Re: [R-es] PCA

2023-11-30 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola, José:

Ahí va un ejemplo:

library(vegan)
library(FD)

# datos categóricos de ejemplo
dataf <- data.frame(FA = factor(sample(letters[1:3], 10, rep=T)), FB = 
factor(sample(letters[1:3], 10, rep=T)))

dataf

# Obtén una matriz de distancia para tus datos (esta es una posibilidad)
dataf.dist <- FD::gowdis(dataf)

# Haz una ordenación
dataf.PCA <- vegan::capscale(dataf.dist~1)
dataf.PCA
plot(dataf.PCA)




Un saludo.
El 30/11/2023 a las 14:34, Jose Betancourt Bethencourt escribió:

-Estimados

apreciaría recibir un script para el análisis de componentes principales de
datos categóricos

saludos

José

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Re: [R-es] Gráfica en R

2023-10-16 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenas tardes:

ggplot(data=data, aes(x = Peso1, y =Peso2))+
  geom_point()+
  geom_path()

Saludos,
Marcelino


El 16/10/2023 a las 20:11, Andrés Hirigoyen escribió:
Buenas tardes. Necesito una mano para reproducir esta gráfica  en R 
desde esta base:

Base:

Dosis   Nivel   Peso1   Peso2
1   0   1,882,43
1   40  1,862,84
1   80  2,063,02
1   120 2,084,12
1   300 1,815,65
1   600 1,775,96

Gráfica Excel
image.png

Si uso asi:
ggplot(data=data, aes(x = Peso1, y =Peso2, group=Nivel, color =Nivel))+
 geom_point()+
 geom_line()
Une los puntos por orden de magnitud y no por orden de Nivel:
image.png
Muchas gracias desde ya

 *


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Re: [R-es] importar txt con separador decimal y de miles

2023-06-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
rigida est� 
prohibida. Si usted la ha recibido por error, por favor contacte con el 
remitente y borre el mensaje. En el caso de que este mensaje vaya a ser 
contestado por la misma v�a, ha de saberse que su respuesta podr�a ser conocida 
por terceros al entrar en la red. Por este motivo, si el mensaje incluye 
contrase�as, n�meros de tarjetas de cr�dito o cualquier otra informaci�n que 
considere confidencial, ser�a m�s seguro contestar por otra v�a y cancelar su 
transmisi�n. El Ayuntamiento de Matar� y sus organismos dependientes no pueden 
asumir la responsabilidad derivada del hecho de que terceras personas puedan 
llegar a conocer el contenido de este mensaje durante su transmisi�n.

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Re: [R-es] Opciones de guardado - gráfico en png

2023-06-16 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



Más o menos así:

png(filename = "Rplot.png",  width = 607, height = 367,  res = 300)
levelplot(lo_que_sea)
dev.off()

Saludos,
Marcelino

El 16/06/2023 a las 22:16, David Camilo Gomez Medina escribió:

Buen día,

Quiero guardar un gráfico que hice en R en formato PNG, quiero 
asegurarme de que esté por encima de los 300 dpi. El gráfico no lo 
hice con ggplot, sino con la función levelplot por lo que no puedo 
utilizar la función ggsave para definir los dpi. ¿Cómo puedo definir 
el número de dpi manualmente? Quisiera guardar el gráfico en pdf, pero 
lamentablemente me lo exigen en formato png.


Agradezco cualquier colaboración. Muchas gracias de antemano.

David.

image.png

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son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de 
Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al 
cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran 
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Re: [R-es] error en MANOVA

2023-06-14 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Probablemente está tomando 'Edad_Manova_18a54' y 'Genero2_1a2' como 
variables numéricas (integer). Deberías convertirlas en factor. Por ejemplo:


Edad_Manova_18a54 <- factor(Edad_Manova_18a54)
Genero2_1a2 <- factor(Genero2_1a2)
Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6, 
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'),poshoc=c('todos'))


Saludos,
Marcelino


El 14/06/2023 a las 20:26, MaLuz Morales Botello escribió:



No suele recibir correos electrónicos de mlzm...@gmail.com. Por qué 
esto es importante <https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification>



Muy buenas,
He usado muy poco R en mi vida, y ahora estoy intentando hacer una 
MANOVA, con dos variables independientes (Edad, que tiene 4 niveles y 
Genero que tiene 2) y 5 variables independientes. Le he puesto también 
que me haga el poshoc de las dos y la interacción.


Decir también que me instalé el ULLRToolbox, que no se si tendrá algo 
que ver con el error que me da.


Este es el código que uso y el error que encuentro:

Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6, 
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'), poshoc=c('todos'))


Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels


Pero tanto Edad como Género tienen 2 o más niveles:

image.png


Mi agradecimiento de antemano por la ayuda.

Un saludo

Mariluz



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Re: [R-es] ver el código de randomForest

2023-03-19 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenos días:
Otra opción es escribir directamente el nombre de la función en la 
consola de R:


> randomForest
function (x, ...)
UseMethod("randomForest")


En este caso, la función randomForest() llama a UseMethod() para 
seleccionar el método adecuado.

Podemos ver los métodos para randomForest con la función methods():

> methods(randomForest)
[1] randomForest.default* randomForest.formula*


Vemos que hay dos métodos. Si no estuviesen  señalados con un asterisco 
podríamos escribir su nombre en la consola y acceder al código, pero 
como tiene asterisco, para ver el código deberás usar la función 
getAnywhere():


getAnywhere(randomForest.default)


Un saludo,
Marcelino



El 19/03/2023 a las 7:51, gri...@yandex.com escribió:

Hola:

No se muy bien si es esto lo que preguntas, pero el código de todos los scripts 
está en el fichero:

https://cran.r-project.org/src/contrib/randomForest_4.7-1.1.tar.gz

Saludos.

On Sun, 19 Mar 2023 04:35:44 +0100
Manuel Mendoza  wrote:


Buenos días, ¿cómo podría ver el código con el que el paquete randomForest
hace el random forest?
Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] Resultado operación entre dataframes

2023-03-15 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenos días, David:

Lo que está pasando es que estás restando el primer valor de df_2 a 
todos los valores de la primera fila de df_1, el 2º valor a la 2ª fila, 
y así sucesivamente.


Lo más fácil en este caso sería usar la función apply(). Por ejemplo:

t( apply(df_1[,cols], MARGIN=1, FUN= function(x) x - (df_2$valor)))

# o, de forma resumida, sin nombrar los argumentos

t( apply(df_1[,cols], 1,  function(x) x - (df_2$valor)))

# O si quieres el resultado en el mismo orden que en la matriz original

t( apply(df_1[,cols], 1,  function(x) x - (df_2$valor)))[,names(df_1)]


Un saludo,
Marcelino


El 14/03/2023 a las 20:45, David Camilo Gomez Medina escribió:

Buen día estimados,

Tengo el siguiente código:

df_1 <- data.frame(ana = c(15, 20, 30), maria = c(15,20,30), jose = c(15,
20, 30))

df_2 <- data.frame(nombre = c("jose", "ana", "maria"), valor = c(1,2,3))

# Find the corresponding columns in df_1 based on the values in df_2$nombre
cols <- match(df_2$nombre, names(df_1))

# Subtract the values of df_2$valor from the corresponding columns of df_1
df_1[,cols] <- df_1[,cols] - (df_2$valor)

# Print the resulting data frame
df_1

y mi resultado es el siguiente:

   ana maria jose
1  1414   14
2  1818   18
3  2727   27

Pero el resultado debería ser:

   ana maria jose
1  1312   14
2  1817   19
3  2827   29

¿Saben qué podría estar pasando?

Quedo muy atento, gracias.



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Re: [R-es] El primer libro sobre R

2023-03-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenos días:

Aquí te lo cuentan:
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.html#Related-software-and-documentation

Un saludo,
Marcelino


El 10/03/2023 a las 10:52, Alejandro Hernández Morales escribió:

[No suele recibir correo electrónico de hdezmor...@gmail.com. Descubra por qué 
esto es importante en https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification ]

Hola. Saludos cordiales.

Espero me puedan ayudar en la siguiente consulta. Estoy desarrollando un
resumen de la historia de R para una clase. Pero me surgió una duda ¿Cuál
fue el  primer libro enfocado en el lenguaje de programación R?

Gracias por su atención.


--
[image: alejandrohernandezmorales]
<https://app.ed.team/@alejandrohernandezmorales> *Alejandro Hernández*

Analista de datos biológicos y ecológicos.
<https://linkedin.com/in/hdezmorale> <https://github.com/alexxoo>
+52 744 243 21 62La Paz, Baja California Sur

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Re: [R-es] vector a partir de los valores de una tabla

2023-02-28 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenas:

as.vector(tabla)

Saludos,

Marcelino


El 28/02/2023 a las 12:18, Manuel Mendoza escribió:

Muy buenas, necesito crear un vector a partir de los valores de una tabla
como la de abajo. Debe ser algo muy fácil pero no lo encuentro en la web.
Gracias,
Manuel

246, 345, 401, 131,125, 69 a partir de:

TS1  TS2  TS3  TS4   TS5  TS6
246  345   401   131   12569

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] (sin asunto)

2023-02-13 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenos días:

BIOs<-
("BIO1”,”BIO2”,”BIO3","BIO4”,”BIO5”,”BIO6”,”BIO7”,”BIO8","BIO9”,”BIO10”)
for (j in BIOs) {
  excel <- paste(j,".xlsx", sep="")
  data <- read_excel(excel)
...


Un saludo,
Marcelino

El 14/02/2023 a las 6:07, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, tengo un conjunto de 10 bases de datos en excel cuyos nombres
van de BIO1 a BIO10. Quiero hacer un loop en el que me coja una cada vez.
He probado lo que os pongo abajo (y otras cosas parecidas) y obviamente no
funciona. ¿Conocéis alguna forma?
Gracias como siempre,
Manuel

BIOs<-
("BIO1”,”BIO2”,”BIO3","BIO4”,”BIO5”,”BIO6”,”BIO7”,”BIO8","BIO9”,”BIO10”)
for (j in 1:length(BIOs)) {
   data <- read_excel("BIOs[j].xlsx")
...

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Re: [R-es] Comando similar a ELSE de spss

2023-02-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola, Enrique:
Puedes hacerlo así de fácil:

variable <- factor(variable)

levels(variable)[!(levels(datos)%in% c("verde", "azul", "rojo"))] <- NA

Un saludo,
Marcelino


El 03/02/2023 a las 13:36, Enrique Ramalle Gomara via R-help-es escribió:

Hola
Quiero recodificar los valores de una variable en otra, pero hay un subconjunto 
de esos valores que me interesa agruparlos en una categor�a que sea NA. Por 
ejemplo
De la variable color:
1 ="verde"
2 ="azul"
3 ="rojo"
Todos las dem�s  = NA (o que deje el campo vac�o)

�C�mo hacer para que todos los dem�s, los que no est�n en las categor�as de 
recodificaci�n se les asigne un campo vacio o un campo NA?



Un saludo, muchas gracias

Enrique Ramalle




GOBIERNO DE LA RIOJA
AVISO LEGAL: La informaci�n contenida en este mensaje ...{{dropped:10}}


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Re: [R-es] Loop para sumar

2022-11-25 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Buenas tardes:

seq(from=169631.4, to=568497.6, by=250)

Saludos,
Marcelino


El 25/11/2022 a las 13:03, Yesica Pallavicini Fernandez escribió:

[No suele recibir correo electrónico de yesipa...@gmail.com. Descubra por qué 
esto es importante en https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification ]

Buenos días.
Necesito dividir un mapa en celdas de 250m.
Tengo la UTM de partida y la de Llegada.

El comando que quisiera elaborar sería:
Desde este punto de partida, suma 250m y el posterior a 250m desde el punto
anterior y asi sucesivamente hasta llegar al punto de llegada. Solo voy a
utilizar la UTM X.
Y quisiera crear un vector que contenga todos esos puntos.
¿Me explico bien?
169631.4
568497.6
¿R puede aguantar mas de un millón quinientosmil datos que va a tener ese
vector?
Este es mi intento, pero me falta decirle que sume los 250 al punto
anterior.

datos=for(for(i in  169631.4: 568497.6  ){
  print(i^2)
}

Muchas gracias

Yésica

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Re: [R-es] error en matriz de correlación

2022-09-26 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Ricardo:

Es correcto lo que dices de declarar las variables según su tipo. El 
"problema" con cor() es que explícitamente requiere que las variables 
sean numéricas. Sin embargo, cuando calcula el coeficiente de 
correlación de Kendall (o el de Spearman) lo hace en función del *orden* 
de los valores de esa variable numérica.
Es decir, no es R el que sabe que Kendall es la prueba que corresponde a 
tus datos, sino tú como usuario, y por eso te pide que incluyas el 
argumento method = "kendall" cuando los datos son ordinales (o cuando 
son numéricos pero por su distribución no puedes confiar en la 
aproximación de Pearson).


Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 9:00, Ricardo Alva escribió:
Amigos gracias por sus respuestas. Disculpen mi ignorancia, pero no se 
supone que antes de que empezar a trabajar con el data frame, no se 
debe de declarar el tipo de variable que le corresponde a cada una y 
así el sistema reconozca si la variable es numérica, ordinal, 
dicotómoca o categorica? Por ejemplo en este caso, si le pongo 
numérica a todas las variables, el sistema como va saber que kendall 
es la prueba que le corresponde a mis datos dado que son ordinales, o 
este tema de numéricas es sólo una excepción para que corra el algoritmo?


Siempre trabajo declarando previamente las variables y no he tenido 
inconvenientes para ejecutar por ejemplo kmedias, kmodas, kprototipe, 
PCA, FAMD, o lo estoy haciendo mal?


Agradesco sus comentarios.





Enviado desde mi Galaxy



 Mensaje original --------
De: Marcelino de la Cruz Rot 
Fecha: 26/9/2022 1:06 a. m. (GMT-05:00)
A: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación

Hola Ricardo:

Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por
columnas, por ejemplo:

a <- apply(a, 2, as.numeric)

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:
> Hola Ricardo,
>
> Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error 
y la ayuda de la función. Como tus valores están ordenados, 
simplemente convierte con as.numeric() y ya te funcionará.

>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
>
>> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  
escribió:

>>
>> Amigos buen día.
>> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera 
de los 3 métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

>>
>> cor(a,method = 'kendall')
>> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
>>
>> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas 
ordinales y cargadas desde un archivo de excel que mantiene la 
siguiente forma:

>> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
>> 1   1   211
>> 2   1   511
>> 2   2   4    15
>> 2   2   2    41
>>
>> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego 
también como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas 
que elijo cualquier método de correlación.

>>
>> #Convirtiendo todas las variables a factor:
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
>> $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 
1 3 4 5 ...

>> $ producto    : Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 
5 1 3 2 ...

>>
>> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 
2 2 ...

>> $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 
5 2 1 3 4 5 ...

>> $ producto    : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 
1 1 5 1 3 2 ...

>>
>> Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es 
que las variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo 
cual me parecería algo raro.

>>
>>
>>   [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___

Re: [R-es] error en matriz de correlación

2022-09-26 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Ricardo:

Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por 
columnas, por ejemplo:


a <- apply(a, 2, as.numeric)

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:

Hola Ricardo,

Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error y la ayuda 
de la función. Como tus valores están ordenados, simplemente convierte con 
as.numeric() y ya te funcionará.

Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com





El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  escribió:

Amigos buen día.
Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

cor(a,method = 'kendall')
Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric

a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
1   1   211
2   1   511
2   2   4    15
2   2   2    41

He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también como 
factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo cualquier 
método de correlación.

#Convirtiendo todas las variables a factor:
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
$ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
$ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 ...
$ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 ...

#Convirtiendo todas las variables a ordinales.
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
$ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
$ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 
...
$ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 
...

Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me parecería 
algo raro.


        [[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Espcificar analisis de medidas repetidas en lme()

2022-01-11 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Jaume:

En teoría en cada fila (cada observación)  de la tabla de datos tienes 
los valores adecuados de "id" y "visita", por lo que R "entiende" de 
sobra la estructura individual-temporal de las observaciones.


Yo pondría:

lme(x ~ sitio + visita, random = ~ 1|id, data = datos)


o

lme(x ~ sitio + visita, random = ~ 1 + sitio + visita |id, data = datos)
 


o

lme(x ~ sitio * visita, random = ~ 1|id, data = datos)


etc, dependiendo de los efectos fijos y aleatorios que quieras testar.


Un saludo,

Marcelino


El 11/01/2022 a las 14:23, Jaume Tormo escribió:

Hola,

Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como
sigue:
- 4 sitios de estudio. (A-D)
- Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
- Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos
en cada visita.

Tenemos las siguientes variables:
id - identificador del punto de medida
sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN
x - variable medida

Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en
la fórmula. Yo creo que es así:

lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)

Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo
largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id

¿Que opinais?¿Voy por buen camino?

Muchas gracias.



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Re: [R-es] Pasar nombre variable regresión

2021-11-18 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Creo que lo que quieres es esto:

lm.D9 <- lm(weight ~ get(X))

Saludos,

Marcelino


El 18/11/2021 a las 12:03, Griera escribió:

Hola, buenos días:

No es un problema concreto que tenga ahora, pero es un problema general
que no se si tiene solución fácil. Hago una regresión (de lm.html):

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)

Si quiero que la variable independiente sea una "variable", y hago:

X = "group"
lm.D9 <- lm(weight ~ X)

Y da el error: Error in model.frame.default(formula = XVD ~ group, 
drop.unused.levels = TRUE) :
   variable lengths differ (found for 'group')

Ya que, como me decían el otro día "estás asignando a la variable X el valor 
"X" y no el
contenido de la variable X."

¿No hay forma de que entienda que "X" es el nombre de la variable independiente 
"group", que no sea pasar la posición de la variable?

Muchas gracias y saludos a todos.

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Re: [R-es] Error al cargar paquetes después de reinstalar R y Rstudio (Urgente)

2021-10-22 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Vas a tener que ir actualizando todos los paquetes para los que te de 
error al cargar, es decir:


install.packages("rlang", dependencies =TRUE)

Suerte!
Marcelino

El 22/10/2021 a las 7:49, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, después de reinstalar R y Rstudio me da este error:

Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in library.dynam(lib,
package, package.lib):
  DLL ‘rlang’ not found: maybe not installed for this architecture?
In addition: Warning message:
package ‘ggplot2’ was built under R version 4.0.5

Lo ideal sería recuperar cómo estaba todo ayer tarde, pero supongo que ya
no se puede.

Gracias por ayudarme cuanto antes, puesto que esta tarde tengo un curso.
Manuel

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Re: [R-es] Respuestas múltiples en una sola columna

2021-10-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Otra posibilidad sería la que aparece a continuación.
Saludos,
Marcelino

library(readxl)
library(reshape2)
datin <- read_excel("Ejes formativos.xlsx")
datin_long <- melt(datin, id.vars=c("ID", "area_pertenencia"))[,c("ID", 
"value", "area_pertenencia")]

names(datin_long) <- c("ID", "ejes", "area")
datin_long <- datin_long[!is.na(datin_long$ejes),]





El 07/10/2021 a las 4:40, juan manuel dias escribió:

Muchas gracias a ambos!

El mié., 6 de octubre de 2021 15:52, Carlos Ortega 
escribió:


Hola,

Sí, otra alternativa para dejarlo como has comentado y leyendo
directamente de Excel...

#---

library(dplyr)
library(tidyr)
library(readr)
library(readxl)

datin <- read_excel("Ejes formativos.xlsx")

datin_long <- datin %>%
   pivot_longer(
 cols = starts_with("eje"),
 values_to = "ejes"
   ) %>%
   rename( area = area_pertenencia) %>%
   select(-name) %>%
   relocate(ejes, .before = area)

#---


Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El mié, 6 oct 2021 a las 20:17, juan manuel dias ()
escribió:


Hola, cómo andan!

Tengo una base de una encuesta sobre formación profesional realizada a un
conjunto de empleados de una institución.

Una de las preguntas es de respuesta múltiple, eje_tem_1,eje_tem_2,
eje_tem_3hasta eje_tem_17.

Necesitaría que las respuestas de cada persona que están en esas
distintas columnas (eje_tem a eje_tem_17) queden en una misma columna, y
asimismo que se repita el "ID" y el "area_pertenencia" tantas veces como
opciones haya marcado cada caso/persona/"ID".

Estuve intentando con pivot_longer pero sin resultados!

Actualmente está así

*id  | eje_tem_1  | eje_tem_2 | eje_tem_3  | eje_tem_4area*
1 rh  sist   comunfilos
admin
2 rh  arte
  medic
3 sistmatem empre comun
  asist
4 arte   matem empre  sist
   asist

Y necesitaría que quede así:

*id  |  ejes|  area*
1 rh   admin
1 sist admin
1 comunadmin
1 filosadmin
1 admin admin
2  rh   medic
2 arte medic
..   .

