Re: [FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
Em 17/11/2015 06:40, "Renato Botelho" escreveu: > > > On Nov 17, 2015, at 01:11, Cleyton Agapito wrote: > > > > Em 16/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: > >> Oi Cleyton > >> Em 13/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: > >>> Caríssimos(as) > >>> > >>> No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um > >>> aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão > >>> mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu > >>> fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta > >>> última > >>> versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no > >>> erro: > >>> > >>> xwin.o: In function `dos2u': > >>> xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used > >>> unsafely; > >>> consider using mkstemp() > >>> xwin.o: In function `mloop': > >>> xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' > >>> xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' > >>> collect2: error: ld returned 1 exit status > >>> makefile:270: recipe for target 'molden' failed > >>> gmake: *** [molden] Error 1 > >>> > >>> O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o > >>> makefile que eu usei. > >>> > >>> Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o > >>> vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou > >>> suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema > >>> operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. > >>> > >>> Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o > >>> arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). > >>> > >>> Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o > >>> gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do > >>> meu make.conf: > >>> > >>> if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) > >>> CC=gcc47 > >>> CXX=g++47 > >>> CPP=cpp47 > >>> CFLAGS+=-mssse3 > >>> .endif > >>> > >>> ? > >>> > >>> Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente > >>> a > >>> linkedição para que este erro desapareça? > >>> > >>> Grato pela atenção > >>> > >>> Edu > >>> > >> > >> Vc já testou o patch do Kurt Jaeger? > >> > >> https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports/2015-November/101014.html > >> > >> > >> Eu mandei um email para ele, que por sua vez mandou-me um patch. Ou eu não > >> soube aplica-lo (cd /usr/ports/biology/molden ; patch > >> >> reclamou da sintase então eu, pacientemente, usei o diff que há na página > >> onde estava o patch e editei os arquivos correspondentes. Porém, na hora de > >> fazer o sudo make, eu recebi a mensagem de que não se sabia qual arquivo > >> deveria ser modificado pelo patch. Acho que, ou ele não testou o patch que > >> fez, ou o ambiente dele é muito diferente do meu (a começar pelo > >> interpretador de shell). > >> > >> Obrigado pela ajuda e pela dica. > >> > >> Um abraço > >> > >> Eduardo > >> > >> > >> []'s > > > > Eduardo, o patch foi tirado dois níveis abaixo (em /usr/ports), então > > o correto seria executar: > > > > patch -p2 < nome_do_arquivo_com_o_patch > > > > Consegui aplicar o patch mas deu o mesmo erro que vc falou: > > > > ===> Patching for molden-5.4,1 > > ===> Applying FreeBSD patches for molden-5.4,1 > > Ignoring previously applied (or reversed) patch. > > 2 out of 2 hunks ignored--saving rejects to ambfor/makefile.rej > > => Patch patch-ambfor-makefile failed to apply cleanly. > > *** Error code 1 > > Isso tem cara de arquivo .orig criado dentro de files/ quando você aplicou o patch, aí ele tá tentando aplicar duas vezes o mesmo patch. Remove todos os .orig > > -- > Renato Botelho > > - > Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ > Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd Olá Renato, Alí já estava sem os .orig. Com eles o patch percebeu que estava reaplicado, avisa e ignora. O nome_do_arquivo_com_o_patch aplica alterações no patch-ambfor-makefile e mais outros dois "subpatches". Acho que vc tem razão sobre alguma alterações em duplicidade, mas elas parecem ter ocorrido lá na máquina do mantenedor, como o Eduardo estava suspeitando. []'s - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd
Re: [FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
