya he visto que tampoco as funciona.


  S te puedo decir que me ha dejado de funcionar algo que ya tena hecho
hace
tiempo.
Puede que se trate de un problema de incompatibilidad de la versin 3.1.0
con las versiones actuales de snowballC o tm...

CONFIRMADO: con la 3.0.3 S FUNCIONA. Se lo puedes comunicar al
desarrollador.
Un saludo.

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio Regional de Empleo
Consejera de Empleo y Economa
http://www.jccm.es





  
-Mensaje original-
De: r-help-es-boun...@r-project.org [mailto:r-help-es-bounces@r-
project.org] En nombre de Isidro Hidalgo
Enviado el: mircoles, 18 de junio de 2014 12:46
Para: 'Ruben Tobalina Ramirez'; 'Ricardo Alberich'
CC: 'r-help-es'
Asunto: RE: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vaco

Creo que lo que quieres hacer necesita esta lnea de cdigo justo
despus de cargar el paquete tm:

inmortal = unlist(strsplit(inmortal, " ", fixed = T))

De esta forma, trabajas con palabras, y NO con las frases enteras...

Un saludo

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio Regional de Empleo
Consejera de Empleo y Economa
http://www.jccm.es





  -Mensaje original-
De: r-help-es-boun...@r-project.org [mailto:r-help-es-bounces@r-
project.org] En nombre de Ruben Tobalina Ramirez Enviado el: martes,
17 de junio de 2014 20:25
Para: Ricardo Alberich
CC: r-help-es
Asunto: Re: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vaco

Buenas tardes Ricardo,

gracias por la respuesta rpida. Pues copie tu cdigo y me sigue
dando el mismo error. Fui a mi codigo y cambie los 'doc.corpus' por
'corpus' (fue un error al limpiar el codigo) y sigue el error.
No s, he probado buscando en webs cdigos similares y sigue el
error:(


El 17 de junio de 2014, 19:53, Ricardo Alberich r.alber...@uib.es
escribi:


  
No es un problema de tm ni de SnowfallC ni de mcapply (por el path
utilizas linux, en windows mcapply segn el manual no va bien)

No defines bien los objetos que pasas. Pasas  doc.corpus en lugar

  

de


  
corpus ( o asignas a corpus en lugar de a doc.corpus) .
Depura los programas cuando salga un error de objeto, como te pone
en el Error que pasas .

Temporalmente lo tienes arreglado en

http://rpubs.com/ricardo/Temp

Pero otra vez observa paso a paso los objetos y nos dirs (bueno

  

ya


  
lo
sabrs) dnde est el error.

Ricardo Alberich


On 17/06/14 18:38, r-help-es-requ...@r-project.org wrote:



  Enve los mensajes para la lista R-help-es a
r-help-es@r-project.org

Para subscribirse o anular su subscripcin a travs de la WEB
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

O por correo electrnico, enviando un mensaje con el texto "help"


  
  en

  

  el asunto (subject) o en el cuerpo a:
r-help-es-requ...@r-project.org

Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
r-help-es-ow...@r-project.org

Si responde a algn contenido de este mensaje, por favor, edite

Re: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vacío

[José Luis Cañadas Reche]

  
  
ups. 
Acabo de ver que lo que queras es instalar una versin anterior de
R. 

Entonces no s a que se debe tu error.

Saludos
El 20/06/14 11:24, Ruben Tobalina
  Ramirez escribi:


  hola,

s que esto no tiene mucho que ver con R, pero he estado mirando y no s
muy bien que me pasa y no s si es problema de los paquetes de R. He bajado
la version 3.0.3 de las fuentes de R. Y para instalarlo, he hecho lo de
siempre:
sudo ./configure --enable-R-shlib
sudo make
y aqui me da el siguiente error:
make: *** No se especific ningn objetivo y no se encontr ningn
makefile.  Alto.

he mirado la carpeta de R y ahi esta el fichero makefile, varios de hecho,
que he hecho mal, alguien me puede guiar, porfa?
gracias



