Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Walmes Zeviani via R-br]

Tem situações que em que é mais prático olhar o fonte no GitHub. O CRAN
mantém os repositórios em formato "somente leitura". O interessante é que
você pode usar o motor de busca do GitHub. Assim ele te retorna os arquivos
do repositório que batem com um termo de busca. O rms possui o repositórios
somente leitura do CRAN e o mantido autor:

https://github.com/cran/rms
https://github.com/harrelfe/rms

À disposição.
Walmes.
​
___
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Fernando Mayer via R-br]

Se o pacote for o rms basta baixar o código fonte e abrir a pasta R/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rms_5.1-1.tar.gz

"May the source be with you"


---
Fernando de Pol Mayer
Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG
Departamento de Estatística - DEST
Universidade Federal do Paraná - UFPR
URL: http://leg.ufpr.br/~fernandomayer
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br}

2017-09-01 21:56 GMT-03:00 Cesar Rabak via R-br :

> Pedro,
>
> Acho que nesse caso a forma mais prática seria você baixar o código do
> pacote e ver a dita cuja diretamente. . .
>
>
> 2017-09-01 9:38 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via
> R-br :
>
>> library(rms)
>> rms:::Function.cph
>> rms:::Function.rms
>>
>> Pacote errado e é uma função aninhada em outra.
>>
>> Pedro Brasil
>>
>> Em 25 de agosto de 2017 14:53, Tiago Fragoso 
>> escreveu:
>>
>>> Olá,
>>>
>>> Essa função não aparece nem pra mim nem pro Marcus quando usamos
>>> methods(), capaz que ela não esteja em versões posteriores do Hmisc.
>>>
>>> O asterisco na saida do methods() indica uma função não exportada. Nesse
>>> caso, Hmisc:::Function.cph deveria achar a função. Note os três ":".
>>>
>>> 2017-08-25 14:10 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>>> via R-br :
>>>
 Ei Marcus,

 No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
 asterisco que eu não sei o que é. Então...

 > Function.cph
 Error: object 'Function.cph' not found
 > Function.cph*
 +

 E a função não aparece.

 Pedro Brasil

 Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
 escreveu:

> Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:
>
> > methods(Function)
> [1] Function.areg.boot Function.transcan
> see '?methods' for accessing help and source code
>
> Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
> Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que 
> te
> interessa:
>
> > Function.areg.boot
> function (object, type = c("list", "individual"), ytype =
> c("transformed",
> "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
> {
> type <- match.arg(type)
> ytype <- match.arg(ytype)
> if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
> missing(pos)))
> type <- "individual"
> fit <- object$fit
> k <- length(fit)
> nam <- names(fit)
> g <- vector("list", k)
> xtype <- object$xtype
> typey <- object$ytype
> catl <- object$cat.levels
> names(g) <- nam
> for (i in 1:k) {
> typ <- if (i == 1)
> typey
> else xtype[i - 1]
> if (typ == "c") {
> if (i == 1 && ytype == "inverse")
> stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\"
> when y is categorical")
> h <- function(x, trantab) {
> if (is.factor(x))
>   x <- as.character(x)
> trantab[x]
> }
> w <- fit[[i]]$y
> names(w) <- catl[[nam[i]]]
> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
> }
> else {
> h <- function(x, trantab) {
> s <- !is.na(x)
> res <- rep(NA, length(x))
> res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
> res
> }
> fiti <- fit[[i]]
> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
> 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
> y = fiti[[1]]) else fiti)
> }
> g[[i]] <- h
> }
> if (type == "list")
> return(g)
> fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
> for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
> invisible(fun.name)
> }
> 
>
>
>
>
>
>
> --
> Marcus Nunes
> Professor Adjunto
> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
> Centro de Ciências Exatas e da Terra
> Departamento de Estatística
> Laboratório de Estatística Aplicada
> marcus.nu...@ccet.ufrn.br
> http://marcusnunes.me/
>
>
> 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
> Brasil via R-br :
>
>> Amigos de R,
>>
>> Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
>> maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por 
>> exemplo
>>
>> > trimws
>> function (x, which = c("both", "left", "right"))
>> {
>> which <- match.arg(which)
>> 

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Cesar Rabak via R-br]

Pedro,

Acho que nesse caso a forma mais prática seria você baixar o código do
pacote e ver a dita cuja diretamente. . .


