Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Walmes Zeviani via R-br]

Desculpe minha distração. Eu deveria ter usado essa url:
http://leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/as.lm.R.

À disposição.
Walmes.
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Graciliano via R-br]

Olá Dr. Walmes, obrigado por compartilhar esse script do rpanel, muito legal! 
Mas ó, não consegui achar a função  as.lm no caminho indicado. Daria para 
anexa-la aqui?

Att.

-Mensagem Original-
De: "Walmes Zeviani via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviada em: ‎17/‎10/‎2016 08:33
Para: "Andre Oliveira" <andreolso...@yahoo.com.br>; "a lista Brasileira oficial 
de discussão do programa R." <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Assunto: Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

André,

Apenas para complementar a solução do Marcus, encaminho o código que faz uso de 
uma função com recursos do pacote rpanel para ajuste de modelo não linear de 
forma interativa. Essa função (na versão antiga) gerou o GIF que fica na capa 
da página da lista no Nabble (rs). O uso da interface não elimina o problema do 
chute inicial, só diminui porque ao invés de passar um valor você passa um 
intervalo e calibra visualmente. Além disso, tem a parte de análise de resíduos.

Brasil <- c(13.63, 13.93, 14.09, 15.12, 15.98, 16.08, 16.45, 17.96,
18.83, 19.28, 19.18, 20.89, 21.87, 21.85, 23.43, 25.38,
25.64, 26.99, 28.68, 31.92, 32.92, 33.32, 34.37, 34.99,
36.08, 37.72, 40.41, 42.81, 44.18, 44.91, 48.97, 51.59,
53.44, 56.49, 62.2, 66.49, 67.01, 68.41, 74.14, 77.58,
80.39, 85.71, 89.58, 96.3, 100.9, 102.8, 107.69, 111.51,
111.42, 116.59, 118.85, 121.42, 127.53)
anos <- 1961:2013

anos2 <- anos - min(anos) + 1

# Calibrando o chute inicial (por tentativa-erro faça aproximar).
start <- list(a = 12, b = 1.049)
plot(Brasil ~ anos2)
with(start,
 curve(a * (b^(anos2)),
   xname = "anos2",
   add = TRUE,
   col = 2))

fit <- nls(Brasil ~ a * (b^(anos2)),
   start = start)

# Verificando o ajuste.
plot(Brasil ~ anos2)
with(as.list(coef(fit)),
 curve(a * (b^(anos2)),
   xname = "anos2",
   add = TRUE,
   col = 4))

# rp.nls: função que usa recursos no pacote rpanel para ajuste de
# modelos de regressão não linear.
source(paste0("https://raw.githubusercontent.com/walmes/;,
  "wzRfun/master/R/rp.nls.R"))
library(rpanel)

fit <- rp.nls(Brasil ~ a * (b^(anos2)),
  data = data.frame(Brasil = Brasil, anos2 = anos2),
  start = list(a = c(5, 20),
   b = c(0.95, 1.5)))
summary(fit)

# Função que era do pacote nls2() mas foi removida (guardei o fonte).
source("~/Dropbox/CursoR/GeneticaEsalq/as.lm.R")
library(nls2)

mit <- as.lm(fit)

# Diagnóstico do modelo.
par(mfrow = c(2, 2))
plot(mit)
layout(1)

# ! Relação média variância !

# Linear!
plot(log(Brasil) ~ anos2)

À disposição.

Walmes.



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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Felipe via R-br]

Andre, segue minha contribuição com um modelo logístico com quatro 
parâmetros:


phi1+(phi2-phi1)/1+exp((phi3-x)/phi4), em que:

phi1 é a assíntota inferior;
phi2 é a assíntota superior;
phi3 é o ponto de inflexão;
phi4 é um parâmetro de escala.

Você pode tentar ajustar um modelo sem assíntota inferior e ver como o 
ajuste fica, note que assim o valor da função será zero somente em anos 
tendendo a menos infinito o que não faz sentido na prática.

Pode tentar ajustar com a variável anos em sua escala original também.

