Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Olá Nicole! Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas: 1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH 2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de: #!/usr/bin/perl para: #!/usr/bin/env perl 3. local::lib foi utilizado para CPAN desovar no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma. 3.1. Download do local::lib: $ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.04.tar.gz $ tar xzvf local-lib-2.04.tar.gz $ cd local-lib-2.04/ 3.2. Instalação do local::lib: $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5 $ make $ make test $ make install 3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash): $ cat PROFILE $HOME/.profile eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib) PROFILE $ A idéia aqui é que rodar perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl. 3.4. Carregar a configuração: . $HOME/.profile 3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente): $ cpan cpan[1] o conf prerequisites_policy follow cpan[2] o conf commit cpan[3] install App::cpanminus cpan[4] quit Boa sorte! 2014-01-29 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com Boa tarde, queridos Mongers, eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela. Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 ( http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl: - a do sistema (RHEL6): $ /usr/bin/perl -v This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi - e a do Rocks: $ /opt/perl/bin/perl -v This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi Cada qual com as suas bibliotecas. @INC: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 . @INC: /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2 /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi /opt/perl/lib/5.14.2 . Agora é que começam meus problemas... Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default. Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok. Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil. Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir. [hpcst06@crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm 'build_dir' = q[/home/hpcst06/.cpan/build], 'cpan_home' = q[/home/hpcst06/.cpan], 'histfile' = q[/home/hpcst06/.cpan/histfile], 'keep_source_where' = q[/home/hpcst06/.cpan/sources], 'prefs_dir' = q[/export/cpan/cpan/prefs], (O default cpan_home é /export/cpan/cpan ) [hpcst06@crab ~]$ grep cpan /opt/perl/lib/5.14.2/CPAN/Config.pm 'build_dir'
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Caraca. Complexo. O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica. Hello colega bioinformata. Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com escreveu: Olá Nicole! Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas: 1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH 2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de: #!/usr/bin/perl para: #!/usr/bin/env perl 3. local::lib foi utilizado para CPAN desovar no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma. 3.1. Download do local::lib: $ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.04.tar.gz $ tar xzvf local-lib-2.04.tar.gz $ cd local-lib-2.04/ 3.2. Instalação do local::lib: $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5 $ make $ make test $ make install 3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash): $ cat PROFILE $HOME/.profile eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib) PROFILE $ A idéia aqui é que rodar perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl. 3.4. Carregar a configuração: . $HOME/.profile 3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente): $ cpan cpan[1] o conf prerequisites_policy follow cpan[2] o conf commit cpan[3] install App::cpanminus cpan[4] quit Boa sorte! 2014-01-29 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com Boa tarde, queridos Mongers, eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela. Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 ( http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl: - a do sistema (RHEL6): $ /usr/bin/perl -v This is perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi - e a do Rocks: $ /opt/perl/bin/perl -v This is perl 5, version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for x86_64-linux-thread-multi Cada qual com as suas bibliotecas. @INC: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 . @INC: /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi /opt/perl/lib/site_perl/5.14.2 /opt/perl/lib/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi /opt/perl/lib/5.14.2 . Agora é que começam meus problemas... Primeiro: Alguém já teve experiência com duas instalações coexistentes de Perl? Posso ter problemas de funcionamento no SO se eu mover o /usr/bin/perl e criar um link do /opt/perl/bin/perl para /usr/bin/perl (uma vez que as shebang dos scripts costuma ter este endereço). Colocar simplesmente /opt/perl/bin no início do $PATH pode não ser a solução. O CPAN só está instalado na versão do Rocks, o que me motiva mais a deixá-lo como default. Como a maioria dos usuários não terão privilégios de root e além disso, qualquer instalação no sistema operacional tem que ser espelhada para todos os nós, a melhor opção para instalar pacotes é na home dos usuários, concordam? Então eu quero deixar tudo o mais fácil possível para que os usuários instalem os pacotes desejados. Como não teremos acesso direto à internet usei o minicpan para criar um mirror em uma pasta compartilhada com minha máquina local. Configurei o urllist do cpan pra ela e ficou tudo ok. Agora esbarrei em um problema que não estou achando resposta fácil. Quando executo o cpan pela primeira vez como usuário comum, da forma mais automática possível, ele cria, como esperado o arquivo MyConfig.pm e toda a estrutura de diretórios no home do usuário. Ele executa quase tudo com perfeição, substituindo o endereço default pelo do usuário em QUASE todos os itens, menos em prefs_dir. [hpcst06@crab ~]$ grep cpan .cpan/CPAN/MyConfig.pm 'build_dir' = q[/home/hpcst06/.cpan/build], 'cpan_home' = q[/home/hpcst06/.cpan], 'histfile' = q[/home/hpcst06/.cpan/histfile], 'keep_source_where' = q[/home/hpcst06/.cpan/sources],