Adjunto un recorte de la base!

Muchas gracias!

Saludos, Juan.
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] Compartir codigos R

2021-07-06 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Dos ejemplos serían

https://pastebin.com

https://rpubs.com/

Saludos,
Marcelino



El 06/07/2021 a las 13:10, JUAN MIGUEL MARIN DIAZARAQUE escribió:

Hola,

disculpad una duda que ya se planteó antes.
Creo que hay alguna web en la que se puede subir código R para acceso
público, aparte de github.

En realidad es para dar acceso a un tribunal el código de proyectos fin de
grado que se van a leer próximamente.
O sea que sería una cosa temporal.

Y saludos



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Re: [R-es] resultados de un apply

2021-01-26 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Perdón,

preds <- colnames(probs)[apply(probs, 1, which.max)]

El 27/01/2021 a las 7:57, Marcelino de la Cruz Rot escribió:


preds <- col.names(probs)[apply(probs, 1, which.max)]



El 27/01/2021 a las 4:27, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, de un gbm multinomial obtengo los resultados en
probabilidades, como veis abajo.
Con   preds <- apply(probs, 1, which.max) obtengo la categoría más
probable, pero me la da como 1,1,1,3,2,5,... indicando la posición de la
categoría en vez de su nombre. Con ifelse se puede transformar 
fácilmente

pero, quizás, haya una forma de obtenerlo directamente. ¿Lo sabéis?

    CYT    ERL EXC ME1
  ME2 ME3
[1,] 0.4109855 0.0003585678 0.008226155 0.0010024805 0.011564794 
0.011061570
[2,] 0.4481929 0.0003365305 0.020082853 0.0053111587 0.010587039 
0.016284726
[3,] 0.5991016 0.0002893456 0.004667779 0.0007938136 0.010317520 
0.004139039
[4,] 0.6953976 0.0001788419 0.002542308 0.0004987632 0.006486960 
0.002685069
[5,] 0.1880506 0.0001065788 0.002126477 0.0002694346 0.005070764 
0.005504816
[6,] 0.3271385 0.0001400425 0.002667148 0.0003842037 0.004645430 
0.007562207


Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] resultados de un apply

2021-01-26 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



preds <- col.names(probs)[apply(probs, 1, which.max)]



El 27/01/2021 a las 4:27, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, de un gbm multinomial obtengo los resultados en
probabilidades, como veis abajo.
Con   preds <- apply(probs, 1, which.max) obtengo la categoría más
probable, pero me la da como 1,1,1,3,2,5,... indicando la posición de la
categoría en vez de su nombre. Con ifelse se puede transformar fácilmente
pero, quizás, haya una forma de obtenerlo directamente. ¿Lo sabéis?

CYTERL EXC ME1
  ME2 ME3
[1,] 0.4109855 0.0003585678 0.008226155 0.0010024805 0.011564794 0.011061570
[2,] 0.4481929 0.0003365305 0.020082853 0.0053111587 0.010587039 0.016284726
[3,] 0.5991016 0.0002893456 0.004667779 0.0007938136 0.010317520 0.004139039
[4,] 0.6953976 0.0001788419 0.002542308 0.0004987632 0.006486960 0.002685069
[5,] 0.1880506 0.0001065788 0.002126477 0.0002694346 0.005070764 0.005504816
[6,] 0.3271385 0.0001400425 0.002667148 0.0003842037 0.004645430 0.007562207

Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

2021-01-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Si da *el mismo* error, entonces, es que no se ha actualizado.

Probablemente tengas que desconectarlo primero, es decir:

detach("package:vctrs")
install.packages("vctrs")



El 23/01/2021 a las 21:59, Manuel Mendoza escribió:

Lo he actualizado, pero me sigue dando el mismo error.

El sáb, 23 ene 2021 a las 14:48, Jesús Para Fernández (<
j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:


Te pide actializar el paquete vctrs. Desde rstudio puedes hacerlo sin
problema

Obtener Outlook para Android <https://aka.ms/ghei36>
--
*From:* R-help-es  on behalf of Manuel
Mendoza 
*Sent:* Saturday, January 23, 2021 2:45:40 PM
*To:* Lista R 
*Subject:* [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.

Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
  namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.

Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] En R.4.03 no corre el comando plot.design

2020-12-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/remove.packages.html




El 10/12/2020 a las 11:49, Juan Bautista escribió:

Hola otra vez.
Solucionado el problema anterior ... y al pensar que me faltaba algún paquete 
por cargar ... Hice una carga masiva de paquetes que ha traído como 
consecuencia que mi ordenador, al que ya no le quedaba mucho espacio se ha 
llenado más de lo deseable.
¿Hay alguna forma de "desinstalar paquetes" o localizar los archivos de los 
paquetes instalados para liberar espacio?

Un saludo.
Juan Bautista Relloso Barrio
Coordinador de Equipos e Infraestructuras | Técnico de Cultivos del 
Departamento de Producción Vegetal
Talde eta Azpiegitura Koordinatzailea | Laborantza teknikaria Landare Ekoizpen 
Departamentua
jbauti...@neiker.eus | M. 688 62 98 14
www.neiker.eus  
   


PRIBATUTASUN POLITIKA | POLÍTICA DE PRIVACIDAD | LEGAL NOTICE

-Mensaje original-
De: Juan Bautista
Enviado el: jueves, 10 de diciembre de 2020 10:02
Para: 'Proyecto R-UCA' ; r-help-es@r-project.org
Asunto: En R.4.03 no corre el comando plot.design

Hola a todos.
Acabo de instalar la versión de R 4.03 y hay un comando que no corre. Me dá un 
mensaje de error que no se descifrar Este es el comando:
plot.design( PESO ~ TRATAMIENTO, data=Prueba, ylab="PESO", col.lab="blue", 
col.axis="red", cex.axis=0.4) Y el mensaje de error que me da es este:
Error in .plot.des(xf, ydata[, j], fun = fun, ylab = ylab[j], ylim = ylim,  :
   all columns/components of 'x' must be factors

Lo que me fastidia es que el mismo comando sin cambiar nada en R 3.63 corre 
perfectamente sin ningún problema ¿Puede que me falte algún paquete o librería 
de cargar?

Un saludo.
Juan Bautista Relloso Barrio
Coordinador de Equipos e Infraestructuras | Técnico de Cultivos del 
Departamento de Producción Vegetal Talde eta Azpiegitura Koordinatzailea | 
Laborantza teknikaria Landare Ekoizpen Departamentua jbauti...@neiker.eus | M. 
688 62 98 14
www.neiker.eus  
   


PRIBATUTASUN POLITIKA | POLÍTICA DE PRIVACIDAD | LEGAL NOTICE

-Mensaje original-
De: R-help-es  En nombre de Proyecto R-UCA 
Enviado el: viernes, 27 de noviembre de 2020 10:08
Para: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] Cargar data frame en app shiny

Hola:

¿Has comprobado los permisos de las carpetas padre?

Ten en cuenta que shiny tal vez se esté ejecutando por algún usuario de sistema 
con privilegios restringidos como www-data o similar.

Un saludo.

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Re: [R-es] En R.4.03 no corre el comando plot.design

2020-12-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



Prueba$TRATAMIENTO <- factor(Prueba$TRATAMIENTO)


El 10/12/2020 a las 10:44, Juan Bautista escribió:


Muchas gracias Carlos.

Efectivamente lo he comprobado …y tienes razón.

La columna “TRATAMIENTO” no me la lee como “Factor” si no como 
“Character”.


Estoy intentando cambiar para que me aparezca como “Factor” Dos formas 
que he probado no me han funcionado. Alguna sugerencia?


Gracias Otra vez

Un saludo.

*Juan Bautista Relloso Barrio*

Coordinador de Equipos e Infraestructuras | Técnico de Cultivos del 
Departamento de Producción Vegetal


Talde eta Azpiegitura Koordinatzailea | Laborantza teknikaria Landare 
Ekoizpen Departamentua


jbauti...@neiker.eus <mailto:jbauti...@neiker.eus>| M. 688 62 98 14

*www.neiker.eus* <http://www.neiker.eus/> 
<https://www.linkedin.com/company/neiker/> 
<https://twitter.com/neiker_BRTA>** 
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<https://www.youtube.com/user/neikertec>**


*ej_ekonomia_garapen_lateral 
*https://www.emakunde.euskadi.eus/contenidos/informacion/violencia_puntolila/eu_def/adjuntos/punto.lila.jpg**


**

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*De:* Carlos Ortega 
*Enviado el:* jueves, 10 de diciembre de 2020 10:17
*Para:* Juan Bautista 
*CC:* Proyecto R-UCA ; r-help-es@r-project.org
*Asunto:* Re: [R-es] En R.4.03 no corre el comando plot.design

Hola,

Desde la 4.0 R al importar un dataset, ya no convierte los "strings" a 
"factors" y ese es el error que tienes. Sospecho que la columna 
"TRATAMIENTO" no es factor y aparece el error.


Comprueba la clase de las columnas en la 3.63 antes de entrar en el 
plot y lo mismo con la 4.03.


Gracias,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es <http://www.qualityexcellence.es>

El jue, 10 dic 2020 a las 10:02, Juan Bautista (<mailto:jbauti...@neiker.eus>>) escribió:


Hola a todos.
Acabo de instalar la versión de R 4.03 y hay un comando que no
corre. Me dá un mensaje de error que no se descifrar
Este es el comando:
plot.design( PESO ~ TRATAMIENTO, data=Prueba, ylab="PESO",
col.lab="blue", col.axis="red", cex.axis=0.4)
Y el mensaje de error que me da es este:
Error in .plot.des(xf, ydata[, j], fun = fun, ylab = ylab[j], ylim
= ylim,  :
  all columns/components of 'x' must be factors

Lo que me fastidia es que el mismo comando sin cambiar nada en R
3.63 corre perfectamente sin ningún problema
¿Puede que me falte algún paquete o librería de cargar?

Un saludo.
Juan Bautista Relloso Barrio
Coordinador de Equipos e Infraestructuras | Técnico de Cultivos
del Departamento de Producción Vegetal
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-Mensaje original-
De: R-help-es mailto:r-help-es-boun...@r-project.org>> En nombre de Proyecto R-UCA
Enviado el: viernes, 27 de noviembre de 2020 10:08
Para: r-help-es@r-project.org <mailto:r-help-es@r-project.org>
Asunto: Re: [R-es] Cargar data frame en app shiny

Hola:

¿Has comprobado los permisos de las carpetas padre?

Ten en cuenta que shiny tal vez se esté ejecutando por algún
usuario de sistema con privilegios restringidos como www-data o
similar.

Un saludo.

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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] Concatenar secuencia hasta el final con ifelse

2020-11-04 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
No sé si te he entendido pero con el código que te he mandado, todas las 
observaciones que tengan 1, 2, 3, 4 o 5  en Data$Order.individual 
tendrán 1 en Data$Order.Page; todas las que tengan 6, 7, 8, 9, 0 10, 
tendrán 2 en Data$Order.Page, etc, aunque haya varias que tengan valor 1 
en esa variable. Vamos, como en este ejemplo:


> valores <- rep(1:3200, each=5)
>
> Order.individual <- c(1:20, 1:20)
>
> data.frame(Order.individual, Order.Page=valores[Order.individual])
   Order.individual Order.Page
1 1 1
2 2 1
3 3 1
4 4 1
5 5 1
6 6 2
7 7 2
8 8 2
9 9 2
10   10 2
11   11 3
12   12 3
13   13 3
14   14 3
15   15 3
16   16 4
17   17 4
18   18 4
19   19 4
20   20 4
21    1 1
22    2 1
23    3 1
24    4 1
25    5 1
26    6 2
27    7 2
28    8 2
29    9 2
30   10 2
31   11 3
32   12 3
33   13 3
34   14 3
35   15 3
36   16 4
37   17 4
38   18 4
39   19 4
40   20 4
>

El 04/11/2020 a las 20:12, miriam.alz...@unavarra.es escribió:

Hola, muchas gracias por contestar,
Creo que no es exactamente eso porque a veces la variable
Data$Order.individual es común a varias observaciones de la base de datos,
es decir, puede haber varias observaciones que tengan valor 1 en esa
variable. Si lo hago de la forma que me dices, no se si está teniendo eso
en cuenta. La idea es que el código lea qué valor tiene la observación en
Data$Order.individual, porque me interesa que por ejemplo de el valor 1 a
las que tienen 5 o menos (aunque no sean sólo 5 observaciones y sean más).

No se si me explico...

Muchas gracias!

El Mie, 4 de Noviembre de 2020, 18:32, Marcelino de la Cruz Rot escribió:

Hola:

Si se tratase, como parece implícito, de que cada 5 unidades de
Data$Order.individual equivale a 1 unidad de Data$Order.Page, y si el
máximo valor es 16000, tendrías en total 16000/5 = 3200 valores posibles
para Data$Order.Page.

Por lo tanto, podrías hacer algo así:

valores <- rep(1:3200, each=5)
Data$Order.Page <- valores[Data$Order.individual]

Saludos,
Marcelino

El 04/11/2020 a las 17:49, miriam.alz...@unavarra.es escribió:

Hola,

Necesito asignar a cada observación un orden según su posición en un
listado, estoy aplicando el siguiente código, pero no se cómo extenderlo
para que lo haga hasta el final de las observaciones sin hacerlo
manualmente:

Data$Order.Page <- ifelse(Data$Order.individual <=5, 1,
ifelse(Data$Order.individual<=10, 2,
   ifelse(Data$Order.individual <=15, 3,...

Lo que nos diría es que si el orden individual es menor o igual que 5,
la
nueva variable tenga valor 1; si es menor o igual que 10, tenga valor 2;
si es menor o igual que 15, valor 3, y así sucesivamente.

Pero hay casos donde la variable Order.individual va del 1 al 16.000,
por
lo tanto no es práctico ponerlo de forma manual. ¿Hay forma de hacerlo
automático?

Muchas gracias

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Re: [R-es] Concatenar secuencia hasta el final con ifelse

2020-11-04 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:

Si se tratase, como parece implícito, de que cada 5 unidades de 
Data$Order.individual equivale a 1 unidad de Data$Order.Page, y si el 
máximo valor es 16000, tendrías en total 16000/5 = 3200 valores posibles 
para Data$Order.Page.


Por lo tanto, podrías hacer algo así:

valores <- rep(1:3200, each=5)
Data$Order.Page <- valores[Data$Order.individual]

Saludos,
Marcelino

El 04/11/2020 a las 17:49, miriam.alz...@unavarra.es escribió:

Hola,

Necesito asignar a cada observación un orden según su posición en un
listado, estoy aplicando el siguiente código, pero no se cómo extenderlo
para que lo haga hasta el final de las observaciones sin hacerlo
manualmente:

Data$Order.Page <- ifelse(Data$Order.individual <=5, 1,
ifelse(Data$Order.individual<=10, 2,
  ifelse(Data$Order.individual <=15, 3,...

Lo que nos diría es que si el orden individual es menor o igual que 5, la
nueva variable tenga valor 1; si es menor o igual que 10, tenga valor 2;
si es menor o igual que 15, valor 3, y así sucesivamente.

Pero hay casos donde la variable Order.individual va del 1 al 16.000, por
lo tanto no es práctico ponerlo de forma manual. ¿Hay forma de hacerlo
automático?

Muchas gracias

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Re: [R-es] Eliminar números de texto

2020-11-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:

Podrías usar gsub:

gsub("([,%0-9])", "", text_data$text)

Saludos,

Marcelino

El 04/11/2020 a las 2:48, miriam.alz...@unavarra.es escribió:

Buenas,

Estoy analizando texto en R y no encuentro cómo eliminar los números y
símbolos del texto como ",", "%", etc.

Estoy pasando este código, text_data es donde está el texto en la variable
"text".

tidy_data <- text_data%>%
unnest_tokens(word, text)%>%
anti_join(stop_words)

¿Cómo podría añadirse a ese código?

Muchas gracias

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Re: [R-es] EXTRAER MES EN LETRAS Y CASTELLANO

2020-09-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Otra forma, más sencilla todavía.

Saludos,
Marcelino

mes_numero = sample(1:12, 50, replace = TRUE)

mes_chr = c('ENE', 'FEB', 'MAR', 'ABR', 'MAY', 'JUN', 'JUL', 'AGO', 
'SEP','OCT','NOV', 'DIC')


nueva_variable <- mes_chr[mes_numero]



El 23/09/2020 a las 1:11, Carlos Ortega escribió:

Hola,

Esta es una forma de hacerlo...


# Este es el dataframe que tiene las referencias cruzadas
mi_df <- data.frame(

+   mes_num = 1:12,
+   mes_chr = c('ENE', 'FEB', 'MAR', 'ABR', 'MAY', 'JUN', 'JUL', 'AGO',
'SEP','OCT','NOV', 'DIC')
+ )

# Este es tu data.frame con la columna con los numeros a cambiar
a_cambiar <- data.frame(

+  mes_salteados = sample(1:12, 50, replace = TRUE)
+  )

resul_tados <- a_cambiar %>% left_join(mi_df, by = c('mes_salteados' =

'mes_num'))

head(resul_tados)

   mes_salteados mes_chr
1 5 MAY
2 5 MAY
3 4 ABR
4 4 ABR
510 OCT
611 NOV

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El mar., 22 sept. 2020 a las 23:58, Jesus MARTIN F. ()
escribió:


   Buenas tardes,

   Estoy precisando generar una nueva variable que contenga el mes en tres
letras, por ejemplo: ENE , FEB, MAR , ABR y así sucesivamente a partir de
los valores que ahora tengo en el Dataset, que son 1, 2, 3, 4 y así
sucesivamente.

   Entiendo que sería con mutate, pero consulto acerca del comando
completo..

   Gracias,

   Jesús



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22/09/20
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Re: [R-es] Encontrar un dato y añadirlo a otra columna

2020-09-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Para este ejemplo concreto, es bastante sencillo. Por ejemplo:

sp <-strsplit(df$nombre1, " ")
df$Nombre1_numero<-sapply(sp, function(x) ifelse(x[1]=="AV", 
as.numeric(x[2]), NA))


Saludos,
Marcelino

El 23/09/2020 a las 2:14, Samura . escribió:

Con parse_number sacaria todos los numeros de la columna,
pero lo que busco es sacar solo los que empiezan por AV y descartar el resto.

De todas maneras muchas gracias, le voy a dar otra vuelta.


De: Juan Carlos Lopez Mesa 
Enviado: martes, 22 de septiembre de 2020 21:32
Para: Samura . 
Cc: r-help-es@r-project.org 
Asunto: Re: [R-es] Encontrar un dato y a�adirlo a otra columna

Hola,

prueba con esto

df %>% mutate(var = parse_number(nombre1))


Saludos

El mar., 22 sept. 2020 a las 15:46, Samura . 
(mailto:tontit...@hotmail.com>>) escribi�:
Buenas,
A ver si alguien sabe como hacer lo siguiente:

Tengo un df con letras y numeros, quiero que si me detecta un numero en 
concreto me a�ada dicho numero en otra columna.

Algo asi

df<-data.frame(c("AV 23","PEPE 34","QWE","AV 24","WERRR ER34","AV 25"))
colnames(df)<-c("nombre1")

df[grepl("AV 23",df$nombre1), "Nombre1_numero"]= "23"
df[grepl("AV 24",df$nombre1), "Nombre1_numero"]= "24"
df[grepl("AV 25",df$nombre1), "Nombre1_numero"]= "25"
df


nombre1  Nombre1_numero
AV 23 23
PEPE 34NA
QWE  NA
AV 24  24
WERRR ER34   NA
AV 25 25

osea, busca AV 23, 24, 25 en la columna, si lo encuentras pon el numero en otra 
columna, el resto de datos NA

como son muchos, para no repetir siempre lo mismo habia pensado en algo asi


df[grepl("AV \\d{2}",df$nombre1), "Nombre1_numero"]= "\\d{2}"

pero no se como poner ese "\\d{2}" ultimo para que me coloque el numero.

�Alguna idea?