#==

Brasil <- c(13.63, 13.93, 14.09, 15.12, 15.98, 16.08, 16.45, 17.96,
18.83, 19.28, 19.18, 20.89, 21.87, 21.85, 23.43, 25.38,
25.64, 26.99, 28.68, 31.92, 32.92, 33.32, 34.37, 34.99,
36.08, 37.72, 40.41, 42.81, 44.18, 44.91, 48.97, 51.59,
53.44, 56.49, 62.2, 66.49, 67.01, 68.41, 74.14, 77.58,
80.39, 85.71, 89.58, 96.3, 100.9, 102.8, 107.69, 111.51,
111.42, 116.59, 118.85, 121.42, 127.53)

anos <- 1961:2013
anos2 <- anos - min(anos) + 1

library(nlme)
mod1 <- nls(Brasil~SSfpl(anos2,A,B,C,D))
parm <- coef(mod1)
phi1 <- parm[1]
phi2 <-parm[2]
phi3 <- parm[3]
phi4 <- parm[4]


plot(Brasil~anos2)
with(as.list(coef(mod1)),
 curve(phi1+(phi2-phi1)/(1+exp((phi3-anos2)/phi4)),
   xname = "anos2",
   add = TRUE,
   col = 4))




--

Atenciosamente,


==
Felipe E. Barletta Mendes
Estatístico(UFPR) - Conre3 9766-A
Mestrando em Bioestatística(UEM)
+55 (41)-92077191
+55 (41)-33287216
===

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reproduzvel.

Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Walmes Zeviani via R-br]

André,

Apenas para complementar a solução do Marcus, encaminho o código que faz
uso de uma função com recursos do pacote rpanel para ajuste de modelo não
linear de forma interativa. Essa função (na versão antiga) gerou o GIF que
fica na capa da página da lista no Nabble (rs). O uso da interface não
elimina o problema do chute inicial, só diminui porque ao invés de passar
um valor você passa um intervalo e calibra visualmente. Além disso, tem a
parte de análise de resíduos.

Brasil <- c(13.63, 13.93, 14.09, 15.12, 15.98, 16.08, 16.45, 17.96,
18.83, 19.28, 19.18, 20.89, 21.87, 21.85, 23.43, 25.38,
25.64, 26.99, 28.68, 31.92, 32.92, 33.32, 34.37, 34.99,
36.08, 37.72, 40.41, 42.81, 44.18, 44.91, 48.97, 51.59,
53.44, 56.49, 62.2, 66.49, 67.01, 68.41, 74.14, 77.58,
80.39, 85.71, 89.58, 96.3, 100.9, 102.8, 107.69, 111.51,
111.42, 116.59, 118.85, 121.42, 127.53)
anos <- 1961:2013

anos2 <- anos - min(anos) + 1

# Calibrando o chute inicial (por tentativa-erro faça aproximar).
start <- list(a = 12, b = 1.049)
plot(Brasil ~ anos2)
with(start,
 curve(a * (b^(anos2)),
   xname = "anos2",
   add = TRUE,
   col = 2))

fit <- nls(Brasil ~ a * (b^(anos2)),
   start = start)

# Verificando o ajuste.
plot(Brasil ~ anos2)
with(as.list(coef(fit)),
 curve(a * (b^(anos2)),
   xname = "anos2",
   add = TRUE,
   col = 4))

# rp.nls: função que usa recursos no pacote rpanel para ajuste de
# modelos de regressão não linear.
source(paste0("https://raw.githubusercontent.com/walmes/;,
  "wzRfun/master/R/rp.nls.R"))
library(rpanel)

fit <- rp.nls(Brasil ~ a * (b^(anos2)),
  data = data.frame(Brasil = Brasil, anos2 = anos2),
  start = list(a = c(5, 20),
   b = c(0.95, 1.5)))
summary(fit)

# Função que era do pacote nls2() mas foi removida (guardei o fonte).
source("~/Dropbox/CursoR/GeneticaEsalq/as.lm.R")
library(nls2)

mit <- as.lm(fit)

# Diagnóstico do modelo.
par(mfrow = c(2, 2))
plot(mit)
layout(1)

# ! Relação média variância !

# Linear!
plot(log(Brasil) ~ anos2)

À disposição.
Walmes.

