Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Ivan Zavarzin
Доброго всем вечера,

Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы DICOM.
Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR  DICOMDIR
в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF 
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.

 $ file CDVIEWER.EXE 
 CDVIEWER.EXE: PE32 executable for MS Windows (GUI) Intel 80386 32-bit

 $ file DICOMDIR 
 DICOMDIR: DICOM medical imaging data

 file A00
 A00: DICOM medical imaging data

Нашел в дистре сквизи такие пакеты:
~$ aptitude search dicom
i   dicom3tools - DICOM medical image files
manipulation and
i   dicomnifti  - конвертирует файлы DICOM в формат
NIfTI
i   dicomscope  - The OFFIS DICOM Viewer

i   python-dicom- DICOM medical file reading and
writing
Установил их.

Пытаюсь открыть файлы в dicomscope - ничего не открывает, пишет - Load
Failed.
Не совсем правда понимаю, что грузить, пытался грузить и сами
dicom-файлы, и файл DICOMDIR - без толку.
В Process Log в окошке дикомдира никакого лога при этом не вижу.
Пытаюсь исполнить strace dicomscope, лается на то, что:
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/tls/x86_64/libz.so.1,
  O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/tls/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/tls/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/tls, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/x86_64/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../lib/amd64/jli, 
 {st_mode=S_IFDIR|0755, st_size=4096, ...}) = 0
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/tls/x86_64/libz.so.1,
  O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/tls/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/tls/libz.so.1,
  O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/tls, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/x86_64/libz.so.1,
  O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/../jre/lib/amd64/jli, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/tls/x86_64/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/tls/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/tls/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/tls, 0x7fff6f258be0) 
 = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/x86_64/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/x86_64, 
 0x7fff6f258be0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/libz.so.1, O_RDONLY) 
 = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server, 
 {st_mode=S_IFDIR|0755, st_size=4096, ...}) = 0
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/tls/x86_64/libz.so.1, 
 O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/tls/x86_64, 0x7fff6f258be0) 
 = -1 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/tls/libz.so.1, O_RDONLY) = 
 -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/tls, 0x7fff6f258be0) = -1 
 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/x86_64/libz.so.1, O_RDONLY) 
 = -1 ENOENT (No such file or directory)
 stat(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/x86_64, 0x7fff6f258be0) = -1 
 ENOENT (No such file or directory)
 open(/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/libz.so.1, 

Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность -=Devil_InSide=-
,-[Ivan Zavarzin, 6 March 2013 18:01]:

 Доброго всем вечера,
 
 Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы
 DICOM.
 Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR  DICOMDIR
 в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
 собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.
 
 
 При употреблении указанной опции -s ругается, что не может открыть файл
 -s, воспринимая ее не как опцию, а как файл (в man нет вообще опций
 никаких).
 Что за NIfTI format и как его читать, если в него конвертнуть, я честно
 не совсем понимаю.
 Пытался wine'ом открыть CDVIEWER.EXE - ругается, что нужна java 1.5 или
 выше, видимо пойду в виртмашину открывать в винде, хотя эта идея мне
 особо не нравиться...
 

а что написано в autorun.inf ?

-=-=-=-
man java:

java(1)

Name
   java - the Java application launcher

SYNOPSIS
   java [ options ] class [ argument ... ]
   java [ options ] -jar file.jar [ argument ... ]
-=-=-=-

попробуйте заюзать 
java -jar CDVIEWER.JAR

-- 
__
mpd status: [stopped]
**
*  jabber:  devil_ins...@jabber.ru   *
*   Registered linux user #450844*
**



-- 
To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Archive: http://lists.debian.org/kh7tum$t39$1...@ger.gmane.org



Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Ivan Zavarzin
-=Devil_InSide=-:
 ,-[Ivan Zavarzin, 6 March 2013 18:01]:
 
 Доброго всем вечера,

 Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы
 DICOM.
 Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR  DICOMDIR
 в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
 собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.


 При употреблении указанной опции -s ругается, что не может открыть файл
 -s, воспринимая ее не как опцию, а как файл (в man нет вообще опций
 никаких).
 Что за NIfTI format и как его читать, если в него конвертнуть, я честно
 не совсем понимаю.
 Пытался wine'ом открыть CDVIEWER.EXE - ругается, что нужна java 1.5 или
 выше, видимо пойду в виртмашину открывать в винде, хотя эта идея мне
 особо не нравиться...

 
 а что написано в autorun.inf ?

