ひろひとです。 amd64なマシンは運用していないので、外している可能性大ですが、 外部記憶装置の調子が悪い時の動作に似ている気がします。
一部でプチフリーズなどと呼ばれて問題にされている問題と 根は一緒で、SATAデバイスなどの反応が悪くなると、それを要求する 一部のプロセスが引きずられます。 もしそうであれば、ディスク装置やケーブルの交換が、効果あるかも しれません。 ディスクまわりのエラーレートを、ネットワークの netstat -s の ように簡単に統計情報として見ることができればいいのですが、 そういった方法を、私は知りません。 -- ひろひと