​
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Andre Oliveira via R-br]

Obrigado Marcus! 
 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística 
aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. 
 IFES 

Em Domingo, 16 de Outubro de 2016 10:15, Marcus Nunes 
 escreveu:
 

 O erro do R diz que tu excedeu o número máximo de iterações. Eu aumentei eles 
para 500 e, mesmo assim, não convergiu.
Creio que o teu problema não tenha solução da maneira que foi proposto. Vai ser 
muito difícil encontrar uma função do tipo 
f(anos) = a*(b^anos) 
que funcione com um número tão grande para anos. Imagine uma função exponencial 
que cresce muito, muito, muito devagar até 1961 e, a partir daí, explode seu 
crescimento? Difícil, né?
Para lidar com este problema, o que eu faria é o reduzir o valor dos anos, 
fazendo eles começarem em 1. Assim fica algo muito mais fácil de imaginar e 
interpretar:
#Brasil <- c(13.63 
,13.93,14.09,15.12,15.98,16.08,16.45,17.96,18.83,19.28,19.18,20.89,21.87,21.85,23.43,25.38,25.64,26.99,28.68,31.92,32.92,33.32,34.37,34.99,36.08,37.72,40.41,42.81,44.18,44.91,48.97,51.59,53.44,56.49,62.2,66.49,67.01,68.41,74.14,77.58,80.39,85.71,89.58,96.3,100.9,102.8,107.69,111.51,111.42,116.59,118.85,121.42,127.53)anos
 <- 
c(1961,1962,1963,1964,1965,1966,1967,1968,1969,1970,1971,1972,1973,1974,1975,1976,1977,1978,1979,1980,1981,1982,1983,1984,1985,1986,1987,1988,1989,1990,1991,1992,1993,1994,1995,1996,1997,1998,1999,2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013)
anos2   <- anos-min(anos)+1
fit <- nls(Brasil ~ a*(b^(anos2)), start = list(a=12, b=1.4))
a <- coefficients(fit)[1]b <- coefficients(fit)[2]
plot(Brasil ~ anos2)lines(a*(b^anos2), col="red", lty=2)###
Para encontrar os valores iniciais, eu tomei log(Brasil), ajustei uma reta a 
estes dados e tomei a exponencial dos valores encontrados. Aliás, linearizar a 
tua variável resposta é uma outra maneira de resolver este problema. Só tem que 
tomar cuidado com as inferências posteriores.






2016-10-15 22:56 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br :

Boa noite pessoal,o que eu poderia modificar neste ajuste para obter exito? Já 
variei os chutes iniciais e não consegui.

Brasil<- c(13.63 ,13.93,14.09,15.12,15.98,16. 08,16.45,17.96,18.83,19.28,19. 
18,20.89,21.87,21.85,23.43,25. 38,25.64,26.99,28.68,31.92,32. 
92,33.32,34.37,34.99,36.08,37. 72,40.41,42.81,44.18,44.91,48. 
97,51.59,53.44,56.49,62.2,66. 49,67.01,68.41,74.14,77.58,80. 
39,85.71,89.58,96.3,100.9,102. 8,107.69,111.51,111.42,116.59, 
118.85,121.42,127.53);
anos <- c(1961,1962,1963,1964,1965, 1966,1967,1968,1969,1970,1971, 
1972,1973,1974,1975,1976,1977, 1978,1979,1980,1981,1982,1983, 
1984,1985,1986,1987,1988,1989, 1990,1991,1992,1993,1994,1995, 
1996,1997,1998,1999,2000,2001, 2002,2003,2004,2005,2006,2007, 
2008,2009,2010,2011,2012,2013) ;

fit<-nls(Brasil~a*(b^(anos)), start = list(a =18, b=1.4))
Error in nls(Brasil ~ a * (b^(anos)), start = list(a = 18, b = 1.4)) : 
  número de iterações excedeu o máximo de 50 André Oliveira Souza. Graduação em 
Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, 
Ciência e Tecnologia do Espirito Santo.  IFES
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mínimo reproduzível.




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Marcus Nunes
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m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear

[Marcus Nunes via R-br]

O erro do R diz que tu excedeu o número máximo de iterações. Eu aumentei
eles para 500 e, mesmo assim, não convergiu.

Creio que o teu problema não tenha solução da maneira que foi proposto. Vai
ser muito difícil encontrar uma função do tipo

f(anos) = a*(b^anos)

que funcione com um número tão grande para anos. Imagine uma função
exponencial que cresce muito, muito, muito devagar até 1961 e, a partir
daí, explode seu crescimento? Difícil, né?