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contenida. No se asume responsabilidad sobre informaci�n, opiniones o criterios contenidos 
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destinatario de este correo electr�nico, se le notifica que el uso de esta informaci�n, as� 
como su difusi�n, distribuci�n o copia, est� estrictamente prohibida, por favor notifique 
al remitente inmediatamente por este mismo medio y elimine lo antes posible este mensaje. 
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principal en la ciudad de Bogot� D.C. en la Carrera 45 # 26-85 Edif. Uriel Guti�rrez Bogot� 
D.C., Colombia y con tel�fono (+57 1) 316 50 00, en cumplimiento de la Ley 1581 de 2012 y 
el art�culo 15 del Decreto 1377 de 2013, como responsable del tratamiento de informaci�n de 
datos personales, desea informar a todas las personas cuyos datos personales se encuentran 
en nuestras bases de datos, que los mismos se encuentran bajo medidas que garantizan la 
seguridad, confidencialidad e integridad, y su tratamiento se realiza con base en nuestra 
Pol�tica de Tratamiento de Datos Personales, esta informaci�n se podr� consultar en la 
p�gina web unal.edu.co<http://www.unal.edu.co/> o ser solicitada para su conocimiento 
en el correo electr�nico 
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tambi�n puede ejercer sus derechos como titular dentro de los cuales se contempla conocer, 
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Re: [R-es] TOMAR ID (número de orden de las filas) DE DATAFRAME Y CONVERTIRLO EN UNA COLUMNA (VARIABLE) NUEVA

2020-09-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:

Varias posibilidades serían:

DATAFRAME$variable_nueva <- 1:nrow(DATAFRAME)

DATAFRAME$variable_nueva <- row.names(DATAFRAME)
o
DATAFRAME$variable_nueva <- as.numeric(row.names(DATAFRAME))

dependiendo de tu objetivo final.

Saludos,

Marcelino

El 20/09/2020 a las 18:41, Jesus MARTIN F. escribió:

   Buenas tardes,

   Consulto cómo tomar el ID (número de orden de las filas) de un DATAFRAME
y hacer un "mutate" a una variable nueva que contenga ese valor (número de
orden de la fila),

   Gracias

   Jesús


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Re: [R-es] Cambiar datos de un DF

2020-09-13 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Si codificas "col1" como un factor, lo puedes cambiar todo de una vez 
renombrando los niveles correspondientes:


> df$col1<-as.factor(df$col1)

> df$col1
 [1] uno   dos   3 4 cinco 6 siete 8 9 diez
Levels: 3 4 6 8 9 cinco diez dos siete uno

> levels(df$col1)[1:5] <- c("tres","cuatro","seis","ocho","nueve")
> df
 col1 col2
1 uno    1
2 dos    2
3    tres    3
4  cuatro    4
5   cinco    5
6    seis    6
7   siete    7
8    ocho    8
9   nueve    9
10   diez   10
>


Saludos,

Marcelino


El 13/09/2020 a las 14:37, Samura . escribió:

Hola a tod@s

�C�mo puedo cambiar varios datos por otros en un data frame?

Por ejemplo

col1<-c("uno","dos",3,4,"cinco",6,"siete",8,9,"diez")
col2<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)

df<-data.frame(col1,col2)
df$col1<-as.character(df$col1)
df

 col1 col2
 uno1
 dos2
   33
   44
   cinco5
   66
   siete7
   88
   99
 diez   10

Ahora quiero cambiar por ejemplo los n�meros por letras (o cualquier otro dato 
en cualquier otro ejemplo)

df$col1[df$col1==3]<-"tres"
df$col1[df$col1==4]<-"cuatro"
df$col1[df$col1==6]<-"seis"
df$col1[df$col1==8]<-"ocho"
df$col1[df$col1==9]<-"nueve"

�No hay otra forma de ponerlo para no ir uno a uno?

he probado con

df$col1[df$col1==c(3,4,6)]<-c("tres","cuatro","seis")

pero nada, pq creo que tendr�a q ponerlos todos, solo quiero poner los que 
quiero cambiar.

Gracias!



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Re: [R-es] aplicar codigo

2020-09-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Ya sé a qué se debe:
En vuestro R, la función data.frame transforma automáticamente los 
vectores de tipo /character/ a tipo/factor/.

Con un factor, sapply devuelve el número del nivel correspondiente:

> col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35', 
'x1','x2', 'x4')


> sapply(col1, function(x) ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"), 
"prueba12",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
    x1 x2    x11 x1    x33 x1 
x4 x5    x35 x1 x2 x4
"prueba12" "prueba12"  "x11" "prueba12"  "x33" "prueba12" 
"prueba2"  "prueba2"  "x35" "prueba12" "prueba12"  "prueba2"


> sapply(factor(col1), function(x) ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"), 
"prueba12",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
 [1] "prueba12" "prueba12" "2"    "prueba12" "4" "prueba12" 
"prueba2"  "prueba2"  "5"    "prueba12" "prueba12" "prueba2"

>




El 10/09/2020 a las 20:35, David Mateos escribió:

Hola,
a mí me sucede como a Samura y no consigo entender de donde salen esos 
"2", "4" y "5" para df1. ¿Alguien puede arrojar luz?

Tanto con la versión 3.6 como con la 4.0.2

Si me funciona con
```
transforma <- function(df) {
  apply(df, 1, function(x)
    ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
           "prueba12",
           ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),
                  "prueba2",x)
           )
    )
}
df1$transformacion <- transforma(df1)
```
Un saludo,
David

Enviado desde Outlook <http://aka.ms/weboutlook>


*De:* R-help-es  en nombre de 
Marcelino de la Cruz Rot 

*Enviado:* jueves, 10 de septiembre de 2020 19:15
*Para:* Samura . ; r-help-es@r-project.org 


*Asunto:* Re: [R-es] aplicar codigo
Yo copio y pego este código y me sale correctamente. Se me ocurre que
pueda deberse a la versión de R ¿cuál usas?


El 10/09/2020 a las 17:51, Samura . escribió:
> Gracias por las respuestas.
>
> Probé lo de hacer la función y no me salía. Pensaba que hacía algo mal.
> Ahora con el código de Marcelino tampoco me sale.
>
> col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35',
> 'x1','x2', 'x4')
> col2 <- c('x12', 'x4', 'x6', 'x771','x4', 'x2')
> col3 <- c('x7', 'x2', 'x4', 'x5','x111', 'x1','x4', 'x5',
> 'x35','x2','x2', 'x4','x6', 'x5')
>
> df1<-data.frame(col1)
> df2<-data.frame(col2)
> df3<-data.frame(col3)
>
> transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
>     ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
>  "prueba12",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
>
> transforma(df1)
> col1
> [1,] "prueba12"
> [2,] "prueba12"
> [3,] "2"
> [4,] "prueba12"
> [5,] "4"
> [6,] "prueba12"
> [7,] "prueba2"
> [8,] "prueba2"
> [9,] "5"
> [10,] "prueba12"
> [11,] "prueba12"
> [12,] "prueba2"
>
> ¿Alguna idea de pq me sale 2, 4, 5?
> 
> *De:* R-help-es  en nombre de
> Marcelino de la Cruz Rot 
> *Enviado:* jueves, 10 de septiembre de 2020 9:36
> *Para:* r-help-es@r-project.org 
> *Asunto:* Re: [R-es] aplicar codigo
> Hola:
> Como dice Carlos, algo así, por ejemplo:
>
> transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
> ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
> "prueba1",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
>
>
>  > transforma(df1)
>    col1
>   [1,] "prueba1"
>   [2,] "prueba1"
>   [3,] "x11"
>   [4,] "prueba1"
>   [5,] "x33"
>   [6,] "prueba1"
>   [7,] "prueba2"
>   [8,] "prueba2"
>   [9,] "x35"
> [10,] "prueba1"
> [11,] "prueba1"
> [12,] "prueba2"
>
>
>  > transforma(df2)
>   col2
> [1,] "x12"
> [2,] "prueba2"
> [3,] "prueba2"
> [4,] "x771"
> [5,] "prueba2"
> [6,] "prueba1"
>
>
>  > transforma(df3)
>    col3
>   [1,] "x7"
>   [2,] "prueba1"
>   [3,]

Re: [R-es] aplicar codigo

2020-09-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

OK. Yo lo he hecho con R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day".
Ya nos cuentas si funciona.

El 10/09/2020 a las 20:19, Samura . escribió:

R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Rstudio Version 1.2.1335

Voy a actualizarlo todo a ver que pasa.
--------
*De:* Marcelino de la Cruz Rot 
*Enviado:* jueves, 10 de septiembre de 2020 17:15
*Para:* Samura . ; r-help-es@r-project.org 


*Asunto:* Re: [R-es] aplicar codigo
Yo copio y pego este código y me sale correctamente. Se me ocurre que
pueda deberse a la versión de R ¿cuál usas?


El 10/09/2020 a las 17:51, Samura . escribió:
> Gracias por las respuestas.
>
> Probé lo de hacer la función y no me salía. Pensaba que hacía algo mal.
> Ahora con el código de Marcelino tampoco me sale.
>
> col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35',
> 'x1','x2', 'x4')
> col2 <- c('x12', 'x4', 'x6', 'x771','x4', 'x2')
> col3 <- c('x7', 'x2', 'x4', 'x5','x111', 'x1','x4', 'x5',
> 'x35','x2','x2', 'x4','x6', 'x5')
>
> df1<-data.frame(col1)
> df2<-data.frame(col2)
> df3<-data.frame(col3)
>
> transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
>     ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
>  "prueba12",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
>
> transforma(df1)
> col1
> [1,] "prueba12"
> [2,] "prueba12"
> [3,] "2"
> [4,] "prueba12"
> [5,] "4"
> [6,] "prueba12"
> [7,] "prueba2"
> [8,] "prueba2"
> [9,] "5"
> [10,] "prueba12"
> [11,] "prueba12"
> [12,] "prueba2"
>
> ¿Alguna idea de pq me sale 2, 4, 5?
> 
> *De:* R-help-es  en nombre de
> Marcelino de la Cruz Rot 
> *Enviado:* jueves, 10 de septiembre de 2020 9:36
> *Para:* r-help-es@r-project.org 
> *Asunto:* Re: [R-es] aplicar codigo
> Hola:
> Como dice Carlos, algo así, por ejemplo:
>
> transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
> ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
> "prueba1",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))
>
>
>  > transforma(df1)
>    col1
>   [1,] "prueba1"
>   [2,] "prueba1"
>   [3,] "x11"
>   [4,] "prueba1"
>   [5,] "x33"
>   [6,] "prueba1"
>   [7,] "prueba2"
>   [8,] "prueba2"
>   [9,] "x35"
> [10,] "prueba1"
> [11,] "prueba1"
> [12,] "prueba2"
>
>
>  > transforma(df2)
>   col2
> [1,] "x12"
> [2,] "prueba2"
> [3,] "prueba2"
> [4,] "x771"
> [5,] "prueba2"
> [6,] "prueba1"
>
>
>  > transforma(df3)
>    col3
>   [1,] "x7"
>   [2,] "prueba1"
>   [3,] "prueba2"
>   [4,] "prueba2"
>   [5,] "x111"
>   [6,] "prueba1"
>   [7,] "prueba2"
>   [8,] "prueba2"
>   [9,] "x35"
> [10,] "prueba1"
> [11,] "prueba1"
> [12,] "prueba2"
> [13,] "prueba2"
> [14,] "prueba2"
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
> El 10/09/2020 a las 9:41, Carlos Ortega escribió:
> > Hola,
> > Si lo estoy entendiendo bien, lo que tienes que crearte es una 
función.
> > A la función le pasarías unos parámetros (las columnas y el 
dataframe al

> > que añadir la transformación), y en el cuerpo de la función haces esos
> > cálculos.
> >
> > Gracias,
> > Carlos.
> >
> >
> >
> > Gracias,
> > Carlos.
> >
> > El jue., 10 sept. 2020 a las 3:55, Samura . ()
> > escribió:
> >
> >> Hola,
> >> me gustaría hacer algo como en el siguiente ejemplo
> >>
> >> A un df añadirle una columna que es la transformación de otra,
> >> en plan a todo lo que sea  x1, x2, x3 lo llamo prueba 1
> >> todo lo que sea x4,x5,x6 lo llamo prueba 2
> >> el resto de x las dejo como están.
> >>
> >> Sería algo así
> >>
> >> col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35',
> >> 'x1','x2', 'x4')
> >> df1<-data.frame(col1)
> >> attach(df1)
> >>
> >> df1$transformacion<-ifelse(col1 == "x1"|col1 == "x2"| col1 == "x3",
> >> "prueba1",
> >> ife

Re: [R-es] aplicar codigo

2020-09-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Yo copio y pego este código y me sale correctamente. Se me ocurre que 
pueda deberse a la versión de R ¿cuál usas?



El 10/09/2020 a las 17:51, Samura . escribió:

Gracias por las respuestas.

Probé lo de hacer la función y no me salía. Pensaba que hacía algo mal.
Ahora con el código de Marcelino tampoco me sale.

col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35', 
'x1','x2', 'x4')

col2 <- c('x12', 'x4', 'x6', 'x771','x4', 'x2')
col3 <- c('x7', 'x2', 'x4', 'x5','x111', 'x1','x4', 'x5', 
'x35','x2','x2', 'x4','x6', 'x5')


df1<-data.frame(col1)
df2<-data.frame(col2)
df3<-data.frame(col3)

transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
    ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
 "prueba12",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))

transforma(df1)
col1
[1,] "prueba12"
[2,] "prueba12"
[3,] "2"
[4,] "prueba12"
[5,] "4"
[6,] "prueba12"
[7,] "prueba2"
[8,] "prueba2"
[9,] "5"
[10,] "prueba12"
[11,] "prueba12"
[12,] "prueba2"

¿Alguna idea de pq me sale 2, 4, 5?

*De:* R-help-es  en nombre de 
Marcelino de la Cruz Rot 

*Enviado:* jueves, 10 de septiembre de 2020 9:36
*Para:* r-help-es@r-project.org 
*Asunto:* Re: [R-es] aplicar codigo
Hola:
Como dice Carlos, algo así, por ejemplo:

transforma <- function(df) sapply(df, function(x)
ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"),
"prueba1",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))


 > transforma(df1)
   col1
  [1,] "prueba1"
  [2,] "prueba1"
  [3,] "x11"
  [4,] "prueba1"
  [5,] "x33"
  [6,] "prueba1"
  [7,] "prueba2"
  [8,] "prueba2"
  [9,] "x35"
[10,] "prueba1"
[11,] "prueba1"
[12,] "prueba2"


 > transforma(df2)
  col2
[1,] "x12"
[2,] "prueba2"
[3,] "prueba2"
[4,] "x771"
[5,] "prueba2"
[6,] "prueba1"


 > transforma(df3)
   col3
  [1,] "x7"
  [2,] "prueba1"
  [3,] "prueba2"
  [4,] "prueba2"
  [5,] "x111"
  [6,] "prueba1"
  [7,] "prueba2"
  [8,] "prueba2"
  [9,] "x35"
[10,] "prueba1"
[11,] "prueba1"
[12,] "prueba2"
[13,] "prueba2"
[14,] "prueba2"

Saludos,

Marcelino

El 10/09/2020 a las 9:41, Carlos Ortega escribió:
> Hola,
> Si lo estoy entendiendo bien, lo que tienes que crearte es una función.
> A la función le pasarías unos parámetros (las columnas y el dataframe al
> que añadir la transformación), y en el cuerpo de la función haces esos
> cálculos.
>
> Gracias,
> Carlos.
>
>
>
> Gracias,
> Carlos.
>
> El jue., 10 sept. 2020 a las 3:55, Samura . ()
> escribió:
>
>> Hola,
>> me gustaría hacer algo como en el siguiente ejemplo
>>
>> A un df añadirle una columna que es la transformación de otra,
>> en plan a todo lo que sea  x1, x2, x3 lo llamo prueba 1
>> todo lo que sea x4,x5,x6 lo llamo prueba 2
>> el resto de x las dejo como están.
>>
>> Sería algo así
>>
>> col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35',
>> 'x1','x2', 'x4')
>> df1<-data.frame(col1)
>> attach(df1)
>>
>> df1$transformacion<-ifelse(col1 == "x1"|col1 == "x2"| col1 == "x3",
>> "prueba1",
>> ifelse(col1 == "x4"|col1 == "x5"| col1 
== "x6",

>> "prueba2", col1))
>>
>> detach(df1)
>> df1
>>
>> pero ahora en vez de un df tengo varios
>>
>> col2 <- c('x12', 'x4', 'x6', 'x771','x4', 'x2')
>> col3 <- c('x7', 'x2', 'x4', 'x5','x111', 'x1','x4', 'x5', 
'x35','x2','x2',

>> 'x4','x6', 'x5')
>> df2<-data.frame(col2)
>> df3<-data.frame(col3)
>>
>> ¿cómo puedo aplicar el código al resto de los df sin tener que 
repetirlo?

>>
>>
>>
>>  [[alternative HTML version deleted]]
>>
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Re: [R-es] aplicar codigo

2020-09-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:
Como dice Carlos, algo así, por ejemplo:

transforma <- function(df) sapply(df, function(x) 
ifelse(x%in%c("x1","x2","x3"), 
"prueba1",ifelse(x%in%c("x4","x5","x6"),"prueba2",x)))



> transforma(df1)
  col1
 [1,] "prueba1"
 [2,] "prueba1"
 [3,] "x11"
 [4,] "prueba1"
 [5,] "x33"
 [6,] "prueba1"
 [7,] "prueba2"
 [8,] "prueba2"
 [9,] "x35"
[10,] "prueba1"
[11,] "prueba1"
[12,] "prueba2"


> transforma(df2)
 col2
[1,] "x12"
[2,] "prueba2"
[3,] "prueba2"
[4,] "x771"
[5,] "prueba2"
[6,] "prueba1"


> transforma(df3)
  col3
 [1,] "x7"
 [2,] "prueba1"
 [3,] "prueba2"
 [4,] "prueba2"
 [5,] "x111"
 [6,] "prueba1"
 [7,] "prueba2"
 [8,] "prueba2"
 [9,] "x35"
[10,] "prueba1"
[11,] "prueba1"
[12,] "prueba2"
[13,] "prueba2"
[14,] "prueba2"

Saludos,

Marcelino

El 10/09/2020 a las 9:41, Carlos Ortega escribió:

Hola,
Si lo estoy entendiendo bien, lo que tienes que crearte es una función.
A la función le pasarías unos parámetros (las columnas y el dataframe al
que añadir la transformación), y en el cuerpo de la función haces esos
cálculos.

Gracias,
Carlos.



Gracias,
Carlos.

El jue., 10 sept. 2020 a las 3:55, Samura . ()
escribió:


Hola,
me gustaría hacer algo como en el siguiente ejemplo

A un df añadirle una columna que es la transformación de otra,
en plan a todo lo que sea  x1, x2, x3 lo llamo prueba 1
todo lo que sea x4,x5,x6 lo llamo prueba 2
el resto de x las dejo como están.

Sería algo así

col1 <- c('x1', 'x2', 'x11', 'x1','x33', 'x1','x4', 'x5', 'x35',
'x1','x2', 'x4')
df1<-data.frame(col1)
attach(df1)

df1$transformacion<-ifelse(col1 == "x1"|col1 == "x2"| col1 == "x3",
"prueba1",
ifelse(col1 == "x4"|col1 == "x5"| col1 == "x6",
"prueba2", col1))

detach(df1)
df1

pero ahora en vez de un df tengo varios

col2 <- c('x12', 'x4', 'x6', 'x771','x4', 'x2')
col3 <- c('x7', 'x2', 'x4', 'x5','x111', 'x1','x4', 'x5', 'x35','x2','x2',
'x4','x6', 'x5')
df2<-data.frame(col2)
df3<-data.frame(col3)

¿cómo puedo aplicar el código al resto de los df sin tener que repetirlo?



 [[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Request

2020-09-01 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:

En concreto, al final de esta página:

https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

se encuentra la opción para anular la suscripción a r-help-es.

Un saludo,

Marcelino

El 01/09/2020 a las 18:26, Carlos Ortega escribió:

Hola,

Eres tú misma la que te tienes que dar de baja de la lista.
Tienes que haber recibido de forma periódica un correo de
r-project.org mailing list memberships reminder
En el que te indica detalles de tu suscripción. Usando ese correo te puedes
dar de baja y cancelar la suscripción.

Saludos,
Carlos.

El mar., 1 sept. 2020 a las 16:45, Fernanda Magaña ()
escribió:


Quiero dar de baja mi suscripción, por favor.

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Re: [R-es] data de un paquete

2020-06-09 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Manuel:

Para saber lo que incluye, así:

data(package="MASS")

Y para abrirlos, depende de lo que entiendas por "abrir".

Por ejemplo:

MASS::Animals

data(Animals, package="MASS")

library(MASS); data(Animals)

serían maneras alternativas de "abrirlos"


Un saludo,

Marcelino


El 09/06/2020 a las 14:34, Manuel Mendoza escribió:

Un par de preguntas sencillas ¿cómo puedo saber las bases de datos que
incluye un paquete de r? ¿cómo se abren: data(nombre)?
Gracias,
Manuel

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] rmd y pdf

2020-05-19 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola José y Paco:

El "problema" de codificar el  fontsize en el YAML es que está limitado 
a 10, 11 o 12 pt. Para poder poner otros tamaños, manejar interlineados, 
otras fuentes, etc, se pueden añadir comandos de latex después del YAML 
(y se impondrán a los formatos codificados en el YAML). Por ejemplo,


---
title: "Mi titulo"
output: pdf_document
fontsize: 11pt
mainfont: Calibri
---
\fontsize{6}{8}
\fontfamily{qag}
\selectfont

hará que el texto principal tenga un tipo de letra "Gyre Adventor", con 
un tamaño de 6 puntos y un interlineado de 8. En este enlace 
(https://www.overleaf.com/learn/latex/Font_typefaces#Reference_guide) 
puedes ver algunos de los códigos de diferentes tipos de fuente.