> On Nov 17, 2015, at 01:11, Cleyton Agapito wrote: > > Em 16/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: >> Oi Cleyton >> Em 13/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: >>> Caríssimos(as) >>> >>> No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um >>> aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão >>> mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu >>> fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta >>> última >>> versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no >>> erro: >>> >>> xwin.o: In function `dos2u': >>> xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used >>> unsafely; >>> consider using mkstemp() >>> xwin.o: In function `mloop': >>> xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' >>> xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' >>> collect2: error: ld returned 1 exit status >>> makefile:270: recipe for target 'molden' failed >>> gmake: *** [molden] Error 1 >>> >>> O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o >>> makefile que eu usei. >>> >>> Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o >>> vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou >>> suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema >>> operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. >>> >>> Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o >>> arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). >>> >>> Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o >>> gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do >>> meu make.conf: >>> >>> if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) >>> CC=gcc47 >>> CXX=g++47 >>> CPP=cpp47 >>> CFLAGS+=-mssse3 >>> .endif >>> >>> ? >>> >>> Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente >>> a >>> linkedição para que este erro desapareça? >>> >>> Grato pela atenção >>> >>> Edu >>> >> >> Vc já testou o patch do Kurt Jaeger? >> >> https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports/2015-November/101014.html >> >> >> Eu mandei um email para ele, que por sua vez mandou-me um patch. Ou eu não >> soube aplica-lo (cd /usr/ports/biology/molden ; patch >> > reclamou da sintase então eu, pacientemente, usei o diff que há na página >> onde estava o patch e editei os arquivos correspondentes. Porém, na hora de >> fazer o sudo make, eu recebi a mensagem de que não se sabia qual arquivo >> deveria ser modificado pelo patch. Acho que, ou ele não testou o patch que >> fez, ou o ambiente dele é muito diferente do meu (a começar pelo >> interpretador de shell). >> >> Obrigado pela ajuda e pela dica. >> >> Um abraço >> >> Eduardo >> >> >> []'s > > Eduardo, o patch foi tirado dois níveis abaixo (em /usr/ports), então > o correto seria executar: > > patch -p2 < nome_do_arquivo_com_o_patch > > Consegui aplicar o patch mas deu o mesmo erro que vc falou: > > ===> Patching for molden-5.4,1 > ===> Applying FreeBSD patches for molden-5.4,1 > Ignoring previously applied (or reversed) patch. > 2 out of 2 hunks ignored--saving rejects to ambfor/makefile.rej > => Patch patch-ambfor-makefile failed to apply cleanly. > *** Error code 1 Isso tem cara de arquivo .orig criado dentro de files/ quando você aplicou o patch, aí ele tá tentando aplicar duas vezes o mesmo patch. Remove todos os .orig -- Renato Botelho - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd
Re: [FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
Em 16/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: > Oi Cleyton > Em 13/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: >> Caríssimos(as) >> >> No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um >> aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão >> mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu >> fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta >> última >> versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no >> erro: >> >> xwin.o: In function `dos2u': >> xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used >> unsafely; >> consider using mkstemp() >> xwin.o: In function `mloop': >> xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' >> xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' >> collect2: error: ld returned 1 exit status >> makefile:270: recipe for target 'molden' failed >> gmake: *** [molden] Error 1 >> >> O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o >> makefile que eu usei. >> >> Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o >> vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou >> suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema >> operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. >> >> Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o >> arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). >> >> Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o >> gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do >> meu make.conf: >> >> if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) >> CC=gcc47 >> CXX=g++47 >> CPP=cpp47 >> CFLAGS+=-mssse3 >> .endif >> >> ? >> >> Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente >> a >> linkedição para que este erro desapareça? >> >> Grato pela atenção >> >> Edu >> > > Vc já testou o patch do Kurt Jaeger? > > https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports/2015-November/101014.html > > > Eu mandei um email para ele, que por sua vez mandou-me um patch. Ou eu não > soube aplica-lo (cd /usr/ports/biology/molden ; patch > reclamou da