Para lidar com este problema, o que eu faria é o reduzir o valor dos anos,
fazendo eles começarem em 1. Assim fica algo muito mais fácil de imaginar e
interpretar:

#
Brasil <- c(13.63
,13.93,14.09,15.12,15.98,16.08,16.45,17.96,18.83,19.28,19.18,20.89,21.87,21.85,23.43,25.38,25.64,26.99,28.68,31.92,32.92,33.32,34.37,34.99,36.08,37.72,40.41,42.81,44.18,44.91,48.97,51.59,53.44,56.49,62.2,66.49,67.01,68.41,74.14,77.58,80.39,85.71,89.58,96.3,100.9,102.8,107.69,111.51,111.42,116.59,118.85,121.42,127.53)
anos <-
c(1961,1962,1963,1964,1965,1966,1967,1968,1969,1970,1971,1972,1973,1974,1975,1976,1977,1978,1979,1980,1981,1982,1983,1984,1985,1986,1987,1988,1989,1990,1991,1992,1993,1994,1995,1996,1997,1998,1999,2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013)

anos2   <- anos-min(anos)+1

fit <- nls(Brasil ~ a*(b^(anos2)), start = list(a=12, b=1.4))

a <- coefficients(fit)[1]
b <- coefficients(fit)[2]

plot(Brasil ~ anos2)
lines(a*(b^anos2), col="red", lty=2)
###

Para encontrar os valores iniciais, eu tomei log(Brasil), ajustei uma reta
a estes dados e tomei a exponencial dos valores encontrados. Aliás,
linearizar a tua variável resposta é uma outra maneira de resolver este
problema. Só tem que tomar cuidado com as inferências posteriores.







2016-10-15 22:56 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br :

> Boa noite pessoal,
> o que eu poderia modificar neste ajuste para obter exito? Já variei os
> chutes iniciais e não consegui.
>
>
> Brasil<- c(13.63 ,13.93,14.09,15.12,15.98,16.
> 08,16.45,17.96,18.83,19.28,19.18,20.89,21.87,21.85,23.43,25.
> 38,25.64,26.99,28.68,31.92,32.92,33.32,34.37,34.99,36.08,37.
> 72,40.41,42.81,44.18,44.91,48.97,51.59,53.44,56.49,62.2,66.
> 49,67.01,68.41,74.14,77.58,80.39,85.71,89.58,96.3,100.9,102.
> 8,107.69,111.51,111.42,116.59,118.85,121.42,127.53);
> anos <- c(1961,1962,1963,1964,1965,1966,1967,1968,1969,1970,1971,
> 1972,1973,1974,1975,1976,1977,1978,1979,1980,1981,1982,1983,
> 1984,1985,1986,1987,1988,1989,1990,1991,1992,1993,1994,1995,
> 1996,1997,1998,1999,2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007,
> 2008,2009,2010,2011,2012,2013);
>
> fit<-nls(Brasil~a*(b^(anos)), start = list(a =18, b=1.4))
>
> *Error in nls(Brasil ~ a * (b^(anos)), start = list(a = 18, b = 1.4)) :
> número de iterações excedeu o máximo de 50*
>
> André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística
> aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito
> Santo.  IFES
>
> ___
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>



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[Andre Oliveira via R-br]

Boa noite pessoal,o que eu poderia modificar neste ajuste para obter exito? Já 
variei os chutes iniciais e não consegui.

Brasil<- c(13.63 
,13.93,14.09,15.12,15.98,16.08,16.45,17.96,18.83,19.28,19.18,20.89,21.87,21.85,23.43,25.38,25.64,26.99,28.68,31.92,32.92,33.32,34.37,34.99,36.08,37.72,40.41,42.81,44.18,44.91,48.97,51.59,53.44,56.49,62.2,66.49,67.01,68.41,74.14,77.58,80.39,85.71,89.58,96.3,100.9,102.8,107.69,111.51,111.42,116.59,118.85,121.42,127.53);
anos <- 
c(1961,1962,1963,1964,1965,1966,1967,1968,1969,1970,1971,1972,1973,1974,1975,1976,1977,1978,1979,1980,1981,1982,1983,1984,1985,1986,1987,1988,1989,1990,1991,1992,1993,1994,1995,1996,1997,1998,1999,2000,2001,2002,2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013);

fit<-nls(Brasil~a*(b^(anos)), start = list(a =18, b=1.4))
Error in nls(Brasil ~ a * (b^(anos)), start = list(a = 18, b = 1.4)) : 
  número de iterações excedeu o máximo de 50 André Oliveira Souza. Graduação em 
Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, 
Ciência e Tecnologia do Espirito Santo.  IFES___
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