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Obrigada Stanislaw e Aureliano! Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting? Stanislaw, como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele precisaria fazer sua própria instalação? Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração, aparece a seguinte mensagem: --- local::lib is installed. You must now add the following environment variables to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and then restart your command line shell and CPAN before installing modules: Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes] --- Porém, como podes ver, o following environment variables está vazio e nenhuma modificação é feita no .bashrc Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo por que não está funcionando. Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile a força. Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso seja demais, não? Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus? A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan? Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não vai precisar executar o local::lib, certo? Obrigada pela ajuda! Abraços, Nicole Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: Caraca. Complexo. O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica. Hello colega bioinformata. Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com escreveu: Olá Nicole! Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no /usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas: 1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH 2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de: #!/usr/bin/perl para: #!/usr/bin/env perl 3. local::lib foi utilizado para CPAN desovar no $HOME. O local::lib requer uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma. 3.1. Download do local::lib: $ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.04.tar.gz $ tar xzvf local-lib-2.04.tar.gz $ cd local-lib-2.04/ 3.2. Instalação do local::lib: $ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5 $ make $ make test $ make install 3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash): $ cat PROFILE $HOME/.profile eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib) PROFILE $ A idéia aqui é que rodar perl -I$HOME/perl5/lib/perl5/ -Mlocal::lib retorna para STDOUT as tais das variáveis de ambiente que fazem o Perl buscar instalação dos módulos em um lugar específico ($HOME). Pode simplesmente colar essas variáveis direto no .profile, ou (como demonstrado acima) rodar eval do output do Perl. 3.4. Carregar a configuração: . $HOME/.profile 3.5. Prosseguindo com a configuração/teste do CPAN e do cpanm (essa configuração faz as dependências serem instaladas automaticamente): $ cpan cpan[1] o conf prerequisites_policy follow cpan[2] o conf commit cpan[3] install App::cpanminus cpan[4] quit Boa sorte! 2014-01-29 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com Boa tarde, queridos Mongers, eu não queria importuná-los com problemas simples, mas após três dias batendo a cabeça e vasculhando fóruns na internet sem solução para algumas das perguntas, recorro a vocês. Vou tentar explicar a novela. Montamos um cluster HPC para pesquisa usando o Rocks 6.1 (http://www.rocksclusters.org/) -- um tipo de linux que instala outro linux em todos os nós do cluster e gerencia tudo isso. Novidade pra mim, mas funciona. Esse Rocks instala os chamados Rolls, entre eles o próprio SO (neste caso o RHEL6) e outros Rolls úteis, como SGE, Ganglia, Web-Server, Bio, Perl (4.14.2) entre outros. Estes Rolls são instalados em /opt/ e as vezes coexistem com os binários do SO. Desta forma, tenho duas versões de Perl:
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Obrigada, Stanislaw!
Então o usuário só precisará rodar o perl -Mlocal::lib uma única vez e
colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele nunca
mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez que for
instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas ainda preciso do
local::lib?
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl do seu
/opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa etapa.
O que acontece se você rodar perl -Mlocal::lib?
Aqui, por exemplo, aparece:
PATH=/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH;
export PATH;
PERL5LIB=/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB;
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT=/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT=--install_base \/Users/stas/perl5\;
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5;
export PERL_MM_OPT;
Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o Perl
se sentirá em casa no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que perl
-Mlocal::lib seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as variáveis de
ambiente estejam definidas do jeito que o perl -Mlocal::lib diz.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada Stanislaw e Aureliano!
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no X-Meeting?
Stanislaw,
como
gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root,
então não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto?
Ou ele precisaria fazer sua própria instalação?
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a configuração,
aparece a seguinte mensagem:
---
local::lib is installed. You must now add the following environment
variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
---
Porém, como podes ver, o following environment variables está vazio e
nenhuma modificação é feita no .bashrc
Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não entendo
por que não está funcionando.
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao .profile
a força.
Uma
opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan e
colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez
isso seja demais, não?
Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
A partir daí o usuário deve
usar cpanm ao invés de cpan?
Outra dúvida, se eu não instalar o
local::lib nos nós do cluster (só instalei no frontend), pode dar
problema na hora de executar os programas em paralelo? Digo, o
local::lib só é chamado na instalação de módulos e na configuração do
ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo? O home do
usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então
não vai precisar executar o local::lib, certo?
Obrigada pela ajuda!
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes
guedes_1...@hotmail.com escreveu:
Caraca. Complexo.
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
Hello colega bioinformata.
Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
/usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram modificados de:
#!/usr/bin/perl
para:
#!/usr/bin/env perl
3. local::lib foi utilizado para CPAN desovar no $HOME. O local::lib requer
uma intervenção do .profile do sistema, para inicializar o environment
apropriadamente. Seguem os passos para instalar o local::lib dessa forma.
3.1. Download do local::lib:
$ wget http://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.04.tar.gz
$ tar xzvf local-lib-2.04.tar.gz
$ cd local-lib-2.04/
3.2. Instalação do local::lib:
$ perl Makefile.PL --bootstrap=$HOME/perl5
$ make
$ make test
$ make install
3.3. Ativando local::lib na inicialização da shell (Bash):
$ cat PROFILE $HOME/.profile
eval \$(perl -I\$HOME/perl5/lib/perl5/
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Isso mesmo; na primeira vez em que perl -Mlocal::lib roda ele cria os
diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
eval $(perl -Mlocal::lib). Desse jeito os usuários automagicamente terão
local::lib configurado ao fazer o login :)
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada, Stanislaw!
Então o usuário só precisará rodar o perl -Mlocal::lib uma única vez e
colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
ainda preciso do local::lib?
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
etapa.
O que acontece se você rodar perl -Mlocal::lib?
Aqui, por exemplo, aparece:
PATH=/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH;
export PATH;
PERL5LIB=/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB;
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT=/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT=--install_base \/Users/stas/perl5\;
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5;
export PERL_MM_OPT;
Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
Perl se sentirá em casa no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que perl
-Mlocal::lib seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o perl -Mlocal::lib
diz.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada Stanislaw e Aureliano!
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
X-Meeting?
Stanislaw,
como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
precisaria fazer sua própria instalação?
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
configuração, aparece a seguinte mensagem:
---
local::lib is installed. You must now add the following environment
variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
---
Porém, como podes ver, o following environment variables está vazio e
nenhuma modificação é feita no .bashrc
Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
entendo por que não está funcionando.
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
.profile a força.
Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
seja demais, não?
Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
vai precisar executar o local::lib, certo?
Obrigada pela ajuda!
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes
guedes_1...@hotmail.com escreveu:
Caraca. Complexo.
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
Hello colega bioinformata.
Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o Perl
default do sistema e a opção foi instalar um Perl mais atualizado avulso no
/usr/local. Para sempre usar o Perl do /usr/local, 3 medidas foram tomadas:
1. export PATH=/usr/local/bin:$PATH
2. Os shebangs de todos os scripts executáveis do projeto foram
modificados de:
#!/usr/bin/perl
para:
#!/usr/bin/env perl
3. local::lib foi utilizado para CPAN desovar no $HOME. O local::lib
requer uma intervenção do .profile do
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Posso estar falando besteira, mas da pra você configurar o perlbrew também
pra ser compartilhado. Mas aí quando um usuário instalar um módulo, todos
os outros vão enxergar esse módulo também
On Jan 30, 2014 12:02 PM, Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
wrote:
Oi Stanislaw,
era exatamente isso que eu queria evitar, ter que invocar o local::lib
pelo profile, pois assim, teria que instalá-lo em todos os nós do cluster,
e isso seria uma outra acrobacia, devido a forma que o rocks funciona.
Vou pensar um uma estratégia para colocar no .bashrc do usuário durante a
configuração, como deveria ter sido feito pelo FirstTime.pm, mas não foi.
Ainda não entendi por que não está funcionando.
De toda forma, muito obrigada
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:46, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Isso mesmo; na primeira vez em que perl -Mlocal::lib roda ele cria os
diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
eval $(perl -Mlocal::lib). Desse jeito os usuários automagicamente terão
local::lib configurado ao fazer o login :)
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada, Stanislaw!
Então o usuário só precisará rodar o perl -Mlocal::lib uma única vez e
colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
ainda preciso do local::lib?
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
etapa.