[autorun]
OPEN=CDViewer.exe


 
 -=-=-=-
 man java:
 
 java(1)
 
 Name
java - the Java application launcher
 
 SYNOPSIS
java [ options ] class [ argument ... ]
java [ options ] -jar file.jar [ argument ... ]
 -=-=-=-
 
 попробуйте заюзать 
 java -jar CDVIEWER.JAR
 


$ java -jar CDVIEWER.JAR
com.ge.med.cse.apps.cdviewer.RedirectedStream Started redirecting the
error stream
Mount = /home/ivan/документы_от_врача
DICOM Dir = null
Session File = /home/ivan/документы_от_врача/DICOMDIR

На этом заканчивается с кодом окончания 1 (кажет echo $?)

P.S. Под виндой с какой-то виндовой прогой
(http://www.radiantviewer.com/ru/)  запустил, но работать через
виртмашину не особо удобно.


-- 
To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Archive: http://lists.debian.org/513787ea.2090...@lavabit.com



Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian (resolved)

2013-03-06 Пенетрантность Ivan Zavarzin
-=Devil_InSide=-:
 ,-[Ivan Zavarzin, 6 March 2013 18:01]:
 
 Доброго всем вечера,

 Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы
 DICOM.
 Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR  DICOMDIR
 в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
 собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.


 При употреблении указанной опции -s ругается, что не может открыть файл
 -s, воспринимая ее не как опцию, а как файл (в man нет вообще опций
 никаких).
 Что за NIfTI format и как его читать, если в него конвертнуть, я честно
 не совсем понимаю.
 Пытался wine'ом открыть CDVIEWER.EXE - ругается, что нужна java 1.5 или
 выше, видимо пойду в виртмашину открывать в винде, хотя эта идея мне
 особо не нравиться...

 
 а что написано в autorun.inf ?
 
 -=-=-=-
 man java:
 
 java(1)
 
 Name
java - the Java application launcher
 
 SYNOPSIS
java [ options ] class [ argument ... ]
java [ options ] -jar file.jar [ argument ... ]
 -=-=-=-
 
 попробуйте заюзать 
 java -jar CDVIEWER.JAR
 


dicomscope из wheezy открывает.


-- 
To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Archive: http://lists.debian.org/51378c39.2010...@lavabit.com



Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Dmitry A. Zhiglov
6 марта 2013 г., 22:16 пользователь Ivan Zavarzin
ivan_zavar...@lavabit.com написал:
 http://www.radiantviewer.com/ru/

Нашлось такое:
https://code.google.com/p/dicompyler/
http://www.dcm4che.org/

Надеюсь поможет


Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Руслан Зиганшин
06.03.13, Ivan Zavarzinivan_zavar...@lavabit.com написал(а):
 -=Devil_InSide=-:
 ,-[Ivan Zavarzin, 6 March 2013 18:01]:

 Доброго всем вечера,

 Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы
 DICOM.
 Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR  DICOMDIR
 в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
 собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.


 При употреблении указанной опции -s ругается, что не может открыть файл
 -s, воспринимая ее не как опцию, а как файл (в man нет вообще опций
 никаких).
 Что за NIfTI format и как его читать, если в него конвертнуть, я честно
 не совсем понимаю.
 Пытался wine'ом открыть CDVIEWER.EXE - ругается, что нужна java 1.5 или
 выше, видимо пойду в виртмашину открывать в винде, хотя эта идея мне
 особо не нравиться...


 а что написано в autorun.inf ?

 [autorun]
 OPEN=CDViewer.exe



 -=-=-=-
 man java:

 java(1)

 Name
java - the Java application launcher

 SYNOPSIS
java [ options ] class [ argument ... ]
java [ options ] -jar file.jar [ argument ... ]
 -=-=-=-

 попробуйте заюзать
 java -jar CDVIEWER.JAR



 $ java -jar CDVIEWER.JAR
 com.ge.med.cse.apps.cdviewer.RedirectedStream Started redirecting the
 error stream
 Mount = /home/ivan/документы_от_врача
 DICOM Dir = null
 Session File = /home/ivan/документы_от_врача/DICOMDIR

 На этом заканчивается с кодом окончания 1 (кажет echo $?)

 P.S. Под виндой с какой-то виндовой прогой
 (http://www.radiantviewer.com/ru/)  запустил, но работать через
 виртмашину не особо удобно.