Saludos,

Marcelino




El 19/05/2020 a las 16:08, Francisco Rodriguez Sanchez escribió:

Hola José,

Puedes pasarle estas opciones en el encabezado YAML. Por ejemplo:

---
title: "Mi titulo"
output: pdf_document
fontsize: 11pt
mainfont: Calibri
---

Tienes todas las opciones aquí:
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/pdf-document.html#latex-options

Saludos

Paco


El 14/05/2020 a las 17:33, Jose Betancourt B. escribió:

Estimados

quisiera tener el script  para al hacer un pdf   desde rmarkdown poder
modificarle el tamano y tipo de fuente
saludos
José



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Re: [R-es] Error implementando FeatureImp$new del paquete iml

2020-05-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Manuel:

A mi no me da error. Supongo que tendrá que ver con la versión de R o 
del paquete iml o randomForest. en mi caso, 4.0-0,  0.10-0 y 4.6-14 
respectivamente.


Un saludo,

Marcelino

> data("Boston", package = "MASS")
> rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
> X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
> predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
> imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
> plot(imp)
> imp
Interpretation method:  FeatureImp
error function: mae

Analysed predictor:
Prediction task: unknown


Analysed data:
Sampling from data.frame with 506 rows and 13 columns.

Head of results:
  feature importance.05 importance importance.95 permutation.error
1   lstat  4.515327   4.752950  4.988680  4.583733
2  rm  3.256219   3.329170  3.413682  3.210643
3 ptratio  1.738799   1.784022  1.814109  1.720506
4 dis  1.710630   1.735665  1.748486  1.673871
5 nox  1.649872   1.714041  1.733570  1.653016
6    crim  1.648244   1.706018  1.720623  1.645279



El 07/05/2020 a las 20:57, Manuel Mendoza escribió:

Hola de nuevo. Al aplicar el comando FeatureImp del paquete iml me daba
este error:
Error in as.double(y) :
   cannot coerce type 'environment' to vector of type 'double'

Me fui al ejemplo original con la base de datos Boston, para ver las
diferencias con mi script, y para mi sorpresa, da el mismo error. Este es
el código:

data("Boston", package = "MASS")
rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
plot(imp)

tras la última línea me da ese error. He buscado en la web, pero las
respuestas no me ayudaron.

Gracias una vez más por vuestra ayuda,
Manuel

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Re: [R-es] instalar

2020-05-04 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola José:

con la función update.packages, y probablemente usando el argumento 
ask=FALSE.


Un saludo,

Marcelino


El 04/05/2020 a las 19:51, Jose Betancourt B. escribió:

Estimados

Instalé r.4 pero me pide que actualice cada paquete, ?hay alguna
manera automática?

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Re: [R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr

2020-05-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Javier:

Igual te resulta más fácil así:

mundo <-aggregate(datos$deaths, by=list(factor(datos$day)), FUN=sum)

mundo$suma_acumulada<- cumsum(mundo$x)

mundo


Un saludo,

Marcelino


El 03/05/2020 a las 20:39, Javier Gómez Gonzalez escribió:

Hola a todos:
Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
and Control

library(utils)
library(httr)
GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv;,
 authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
= ".csv")))

# Creamos un dataframe con los datos descargados
datos <- read.csv(tf)

El ejemplo es para el 01-05-2020
Lo que estoy haciendo es lo siguiente:

# Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
names(mundo)
mundo_1 <- mundo %>%
   group_by(pais) %>%
   mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()

# Creamos las variables casos dia, casos totales,
# muertes dia y muertes totales por fecha
mundo_2 <- mundo_1 %>%
   group_by(fecha) %>%
   summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
 casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
 muertes_dia=sum(muertes_dia),
 muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()

Y el  problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
son menores que para el 29-04-2020


* fecha*

*casos_dia*

*casos_totales*

*muertes_dia*

*muertes_totales*

*123*

2020-05-01

83466

3213554

5519

232563

*122*

2020-04-30

76380

*2917171*

*6412*

202769

*121*

2020-04-29

72977

3053708

6513

220632

*120*

2020-04-28

65432

2980731

4897

214119

*119*

2020-04-27

83536

2915299

3926

209222

*118*

2020-04-26

101716

2831763

6249

205296



Muchas gracias

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Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

2020-05-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola José:

Te lo permito, por supuesto ;-)

Hablaba desde mi experiencia, lógicamente. De todas formas, la 
conformidad de los paquetes, incluidas las dependencias, al menos para 
los 15575 paquetes alojados en CRAN, se testan a diario. En el último 
test, por ejemplo, veo esto:



> library(rvest)
> paquetes <- 
read_html("https://cran.r-project.org/web/checks/check_summary_by_package.html#summary_by_package;)

> paqs <- paquetes %>% html_node("table") %>% html_table()

> table(paqs[["r-releaseLinuxx86_64"]])

    ERROR ERROR*   NOTE  NOTE* OK    OK*   WARN
   411 34  1   2464 11  12953 66 21


Es decir, sólo 35 paquetes con error del total de paquetes contribuidos.
Por supuesto, esto no significa nada si los paquetes que usas están 
entre esos 35 con error o se distribuyen mediante otros repositorios no 
oficiales y tienes problemas para instalarlos en la versión actual. Pero 
no olvidemos que incluso los paquetes archivados (incluyendo los 
antiguos orphaned), pueden con frecuencia (mi experiencia también) 
instalarse con pequeñas manipulaciones para adaptarlos a los 
requerimientos de la versión actual de R...


Un saludo,

Marcelino




El 03/05/2020 a las 16:31, José Trujillo Carmona escribió:

Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte.

En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10 
000. El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación 
no contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la 
abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que 
señala Manuel Mendoza.


Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de 
corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido 
algún año con la transición hasta septiembre bastante complicada con 
algunos paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla 
afinada. Incluso aunque la versión estable aumenta en una décima cada 
año en abril desde 2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen 
ajuste con versión decimal.


En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar 
modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman parte 
del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux.


Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la supervisión de 
la "R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que en 
algunas publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se 
corresponde con su significado en español, publicar es hacer público y 
eso es exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se han 
comportado como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de 
las dependencias R tendría que trabajarselo mucho más.


Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo 
la pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los 
paquetes con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3.


Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré 
alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos.


Saludos.

El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot escribió:

Hola a todos:

Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones 
"definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en 
el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. 
Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida 
de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes 
nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una 
recomendación bastante conservadora.


Un saludo

Marcelino

El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:

hola a todos.
contesto entre líneas

El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
marcelino.delac...@urjc.es>) escribió:


La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la
última versión de RStudio y probaría.

es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace 
unos días.

(24 de abril de 2020)
la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones 
nuevas y
algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del 
sistema

si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es
posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo 
mejor es
quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 
a que

madure.

pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html





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Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

2020-05-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola a todos:

Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones 
"definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en el 
servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. 
Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida de 
funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes 
nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una 
recomendación bastante conservadora.


Un saludo

Marcelino

El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:

hola a todos.
contesto entre líneas

El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
marcelino.delac...@urjc.es>) escribió:


La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la
última versión de RStudio y probaría.


es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace unos días.
(24 de abril de 2020)
la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones nuevas y
algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del sistema
si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es
posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo mejor es
quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 a que
madure.

pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html



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[R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

2020-05-01 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la 
última versión de RStudio y probaría.


Yo no uso RStudio, así que no te lo puedo garantizar, pero acabo de 
instalarlo exitosamente en MSWindows, "a pelo" usando R.4 y Rtools40. 
Prueba y cuéntanos.


Un saludo,

Marcelino



 Mensaje reenviado 
Asunto: 	Re: [R-es] Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la 
versión actual

Fecha:  Fri, 1 May 2020 20:28:18 +0200
De: Manuel Mendoza 
Para:   Marcelino de la Cruz Rot 



Instalé la 3.5 porque un colega me comentó que él tenía forestfloor en 
esa, y borré las demás.

¿vuelvo a instalar la 4.0?

El vie., 1 may. 2020 a las 20:14, Marcelino de la Cruz Rot 
(mailto:marcelino.delac...@urjc.es>>) escribió:


   Hola Manuel:

   Comprueba que tu versión de RStudio sea al menos  la 1.2.5042. Es la
   versión mínima para trabajar con las Rtools4.0, que es la que
   necesitarás ya que según dices ta has instalado R 4.0-0.

   Un saludo,

   Marcelino

    Mensaje reenviado 
   Asunto:         Re: [R-es] Instalar paquetes no disponibles para la
   versión actual
   Fecha:  Fri, 1 May 2020 20:02:11 +0200
   De:     Manuel Mendoza mailto:mmend...@fulbrightmail.org>>
   Para:   Marcelino de la Cruz Rot mailto:marcelino.delac...@urjc.es>>



   Gracias Marcelino. No tengo formación básica en programación y no
   siempre estoy seguro de entenderos. Le di a instalarlo desde RStudio, y
   salió:

   ERROR: dependencies 'rgl', 'kknn' are not available for package
   'forestFloor'

   He instalado esos dos paquetes y ahora me sale:
   * installing *source* package 'forestFloor' ...
   ** package 'forestFloor' successfully unpacked and MD5 sums checked
   ** libs
   *** arch - i386
   Warning in system(cmd) : 'make' not found
   ERROR: compilation failed for package 'forestFloor'
   * removing 'C:/Users/Manuel
   Mendoza/Documents/R/win-library/3.5/forestFloor'
   In R CMD INSTALL
   Warning in install.packages :
   installation of package
   ‘C:/Users/MANUEL~1/DOWNLO~1/forestFloor_1.11.1.tar.gz’ had non-zero
   exit
   status


   No sé cómo seguir :(





   El vie., 1 may. 2020 a las 13:01, Marcelino de la Cruz Rot
   (mailto:marcelino.delac...@urjc.es>
   <mailto:marcelino.delac...@urjc.es
   <mailto:marcelino.delac...@urjc.es>>>) escribió:

    Hola MAnuel:
    En teroía debería bajarte sólo uno de los comprimidos *.tar.gz (lo
    lógico sería el de la versión más reciente), colocarlo en alguna
    carpeta, y con el menú de "instalar paquetes (local file)" si
   usas la
    GUI de R o el menú equivalente en RStudio, seleccionar dicho
   *.tar.gz.
    Si trabajas en Windows con la GUI de R necesitarás tener instaladas
    previamente en tu ordenador las Rtools
    (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/installer.html)


    Un saludo

    Marcelino


    El 01/05/2020 a las 12:47, Manuel Mendoza escribió:
     > He encontrado esto:
     >
     > Package ‘forestFloor’ was removed from the CRAN repository.
     >
     > Formerly available versions can be obtained from the archive
     > <https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor>.
     >
     > Archived on 2020-02-19 as check problems were not corrected
   despite
     > reminders.
     >
     > Please use the canonical form
     > https://CRAN.R-project.org/package=forestFloor
     > <https://cran.r-project.org/package=forestFloor> to link to this
    page.
     >
     > Cuando voy a  archive
     > <https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor> me
    sale una
     > lista de ficheros comprimidos. He descomprimido algunos, y a
    pesar de que
     > hay una carpeta que se llama inst, ninguno de los scripts
   que abrí me
     > permite instalar forestfloor :(
     >
     > A ver si alguien puede ayudarme, pues si no, pierdo todo el
    trabajo que ya
     > hice con ese paquete.
     >
     > Gracias,
     >
     > Manuel
     >
     >
     > El vie., 1 may. 2020 a las 10:43, José Trujillo Carmona
    (mailto:truji...@unex.es>
   <mailto:truji...@unex.es <mailto:truji...@unex.es>>>)
     > escribió:
     >
     >> El mensaje de que no está disponible para esa versión aparece
    incluso si
     >> intentas instalar un paquete que no existe para ninguna versión
     >> (inventado, vaya). Es un mensaje con una redacción un tanto
     >> desafortunada porque te hace pensar que actualizando lo puedes
    resolver
     >> y no tiene nada que ver.
     >>
     >> Para el caso de edarf en cran puedes encontrar:
     >>
  

[R-es] Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

2020-05-01 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Manuel:

Comprueba que tu versión de RStudio sea al menos  la 1.2.5042. Es la 
versión mínima para trabajar con las Rtools4.0, que es la que 
necesitarás ya que según dices ta has instalado R 4.0-0.


Un saludo,

Marcelino

 Mensaje reenviado 
Asunto: Re: [R-es] Instalar paquetes no disponibles para la versión 
actual
Fecha:  Fri, 1 May 2020 20:02:11 +0200
De: Manuel Mendoza 
Para:   Marcelino de la Cruz Rot 



Gracias Marcelino. No tengo formación básica en programación y no 
siempre estoy seguro de entenderos. Le di a instalarlo desde RStudio, y 
salió:


ERROR: dependencies 'rgl', 'kknn' are not available for package 
'forestFloor'


He instalado esos dos paquetes y ahora me sale:
* installing *source* package 'forestFloor' ...
** package 'forestFloor' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
*** arch - i386
Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'forestFloor'
* removing 'C:/Users/Manuel Mendoza/Documents/R/win-library/3.5/forestFloor'
In R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
  installation of package 
‘C:/Users/MANUEL~1/DOWNLO~1/forestFloor_1.11.1.tar.gz’ had non-zero exit 
status



No sé cómo seguir :(





El vie., 1 may. 2020 a las 13:01, Marcelino de la Cruz Rot 
(mailto:marcelino.delac...@urjc.es>>) escribió:


   Hola MAnuel:
   En teroía debería bajarte sólo uno de los comprimidos *.tar.gz (lo
   lógico sería el de la versión más reciente), colocarlo en alguna
   carpeta, y con el menú de "instalar paquetes (local file)" si usas la
   GUI de R o el menú equivalente en RStudio, seleccionar dicho *.tar.gz.
   Si trabajas en Windows con la GUI de R necesitarás tener instaladas
   previamente en tu ordenador las Rtools
   (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/installer.html)


   Un saludo

   Marcelino


   El 01/05/2020 a las 12:47, Manuel Mendoza escribió:
> He encontrado esto:
>
> Package ‘forestFloor’ was removed from the CRAN repository.
>
> Formerly available versions can be obtained from the archive
> <https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor>.
>
> Archived on 2020-02-19 as check problems were not corrected despite
> reminders.
>
> Please use the canonical form
> https://CRAN.R-project.org/package=forestFloor
> <https://cran.r-project.org/package=forestFloor> to link to this
   page.
>
> Cuando voy a  archive
> <https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor> me
   sale una
> lista de ficheros comprimidos. He descomprimido algunos, y a
   pesar de que
> hay una carpeta que se llama inst, ninguno de los scripts que abrí me
> permite instalar forestfloor :(
>
> A ver si alguien puede ayudarme, pues si no, pierdo todo el
   trabajo que ya
> hice con ese paquete.
>
> Gracias,
>
> Manuel
>
>
> El vie., 1 may. 2020 a las 10:43, José Trujillo Carmona
   (mailto:truji...@unex.es>>)
> escribió:
>
>> El mensaje de que no está disponible para esa versión aparece
   incluso si
>> intentas instalar un paquete que no existe para ninguna versión
>> (inventado, vaya). Es un mensaje con una redacción un tanto
>> desafortunada porque te hace pensar que actualizando lo puedes
   resolver
>> y no tiene nada que ver.
>>
>> Para el caso de edarf en cran puedes encontrar:
>>
>>> https://cran.r-project.org/web/packages/edarf/index.html
>>>
>>> Package ‘edarf’ was removed from the CRAN repository.
>>>
>>> Formerly available versions can be obtained from thearchive
>>> <https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/edarf>.
>>>
>>> Archived on 2020-03-07 as check problems were not corrected despite
>>> reminders.
>>>
>>> Please use the canonical
   formhttps://CRAN.R-project.org/package=edarf
   <http://CRAN.R-project.org/package=edarf>
>>> <https://cran.r-project.org/package=edarf>to link to this page.
>>>
>> Para instalar un paquete antiguo puedes descargarte la fuente
   desde la
>> referencia anterior e instalarlo utilizando la función
   install.packages.
>>
>> Consulta la ayuda de esta función (help(install.packages) y ten en
>> cuenta que la opción "repos" puede ser una url de internet o de tu
>> ordenador local (ruta completa hasta el archivo fuente).
>>
>> Y después necesitarás mucha suerte para resolver todas las
   dependencias
>> que te irán apareciendo durante la compilación.
>>
>> No es una solución segura, pero a veces funciona.
 

Re: [R-es] Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

2020-05-01 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola MAnuel:
En teroía debería bajarte sólo uno de los comprimidos *.tar.gz (lo 
lógico sería el de la versión más reciente), colocarlo en alguna 
carpeta, y con el menú de "instalar paquetes (local file)" si usas la 
GUI de R o el menú equivalente en RStudio, seleccionar dicho *.tar.gz.
Si trabajas en Windows con la GUI de R necesitarás tener instaladas 
previamente en tu ordenador las Rtools 
(https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/installer.html)



Un saludo

Marcelino


El 01/05/2020 a las 12:47, Manuel Mendoza escribió:

He encontrado esto:

Package ‘forestFloor’ was removed from the CRAN repository.

Formerly available versions can be obtained from the archive
<https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor>.

Archived on 2020-02-19 as check problems were not corrected despite
reminders.

Please use the canonical form
https://CRAN.R-project.org/package=forestFloor
<https://cran.r-project.org/package=forestFloor> to link to this page.

Cuando voy a  archive
<https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/forestFloor> me sale una
lista de ficheros comprimidos. He descomprimido algunos, y a pesar de que
hay una carpeta que se llama inst, ninguno de los scripts que abrí me
permite instalar forestfloor :(

A ver si alguien puede ayudarme, pues si no, pierdo todo el trabajo que ya
hice con ese paquete.

Gracias,

Manuel


El vie., 1 may. 2020 a las 10:43, José Trujillo Carmona ()
escribió:


El mensaje de que no está disponible para esa versión aparece incluso si
intentas instalar un paquete que no existe para ninguna versión
(inventado, vaya). Es un mensaje con una redacción un tanto
desafortunada porque te hace pensar que actualizando lo puedes resolver
y no tiene nada que ver.

Para el caso de edarf en cran puedes encontrar:


https://cran.r-project.org/web/packages/edarf/index.html

Package ‘edarf’ was removed from the CRAN repository.

Formerly available versions can be obtained from thearchive
<https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/edarf>.

Archived on 2020-03-07 as check problems were not corrected despite
reminders.

Please use the canonical formhttps://CRAN.R-project.org/package=edarf
<https://cran.r-project.org/package=edarf>to link to this page.


Para instalar un paquete antiguo puedes descargarte la fuente desde la
referencia anterior e instalarlo utilizando la función install.packages.

Consulta la ayuda de esta función (help(install.packages) y ten en
cuenta que la opción "repos" puede ser una url de internet o de tu
ordenador local (ruta completa hasta el archivo fuente).

Y después necesitarás mucha suerte para resolver todas las dependencias
que te irán apareciendo durante la compilación.

No es una solución segura, pero a veces funciona.

Saludos.


El 30/4/20 a las 18:15, Manuel Mendoza escribió:

Buenas tardes. Tenía la versión 3.6.0 de R. Quería instalar el paquete
edarf, pero decía que no estaba disponible para esa versión. Actualicé R

a

la versión 4.0.0, que creo que es la última, pero al tratar de reinstalar
forestFloor, me dice que no está disponible para la versión 4.0.0. He
abierto R 3.6.0 directamente, cliqueo install.packages("forestfloor") y
ahora me dice que no está disponible para esa versión.
A ver si me podéis echar una mano,
Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] problemas al cambiar el nombre de una variable

2020-04-25 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Manuel:

¿podría ser que no estuviese definido ncol?

Un saludo,

Marcelino


El 25/04/2020 a las 14:15, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, al final de un loop añado 3 variables que acabo de crear, a
una df, y les pongo un nombre.

Las variables son Max, Min y Mean.

Las añado a BData7085:
   BData7085$Max<-Max
   BData7085$Min<-Min
   BData7085$Meann<-Mean  (hasta aquí bien)

Para ponerles su nombre final:
   colnames(BData7085)[ncol-2]<-paste(colnames(Data)[j],"max",sep = "")
   colnames(BData7085)[ncol-1]<-paste(colnames(Data)[j],"min",sep = "")
   colnames(BData7085)[ncol]<-paste(colnames(Data)[j],"mean",sep = "")

para las dos primeras me da:
Error in ncol - 2: non-numeric argument to binary operator

y para la última:
Error in colnames(BData7085)[ncol] <- paste(colnames(Data)[j], "mean",  :
   invalid subscript type 'closure.

