Liubov Chuprikova pushed to branch master at Debian Med / ncbi-tools6
Commits: fac5500e by Liubov Chuprikova at 2018-04-13T18:37:49+00:00 Autopkgtest: check if NCBI is available to start testing - - - - - 2 changed files: - debian/tests/control - debian/tests/run-unit-test Changes: ===================================== debian/tests/control ===================================== --- a/debian/tests/control +++ b/debian/tests/control @@ -1,3 +1,3 @@ Tests: run-unit-test -Depends: @ +Depends: netcat, @ Restrictions: allow-stderr ===================================== debian/tests/run-unit-test ===================================== --- a/debian/tests/run-unit-test +++ b/debian/tests/run-unit-test @@ -113,21 +113,22 @@ end_out="$(grep -c "<Object-id_id>${last_id}</Object-id_id>" dsRNA_viruses.xgs)" [ $end_in -eq $end_out ] -## _insdseqget_ and _idfetch_ testing requires internet connection. -## Uncomment the lines below to run the tests provided. -#grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt -################################################################### -#echo '---insdseqget test---' -################################################################### -#/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml -#[ -s insdset.xml ] -#check_GI insdset.xml GIs.txt -################################################################### -#echo '---idfetch test---' -################################################################### -#/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text -#[ -s idfetch.text ] -#check_GI idfetch.text GIs.txt +if nc -z -w 1 www.ncbi.nlm.nih.gov 80; then + grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt + + ################################################################## + echo '---insdseqget test---' + ################################################################## + /usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml + [ -s insdset.xml ] + check_GI insdset.xml GIs.txt + ################################################################## + echo '---idfetch test---' + ################################################################## + /usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text + [ -s idfetch.text ] + check_GI idfetch.text GIs.txt +fi ################################################################## View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-tools6/commit/fac5500e8e9b2339d2c9d2a5f534022ba8a0ebe2 --- View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-tools6/commit/fac5500e8e9b2339d2c9d2a5f534022ba8a0ebe2 You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
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