O que acontece se você rodar perl -Mlocal::lib?
Aqui, por exemplo, aparece:
PATH=/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH;
export PATH;
PERL5LIB=/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB;
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT=/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT=--install_base \/Users/stas/perl5\;
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5;
export PERL_MM_OPT;
Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
Perl se sentirá em casa no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que perl
-Mlocal::lib seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o perl -Mlocal::lib
diz.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada Stanislaw e Aureliano!
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
X-Meeting?
Stanislaw,
como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
precisaria fazer sua própria instalação?
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
configuração, aparece a seguinte mensagem:
---
local::lib is installed. You must now add the following environment
variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
---
Porém, como podes ver, o following environment variables está vazio e
nenhuma modificação é feita no .bashrc
Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
entendo por que não está funcionando.
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
.profile a força.
Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
seja demais, não?
Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
vai precisar executar o
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
Pessoal,
O perlbrew não ajudaria não?
Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
Seriam apenas os comandos:
$ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
$ echo source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc .bashrc
$ perlbrew install perl-5.18.2
$ perlbrew switch perl-5.18.2
$ perlbrew install-cpanm
$ cpanm My::Incredible::Module
[]'s
2014-01-30 Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com
Isso mesmo; na primeira vez em que perl -Mlocal::lib roda ele cria os
diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
eval $(perl -Mlocal::lib). Desse jeito os usuários automagicamente terão
local::lib configurado ao fazer o login :)
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada, Stanislaw!
Então o usuário só precisará rodar o perl -Mlocal::lib uma única vez e
colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
ainda preciso do local::lib?
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
etapa.
O que acontece se você rodar perl -Mlocal::lib?
Aqui, por exemplo, aparece:
PATH=/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH;
export PATH;
PERL5LIB=/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB;
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT=/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT=--install_base \/Users/stas/perl5\;
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5;
export PERL_MM_OPT;
Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile,
o Perl se sentirá em casa no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que perl
-Mlocal::lib seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o perl -Mlocal::lib
diz.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada Stanislaw e Aureliano!
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
X-Meeting?
Stanislaw,
como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
precisaria fazer sua própria instalação?
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
configuração, aparece a seguinte mensagem:
---
local::lib is installed. You must now add the following environment
variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
Would you like me to append that to /home/hpcst06/.bashrc now? [yes]
---
Porém, como podes ver, o following environment variables está vazio e
nenhuma modificação é feita no .bashrc
Esta etapa é que deveria definir as tais variáveis de ambiente. Não
entendo por que não está funcionando.
Desta forma, a única solução seria mesmo acrescentar estas linhas ao
.profile a força.
Uma opção que tenho é criar toda a árvore de diretórios do perl e do cpan
e colocar no /etc/skel para ser criada junto com o usuário, mas talvez isso
seja demais, não?
Qual o objetivo de instalar o App::cpanminus?
A partir daí o usuário deve usar cpanm ao invés de cpan?
Outra dúvida, se eu não instalar o local::lib nos nós do cluster (só
instalei no frontend), pode dar problema na hora de executar os programas
em paralelo? Digo, o local::lib só é chamado na instalação de módulos e na
configuração do ambiente local, não é usado na execução dos módulos, certo?
O home do usuário é montado em cada nó durante a execução, então o perl vai
executar com as variáveis de ambiente já definidas pelo usuário, então não
vai precisar executar o local::lib, certo?
Obrigada pela ajuda!
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 8:38, Aureliano Guedes
guedes_1...@hotmail.com escreveu:
Caraca. Complexo.
O melhor, foi ver a pela primeira vez uma mulher na bioinformatica.
Hello colega bioinformata.
Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole!
Já passei por situação semelhante à sua, quando não podia atualizar o
Perl default do sistema e a opção foi
Re: [Rio-pm] Configuração de usuário não root no cpan Perl Roll em Rocks Cluster
eu não gosto de alterar o perl do sistema.
mas posso estar sendo paranoico.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Oi Blabos,
Pelo que entendi, o perlbrew (que deve ser fabuloso) cuida de novas
instalações, tanto locais, quando no sistema, caso seja de interesse do
admin.