sintase então eu, pacientemente, usei o diff que há na página > onde estava o patch e editei os arquivos correspondentes. Porém, na hora de > fazer o sudo make, eu recebi a mensagem de que não se sabia qual arquivo > deveria ser modificado pelo patch. Acho que, ou ele não testou o patch que > fez, ou o ambiente dele é muito diferente do meu (a começar pelo > interpretador de shell). > > Obrigado pela ajuda e pela dica. > > Um abraço > > Eduardo > > > []'s Eduardo, o patch foi tirado dois níveis abaixo (em /usr/ports), então o correto seria executar: patch -p2 < nome_do_arquivo_com_o_patch Consegui aplicar o patch mas deu o mesmo erro que vc falou: ===> Patching for molden-5.4,1 ===> Applying FreeBSD patches for molden-5.4,1 Ignoring previously applied (or reversed) patch. 2 out of 2 hunks ignored--saving rejects to ambfor/makefile.rej => Patch patch-ambfor-makefile failed to apply cleanly. *** Error code 1 Sobre o problema em si (porque até aqui vc já tinha chegado), por enquanto não se preocupe com o fortran porque quem faz a ligação dos objetos é o ld, ele é quem está reclamando que o objeto não contém o código que ele precisa, a compilação aparentemente andou bem. Estava olhando o código, a função Timer não é externa, está prototipada na linha 334 e definida na linha 31458 em ./work/molden5.4/xwin.c e nos usos anteriores dela só é usada se tiver definido HASTIMER (como por exemplo na linha 25711), só que a flag está definida na linha 24 do Makefile e não teve alteração nenhuma nela, então foi por aqui que eu me perdi também :-) Pra mim não está parecendo problema com o ambiente ou com o sistema. Acho que você poderia comunicar isso ao mantenedor, ele vai ter mais condições de ajudar. []'s - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd
Re: [FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
Oi Cleyton Em 13/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: > Caríssimos(as) > > No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um > aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão > mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu > fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta última > versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no > erro: > > xwin.o: In function `dos2u': > xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used unsafely; > consider using mkstemp() > xwin.o: In function `mloop': > xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' > xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' > collect2: error: ld returned 1 exit status > makefile:270: recipe for target 'molden' failed > gmake: *** [molden] Error 1 > > O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o > makefile que eu usei. > > Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o > vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou > suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema > operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. > > Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o > arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). > > Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o > gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do > meu make.conf: > > if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) > CC=gcc47 > CXX=g++47 > CPP=cpp47 > CFLAGS+=-mssse3 > .endif > > ? > > Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente a > linkedição para que este erro desapareça? > > Grato pela atenção > > Edu > Vc já testou o patch do Kurt Jaeger? https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports/2015-November/101014.html Eu mandei um email para ele, que por sua vez mandou-me um patch. Ou eu não soube aplica-lo (cd /usr/ports/biology/molden ; patch http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd
Re: [FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
Em 13/11/15, Eduardo Lemos de Sa escreveu: > Caríssimos(as) > > No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um > aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão > mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu > fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta última > versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no > erro: > > xwin.o: In function `dos2u': > xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used unsafely; > consider using mkstemp() > xwin.o: In function `mloop': > xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' > xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' > collect2: error: ld returned 1 exit status > makefile:270: recipe for target 'molden' failed > gmake: *** [molden] Error 1 > > O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o > makefile que eu usei. > > Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o > vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou > suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema > operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. > > Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o > arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). > > Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o > gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do > meu make.conf: > > if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) > CC=gcc47 > CXX=g++47 > CPP=cpp47 > CFLAGS+=-mssse3 > .endif > > ? > > Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente a > linkedição para que este erro desapareça? > > Grato pela atenção > > Edu > Vc já testou o patch do Kurt Jaeger? https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports/2015-November/101014.html []'s - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd
[FUG-BR] Ajuda com um pseudo port
Caríssimos(as) No /usr/ports/biology/molden há uma versão para a instalaçao de um aplicativo que está na versão 5.0.7. No site do desenvolvedor, a versão mais recente é a 5.4. Muito antes do port para a 5.0.7 ser lançada, eu fazia as minhas atualizações compilando por mim mesmo. Porém, nesta última versão, usando os mesmos procedimentos que eu usava antes, eu esbarro no erro: xwin.o: In function `dos2u': xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used unsafely; consider using mkstemp() xwin.o: In function `mloop': xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' collect2: error: ld returned 1 exit status makefile:270: recipe for target 'molden' failed gmake: *** [molden] Error 1 O arquivo de log completo da compilação vai como anexo, assim como o makefile que eu usei. Como o arquivo xwin.c, na rotina mloop, não apresenta diferenças (usei o vimdiff para compara-los) que se relacionam a função Timer, eu estou suponho que trata-se mais de um problema de configuração do sistema operancional (FreeBSD amd64) do que propriamente no aplicativo. Eu também vi que há uma /usr/local/include/time.h (não sei se é este o arquivo que é usado para prover a função Time, mas o nome é convidativo). Outra coisa que me chamou a atenção: no port, a compilação é feita com o gfortran48, mas a linkedição é feita com o gcc47. Será que é por causa do meu make.conf: if !empty(.CURDIR:M/usr/ports/*) && exists(/usr/local/bin/gcc47) CC=gcc47 CXX=g++47 CPP=cpp47 CFLAGS+=-mssse3 .endif ? Por favor, alguém tem uma sugestão de como eu poderia fazer corretamente a linkedição para que este erro desapareça? Grato pela atenção Edu -- Eduardo Lemos de Sa Associated Professor Level 4 Dep. Quimica da Universidade Federal do Paraná fone: +55(41)3361-3300 fax: +55(41)3361-3186 gfortran48 -o molden atomdens.o molden.o above.o actcal.o basprt.o calc.o caldis.o calfa.o cntour.o cnvgam.o cnvgau.o convzmat.o cross.o crprod.o datin.o defpc.o defrad.o del.o denmak.o densmat.o distot.o dmat.o docent.o draw.o euler.o eulerh.o files.o fndcal.o gampoi.o gaupoi.o gaussian.o geogam.o geogau.o getmul.o getpoi.o getreal.o gmmcnv.o grdcal.o gstr.o hidedr.o impsc.o locatc.o maxmin.o mdout.o mmcnv.o mopaco.o mopin.o mulprt.o occin.o oriin.o parang.o pareul.o parfc.o parori.o parpla.o parstp.o planky.o plend.o plini.o plmol.o plotgh.o plotgr.o plotin.o plpost.o prev.o proato.o procnv.o progeo.o rdbas.o rdcor.o rdgam.o rdgaus.o rdinfo.o rdpdb.o rdvect.o reada.o readel.o readvv.o renorm.o rmomen.o rota.o rotatg.o rotb.o rotc.o rotcor.o rotd.o rotfir.o rotm.o rotmom.o scback.o search.o searchd.o setang.o setbas.o settc.o shsort.o site.o slater.o stoc.o tessa.o tk4014.o tocap.o tocapf.o tomold.o under.o vaxdum.o vclr.o vec.o vlen.o vsc1.o wrinfo.o zread.o samino.o prtcal.o actss.o actami.o plden.o heaps.o den3d.o dencnt.o plhead.o pltab.o eucmol.o pl3dm.o plbox.o selsol.o atmd.o dolift.o spaced.o snypnt.o eulstr.o calct.o coeffs.o epint.o espot.o fcij.o fmt.o genaos.o rys.o ryspol.o rysrot.o thrcen.o twocen.o ifblen.o rott.o plmolp.o wrzmat.o rdchx.o obin.o pred.o gargpl.o inferr.o freqs.o getmop.o brklin.o getzm.o xyzcoo.o geomop.o dumzm.o getxyz.o espchrg.o proxim.o rdgamu.o plvrml.o molsint.o runjob.o rdmsf.o wrmsf.o rdmolf.o adf_fun.o rotpol.o extbas.o rdcpmd.o eem.o asspmf.o srfcal.o rdqchm.o rdorca.o rdmaux.o rdnwch.o mpdum.o xwin.o -lX11 -lm xwin.o: In function `DoWGET': xwin.c:(.text+0x8bc64): warning: warning: tmpnam() possibly used unsafely; consider using mkstemp() xwin.o: In function `dos2u': xwin.c:(.text+0x86810): warning: warning: mktemp() possibly used unsafely; consider using mkstemp() xwin.o: In function `mloop': xwin.c:(.text+0x4120c): undefined reference to `Timer' xwin.c:(.text+0x41468): undefined reference to `Timer' collect2: error: ld returned 1 exit status makefile:270: recipe for target 'molden' failed gmake: *** [molden] Error 1 makefile Description: Binary data - Histórico: http://www.fug.com.br/historico/html/freebsd/ Sair da lista: https://www.fug.com.br/mailman/listinfo/freebsd