El 18 de junio de 2014, 13:25, Ruben Tobalina Ramirez 
lagrimaescr...@gmail.com escribi:


  
Muchas gracias isidro,

a la noche reinstalo R y os digo si me ha funcionado. Perdona mi
ignorancia de novato pero no he entendido muy bien eso de avisar al
desarrollador. Entiendo que es a los de los paquetes, no?

un saludo!

ruben


El 18 de junio de 2014, 13:10, Isidro Hidalgo ihida...@jccm.es escribi:

Ya he visto que tampoco as funciona.


  S te puedo decir que me ha dejado de funcionar algo que ya tena hecho
hace
tiempo.
Puede que se trate de un problema de incompatibilidad de la versin 3.1.0
con las versiones actuales de snowballC o tm...

CONFIRMADO: con la 3.0.3 S FUNCIONA. Se lo puedes comunicar al
desarrollador.
Un saludo.

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio Regional de Empleo
Consejera de Empleo y Economa
http://www.jccm.es





  
-Mensaje original-
De: r-help-es-boun...@r-project.org [mailto:r-help-es-bounces@r-
project.org] En nombre de Isidro Hidalgo
Enviado el: mircoles, 18 de junio de 2014 12:46
Para: 'Ruben Tobalina Ramirez'; 'Ricardo Alberich'
CC: 'r-help-es'
Asunto: RE: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vaco

Creo que lo que quieres hacer necesita esta lnea de cdigo justo
despus de cargar el paquete tm:

inmortal = unlist(strsplit(inmortal, " ", fixed = T))

De esta forma, trabajas con palabras, y NO con las frases enteras...

Un saludo

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio Regional de Empleo
Consejera de Empleo y Economa
http://www.jccm.es





  -Mensaje original-
De: r-help-es-boun...@r-project.org [mailto:r-help-es-bounces@r-
project.org] En nombre de Ruben Tobalina Ramirez Enviado el: martes,
17 de junio de 2014 20:25
Para: Ricardo Alberich
CC: r-help-es
Asunto: Re: [R-es] No es un problema de tm tienes doc.corpus vaco

Buenas tardes Ricardo,

gracias por la respuesta rpida. Pues copie tu cdigo y me sigue
dando el mismo error. Fui a mi codigo y cambie los 'doc.corpus' por
'corpus' (fue un error al limpiar el codigo) y sigue el error.
No s, he probado buscando en webs cdigos similares y sigue el
error:(


El 17 de junio de 2014, 19:53, Ricardo Alberich r.alber...@uib.es
escribi:


  
No es un problema de tm ni de SnowfallC ni de mcapply (por el path
utilizas linux, en windows mcapply segn el manual no va bien)

No defines bien los objetos que pasas. Pasas  doc.corpus en lugar

  

de


  
corpus ( o asignas a corpus en lugar de a doc.corpus) .
Depura los programas cuando salga un error de objeto, como te pone
en el Error que pasas .

Temporalmente lo tienes arreglado en

http://rpubs.com/ricardo/Temp

Pero otra vez observa paso a paso los objetos y nos dirs (bueno

  

ya


  
lo
sabrs) dnde est el error.

Ricardo Alberich


On 17/06/14 18:38, r-help-es-requ...@r-project.org wrote:



  Enve los mensajes para la lista R-help-es a
r-help-es@r-project.org

Para subscribirse o anular su subscripcin a travs de la WEB
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

O por correo electrnico, enviando un mensaje con el texto "help"


  
  en

  

  el asunto (subject) o en el cuerpo a:
r-help-es-requ...@r-project.org

Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
r-help-es-ow...@r-project.org

Si responde a algn contenido de este mensaje, por favor, edite


  

la


  

  linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico


  

que:


  

  "Re: Contents of R-help-es digest...". Adems, por favor, incluya


  
  en

  

  la respuesta slo aquellas partes del mensaje a las que est
respondiendo.