Gracias,
Manuel

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] plot_heatmap

2020-04-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Adrián:

Para ser exactos, el problema ocurre porque hay NA's en la matriz de 
datos que se somete a NMDS (tu matriz de datos original o alguna 
transformación de la misma) por parte de la función plot_heatmap(). Como 
no nos proporcionas más información, (yo, por ejemplo, desconozco de qué 
paquete estamos hablando), poco más podemos ayudarte.


Saludos


El 20/04/2020 a las 1:45, Adrian Gonzalez escribió:

Estimados:

Tengo un problema al general el plot_heatmap.


plot_heatmap(carbom, method = "NMDS", distance = "bray")

Error in if (autotransform && xam > 50) { :
   missing value where TRUE/FALSE needed

He buscado y me dice que es porque tengo 0 en mi set de datos, sin embargo,
elimine los 0 y sigue apareciendo el mismo error.

Saludos

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Re: [R-es] Convertir lista de precios a dolares por gramo

2020-04-17 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola:

Tambi�n se podr�a hacer con R base, usando la funci�n match:


precios$Peso.gr  <-  precios$Peso * ratios$Ratio[match(precios$Unidad, 
ratios$Unidad)]
precios$Precio.S  <-  precios$Precio * tipos$TC[match(precios$Pa�s, tipos$Pa�s)]
precios$Precio.S.gr  <-  precios$Precio.S/precios$Peso.gr
precios[,c("Producto", "Pa�s", "Precio.S.gr")]


Saludos



De: R-help-es  en nombre de Emilio L. Cano 

Enviado: viernes, 17 de abril de 2020 17:55
Para: residuo.so...@gmail.com 
Cc: Lista R 
Asunto: Re: [R-es] Convertir lista de precios a dolares por gramo

Hola,

Hay muchas formas de hacerlo en una sola l�nea. A m� me gusta con dplyr, te 
pego debajo un ejemplo reproducible

Salud,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com

��
precios <- read.table(
  text ="Producto Pa�s Precio Unidad Peso
A AR 10 kg 12
B BR 210 lb 0,5
C UY 3,5 kg 90
A BR 3 kg 3
C CO 345 lb 7,6
A CO 1200 gr 23000",
  dec = ",", header = TRUE,
  stringsAsFactors = FALSE)

tipos <- read.table(
  text ="Pa�s TC
AR 12
BR 1,8
CO 45
UY 0,5",
  dec = ",", header = TRUE,
  stringsAsFactors = FALSE)

ratios <- read.table(
  text = "Unidad Ratio
kg 1000
lb 0,89
gr 1",
  dec = ",", header = TRUE,
  stringsAsFactors = FALSE)

library(dplyr)
precios %>%
  inner_join(tipos) %>%
  inner_join(ratios) %>%
  mutate(Precio2 = Precio*TC/(Peso/Ratio))

��



> El 17 abr 2020, a las 17:40, residuo.so...@gmail.com escribi�:
>
> Javier:
>
> Si lo empec� a hacer con if anidados pero me queda gigantesco.
>
> Saludos,
>
> Sebasti�n.
>
> Enviado desde Correo  para 
> Windows 10
>
> De: Javier Marcuzzi 
> Enviado: jueves, 16 de abril de 2020 19:16
> Para: Sebastian Kruk 
> CC: Lista R 
> Asunto: Re: [R-es] Convertir lista de precios a dolares por gramo
>
> Estimado Sebastian Kruk
>
> Desde mi punto de vista es muy simple, varios If anidados, o en su defecto el 
> condicional que a usted le resulte m�s c�modo.
>
> Javier Rub�n Marcuzzi
>
> El jue., 16 abr. 2020 a las 18:49, Sebastian Kruk ( >) escribi�:
> Estimados:
>
> Tengo tres data frame (datos inventados):
>
> A) Lista de precios de diferentes productos por paises.
>
> Producto Pa�s Precio Unidad Peso
> A AR 10 kg 12
> B BR 210 lb 0,5
> C UY 3,5 kg 90
> A BR 3 kg 3
> C CO 345 lb 7,6
> A CO 1200 gr 23000
>
> B) Tipo de cambio por pa�s
> Pa�s TC
> AR 12
> BR 1,8
> CO 45
> UY 0,5
>
> C)Ratio para pasar a gr.
> Unidad Ratio
> kg 1000
> lb 0,89
> gr 1
>
> Quiero obtener un nuevo data frame en que todos los precios est�n
> convertidos a d�lares y expresados en gramos
>
> Obtendr�a los valores de la siguiente manera:
>
> Producto Pa�s Precio
> A AR 10x12/(12x1000)
> B BR 210x1,8/(0,5/0,89)
> C UY 3,5x0,5/(90x1000)
> A BR 3x1,8x3/1000
> C CO 345x4,5/(7,6*0,89)
> A CO 1200x4,5/(23000x1)
>
> �Hay alguna forma sencilla de hacerlo?
>
> Saludos,
>
> Sebasti�n.
>
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Re: [R-es] Fwd: Datos oficiales de COVID-19 en España

2020-03-28 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Sí que llegó.
Gracias, Rubén.

El 28/03/2020 a las 13:38, Rubén Fernández Casal escribió:

Envío este mensaje de nuevo, disculpad si llega duplicado pero yo no lo
recibí...

-- Forwarded message -
De: Rubén Fernández Casal 
Date: sáb., 28 mar. 2020 a las 10:40
Subject: Datos oficiales de COVID-19 en España
To: Lista R 


Hola a todos,

Por fin pude terminar de preparar la descarga y procesamiento de los datos
por edad y sexo. Ya están en el repositorio:
https://github.com/rubenfcasal/COVID-19

Ya puestos también incluí la descarga e importación de los datos acumulados
del ISCIII y actualicé las tablas en
https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html empleando el
paquete DT. Ahora tiene tres secciones...

Mis siguientes pasos serán tratar de conseguir datos por provincias y
empezar a ajustar modelos.
Añadí en https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/#enlaces algunas
referencias...

Cualquier ayuda/sugerencia/comentario/etc será bien recibido...

Un saludo y cuidarse,
Rubén.




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Re: [R-es] PLSPM_Gastón Sanchez

2020-03-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola César,

Ahí va mi apoyo:

1) Descarga el libro de este enlace:

http://www.gastonsanchez.com/PLS_Path_Modeling_with_R.pdf

2) Estudia y corre el ejemplo de la subsección 8.3.1 (Two-Step approach) 
(p. 167)


3) Estudia y corre el ejemplo de la subsección 8.4.1 (Hybrid approach) 
(p. 172)



Suerte!

Marcelino

El 23/03/2020 a las 16:53, ceveve escribió:

Saludos a todos.

Tengo que aplicar:
Two-Step Approach (patch approach)
Hybrid Approach (give away approach)

De acuerdo al libro de Gaston Sanchez "PLS Path Modeling with R".

¿Alguien puede apoyarme?



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Re: [R-es] conocer un elemento a partir de su rowname y colname

2020-03-12 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Manuel:

¿Has probado esto?:

df["caso","variable"]


Salud,

Marcelino


El 12/03/2020 a las 12:25, Manuel Mendoza escribió:
> Buenos días erreros, tengo una df y necesito extraer un elemento de forma
> automática de una variable chr, pero no a partir de su posición en la df
> sino del nombre del caso y de la variable.
> Gracias, y que el coronavirus os pille bien sanos (pues no hay escapatoria).
> Manuel
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Re: [R-es] Pregunta sobre rLandsat

2020-02-20 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Ángel:


Yo creo que tendrías que establecer el sistema de coordenadas de 
referencia de tu objeto raster antes de salvarlo como GTiff. Algo así:

crs(r1) <-"+proj=utm +zone=14 +datum=WGS84"

Saludos,

Marcelino.



El 20/02/2020 a las 1:42, Angel Cervantes escribió:
> Hola a todos, quisiera pedirles su ayuda. Estoy tratando de crear un raster a 
> partir de una tabla de datos que contiene coordenadas UTM. Determino los 
> renglones y columnas que debe de tener el raster pero cuando visualizo en un 
> SIG me dice que no tiene referencia espacial y el tama�o de pixel es de 29.9 
> y no de 30 como originalmente era y eso mete ruido al modelo que estoy 
> generando. Alguien me podr�a ayudar?
>
>
> xmn=min(table_2[,1]); xmx=max(table_2[,1])
> ymn=min(table_2[,2]); ymx=max(table_2[,2])
>
> b <- data.frame(cbind(table_2$x, table_2$y))
> coordinates(b) = ~X1 + X2
>
> proj4string(b) <-CRS("+proj=utm +zone=14 +datum=WGS84")
> b1 <- spTransform(b,CRS("+proj=longlat"))
> data3 <- table_2
> data3$long <-  b1$X1
> data3$lat  <-  b1$X2
> r1 <- raster(nrows=1386, ncols=1649,
>   xmn=xmn, xmx=xmx,
>   ymn=ymn, ymx=ymx )
> ras1 <- rasterize(table_2[,1:2], r1, field = table_2[,14])
>
> writeRaster(ras1, filename = "Results\\ras2.tif",format= "GTiff", 
> datatype="FLT4S",overwrite=T)
>
> 
> De: R-help-es  en nombre de Francisco 
> Rodr�guez 
> Enviado: mi�rcoles, 19 de febrero de 2020 04:40 p. m.
> Para: r-help-es@r-project.org 
> Asunto: [R-es] Pregunta sobre rLandsat
>
>
>
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Re: [R-es] Coeficientes GLM binomial

2019-12-05 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
mo imput de
>>> temp, pot y time.
>>>
>>> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
>>> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
>>> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>>>
>>> Muchas gracias.
>>>
>>> Jaume.
>>>
>>> Dr. Jaume Tormo.
>>> Area of Ecology
>>> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
>>> Technological College. Agri-food and Environment
>>> University of Zaragoza, Spain
>>> 0034 974292678
>>> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
>>> https://acercad.wordpress.com/
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Jaume Tormo.
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Re: [R-es] Coeficientes GLM binomial

2019-11-28 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Jaume:

La transformación de la predicción a la escala de la respuesta la debes 
hacer sobre la predicción, no sobre los coeficientes. La "x" en tu 
fórmula es el predictor lineal completo, no los coeficientes 
individuales. Así que predice con los coeficientes que te da le modelo 
(sin "detransfomar") y luego aplica la fórmula a esa predicción.

Un saludo,

Marcelino

El 28/11/2019 a las 13:27, Jaume Tormo escribió:
> Estimad@s errer@s
>
> He hecho este modelo glm
> m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>   ,family="binomial"
>   ,data=long.PILE
>   )
> Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de tem
> (Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla pasa
> en esas condiciones).
> Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad de
> germinación.
> Para eso uso:
> predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
> Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables.
>
> Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
> los coeficientes del modelo.
> Extraigo los coeficientes mediante:
> x<-coefficients(m1.pile)
> y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
> binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
> Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))
>
> Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
> Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
> esto:
> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>
> Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
> time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
> temp, pot y time.
>
> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>
> Muchas gracias.
>
> Jaume.
>
> Dr. Jaume Tormo.
> Area of Ecology
> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
> Technological College. Agri-food and Environment
> University of Zaragoza, Spain
> 0034 974292678
> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
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>
>
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Re: [R-es] NMDS varios

2019-10-25 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Fernando:

Ya que no nos dices con qué función has realizado tu ordenación, la 
manera más sencilla de visualizar los grupos en el espacio NMDS sería 
realizar un diagrama de dispersión usando los factores como parámetros 
gráficos (color, pch, etc).

Por ejemplo:

plot(NMDS$1, NMDS$2, pch=as.numeric(habitat), col=as.numeric(distalidad))

También podrías calcular un convex hull para cada uno de tus grupos y 
representarlo en forma de polígonos sobre el diagrama de ordenación (ver 
función ordihull() en el paquete vegan. Un mini-tutorial sobre esto lo 
tienes en una de las viñetas de dicho programa (sección 2.2)

https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/intro-vegan.pdf


Un saludo,

Marcelino


El 24/10/2019 a las 15:22, Fernando Archuby escribió:
> Buenos días. Realizo el NMDS para ordenar muestras compuestas por especies
> biológicas a partir de abundancias, a partir de una matriz de distancias de
> diferencia porcentual (aka Bray Curtis). Hasta ahí, no encuentro problemas.
> Por otro lado, las muestras se clasifican de los siguientes modos:
> - distalidad al centro de la bahía (D,M,P)
> - vivas versus muertas, estas últimas identificadas a partir de las valvas
> (L,D)
> - hábitat contaminado versus hábitat no contaminado (P,U)
> De modo que tengo tres factores y en total 12 grupos.
>
> Quisiera visualizar apropiadamente la distribución de estos grupos en el
> ordenamiento multivariado en 2 dimensiones.
> ¿Alguna idea sobre cómo proceder? ¿Algún ejemplo o tutorial para guiarme?
> Muchas gracias,
> Fernando.
>

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Re: [R-es] Dibujar un triángulo dadas la distancias de los segmentos.

2019-09-05 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Juan:

El 05/09/2019 a las 0:19, Juan Abasolo escribió:
> Buenas, compañeros;
> Quiero buscar a ver si una idea (ocurrencia?) que tuve tiene sentido, para
> eso nencesito ver las representaciones gráficas de unos triángulos de los
> que no sé (ni me importa) la posición, pero sí sé las distancias entre los
> tres puntos.
>
> triangulo.con.lados <- c(47, 45, 55)
>
> Encuentro cómo dibujar con la función polygon, pero eso es dada la
> posición, que no la tengo ni sabría después de inventarme un punto (0,0)
> para el primer punto, apuro un (0, 47) y ya represento el primer segmento.
> Pero no entiendo cómo identificar el tercer punto que tiene 45 unidades de
> distancia al 0,0 y 55 unidades al 0,47.



Si no me equivoco, tendrías que resolver este sistema:

x^2 + y^2 = 45^2

(47-x)^2 + y^2 = 55^2



Suerte,


Marcelino





>
> No sé si puedo obviar el identificar los puntos, o ese es el camino sí o sí.
>
> Agradezco ayuda.
>
> Juan
>

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Re: [R-es] Se puede exportar un modelo de predicción?

2019-07-09 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola José:

Depende de lo que entiendas por "exportar". Por ejemplo, salvarlo en un 
workspace individual que puedas cargar cuando te apetezca. En este caso, 
o tendrías que hacer nada más que

save("modelo", file="modelo.Rdata")

(si es que el modelo que has creado se llama "modelo"). Cada vez que 
quieras "usar" ese modelo puedes escribir en la consola de R:

load("modelo.Rdata").

De todas formas, puedes importar los datos nuevos en el entorno en el 
que tengas tu modelo, y emplearlo para predecir a partir de dichos 
datos. Por ejemplo:


predict(modelo, newdata=datos.nuevos)

o

predict(modelo, newdata=datos.nuevos, type="response")

siendo "datos.nuevos" la data.frame que tiene los datos nuevos (y en la 
que los nombres de las variables se corresponden exactamente con los de 
los datos originales).


Espero haberte ayudado

Marcelino



El 09/07/2019 a las 7:37, JOSE MARTIN AREVALO escribió:
> Hola a todos! A ver si me podéis ayudar porque estoy bloqueado.
> He creado a través de R Commander un modelo de predicción basado en una 
> regresión logística binaria. Entonces, quiero probar este modelo con unos 
> datos nuevos para ver cómo funciona realmente. ¿Cómo puedo exportar el modelo 
> desde el archivo con los datos originales? ¿Cómo lo importo luego al entorno 
> con los datos nuevos ? Igual es obvio, pero llevo dándole vueltas varios días 
> sin resultado.
>
> Gracias, toda ayuda será bienvenida
>
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Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R

2019-06-14 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Juan:

en vez de system(), quería decir shell(), es decir:

shell(
  paste0('script.py ',

              paste0(ar[i], '1 '),
              ar[i],
              paste0(' ', ar[i], '3')
              )

)

Si el script está en el working directory [getwd()], te debería 
funcionar sin problemas.

Tanto system() como shell() te permiten interactuar con el sistema 
fácilmente. Cada una tiene sus peculiaridades. Consulta ?system y ?shell





El 14/06/2019 a las 12:14, Juan Abasolo escribió:
> Ni idea de eso; te lo agradezco. Seguramente lo voy a terminar usando 
> bastante.
> Pregunto: ahí debería hacer todas las operaciones propias del sistema? 
> No me encuentra el script, y se me hace raro. Capaz que pasa al 
> sistema desde la carpeta en la que está el script de R, no desde el wd 
> de R.
> Ahora me toca salir y después intentar probar y que funcione.
> Gracis de vuelta
>
>
>
> Hau idatzi du Marcelino De La Cruz Rot (marcelino.delac...@urjc.es 
> <mailto:marcelino.delac...@urjc.es>) erabiltzaileak (2019 eka. 14, or. 
> (11:46)):
>
> ¿Has probado esto?
>
> system(
> > paste0('script.py ',
>
>              paste0(ar[i], '1 '),
>              ar[i],
>              paste0(' ', ar[i], '3')
>              )
>
> )
>
>
>
>
> El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> > Hola, amigos
> > Se me acabo la sapienza. A ver:
> > tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos
> arg1 arg2
> > arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en
> la que lo
> > tengo y hago:
> > $ script.py arg1 arg arg3
> > Funciona perfecto.
> >
> > Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
> >
> > Lo hago así (copio y pego):
> >
> > dir <- getwd()
> > setwd('data/row/directoriocondatos/')
> >
> > py_run_string(
> >          paste0('script.py ',
> >              paste0(ar[i], '1 '),
> >              ar[i],
> >              paste0(' ', ar[i], '3')
> >              ))
> > setwd(dir)
> >
> > El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> > perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede
> integrado
> > para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
> >> paste0('script.py ',
> >              paste0(ar[i], '1 '),
> >              ar[i],
> >              paste0(' ', ar[i], '3')
> >              )
> > [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola,
> todo bien.
> >
> > Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o
> cambiarla o...
> > manden
> > Alguien que me desasne?
> >
> >
>
> -- 
> Marcelino de la Cruz Rot
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> Juan Abasolo
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> Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> Euskal Herriko Unibertsitatea
> UPV/EHU
>
> Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
>
> T: (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
> Skype: abasolo72
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Re: [R-es] Ejecutar un script de Python con argumentos desde R

2019-06-14 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
¿Has probado esto?

system(
> paste0('script.py ',

 paste0(ar[i], '1 '),
 ar[i],
 paste0(' ', ar[i], '3')
 )

)




El 14/06/2019 a las 11:36, Juan Abasolo escribió:
> Hola, amigos
> Se me acabo la sapienza. A ver:
> tengo un sript de Python script.py que neesita sus argumentos arg1 arg2
> arg3, si desde la consola del sistema me pongo en la carpeta en la que lo
> tengo y hago:
> $ script.py arg1 arg arg3
> Funciona perfecto.
>
> Pero desde R no lo consigo (entiendo que por no saber)
>
> Lo hago así (copio y pego):
>
> dir <- getwd()
> setwd('data/row/directoriocondatos/')
>
> py_run_string(
>  paste0('script.py ',
>  paste0(ar[i], '1 '),
>  ar[i],
>  paste0(' ', ar[i], '3')
>  ))
> setwd(dir)
>
> El resultado del paste0() ese lo pego en la consola del sistema y
> perfecto... pero olvidate del for. Yo quiero que el script quede integrado
> para hacer todo de un solo paso, pero no sé.
>> paste0('script.py ',
>  paste0(ar[i], '1 '),
>  ar[i],
>  paste0(' ', ar[i], '3')
>  )
> [1] "script.py arg1 arg arg3" # Si eso lo pego en la consola, todo bien.
>
> Eso significa que tengo que corregir algo de la orden, o cambiarla o...
> manden
> Alguien que me desasne?
>
>

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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
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Re: [R-es] gbm predict as character

2019-03-19 Por tema Marcelino De La Cruz Rot


> A ver qué tal esto (sin pensarlo mucho):
>
> levels(categorías)[apply(probs, 1, which.max)]
>
>
>
>
>
>
> El 19/03/2019 a las 13:07, Manuel Mendoza escribió:
>>
>> Buenos días erreros. Aplico un gbm con distribution multinomial, la 
>> variable objetivo como factor, y obtengo las predicciones con 
>> predict(), que me da las probabilidades de cada categoría, a lo que 
>> aplico un apply(probs, 1, which.max) para obtener la predicción. El 
>> problema está en que me la da con el número al que corresponde cada 
>> categoría, en vez de con la categoría. Probé a poner la variable 
>> objetivo, o el resultado del apply como character, pero sale igual.
>> Gracias,
>> Manuel
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> .
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
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>>
>>
>>
>>
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>>
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>>
>>
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>>
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Re: [R-es] Leer un txt a trozos

2019-02-12 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola:
Yo haría algo basado en esto. Obviamente habría que tunearlo pero no 
sería muy complicado

texto<- scan("texto.txt", what="character")

times<-grep("time", texto)
ends<- grep("end", texto)
for ( i in 1: length(times))
  print(matrix(texto[(times[i]+2):(ends[i]-1)], nc=4, byrow=T))



Saudos,

Marcelino

El 12/02/2019 a las 19:33, Javier Nieto escribió:
> Hola desconozco como hacer eso en R. Yo lo har�a editando el archivo por 
> fuera utilizando sed para eliminar los nombres de columnas, los time #, los 
> end y finalmente las l�neas en blanco, despu�s lo leer�a en R con read.csv
>
> Saludos
> 
> De: R-help-es  en nombre de Jaume Tormo 
> 
> Enviado: martes, 12 de febrero de 2019 12:16 p. m.
> Para: r-help-es@r-project.org
> Asunto: [R-es] Leer un txt a trozos
>
> Estimad@s eRRer@s,
>
> Tengo un txt que quiero importar a R.
> Pero no tiene un formato adecuado para usar cosas normales, como por
> ejemplo read.csv()
> El formato es algo as�:
> time 1
> col1 col2 col3 col4
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> end
>
> time 2
> col1 col2 col3 col4
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> end
>
> time 3
> col1 col2 col3 col4
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> dato dato dato dato
> end
>
> Lo que me gustar�a decirle a R es "ves a donde pone time y tr�ete X lineas"
> o "ves a donde pone time y tr�ete lineas hasta que llegues a end"
> En realidad debe ser bastante f�cil, todas las tablas empiezan con time y
> acaban con end y tienen el mismo numero de filas.
> He estado mirando readPlain(), scan(), readfile()... pero le puedes decir
> cuantas lineas leer pero no donde empezar... creo.
> �Alguna pista de por donde puedo empezar a mirar?
>
> Muchas gracias.
>
>
> --
> Jaume Tormo.
> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
> https://acercad.wordpress.com/
>
>  [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] plot3d con library(rgl)

2019-01-18 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola Manuel:

Por ejemplo así:


plot3d(Data$RTLML,Data$JD,Data$SB, col = 
c("red","blue")[as.numeric(as.factor(Family))])



El 18/01/2019 a las 13:48, Manuel Mendoza escribió:
> Buenas tardes. ¿Sabe alguno de vosotros cómo indicar la variable con 
> la que identificar los puntos con plot3d?
>
> library(rgl)
>
> plot3d(Data$RTLML,Data$JD,Data$SB)
>
> Las muestras pertenecen a una de dos categorías, según la variable 
> "Family", pero no sé cómo hacer que me las represente de diferente color.
> Gracias,
> Manuel
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> .


