Liubov Chuprikova pushed to branch master at Debian Med / ncbi-tools6
Commits:
c526581f by Liubov Chuprikova at 2018-04-12T15:24:10+00:00
Autopkgtest: commented tests which require internet connection
- - - - -
1 changed file:
- debian/tests/run-unit-test
Changes:
=====================================
debian/tests/run-unit-test
=====================================
--- a/debian/tests/run-unit-test
+++ b/debian/tests/run-unit-test
@@ -113,21 +113,21 @@ end_out="$(grep -c
"<Object-id_id>${last_id}</Object-id_id>" dsRNA_viruses.xgs)"
[ $end_in -eq $end_out ]
-# _insdseqget_ and _idfetch_ testing requires internet connection.
-# Comment the lines below to skip the testing.
-grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt
-##################################################################
-echo '---insdseqget test---'
-##################################################################
-/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml
-[ -s insdset.xml ]
-check_GI insdset.xml GIs.txt
-##################################################################
-echo '---idfetch test---'
-##################################################################
-/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text
-[ -s idfetch.text ]
-check_GI idfetch.text GIs.txt
+## _insdseqget_ and _idfetch_ testing requires internet connection.
+## Uncomment the lines below to run the tests provided.
+#grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt
+###################################################################
+#echo '---insdseqget test---'
+###################################################################
+#/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml
+#[ -s insdset.xml ]
+#check_GI insdset.xml GIs.txt
+###################################################################
+#echo '---idfetch test---'
+###################################################################
+#/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text
+#[ -s idfetch.text ]
+#check_GI idfetch.text GIs.txt
##################################################################
View it on GitLab:
https://salsa.debian.org/med-team/ncbi-tools6/commit/c526581f868b2845af42aa7df9edf7d8ce847117
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