 --
 To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
 with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact
 listmas...@lists.debian.org
 Archive: http://lists.debian.org/513787ea.2090...@lavabit.com



aeskulap, dicomscope, ginkgocadx

Или что нибудь ещё, найденное по запросу apt-cache search dicom


Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Руслан Зиганшин
Добавлю: сам когда-то смотрел через aeskulap

06.03.13, Руслан Зиганшинziganshinrus...@gmail.com написал(а):
 06.03.13, Ivan Zavarzinivan_zavar...@lavabit.com написал(а):
 -=Devil_InSide=-:
 ,-[Ivan Zavarzin, 6 March 2013 18:01]:

 Доброго всем вечера,

 Столкнулся для себя с нестандартной проблемой - надо посмотреть файлы
 DICOM.
 Дали CD-диск с файлами AUTORUN.INF  CDVIEWER.EXE  CDVIEWER.JAR
 DICOMDIR
 в корне, дирами A и вложенной в нее дирой B  в которой находятся
 собственно DICOM-файлы. Это все дело прислали мне эл. почтой.
 $ file AUTORUN.INF
 AUTORUN.INF: Microsoft Windows Autorun file.


 При употреблении указанной опции -s ругается, что не может открыть файл
 -s, воспринимая ее не как опцию, а как файл (в man нет вообще опций
 никаких).
 Что за NIfTI format и как его читать, если в него конвертнуть, я честно
 не совсем понимаю.
 Пытался wine'ом открыть CDVIEWER.EXE - ругается, что нужна java 1.5 или
 выше, видимо пойду в виртмашину открывать в винде, хотя эта идея мне
 особо не нравиться...


 а что написано в autorun.inf ?

 [autorun]
 OPEN=CDViewer.exe



 -=-=-=-
 man java:

 java(1)

 Name
java - the Java application launcher

 SYNOPSIS
java [ options ] class [ argument ... ]
java [ options ] -jar file.jar [ argument ... ]
 -=-=-=-

 попробуйте заюзать
 java -jar CDVIEWER.JAR



 $ java -jar CDVIEWER.JAR
 com.ge.med.cse.apps.cdviewer.RedirectedStream Started redirecting the
 error stream
 Mount = /home/ivan/документы_от_врача
 DICOM Dir = null
 Session File = /home/ivan/документы_от_врача/DICOMDIR

 На этом заканчивается с кодом окончания 1 (кажет echo $?)

 P.S. Под виндой с какой-то виндовой прогой
 (http://www.radiantviewer.com/ru/)  запустил, но работать через
 виртмашину не особо удобно.


 --
 To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
 with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact
 listmas...@lists.debian.org
 Archive: http://lists.debian.org/513787ea.2090...@lavabit.com



 aeskulap, dicomscope, ginkgocadx

 Или что нибудь ещё, найденное по запросу apt-cache search dicom



Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian (resolved)

2013-03-06 Пенетрантность Ivan Zavarzin
Ivan Zavarzin:

 
 
 dicomscope из wheezy открывает.

Голова кругом идет (от того, что приходится смотреть), но такое
ощущение, что в сквизе проблема не с версией dicomscope, а с его
зависимостями.
По крайней мере, версия практически та же - в сквизе 3.6.0-2, в визи
3.6.0-10, т.е. как я понимаю это одна версия апстрима, в разных
допилах Debian Team?
Зависимости в визи установились немного другие.
P.S. Все равно виндовая прога лучше изображение выдает, и управляется
лучше. Видимо, не допилили dicomscope таки.


-- 
To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Archive: http://lists.debian.org/5137918b.9020...@lavabit.com



Re: Чем смотреть файлы DICOM под Debian

2013-03-06 Пенетрантность Ivan Zavarzin
Руслан Зиганшин:
 Добавлю: сам когда-то смотрел через aeskulap
 


Премного благодарен. Самое оно! Лучше чем под dicomscope (который на
нетубке под визи у меня заработал, но как-то странно - пляшет
картинка, самопроизвольно уменьшается изображение, и хуже картинка, чем
под аэскулапом).
Единстенный минус - в отличие от виндовой программы, надо каждый файл
руками открывать (когда я DICOMDIR файл открываю, вижу только
заголовки), листать изображения из одной диком-диры не получается. Или я
что-то не так делаю?


-- 
To UNSUBSCRIBE, email to debian-russian-requ...@lists.debian.org
with a subject of unsubscribe. Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Archive: http://lists.debian.org/5137a364.4020...@lavabit.com