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Re: [R-es] Función mosaicplot() con alpha segun valor.

2019-01-04 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola, Juan:

Creo que hay varios problemas en tu código. Por un lado, no hay una 
función "alpha()" en R básico ni un argumento "alpha" en mosaicplot(). 
Por otro lado "1:3" son tres colores, y tabla1 tiene 9 celdas para colorear.

Podrías hacer algo así:

mosaicplot(tabla1, col=grey(as.matrix(tabla2)/100))

o así:

  mosaicplot(tabla1, col=grey(as.matrix(tabla2)/100, 
alpha=as.matrix(tabla2)/100))

O si el gris no es tu color, definir una paleta de colores que varíe 
según los valores de tabla2.

Saludos,

Marcelino


El 04/01/2019 a las 12:43, Juan Abasolo escribió:
> Feliz año a todos!
>
> Y al que sepa y tenga tiempo, una duda:
> Quiero hacer un análisis de distribución de léxico (supongo que da igual
> eso) mediante mosaicplot(), en particular me interesa que me muestre el
> peso de la distribución según una proporción que ya conseguí sacar; la de
> el uso de x termino en un espacio determinado.
>
> Ejemplo:
>
> Distribución de los términos, totales (tabla1)
>   sitio1 sitio2 sitio3
> terminoA 20 20 20
> terminoB  0 40 40
> terminoC  2  0 10
>
> Distribución de los términos, porcentuales: en el sitio 1 hay 20 medidas,
> en el 2 hay 4 y en el 3 son las 50 medidas posibles (tabla2)
>   sitio1 sitio2 sitio3
> terminoA100 50 40
> terminoB  0100 80
> terminoC 10  0 20
>
> quiero hacer algo así como:
> mosaicplot(tabla1, col = alpha(1:3,tabla2/100))
> Pero no me lo permite, si me permitiría que cada uno de los colores, 1:3,
> tengan un alpha diferente, pero no que cambie según cada valor de la tabla.
>
> Es imposible hacerlo con los gŕaficos de base? (muy complicado lo tomamos
> por imposible tambien :-)
>
>
>
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Re: [R-es] Subset dentro de un for

2018-12-12 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Ese error suena a que alguna de las variables fuese no numérica (factor 
o character).


El 12/12/2018 a las 19:32, Manuel Mendoza escribió:
>
> Gracias Marcelino. Si, (i in 1:length(GT)), lo he utilizado mil veces, 
> pero se me sigue olvidando de una vez a otra. Lo iba a mirar, pero me 
> centré primero en que me hiciera bien el mapa.
>
> He probado el for y me da este error:
>
> Error in aes(x = lon, y = lat, color = get(GT[i]), size = 2) + 
> scale_colour_gradient(low = ("white"),  :
>   non-numeric argument to binary operator
>
>
>
>
> Quoting Marcelino De La Cruz Rot :
>
>> Ten cuidado, porque empiezas el for como:
>>
>> for(i in GT)
>>
>> y luego el color del aes lo defines como:
>>
>> color= GT[i]
>>
>> Lo que, por ejemplo para el primer caso, se traduciría  en GT["var1"],
>> que, a no ser que GT tenga names , debería dar un error.
>>
>> Yo creo que quieres decir
>>
>> for(i in 1:length(GT))
>>
>> ...
>> color=get(GT[i])
>>
>>
>> El 12/12/2018 a las 18:21, Manuel Mendoza escribió:
>>>
>>> Gracias a los tres, Raúl, Marcelino y Carlos.
>>>
>>> Lo del "get" de Marcelino me da la respuesta a lo que yo exactamente
>>> preguntaba, y funciona, pero ahora tengo problemas con el for, por lo
>>> que probablemente recurra al eval parse de Raúl o Carlos, que ya
>>> tienen el for. Aún así, lo intento 1º con el get.
>>>
>>> Con subset(df, subset=get(GT[i])>0) el problema es que en el for hago
>>> un ggplot cuyo color es = a la variable que condiciona el subset, y no
>>> funciona poniendo GT[i] (como se ve abajo). Pretendo que me haga 20
>>> mapas, cada uno de acuerdo a una de las 20 variables de GT.
>>>
>>> GT<- c("var1","var2", … "var20")
>>>
>>> for(i in GT) {
>>>
>>> df2<-subset(df1, subset=get(GT[i])>0)
>>>
>>> windows();print(ggplot(legend=FALSE)+geom_path( data=world,
>>> aes(x=long, y=lat,group=group))+
>>> theme(panel.background=element_blank())+theme(panel.grid.major =
>>> element_blank())+
>>>     theme(panel.grid.minor =
>>> element_blank())+theme(axis.text.x=element_blank(),axis.text.y=element_blank())+
>>>  
>>>
>>>     theme(axis.ticks = element_blank())+xlab("") + ylab("")+
>>>     geom_point(data=df2,aes(x=lon,y=lat,
>>>
>>>     color= GT[i],size=2) +
>>>
>>> scale_colour_gradient(low=("white"),high=("red"),guide="colourbar",limits=c(0,max))+
>>>  
>>>
>>>     geom_path(data=map_data('world'), aes(x=long,
>>> y=lat,group=group))+
>>>     labs(title =  paste("5026 Minimum number of IFd species to go
>>> extinct"
>>>
>>> }
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> Quoting Carlos Ortega :
>>>
>>>> Esta es una forma...
>>>>
>>>>> for(i in c('Ozone', 'Solar.R')) {
>>>> +   print(i)
>>>> +   sub_data <- subset(airquality, eval(parse(text=i)) < 100)
>>>> +   res_ult <- mean(sub_data$Temp, na.rm = TRUE)
>>>> +   print(res_ult)
>>>> + }
>>>> [1] "Ozone"
>>>> [1] 77.34862
>>>> [1] "Solar.R"
>>>> [1] 71.85294
>>>>
>>>> Y otra forma à la dplyr...:
>>>>
>>>>> library(rlang)
>>>>> for(i in c('Ozone', 'Solar.R')) {
>>>> +   print(i)
>>>> +   res_ult <- airquality %>%
>>>> + filter(!!sym(i) < 100) %>%
>>>> + summarize(Media = mean(Temp, na.rm = TRUE))
>>>> +   print(res_ult)
>>>> + }
>>>> [1] "Ozone"
>>>>  Media
>>>> 1 77.34862
>>>> [1] "Solar.R"
>>>>  Media
>>>> 1 71.85294
>>>>
>>>> Saludos,
>>>> Carlos Ortega
>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> El mié., 12 dic. 2018 a las 14:09, Manuel Mendoza
>>>> ()
>>>> escribió:
>>>>
>>>>> Muy buenas.  Quiero hacer un loop en el que en cada iteración se hace
>>>>> un subset con el que se queda con las muestras para la que cierta
>>>>> variable es positiva.
>>>>>
>>&

Re: [R-es] Subset dentro de un for

2018-12-12 Por tema Marcelino De La Cruz Rot


Ten cuidado, porque empiezas el for como:

for(i in GT)

y luego el color del aes lo defines como:

color= GT[i]

Lo que, por ejemplo para el primer caso, se traduciría  en GT["var1"], 
que, a no ser que GT tenga names , debería dar un error.

Yo creo que quieres decir

for(i in 1:length(GT))

...
color=get(GT[i])


El 12/12/2018 a las 18:21, Manuel Mendoza escribió:
>
> Gracias a los tres, Raúl, Marcelino y Carlos.
>
> Lo del "get" de Marcelino me da la respuesta a lo que yo exactamente 
> preguntaba, y funciona, pero ahora tengo problemas con el for, por lo 
> que probablemente recurra al eval parse de Raúl o Carlos, que ya 
> tienen el for. Aún así, lo intento 1º con el get.
>
> Con subset(df, subset=get(GT[i])>0) el problema es que en el for hago 
> un ggplot cuyo color es = a la variable que condiciona el subset, y no 
> funciona poniendo GT[i] (como se ve abajo). Pretendo que me haga 20 
> mapas, cada uno de acuerdo a una de las 20 variables de GT.
>
> GT<- c("var1","var2", … "var20")
>
> for(i in GT) {
>
> df2<-subset(df1, subset=get(GT[i])>0)
>
> windows();print(ggplot(legend=FALSE)+geom_path( data=world, 
> aes(x=long, y=lat,group=group))+
> theme(panel.background=element_blank())+theme(panel.grid.major = 
> element_blank())+
>     theme(panel.grid.minor = 
> element_blank())+theme(axis.text.x=element_blank(),axis.text.y=element_blank())+
>     theme(axis.ticks = element_blank())+xlab("") + ylab("")+
>     geom_point(data=df2,aes(x=lon,y=lat,
>
>     color= GT[i],size=2) +
>
> scale_colour_gradient(low=("white"),high=("red"),guide="colourbar",limits=c(0,max))+
>     geom_path(data=map_data('world'), aes(x=long, 
> y=lat,group=group))+
>     labs(title =  paste("5026 Minimum number of IFd species to go 
> extinct"
>
> }
>
>
>
>
>
>
>
>
> Quoting Carlos Ortega :
>
>> Esta es una forma...
>>
>>> for(i in c('Ozone', 'Solar.R')) {
>> +   print(i)
>> +   sub_data <- subset(airquality, eval(parse(text=i)) < 100)
>> +   res_ult <- mean(sub_data$Temp, na.rm = TRUE)
>> +   print(res_ult)
>> + }
>> [1] "Ozone"
>> [1] 77.34862
>> [1] "Solar.R"
>> [1] 71.85294
>>
>> Y otra forma à la dplyr...:
>>
>>> library(rlang)
>>> for(i in c('Ozone', 'Solar.R')) {
>> +   print(i)
>> +   res_ult <- airquality %>%
>> + filter(!!sym(i) < 100) %>%
>> + summarize(Media = mean(Temp, na.rm = TRUE))
>> +   print(res_ult)
>> + }
>> [1] "Ozone"
>>  Media
>> 1 77.34862
>> [1] "Solar.R"
>>  Media
>> 1 71.85294
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>>
>> El mié., 12 dic. 2018 a las 14:09, Manuel Mendoza 
>> ()
>> escribió:
>>
>>> Muy buenas.  Quiero hacer un loop en el que en cada iteración se hace
>>> un subset con el que se queda con las muestras para la que cierta
>>> variable es positiva.
>>>
>>> Si hago esto, sale bien:
>>>
>>> df2<-subset(df, subset = var1>0)
>>>
>>>
>>> Pero he probado así (y de no sé cuantas formas más), antes de hacer el
>>> for, y no sale:
>>>
>>> GT<- c("var1","var2", … )
>>>
>>> df2<-subset(df, subset=(GT[1]>0))
>>>
>>> Gracias,
>>> Manuel
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> .
>>>
>>> -- 
>>> Dr Manuel Mendoza
>>> Department of Biogeography and Global Change
>>> National Museum of Natural Science (MNCN)
>>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
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Re: [R-es] Subset dentro de un for

2018-12-12 Por tema Marcelino De La Cruz Rot
Hola, Manuel:

Tienes que usar get:

subset(df, subset=get(GT[1])>0)





El 12/12/2018 a las 14:08, Manuel Mendoza escribió:
> Muy buenas.  Quiero hacer un loop en el que en cada iteración se hace 
> un subset con el que se queda con las muestras para la que cierta 
> variable es positiva.
>
> Si hago esto, sale bien:
>
> df2<-subset(df, subset = var1>0)
>
>
> Pero he probado así (y de no sé cuantas formas más), antes de hacer el 
> for, y no sale:
>
> GT<- c("var1","var2", … )
>
> df2<-subset(df, subset=(GT[1]>0))
>
> Gracias,
> Manuel
>
>
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Re: [R-es] Construir matriz de distancias

2018-09-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Vaya, qué mala suerte. Yo lo probé en la consola de Windows y funcionó 
sin problema.

¿Tal vez sea por la versión  de alineR? La mía es la 1.1.4.

Saludos

El 07/09/2018 a las 11:38, Juan Abasolo escribió:

Me encantaría saber pensar así de una.
Creo que entiendo bien lo que me decís, pero no lo puedo poner en 
marcha en mi computadora, por algo que no sé qué será.


Cuando llego a:
> cosa<-aline(w1=x,w2=y)
En RStudio me dice que R sufrió algo. Probé directamente desde la 
consola linux y también:


> cosa<-aline(w1=x,w2=y)
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
Aborted

Supongo que ese es un problema que no tiene nada que ver con el 
original, pero de alguna manera se juntó todo


Hau idatzi du Marcelino de la Cruz Rot (marcelino.delac...@urjc.es 
<mailto:marcelino.delac...@urjc.es>) erabiltzaileak (2018 ira. 7, or. 
(10:33)):


Hola Juan,

# No conozco ninguna función que haga lo que propones, pero no es muy
difícil implementarlo en R.
# Suponiendo que estos son tus datos de partida,

x0<- c("cansado",
"cansadisimo","cansau","reventado","reventao",NA,"canso")
namesx0<-LETTERS[1:7]


# Lo de los NA's deberías resolverlo (eliminarlos) al principio,
es decir:

ok<-!is.na <http://is.na>(x0)
x0.ok<-x0[ok]
namesx0.ok<-namesx0[ok]



# Una vez eliminados, como aline() calcula distancias entre elementos
pareados de dos vectores, lo primero que tienes que hacer es
justamente
crear esos vectores con todos los valores pareados con todos
x<- rep(x0.ok, length(x0.ok))
y<-rep(x0.ok, each=length(x0.ok))

# es decir,
cbind(x,y)

# ahora calculas la distancia aline entre los elementos
cosa<-aline(w1=x,w2=y)

# y lo formateas coo matriz simétrica

cosa.m<- matrix(cosa, nr=length(x0.ok),nc=length(x0.ok))
cosa.m


# le pones los nombres a las filas y columnas
dimnames(cosa.m)<-list(namesx0.ok, namesx0.ok)
cosa.m

# y lo presentas como matriz de distancias.
as.dist(cosa.m)



Aunque ya puestos, ¿porqué no implementarlo como una función?:



aline.dist<- function(x0, namesx0){
    require(alineR)
    ok<-!is.na <http://is.na>(x0)

    x0.ok<-x0[ok]
    namesx0.ok<-namesx0[ok]
    x<- rep(x0.ok, length(x0.ok))
    y<-rep(x0.ok, each=length(x0.ok))

    cosa<-aline(w1=x,w2=y)

    cosa.m<- matrix(cosa, nr=length(x0.ok),nc=length(x0.ok))
   dimnames(cosa.m)<-list(namesx0.ok, namesx0.ok)
   return(as.dist(cosa.m))

}


# A ver qué tal:

aline.dist(x0, namesx0)

Hmm, seguro que salen unos dendrogramas muy interesantes ;-)

plot(hclust(aline.dist(x0, namesx0)))




Saludos,

Marcelino


El 07/09/2018 a las 8:35, Juan Abasolo escribió:
> ¡Buenas, listeros!
>
> Supongo que lo que planteo es muy básico, pero estoy trabado y
no lo veo.
>
> Tengo una función que da la distancia lingüística ALINE,
alineR::aline(),
> pero que no genera matrices.
>
> Tengo que hacer matrices de distancias ALINE de unos datos tipo
esto:
>
> A cansado
> B cansadísimo
> C cansau
> D reventado
> E reventao
> F NA
> G canso
>
> alineR::aline("cansado", "cansado")
> # 0
>
> Necesito así, as.dist(miresultado)...
>   A B C D ...
> A 0
> B 0.2 0
> C 0.1 0 0
> D 0.9 0.89 0
> ...
>
> No sé si le puedo explicar a la función dist() o a alguna amiga
suya que
> method = "ALINE" quiere decir que use la función `aline()`. O si
tengo que
> intentar reinventar la rueda, pero con alineR::aline(x).
>
> También capaz que pueda evitar que aparezcan los NA sin mellar
el trabajo.
>
> Gracias por la pacencia.
>

-- 
Marcelino de la Cruz Rot

Depto. de Biología y Geología
    Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España



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Juan Abasolo

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Re: [R-es] Construir matriz de distancias

2018-09-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Juan,

# No conozco ninguna función que haga lo que propones, pero no es muy 
difícil implementarlo en R.

# Suponiendo que estos son tus datos de partida,

x0<- c("cansado", "cansadisimo","cansau","reventado","reventao",NA,"canso")
namesx0<-LETTERS[1:7]


# Lo de los NA's deberías resolverlo (eliminarlos) al principio, es decir:

ok<-!is.na(x0)
x0.ok<-x0[ok]
namesx0.ok<-namesx0[ok]



# Una vez eliminados, como aline() calcula distancias entre elementos 
pareados de dos vectores, lo primero que tienes que hacer es justamente 
crear esos vectores con todos los valores pareados con todos

x<- rep(x0.ok, length(x0.ok))
y<-rep(x0.ok, each=length(x0.ok))

# es decir,
cbind(x,y)

# ahora calculas la distancia aline entre los elementos
cosa<-aline(w1=x,w2=y)

# y lo formateas coo matriz simétrica

cosa.m<- matrix(cosa, nr=length(x0.ok),nc=length(x0.ok))
cosa.m


# le pones los nombres a las filas y columnas
dimnames(cosa.m)<-list(namesx0.ok, namesx0.ok)
cosa.m

# y lo presentas como matriz de distancias.
as.dist(cosa.m)



Aunque ya puestos, ¿porqué no implementarlo como una función?:



aline.dist<- function(x0, namesx0){
   require(alineR)
   ok<-!is.na(x0)

   x0.ok<-x0[ok]
   namesx0.ok<-namesx0[ok]
   x<- rep(x0.ok, length(x0.ok))
   y<-rep(x0.ok, each=length(x0.ok))

   cosa<-aline(w1=x,w2=y)

   cosa.m<- matrix(cosa, nr=length(x0.ok),nc=length(x0.ok))
  dimnames(cosa.m)<-list(namesx0.ok, namesx0.ok)
  return(as.dist(cosa.m))

}


# A ver qué tal:

aline.dist(x0, namesx0)

Hmm, seguro que salen unos dendrogramas muy interesantes ;-)

plot(hclust(aline.dist(x0, namesx0)))




Saludos,

Marcelino


El 07/09/2018 a las 8:35, Juan Abasolo escribió:

¡Buenas, listeros!

