Boa noite, Paulo. Acho que já deram ótimas opções para você (containers e backports), acho que uma máquina virtual também é uma solução possível. Agora dei uma olhada no gnuplot e as 3 últimas versões do Debian já tem a versão 5.
Não sei se é esse o caso, mas essa máquina parece estar rodando uma versão muitooooo antiga. Acho que valeria a pena mandar uma mensagem pro admin pedindo uma atualização do SO - até por questões de segurança. Abraços, Charles