No meu caso específico, já tenho uma outra versão de perl, instalada pelo
Rocks em /opt/perl e disponível para todos os nós do cluster. Esse Perl
Roll já vem com alguns módulos especiais para cluster e para
bioinformática, e também vem com o CPAN, que o do sistema não vem. O meu
objetivo é preparar o cluster de tal forma, que os usuários possam utilizar
esta versão bombada do Perl sem ter que brigar comigo :-)
Minha primeira ideia era colocar o /opt/perl/bin no início do $PATH de
todo mundo, forçando para ser o perl padrão, mas fiquei com receio de que
algum programa do sistema RHEL6 dependesse da instalação do fabricante.
Estou nesse dilema porque é uma máquina de uso compartilhado. Tenho receio
de colocar no $PATH e o usuário ter problemas porque os scripts que usa tem
shebang #!/usr/bin/perl e sejam chamados como executáveis. (Em
bioinfomática usamos muitos scripts feitos por terceiros).
Claro que se o usuário quiser usar o perlbrew, ele pode, mas não poderá
usar o curl para fazer isto, pois a máquina está configurada para não
acessar a internet. Para o CPAN criei um mirror local.
Sei lá, devo estar fazendo tempestade em copo d'água. Tenho é que deixar
tudo isso bem claro no guia do usuário e deixar que eles decidam.
Obrigada!!!
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 12:12, Blabos de Blebe
bla...@gmail.com escreveu:
Pessoal,
O perlbrew não ajudaria não?
Porque ele já cuida automagicamente de toda a complicação.
Seriam apenas os comandos:
$ curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
$ echo source ~/perl5/perlbrew/etc/bashrc .bashrc
$ perlbrew install perl-5.18.2
$ perlbrew switch perl-5.18.2
$ perlbrew install-cpanm
$ cpanm My::Incredible::Module
[]'s
2014-01-30 Stanislaw Pusep creakt...@gmail.com
Isso mesmo; na primeira vez em que perl -Mlocal::lib roda ele cria os
diretórios necessários. Se salvar as variáveis de ambiente, não precisa
rodar nunca mais.
Entretanto, as variáveis serão diferentes para cada usuário. Para melhorar
a automação, basta colocar no final do /etc/profile (sim, o do sistema):
eval $(perl -Mlocal::lib). Desse jeito os usuários automagicamente terão
local::lib configurado ao fazer o login :)
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada, Stanislaw!
Então o usuário só precisará rodar o perl -Mlocal::lib uma única vez e
colocar este output no .bashrc ou .profile, certo? Tendo feito isso, ele
nunca mais precisará invocar o local::lib, ou terá que fazer isto toda vez
que for instalar novos pacotes? Com as variáveis de ambiente definidas
ainda preciso do local::lib?
Abraços,
Nicole
Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 11:06, Stanislaw Pusep
creakt...@gmail.com escreveu:
Olá Nicole! O processo que eu descrevi é o de bootstrapping; se o Perl
do seu /opt/perl já tiver local::lib instalado como root, não precisa dessa
etapa.
O que acontece se você rodar perl -Mlocal::lib?
Aqui, por exemplo, aparece:
PATH=/Users/stas/perl5/bin${PATH+:}$PATH;
export PATH;
PERL5LIB=/Users/stas/perl5/lib/perl5${PERL5LIB+:}$PERL5LIB;
export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT=/Users/stas/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT+:}$PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT=--install_base \/Users/stas/perl5\;
export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/stas/perl5;
export PERL_MM_OPT;
Se você colar o output produzido no seu sistema para o .bashrc/.profile, o
Perl se sentirá em casa no $HOME :)
O cpanminus é opcional; única coisa absolutamente necessária é que perl
-Mlocal::lib seja rodado para inicializar o $HOME/perl5, e que as
variáveis de ambiente estejam definidas do jeito que o perl -Mlocal::lib
diz.
2014-01-30 Nicole Scherer bionica2007-p...@yahoo.com
Obrigada Stanislaw e Aureliano!
Aureliano, a bioinformática está tomada por mulheres :-) Já foste no
X-Meeting?
Stanislaw,
como gestora do cluster, meu objetivo é deixar para o usuário o sistema
pronto para que ele possa instalar seus módulos localmente sem ter que
fazer acrobacias. Eu já instalei o local::lib no sistema como root, então
não seria necessário que o usuário instalasse novamente, correto? Ou ele
precisaria fazer sua própria instalação?
Quando o usuário faz sua primeira incursão no cpan e realiza a
configuração, aparece a seguinte mensagem:
---
local::lib is installed. You must now add the following environment
variables
to your shell configuration files (or registry, if you are on Windows) and
then restart your command line shell and CPAN before installing modules:
Would you like me