Supongo que lo que planteo es muy básico, pero estoy trabado y no lo veo.

Tengo una función que da la distancia lingüística ALINE, alineR::aline(),
pero que no genera matrices.

Tengo que hacer matrices de distancias ALINE de unos datos tipo esto:

A cansado
B cansadísimo
C cansau
D reventado
E reventao
F NA
G canso

alineR::aline("cansado", "cansado")
# 0

Necesito así, as.dist(miresultado)...
  A B C D ...
A 0
B 0.2 0
C 0.1 0 0
D 0.9 0.89 0
...

No sé si le puedo explicar a la función dist() o a alguna amiga suya que
method = "ALINE" quiere decir que use la función `aline()`. O si tengo que
intentar reinventar la rueda, pero con alineR::aline(x).

También capaz que pueda evitar que aparezcan los NA sin mellar el trabajo.

Gracias por la pacencia.



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Re: [R-es] Secuencia fija de números por grupo

2018-07-19 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Hola, suponiendo que tu data.frame se llama "midf" y tu variable 
(factor) se llama "grupo", una posible solución sería esta:


midf$seq<-unlist(sapply(table(midf$grupo), function(x) seq(1,x, by=1)))
midf

Que guardaría la secuencia dentro de midf en una nueva variable llamada 
"seq"



Saludos,

Marcelino

El 19/07/2018 a las 9:15, Rubén Coca escribió:

Hola, a partir de un data frame quiero crear una columna que aplique una
secuencia numérica fija (1 a 12) por cada grupo de una de las variables. Si
el grupo tiene más de 12 elementos, el contador tendría que reiniciarse a 1
en la fila 13, y así sucesivamente.
El resultado deseado sería algo así:

grupo seq
A 1
A 2
A 3
A 4
A 5
A 6
A 7
A 8
A 9
A 10
A 11
A 12
A 1
A 2
B 1
B 2
B 3
B 4
B 5
B 6
C 1
C 2
C 3
C 4
C 5
C 6
C 7
C 8
C 9
C 10

Alguna idea?
Gracias!!

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Re: [R-es] Compilar libro con paquete bookdown (PDF)

2018-07-18 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
la duda.

Estoy usando ahora:

* KUbuntu 18.04

* RStudio 1.1.453
* bookdown 0.7
* RMarkdown 1.10
* tinytex 0.6 (me hacía falta ponerlo?)
* TexLive (desde repositorios, operativo y funciona bien solo y con
LyX -y
RMarkdown-)
* Pandoc 2.2.1-1 (bajado desde su página)

Si alguien entiende qué pasa, agradezco que me ilumine.


Juan


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Juan Abasolo

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Re: [R-es] Construcción de archivo de texto

2018-07-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

O más fácil aún:


sink(file="datos3.txt")
   for (i in 1:length(d)){
    cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"))
 print(d[[i]],row.names=F)
}
sink()



El 10/07/2018 a las 17:39, Marcelino de la Cruz Rot escribió:

O así, también:


file="datos.txt"

for (i in 1:length(d)){
    di<-d[[i]]
    nc<-ncol(di)

  write(paste("Pedigree: ",  unique(di$ped)),file=file, append=TRUE)
  write(colnames(di),file=file, sep = "\t", ncolumns=nc, append=TRUE)
  write(t(as.matrix(di)), file=file, sep = "\t", ncolumns=nc, 
append=TRUE)

}


Saludos,





El 10/07/2018 a las 17:07, Freddy Omar López Quintero escribió:

Hola.

Con variantes de esto:

    cat(file='probando.txt')
    for (i in 1:length(d)){
      cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"),
    file='probando.txt', append=T)
      capture.output(print(d[[i]],row.names=F),
    file='probando.txt', append=T)
    }


Se podría hacer.

Saludos.

On Tue, Jul 10, 2018 at 9:58 AM Jorge I Velez 
mailto:jorgeivanve...@gmail.com>> wrote:


    Gracias, Marcelino.  Alguna idea sobre cómo almacenarlo en un
    archivo de
    texto?
    Saludos,
    Jorge.-



    On Tue, Jul 10, 2018 at 5:13 AM Marcelino de la Cruz Rot <
    marcelino.delac...@urjc.es <mailto:marcelino.delac...@urjc.es>> 
wrote:


    > Hola. A ver esto, qué tal:
    >
    >
    > for (i in 1:length(d)){
    >       cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"))
    >       print(d[[i]],row.names=F)
    >
    > }
    >
    > Saludos,
    >
    > Marcelino
    >
    >
    >
    > El 10/07/2018 a las 11:31, Jorge I Velez escribió:
    > > Hola a todos,
    > >
    > > A partir de los siguientes datos:
    > >
    > > d <- list(`1` = structure(list(ped = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
    1L),
    > >      id = 1:7, father = c(2L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L), mother
    = c(3L,
    > >      0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 3L), sex = c(2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
    > >      2L), affected = c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L)), row.names
    = c("1",
    > > "2", "3", "4", "5", "6", "7"), class = "data.frame"), `2` =
    > structure(list(
    > >      ped = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
    > >      2L), id = 201:214, father = c(0L, 0L, 0L, 201L, 201L, 201L,
    > >      201L, 201L, 0L, 203L, 203L, 209L, 209L, 209L), mother = 
c(0L,

    > >      0L, 0L, 202L, 202L, 202L, 202L, 202L, 0L, 204L, 204L, 208L,
    > >      208L, 208L), sex = c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
    > >      1L, 1L, 2L, 1L, 1L), affected = c(1L, NA, 1L, 0L, NA, 1L,
    > >      1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L)), row.names = c("42", "43",
    > > "44", "45", "46", "47", "48", "49", "50", "51", "52", "53", 
"54",

    > > "55"), class = "data.frame"))
    > > d
    > >
    > > estoy interesado en obtener un archivo de texto "out.txt" con la
    > siguiente
    > > estructura:
    > >
    > >
    > > pedigree: 1
    > > ped id father mother sex affected
    > >    1  1      2      3   2        1
    > >    1  2      0      0   1        2
    > >    1  3      0      0   2        1
    > >    1  4      2      3   2        1
    > >    1  5      2      3   2        2
    > >    1  6      2      3   1        2
    > >    1  7      2      3   2        2
    > > pedigree: 2
    > > ped  id father mother sex affected
    > >    2 201      0      0   1        1
    > >    2 202      0      0   2       NA
    > >    2 203      0      0   1        1
    > >    2 204    201    202   2        0
    > >    2 205    201    202   1       NA
    > >    2 206    201    202   2        1
    > >    2 207    201    202   2        1
    > >    2 208    201    202   2        0
    > >    2 209      0      0   1        0
    > >    2 210    203    204   1        0
    > >    2 211    203    204   1        0
    > >    2 212    209    208   2        0
    > >    2 213    209    208   1        0
    > >    2 214    209    208   1        1
    > >
    > >
    > > La idea es relativamente simple:  guardar cada data.frame de
    "d" sin row
    > > labels y con el encabezado "pedigree: " seguido del número en
    la columna
    > > "ped".
    > >
    > > Alguna idea?  Por supuesto esto es una versión muy reducida
    del pro

Re: [R-es] Construcción de archivo de texto

2018-07-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

O así, también:


file="datos.txt"

for (i in 1:length(d)){
    di<-d[[i]]
    nc<-ncol(di)

  write(paste("Pedigree: ",  unique(di$ped)),file=file, append=TRUE)
  write(colnames(di),file=file, sep = "\t", ncolumns=nc, append=TRUE)
  write(t(as.matrix(di)), file=file, sep = "\t", ncolumns=nc, 
append=TRUE)

}


Saludos,





El 10/07/2018 a las 17:07, Freddy Omar López Quintero escribió:

Hola.

Con variantes de esto:

cat(file='probando.txt')
for (i in 1:length(d)){
  cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"),
file='probando.txt', append=T)
  capture.output(print(d[[i]],row.names=F),
file='probando.txt', append=T)
}


Se podría hacer.

Saludos.

On Tue, Jul 10, 2018 at 9:58 AM Jorge I Velez 
mailto:jorgeivanve...@gmail.com>> wrote:


Gracias, Marcelino.  Alguna idea sobre cómo almacenarlo en un
archivo de
    texto?
    Saludos,
    Jorge.-



On Tue, Jul 10, 2018 at 5:13 AM Marcelino de la Cruz Rot <
marcelino.delac...@urjc.es <mailto:marcelino.delac...@urjc.es>> wrote:

> Hola. A ver esto, qué tal:
>
>
> for (i in 1:length(d)){
>       cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"))
>       print(d[[i]],row.names=F)
>
> }
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
>
>
> El 10/07/2018 a las 11:31, Jorge I Velez escribió:
> > Hola a todos,
> >
> > A partir de los siguientes datos:
> >
> > d <- list(`1` = structure(list(ped = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L),
> >      id = 1:7, father = c(2L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L), mother
= c(3L,
> >      0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 3L), sex = c(2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
> >      2L), affected = c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L)), row.names
= c("1",
> > "2", "3", "4", "5", "6", "7"), class = "data.frame"), `2` =
> structure(list(
> >      ped = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
> >      2L), id = 201:214, father = c(0L, 0L, 0L, 201L, 201L, 201L,
> >      201L, 201L, 0L, 203L, 203L, 209L, 209L, 209L), mother = c(0L,
> >      0L, 0L, 202L, 202L, 202L, 202L, 202L, 0L, 204L, 204L, 208L,
> >      208L, 208L), sex = c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
> >      1L, 1L, 2L, 1L, 1L), affected = c(1L, NA, 1L, 0L, NA, 1L,
> >      1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L)), row.names = c("42", "43",
> > "44", "45", "46", "47", "48", "49", "50", "51", "52", "53", "54",
> > "55"), class = "data.frame"))
> > d
> >
> > estoy interesado en obtener un archivo de texto "out.txt" con la
> siguiente
> > estructura:
> >
> >
> > pedigree: 1
> > ped id father mother sex affected
> >    1  1      2      3   2        1
> >    1  2      0      0   1        2
> >    1  3      0      0   2        1
> >    1  4      2      3   2        1
> >    1  5      2      3   2        2
> >    1  6      2      3   1        2
> >    1  7      2      3   2        2
> > pedigree: 2
> > ped  id father mother sex affected
> >    2 201      0      0   1        1
> >    2 202      0      0   2       NA
> >    2 203      0      0   1        1
> >    2 204    201    202   2        0
> >    2 205    201    202   1       NA
> >    2 206    201    202   2        1
> >    2 207    201    202   2        1
> >    2 208    201    202   2        0
> >    2 209      0      0   1        0
> >    2 210    203    204   1        0
> >    2 211    203    204   1        0
> >    2 212    209    208   2        0
> >    2 213    209    208   1        0
> >    2 214    209    208   1        1
> >
> >
> > La idea es relativamente simple:  guardar cada data.frame de
"d" sin row
> > labels y con el encabezado "pedigree: " seguido del número en
la columna
> > "ped".
> >
> > Alguna idea?  Por supuesto esto es una versión muy reducida
del problema
> > real.
> >
> > Muchísimas gracias por su ayuda.
> >
> > Saludos cordiales,
> > Jorge.-
    > >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___

Re: [R-es] Construcción de archivo de texto

2018-07-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola. A ver esto, qué tal:


for (i in 1:length(d)){
     cat(paste("Pedigree: ",unique(d[[i]]$ped),"\n"))
     print(d[[i]],row.names=F)

}

Saludos,

Marcelino



El 10/07/2018 a las 11:31, Jorge I Velez escribió:

Hola a todos,

A partir de los siguientes datos:

d <- list(`1` = structure(list(ped = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L),
 id = 1:7, father = c(2L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L), mother = c(3L,
 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 3L), sex = c(2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
 2L), affected = c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L)), row.names = c("1",
"2", "3", "4", "5", "6", "7"), class = "data.frame"), `2` = structure(list(
 ped = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
 2L), id = 201:214, father = c(0L, 0L, 0L, 201L, 201L, 201L,
 201L, 201L, 0L, 203L, 203L, 209L, 209L, 209L), mother = c(0L,
 0L, 0L, 202L, 202L, 202L, 202L, 202L, 0L, 204L, 204L, 208L,
 208L, 208L), sex = c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
 1L, 1L, 2L, 1L, 1L), affected = c(1L, NA, 1L, 0L, NA, 1L,
 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L)), row.names = c("42", "43",
"44", "45", "46", "47", "48", "49", "50", "51", "52", "53", "54",
"55"), class = "data.frame"))
d

estoy interesado en obtener un archivo de texto "out.txt" con la siguiente
estructura:


pedigree: 1
ped id father mother sex affected
   1  1  2  3   21
   1  2  0  0   12
   1  3  0  0   21
   1  4  2  3   21
   1  5  2  3   22
   1  6  2  3   12
   1  7  2  3   22
pedigree: 2
ped  id father mother sex affected
   2 201  0  0   11
   2 202  0  0   2   NA
   2 203  0  0   11
   2 204201202   20
   2 205201202   1   NA
   2 206201202   21
   2 207201202   21
   2 208201202   20
   2 209  0  0   10
   2 210203204   10
   2 211203204   10
   2 212209208   20
   2 213209208   10
   2 214209208   11


La idea es relativamente simple:  guardar cada data.frame de "d" sin row
labels y con el encabezado "pedigree: " seguido del número en la columna
"ped".

Alguna idea?  Por supuesto esto es una versión muy reducida del problema
real.

Muchísimas gracias por su ayuda.

Saludos cordiales,
Jorge.-

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Re: [R-es] Libreria para cargar datos

2018-07-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola, prueba esto:

mitabla<-data.frame()
edit(mitabla)


El 07/07/2018 a las 7:30, Jesús Para Fernández escribió:

Buenas

Una duda, �existe alguna libreria que permita al usuario meter los datos 
directamente a mano en una hoja de calculo,como tienen programas como SPSS, 
Minitab, ...?

Es decir, no quiero importar datos desde un excel ni csv o similar, sino que el usuario 
pueda meter los datos a mano directamente en una "tabla" del propio R...


Gracias de antemano
Jes�s

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Re: [R-es] "Desarmar" una lista de matrices

2018-07-03 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola:

Depende con lo que quieras decir con "separar automáticamente los 
elementos de la lista".
Si te refieres a que quieres tener cada una de las matrices en tu lista 
como un objeto independiente dentro de tu workspace, podrías hacer algo así:


 for (m in 1:length(milista)) assign (paste ("matriz", m, 
sep="_"),milista[[m]])


 Aunque en general resulta más conveniente tener los objetos 
organizados en listas. Pero hay gustos para todo.


Saludos,

Marcelino





El 03/07/2018 a las 16:49, Juan Abasolo escribió:

Buenas tardes (o día, lo que les toque)

Gracias a la ayuda de la lista conseguí seguir adelante, y debido a mi
desconocimiento, no puedo seguir haciendolo. Nuevamente pido ayuda.

Tengo una lista generada con lapply, algo así

milista <- lapply(as.list(cars[,1:2]), dist)

La lista es un poco diferente, genera unos cientos de matrices. ¿Cómo puedo
hacer para que me separe automáticamente cada uno de los elementos de la
lista?

Me imajino que Google estará lleno de la respuesta que nececito, pero no sé
preguntarle. Recurro a la paciencia de ustedes y se las agradezco.



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Re: [R-es] matriz de presencias

2018-06-29 Por tema Marcelino de la Cruz Rot




df[df>0]<-1


El 29/06/2018 a las 18:16, Manuel Mendoza escribió:


Buenas tardes erreros. Tengo una df con ceros y valores>0 y 
necesitaría convertir esos valores>0 en unos (1). Debe de haber una 
forma sencilla, seguro. ¿Alguno de vosotros lo sabe?

Gracias,
Manuel





































































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Re: [R-es] suma del resultado de multiplicar fila x columna

2018-06-28 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

En concreto, Abund%*%Dieta

El 28/06/2018 a las 14:46, Carlos J. Gil Bellosta escribió:

Eso que cuentas se llama multiplicación matricial. Usa %*%.

El jue., 28 jun. 2018 14:37, Manuel Mendoza 
escribió:


Buenas tardes, tengo 2 dfs: Dieta de (108x11) y Abund de (591x108).
Necesito multiplicar cada columna de la 1ª (108
<https://maps.google.com/?q=de+la+1%C2%AA+(108=gmail=g>
elementos) por cada
fila de la 2ª (108 elementos) y crear una nueva df con las sumas de
esas multiplicaciones. He hecho esto, pero no sale y creo que está
lejos de estar bien:


Res <- matrix(nrow=nrow(Abund),ncol=ncol(Dieta))
Res <- as.data.frame(Res)

for(i in 1:nrow(Dieta)){
 for(j in 1:ncol(Abund)){
   a<-as.vector(Dieta[,i])
   b<-as.vector(Abund[j,])
   sum <- sum(a * b)
   Res[i,j]<-sum
  }
print(i)
}



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Re: [R-es] error en un cmeans

2018-06-27 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



Parece que a cmeans() no le gusta que el número de clusters ("i" en tu 
código) valga 1.





El 27/06/2018 a las 12:25, Manuel Mendoza escribió:


Tuve que dejar, de momento, lo del "loop con matriz que cambia de 
nombre" por algo más urgente, y me salió otro problema.


Hago un cmeans con el paquete e1071;

  cl<-cmeans(Data,i,20,verbose=F,method="cmeans",m=2)

 y me da este error: Error in apply(u, 1, which.max) : dim(X) must 
have a positive length.


Estoy harto de usar esa línea de código, con dfs iguales a la de 
ahora, por lo que no entiendo por qué falla.


Gracias,
Manuel












































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Re: [R-es] Transformar muchas variables factor en variables binarias de acuerdo a niveles

2018-06-25 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

# Hola
# Si te he entendido bien, lo que quieres hacer es lo mismo que hace R
# cuando genera la model.matrix de un modelo lineal,
# así que suponiendo que tienes esta data.frame:


df  <-data.frame(a = c(1,2,3), b = c(1,1,2), c =
c("Rose","Pink","Red"), d = c("a","b","c"), e=c("red","blue", "green"))

df

# y sabiendo el nombre de las variables de tipo factor
# que quieres "binarizar", podrías hacer simplemente

variables<-c("c", "d", "e")

df2<-NULL
for(i in variables){
    mm<- model.matrix(lm((1:dim(df)[1])~get(i)-1, data=df))
    dimnames(mm)[[2]] <- levels(df[,i])
 df2<-cbind(df2,mm)}

 df2

# Saludos
# Marcelino



El 25/06/2018 a las 18:37, Jesús Para Fernández escribió:

Por cierto data.table tiene implementadas las funciones de reshape2 melt y 
dcast pero mucho m�s r�pidasen ejecuci�n

Obtener Outlook para Android<https://aka.ms/ghei36>


From: R-help-es  on behalf of V�ctor Granda Garc�a 

Sent: Monday, June 25, 2018 4:23:52 PM
To: Fernando Reche Lorite
Cc: r-help-es
Subject: Re: [R-es] Transformar muchas variables factor en variables binarias 
de acuerdo a niveles

En esta respuesta: https://stackoverflow.com/a/35663834/2301674

tienes como hacerlo (mucho m�s sencillo que en la que enlazas t�) con
reshape2 o si prefieres la versi�n "tidy" con dplyr y tidyr (la que yo
recomiendo, pero solo porque me gusta m�s).

Espero que te sirva

On Mon, 25 Jun 2018 at 16:08 Fernando Reche Lorite via R-help-es <
r-help-es@r-project.org> wrote:


Puedes probar con la funci�n dummy del paquete dummies.

Un saludo
Fernando Reche Lorite
Departamento de Matem�ticas
Universidad de Almer�a

El 25 de junio de 2018, 15:55, Carlos J. Gil Bellosta <
c...@datanalytics.com>
escribi�:


�No te vale model.matrix?

El lun., 25 jun. 2018 a las 15:49, Juan Abasolo ()
escribi�:


Buenas, compa�eros.

Tengo una base de datos con bastantes variables todas medidas como

factor,

quiero que todos los factores pasen a ser variables binarias en funci�n

de

sus valores.

En este ejemplo de Stackoverflow muestran como hacerlo con una

variable:

https://stackoverflow.com/questions/33990760/converting-

factors-to-binary-in-r

df  <-data.frame(a = c(1,2,3), b = c(1,1,2), c =
c("Rose","Pink","Red"), d = c(2,3,4))

cbind(df[1:2], sapply(levels(df$c), function(x) as.integer(x == df$c)),
df[4])

o as�

library(data.table)
setDT(df)[, c(levels(df$c), "c") :=
 c(lapply(levels(c), function(x) as.integer(x == c)), .(NULL))]


Pero no me resuelve el tener que hacerlo algunos cientos de veces, que

es

lo que querr�a evitar. S� que es evidente c�mo se tiene que hacer, pero

soy

ciego a esa evidencia :-(

Muchas gracias por la ayuda


--
Juan Abasolo

Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila
Bilboko Hezkuntza Fakultatea
Euskal Herriko Unibertsitatea
UPV/EHU

Sarriena auzoa z/g
48940 Leioa
Bizkaia

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*V�ctor Granda Garc�a*
Data Technician


v.gra...@creaf.uab.cat
Tel. +34 93 581 33 53


Campus UAB. Edifici C. 08193 Bellaterra (Barcelona) | *www.creaf.cat*
<http://www.creaf.uab.es/cat/index.htm>

Abans d'imprimir aquest missatge electr�nic penseu en el medi ambient.

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Re: [R-es] loop con matriz que cambia de nombre

2018-06-25 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

El 25/06/2018 a las 11:23, Manuel Mendoza escribió:
Gracias Carlos, eso lo sé. El problema, probablemente una chorrada, es 
que para cambiarle el nombre a las variables (de acuerdo a un patrón, 
si, que incluye el nº de la iteración), debo indicar el nombre de la 
df, pero éste no es siempre el mismo. Puedo darle un nombre fijo a la 
df, ponerle el nombre a las variables, y al final del loop cambiarle 
el nombre a la df, pero tampoco sé cómo ponerle un nombre nuevo que 
incluye paste + el nº de iteración de los dos loops anidados. Sé como 
crear ese nombre, con paste, pero no cómo ponérselo. Al decirlo así 
parece una tontería, y a lo mejor lo es, pero me tiré un rato 
intentándolo y no pude. Por eso acudí a vosotros.


¿Con assign(), como sugería Jesús?

Saludos,

Marcelino








Manuel


Quoting Carlos Ortega :


Hola,

En cada iteración de tu bucle, puedes:

   - Cambiar la matriz a data.frame.
   - Nombrar las columnas incluyendo si quieres el número de la 
iteración

   del bucle (tu "i").
  - Esto lo puedes hacer utiizando la función "paste()".
  - No sé si los nombres de las variables, en cada iteración han de
  seguir algún patrón.


Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 22 de junio de 2018, 19:53, Manuel Mendoza 
escribió:



Funciona, me crea una matriz en cada iteración, con un nombre que 
incluye
el nº de la iteración. Me surge ahora el problema de que, dentro del 
mismo
bucle la quiero convertir en df y ponerle nombre a las columnas, y 
como el
nombre de la matriz es distinto cada vez, no sé cómo hacerlo. 
Supongo que

se hará todo al crearla, pero no sé cómo.

Un problema adicional es que las variables (columnas) también han de
llevar la "i" incluida en el nombre, porque al final se fusionan 
todas las

dfs y no se puede repetir el nombre de las variables.

Gracias una vez más.




Quoting Jesús Para Fernández :

Con assing y un paste0


Mete dentro del bucle esto

for(i in 1:7){
assign(paste0('matriz',i),matrix(0,ncol=5,nrow=3))

}

Con eso generarias 7 matrices de 5x3, llamadas matriz1, matriz2,...

Obtener Outlook para Android<https://aka.ms/ghei36>


From: R-help-es  on behalf of Manuel
Mendoza 
Sent: Friday, June 22, 2018 10:15:55 AM
To: r-help-es@r-project.org
Subject: [R-es] loop con matriz que cambia de nombre


Buenos días. Quiero hacer un for (j), anidado en otro for (i). En el
2º for, en cada iteración ha de crear una matriz vacía: mat <-
matrix(nrow=nrow(data),ncol=19) pero llamándola de forma distinta cada
vez. El nombre ha de ser: paste("D",i,colnames(Data[j]),sep=""). Llevo
un rato haciendo pruebas pero no me sale. A ver si alguien pudiera
ayudarme,
gracias,
Manuel



























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Carlos Ortega
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Jaume:

Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:

 findMethods(biovars)

La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los 
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del 
paquete. Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código 
fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN 
(https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este 
caso, directamente desde su página de Github 
(https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).



Un saludo,

Marcelino


El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:

Hola Jorge y Marcelino,

Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una 
función?


Gracias de nuevo.

Jaume.

El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <mailto:jorge.vi...@ehu.es>> escribió:


Hola,

en la misma definición de la función:

# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)

# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
is < 1)

p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)

Un saludo,

Jorge

On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
escribió:

> Hola Jaume:

>

> Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el

> coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando

> previamente 1 a "prec":

>

> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)

>

>

> Es decir, en tu caso,

>

> > cv(prec+1)

>

> [1] 109.9637

>

> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

>

> > cv(prec)

>

> [1] 112.5923

>

>  coincide con tu cálculo manual.

>

> En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta

> variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero

> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
los que

> se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.

>

> Saludos,

>

> Marcelino

>

> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:

> > Estimados erreros,

> >

> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (

> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
coeficiente

> > de

> > variación. Os pongo un ejemplo:

> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
mínima media

> > mensual de un año

> > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año

> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
media mensual

> > de un año

> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
variables

> > relevantes para la distribución de especies.

> >

> > #El resultado es:

> > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10

> >

> > bio11

> > [1,] 18.8 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.8 23.5

> > 13.8

> >

> > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19

> >

> > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2

> >

> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la

> >

> > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:

> >> (sd(prec)/mean(prec))*100

> >

> > [1] *112.5923*

> >

> > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy

> > perdiendo

> > algo. En el manual del paquete (

> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
explica como

> > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
en dentro de

> > biovars para saber que está haciendo?

> >

> > Muchas gracias.

-- 


--

Jorge Virto Moreno

Dpt. Economia Aplicada III

Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU

Avda. Lehendakari Agirre, 83

48015 Bilbao

    Spain

Tel: 94 601 3851

Fax: 94 601 3754

eman ta zabal zazu

_ _

| \___ |___\-\_

| ___] __ | |

| [_ __ [_ |_| |

|__ _] [_ |___] /

| [_ | __/

|___ \__| |

| |

|__|

Universidad del País Vasco

Euskal Herriko Unibertsitatea




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Jaume Tormo.
https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-19 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola Jaume:

Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el 
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando 
previamente 1 a "prec":


p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)


Es decir, en tu caso,

> cv(prec+1)
[1] 109.9637

Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

> cv(prec)
[1] 112.5923

 coincide con tu cálculo manual.

En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta 
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero 
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que 
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.


Saludos,

Marcelino






El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:

Estimados erreros,

Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
variación. Os pongo un ejemplo:
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
#El resultado es:
 bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.85 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.8  23.5
13.8
  bio12 bio13 bio14*bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,]   502   160 0 *109.9637*   320 2   260 2

La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:


(sd(prec)/mean(prec))*100

[1] *112.5923*

¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?

Muchas gracias.




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Re: [R-es] anchura chunk en pdf

2018-05-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Yo incluyo este chunk al principio del documento y a mi me funciona (con 
Sweave):



Re: [R-es] Anuncio: paquete outliers

2018-05-10 Por tema Marcelino de la Cruz Rot


https://www.nature.com/articles/s41598-018-24874-2

El 10/05/2018 a las 8:50, Jesús Para Fernández escribió:

Buenas, ,

Nos puedes pasar mas info sobre el paper? Parece realmetne interesante...

Gracias
Jes�s

De: R-help-es <r-help-es-boun...@r-project.org> en nombre de Luisfo Llador via 
R-help-es <r-help-es@r-project.org>
Enviado: jueves, 10 de mayo de 2018 8:42
Para: Lista R.
Asunto: [R-es] Anuncio: paquete outliers


Estimados colegas:
  Entiendo que este buz�n es el adecuado (me disculpan si no es as�) para dar a 
conocer el siguiente paquete de R:
  *MUOD (outliers)*
  luisfo/muod.outliers



|  |  |
luisfo/muod.outliers
  |



  El paquete, tal y como se indica, est� respaldado por un paper que hemos 
publicado recientemente en Scientific Reports. Detecta outliers en datos 
multidimensionales usando 'function data analysis'. Los detalles te�ricos 
pueden encontrarse en el material suplementario.

  Espero que les pueda resultar de utilidad, y si lo prueban, agradecer�a 
feedback o reporte de errores.

  Un cordial saludo,
  Luis F. Chiroque, MSc
  PhD Candidate
  IMDEA Networks Institute


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Re: [R-es] Pasar una lista de palabras por una variable del dataframe

2018-02-15 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

El de siempre.

Creo que quieres hacer esto:

> cuantas<-sapply(Atributos, function(x) str_count(Datos$Opinion, x))
> colnames(cuantas)<-unlist(Atributos)
> head(cuantas)


Marcelino


El 15/02/2018 a las 20:47, Javier Marcuzzi escribió:

Estimada Miriam Alzate

No se muy bien que busca, si es un conteo de palabras o algo más, en todos
casos puede ser que lo que usted realmente desea tenga un desarrollo
apropiado en https://cran.r-project.org/web/packages/tm/vignettes/tm.pdf

Javier Rubén Marcuzzi

El 15 de febrero de 2018, 16:36, Miriam Alzate <miriam.alz...@unavarra.es>
escribió:


Hola,

Tengo un grupo de 600 palabras que he recogido en una lista en R llamada
"Atributos". Necesito saber cuántas veces cualquiera de esas palabras
aparece en cada observación de la variable "Opinion" del dataframe "Datos",
esta es una variable de texto.


¿Qué paquete se usaría?


Gracias!

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Re: [R-es] Contar comas de una variable

2018-02-07 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Así:


Pros<- c("calidad,", "calidad, diseño, color,", "precio, accesibilidad, 
sienta bien, luminoso,")

(Comas <-sapply(strsplit(Pros, ","), length))





El 07/02/2018 a las 17:55, Miriam Alzate escribió:

Buenas tardes,

Necesito contar cuántas comas hay en cada celda. Los datos tienen esta 
forma:


 Pros Comas
Opinión 1    calidad,    1
Opinión 2    calidad, diseño, color, 3
Opinión 3    precio, accesibilidad, sienta bien, luminoso, 4


La variable Pros es la que tengo y la variable Comas es la que recoge 
cuántas comas hay en la variable Pros.


Un saludo

Miriam

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Re: [R-es] Problemas con función factor to integer

2017-11-04 Por tema Marcelino de la Cruz Rot


Aún más sencillo:


road_accidents$Vehicle_Type <- 
as.integer(gsub("X","",(road_accidents$Vehicle_Type)))


road_accidents$Vehicle_Type



El 04/11/2017 a las 14:54, Carlos Ortega escribió:

Otra forma, aunque sean varias funciones anidadas:


library(stringr)
datin <- as.factor(c('X2' , 'X23', 'X14', 'X19', 'X18', 'X11', 'X11',

'X11', 'X11', 'X11'))

res   <- as.numeric(str_replace_all(as.vector(datin), "X",""))
res

  [1]  2 23 14 19 18 11 11 11 11 11

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 3 de noviembre de 2017, 18:20, Alberto <alpeda...@hotmail.com> escribió:


Hola,

estoy teniendo problemas para conseguir que mi función haga lo que quiero.
Necesito que coja los valores de la variable que le indico, le quite la
letra que precede a dichos valores y los convierta en números enteros. Dejo
un ejemplo de los datos que estoy tratando y de varias opciones de función
con las que intento que funcione sin resultado.

#Ejemplo

head(road_accidents$Vehicle_Type,10)

  [1] X2  X11 X11 X19 X11 X11 X11 X11 X11 X11
Levels: X10 X11 X17 X19 X2 X20 X21 X3 X4 X5 X8 X9 X90 X97 X98

#Función Prueba 1
get.integer <- function(x)
{
   road_accidents %>%
 str_replace(road_accidents$x, 'X','') %>%
 as.integer(road_accidents$x)
}

#Función Prueba 2
get.integer2 <- function(dataframe, y)
{
   vector <- str_replace(dataframe[,y], 'X', '')
   vector <- as.integer(dataframe[,y])
   dataframe[,y] <- vector
}

#Función Prueba 3
get.integer3 <- function(x,y)
{
   vector <- x$y
   vector <- str_replace(vector, 'X', '')
   vector <- as.integer(vector)
   x$y <- vector
}

Gracias, un saludo.

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Re: [R-es] Filtrar datos con una excepción

2017-10-23 Por tema Marcelino de la Cruz Rot


Datos[!(Datos$evolucionsi==0 & Datos$evolucionno==0),]




El 23/10/2017 a las 2:00, miriam.alz...@unavarra.es escribió:

Buenas,

En un conjunto de datos, llamado Datos, necesito quedarme con todas la
observaciones del conjunto excepto con las observaciones que cumplan dos
requisitos a la vez.

Necesitaría tener todos los datos excepto cuando se de simultáneamente
que: Datos$evolucionsi=0 y Datos$evolucionno=0.

¿Cómo lo filtaría?

Muchas gracias

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Re: [R-es] MaxEnt

2017-09-04 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

Hola, Antony.
El paquete más apropiado para modelización de nichos ecológicos con 
maxent (y otras herramientas como gbm) así como para su representación 
cartográfica es *dismo*. Desde luego, es la manera más sencilla de 
conseguir un resultado de calidad rápidamente. Tiene una viñeta muy 
clara para ayudarte a empezar.
Robert J. Hijmans, Steven Phillips, John Leathwick and Jane Elith 
(2017). dismo: Species
  Distribution Modeling. R package version 1.1-4. 
https://CRAN.R-project.org/package=dismo



El 04/09/2017 a las 17:57, Carlos Ortega escribió:

Si buscas en "rseek.org" por "ecology entropy" aparece esto en las primeras
posiciones:

https://cran.r-project.org/web/packages/meteR/vignettes/meteR_vignette.html
https://rdrr.io/cran/ade4/man/apqe.html
https://cran.r-project.org/web/packages/MIAmaxent

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 4 de septiembre de 2017, 17:13, ANTONY BARJA INGARUCA <
antony.bar...@gmail.com> escribió:


Buenas días me gustaria saber cual es la libreria mas actual que contiene
al algoritmo de maxima entropia que permite modelar nichos ecologicos; a su
vez que libreria presenta mejor temática en la representacion de mapas.
Saludos¡

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Re: [R-es] Contacting Delphi...the oracle is unavailable

2017-06-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot

> LO_QUE_SEA
Contacting Delphi...the oracle is unavailable.
We apologize for any inconvenience.
>




El 20/06/2017 a las 15:16, Mauricio Monsalvo escribió:

:(
Por lo pronto, estoy "depurando" el código: conseguí que convierta los
caracteres "raros" en  con File/Reopen with Encoding , ISO-2022-JP y
luego hice en lentísimo depurado del código para reemplazar cada  por
su carácter correcto (tipo cul por ¿cuál? y así. Arduo). Luego, a
modo de "respaldo", copié y pegué el código en un archivo .doc
Por ahora parece funcionar, aunque la solución creo que se va a perder
cuando cierre y vuelva a levantar la sintaxis. Tendré que ver cómo lo hace.
Si vuelve a los caracteres raros, intentaré utilizar el código de respaldo
que guardé en el .doc. Todo muy precario.
Lo poco que pude encontrar a modo de ayuda es:
src/library/utils/R/question.R
<https://github.com/wch/r-source/commit/34b3998c928fbf50e24ab0e33c7d72ab8c944330#diff-0fed3be71e4fd49b8046dcb7cdeebb4c>
<https://github.com/wch/r-source/commit/34b3998c928fbf50e24ab0e33c7d72ab8c944330#diff-0fed3be71e4fd49b8046dcb7cdeebb4c>
@@
-27,6 +27,14 @@
# ??foo is parsed as `?`(`?`(foo))
search <- TRUE
topicExpr <- topicExpr[[2]]
+ if (is.call(topicExpr) && topicExpr[[1]] == "?"
+ && is.call(topicExpr[[2]]) && topicExpr[[2]][[1]] == "?") {
+ cat("Contacting Delphi...")
+ flush.console()
+ Sys.sleep(2+rpois(1,2))
+ cat("the oracle is unavailable.\nWe apologize for any inconvenience.\n")
+ return(invisible())
+ }
} else
search <- FALSE

No logro entender bien y la función no corre en mi consola, pero me parece
entender que el problema está justamente cuando el R encuentra un "?" en el
código. Algo así parece que quieren decir con el It means the call to `?`
is messed up que mencionan en esta entrada:
http://r.789695.n4.nabble.com/Contacting-Delphi-td4645736.html



El 20 de junio de 2017, 10:01, Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>
escribió:


Hola,

Eso suena muy raro... a virus diría yo...
Salvo que hayas instalado recientemente alguna librería y esté produciendo
estas llamadas...
Te diría que eliminaras R/RStudio y lo volvieras a instalar todo, incluso
antes de reinstalar pasar algún tipo de antivirus...

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 20 de junio de 2017, 13:02, Mauricio Monsalvo <m.monsa...@gmail.com>
escribió:


Hola.
Comencé teniendo problemas con el Encoding del RStudio que creo haber
superado (a mano, infelizmente) pero ahora, de la nada, sin que haya
ejecutado ninguna línea de código con error, la consola tira:
Contacting Delphi...the oracle is unavailable.
We apologize for any inconvenience.
Una y otra vez.
Busqué algo de ayuda pero encuentro poco y no me es útil. No comprendo qué
sucede.
Tampoco parece hacer nada malo, pero molesta. Y después de haber
re-editado
todo el código pasando por UTF-8, ISO-2022-JP, ISO-8859-1 y WIN-1252 sin
estar seguro de haber resuelto nada, me preocupa el bug.
Saludos

--
Mauricio

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[R-es] Prueba: no leer

2017-01-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot


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Re: [R-es] Problema con un xml demasiado Grande

2017-01-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Es posible que con la funci�n xmlEventParse() del paquete XML lo puedas 
conseguir.
A ver si tienes suerte.

Un saludo,

Marcelino


El 20/01/2017 a las 13:04, Carlos J. Gil Bellosta escribi�:
> Trocea o desiste.
>
> Nunca vas a poder procesar 10GB de XML con una m�quina de las
> habituales. Si tienes 64GB de RAM o m�s, es otra historia.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>
> El d�a 20 de enero de 2017, 10:59, Milagros Camacho Bellido
> <mila.camachobell...@gmail.com> escribi�:
>> Hola, muy buenas,
>>
>> Me baj� un archivo xml de la wikipedia en espa�ol. Al intentar abrirlo en R
>> el ordenador no es capaz, ya que pesa descomprimido 10 GB. De ese xml solo
>> me interesa un campo, el referente al texto del art�culo. �Algui�m conoce
>> alguna forma de cargar solo ese campo del xml en R sin cargar el xml
>> completo? La salida seria un archivo .txt, donde cada fila fuera un art�culo
>> � muchos archivos texto donde cada archivo fuera un art�culo.
>>
>>
>> Un saludo,
>>
>> Milagros Camacho
>>
>>
>> ---
>> El software de antivirus Avast ha analizado este correo electr�nico en busca
>> de virus.
>> https://www.avast.com/antivirus
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Re: [R-es] Microsoft R Open 3.3.1 problema

2016-09-01 Por tema Marcelino de la Cruz Rot
Si no he entendido mal, para obtener un resultado 1 x n deberías usar 
c() en vez de rbind().


Si haces un rbind con las primera columna de n data.frames, cada una con 
m filas, obtendrás una matriz n x m.



El 01/09/2016 a las 6:43, javier.ruben.marcu...@gmail.com escribió:


Estimados

Microsoft R Open 3.3.1 me está dando problemas, por ejemplo rbind.

Los resultados son extraños, por ejemplo muchas columnas cuándo debería ser una 
sola sonde tomo solamente la primer columna de varios data.frames, como un 
arreglo de n x n donde los n son números “grandes”, cuándo debería ser solo 1 x 
n .

¿Alguno tiene problemas? Está imposible para trabajar.

Javier Rubén Marcuzzi


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Re: [R-es] Reemplazar NA con el último valor no NA de una columna en una data.table

2016-06-08 Por tema Marcelino de la Cruz Rot



V1[which(is.na(V1))]<- V1[which(is.na(V1))-1]




El 08/06/2016 a las 19:21, Patricio Fuenmayor escribió:

Hola, favor denme una mano.
Tengo una data.table que contiene columnas con algunos valores NA.
Necesito reemplazar estos NA con el anterior valor no NA de la columna.
Ejemplor V1=1,2,NA,4,NA,5. Debo obtener V1=1,2,2,4,4,5
Y este proceso lo debo realizar a varias columnas de la data.table

Gracias por la ayuda...

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