2017-09-01 9:38 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via
R-br :

> library(rms)
> rms:::Function.cph
> rms:::Function.rms
>
> Pacote errado e é uma função aninhada em outra.
>
> Pedro Brasil
>
> Em 25 de agosto de 2017 14:53, Tiago Fragoso 
> escreveu:
>
>> Olá,
>>
>> Essa função não aparece nem pra mim nem pro Marcus quando usamos
>> methods(), capaz que ela não esteja em versões posteriores do Hmisc.
>>
>> O asterisco na saida do methods() indica uma função não exportada. Nesse
>> caso, Hmisc:::Function.cph deveria achar a função. Note os três ":".
>>
>> 2017-08-25 14:10 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>> via R-br :
>>
>>> Ei Marcus,
>>>
>>> No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
>>> asterisco que eu não sei o que é. Então...
>>>
>>> > Function.cph
>>> Error: object 'Function.cph' not found
>>> > Function.cph*
>>> +
>>>
>>> E a função não aparece.
>>>
>>> Pedro Brasil
>>>
>>> Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
>>> escreveu:
>>>
 Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:

 > methods(Function)
 [1] Function.areg.boot Function.transcan
 see '?methods' for accessing help and source code

 Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
 Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
 interessa:

 > Function.areg.boot
 function (object, type = c("list", "individual"), ytype =
 c("transformed",
 "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
 {
 type <- match.arg(type)
 ytype <- match.arg(ytype)
 if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
 missing(pos)))
 type <- "individual"
 fit <- object$fit
 k <- length(fit)
 nam <- names(fit)
 g <- vector("list", k)
 xtype <- object$xtype
 typey <- object$ytype
 catl <- object$cat.levels
 names(g) <- nam
 for (i in 1:k) {
 typ <- if (i == 1)
 typey
 else xtype[i - 1]
 if (typ == "c") {
 if (i == 1 && ytype == "inverse")
 stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\"
 when y is categorical")
 h <- function(x, trantab) {
 if (is.factor(x))
   x <- as.character(x)
 trantab[x]
 }
 w <- fit[[i]]$y
 names(w) <- catl[[nam[i]]]
 formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
 }
 else {
 h <- function(x, trantab) {
 s <- !is.na(x)
 res <- rep(NA, length(x))
 res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
 res
 }
 fiti <- fit[[i]]
 formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
 y = fiti[[1]]) else fiti)
 }
 g[[i]] <- h
 }
 if (type == "list")
 return(g)
 fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
 for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
 invisible(fun.name)
 }
 






 --
 Marcus Nunes
 Professor Adjunto
 Universidade Federal do Rio Grande do Norte
 Centro de Ciências Exatas e da Terra
 Departamento de Estatística
 Laboratório de Estatística Aplicada
 marcus.nu...@ccet.ufrn.br
 http://marcusnunes.me/


 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
 via R-br :

> Amigos de R,
>
> Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
> maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por 
> exemplo
>
> > trimws
> function (x, which = c("both", "left", "right"))
> {
> which <- match.arg(which)
> mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
> if (which == "left")
> return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
> if (which == "right")
> return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
> mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
> }
> 
> 
>
> No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como
> fazer. Por exemplo
>
> library(Hmisc)
> > Function
> function (object, ...)
> UseMethod("Function")
> 
>
> Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função?
>
> Abraço forte,
>
> Pedro Brasil

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via R-br]

library(rms)
rms:::Function.cph
rms:::Function.rms

Pacote errado e é uma função aninhada em outra.

Pedro Brasil

Em 25 de agosto de 2017 14:53, Tiago Fragoso 
escreveu:

> Olá,
>
> Essa função não aparece nem pra mim nem pro Marcus quando usamos
> methods(), capaz que ela não esteja em versões posteriores do Hmisc.
>
> O asterisco na saida do methods() indica uma função não exportada. Nesse
> caso, Hmisc:::Function.cph deveria achar a função. Note os três ":".
>
> 2017-08-25 14:10 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
> via R-br :
>
>> Ei Marcus,
>>
>> No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
>> asterisco que eu não sei o que é. Então...
>>
>> > Function.cph
>> Error: object 'Function.cph' not found
>> > Function.cph*
>> +
>>
>> E a função não aparece.
>>
>> Pedro Brasil
>>
>> Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
>> escreveu:
>>
>>> Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:
>>>
>>> > methods(Function)
>>> [1] Function.areg.boot Function.transcan
>>> see '?methods' for accessing help and source code
>>>
>>> Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
>>> Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
>>> interessa:
>>>
>>> > Function.areg.boot
>>> function (object, type = c("list", "individual"), ytype =
>>> c("transformed",
>>> "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
>>> {
>>> type <- match.arg(type)
>>> ytype <- match.arg(ytype)
>>> if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
>>> missing(pos)))
>>> type <- "individual"
>>> fit <- object$fit
>>> k <- length(fit)
>>> nam <- names(fit)
>>> g <- vector("list", k)
>>> xtype <- object$xtype
>>> typey <- object$ytype
>>> catl <- object$cat.levels
>>> names(g) <- nam
>>> for (i in 1:k) {
>>> typ <- if (i == 1)
>>> typey
>>> else xtype[i - 1]
>>> if (typ == "c") {
>>> if (i == 1 && ytype == "inverse")
>>> stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\" when
>>> y is categorical")
>>> h <- function(x, trantab) {
>>> if (is.factor(x))
>>>   x <- as.character(x)
>>> trantab[x]
>>> }
>>> w <- fit[[i]]$y
>>> names(w) <- catl[[nam[i]]]
>>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
>>> }
>>> else {
>>> h <- function(x, trantab) {
>>> s <- !is.na(x)
>>> res <- rep(NA, length(x))
>>> res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
>>> res
>>> }
>>> fiti <- fit[[i]]
>>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
>>> 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
>>> y = fiti[[1]]) else fiti)
>>> }
>>> g[[i]] <- h
>>> }
>>> if (type == "list")
>>> return(g)
>>> fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
>>> for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
>>> invisible(fun.name)
>>> }
>>> 
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Marcus Nunes
>>> Professor Adjunto
>>> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
>>> Centro de Ciências Exatas e da Terra
>>> Departamento de Estatística
>>> Laboratório de Estatística Aplicada
>>> marcus.nu...@ccet.ufrn.br
>>> http://marcusnunes.me/
>>>
>>>
>>> 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>>> via R-br :
>>>
 Amigos de R,

 Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
 maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo

 > trimws
 function (x, which = c("both", "left", "right"))
 {
 which <- match.arg(which)
 mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
 if (which == "left")
 return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
 if (which == "right")
 return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
 mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
 }
 
 

 No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como
 fazer. Por exemplo

 library(Hmisc)
 > Function
 function (object, ...)
 UseMethod("Function")
 

 Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função?

 Abraço forte,

 Pedro Brasil

 ___
 R-br mailing list
 R-br@listas.c3sl.ufpr.br
 https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
 Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
 código mínimo reproduzível.

>>>
>>>
>>
>> ___
>> R-br mailing list
>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>> 

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via R-br]

> Hmisc:::Function.cph
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
  object 'Function.cph' not found
> Hmisc::Function.cph
Error: 'Function.cph' não é um objeto exportado de 'namespace:Hmisc'
> Hmisc:Function.cph
Error: object 'Hmisc' not found
>
test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3),
+   status=c(1,1,1,0,1,1,0),
+   x=c(0,2,1,1,1,0,0),
+   sex=c(0,0,0,0,1,1,1))
> fit1 <- cph(Surv(time, status) ~ x + sex, test1)
> Function(fit1)
function(x = NA,sex = NA) {-0.95815758+0.78116618*x+0.93375738*sex }

> lp.fit1 <- Function(fit1)
> lp.fit1(x = 3, sex = 1) # preditor linear de um sujeito de sexo = 1 e
preditor x = 3.
[1] 2.319098
>

Pedro Brasil

Em 25 de agosto de 2017 14:53, Tiago Fragoso 
escreveu:

> Olá,
>
> Essa função não aparece nem pra mim nem pro Marcus quando usamos
> methods(), capaz que ela não esteja em versões posteriores do Hmisc.
>
> O asterisco na saida do methods() indica uma função não exportada. Nesse
> caso, Hmisc:::Function.cph deveria achar a função. Note os três ":".
>
> 2017-08-25 14:10 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
> via R-br :
>
>> Ei Marcus,
>>
>> No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
>> asterisco que eu não sei o que é. Então...
>>
>> > Function.cph
>> Error: object 'Function.cph' not found
>> > Function.cph*
>> +
>>
>> E a função não aparece.
>>
>> Pedro Brasil
>>
>> Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
>> escreveu:
>>
>>> Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:
>>>
>>> > methods(Function)
>>> [1] Function.areg.boot Function.transcan
>>> see '?methods' for accessing help and source code
>>>
>>> Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
>>> Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
>>> interessa:
>>>
>>> > Function.areg.boot
>>> function (object, type = c("list", "individual"), ytype =
>>> c("transformed",
>>> "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
>>> {
>>> type <- match.arg(type)
>>> ytype <- match.arg(ytype)
>>> if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
>>> missing(pos)))
>>> type <- "individual"
>>> fit <- object$fit
>>> k <- length(fit)
>>> nam <- names(fit)
>>> g <- vector("list", k)
>>> xtype <- object$xtype
>>> typey <- object$ytype
>>> catl <- object$cat.levels
>>> names(g) <- nam
>>> for (i in 1:k) {
>>> typ <- if (i == 1)
>>> typey
>>> else xtype[i - 1]
>>> if (typ == "c") {
>>> if (i == 1 && ytype == "inverse")
>>> stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\" when
>>> y is categorical")
>>> h <- function(x, trantab) {
>>> if (is.factor(x))
>>>   x <- as.character(x)
>>> trantab[x]
>>> }
>>> w <- fit[[i]]$y
>>> names(w) <- catl[[nam[i]]]
>>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
>>> }
>>> else {
>>> h <- function(x, trantab) {
>>> s <- !is.na(x)
>>> res <- rep(NA, length(x))
>>> res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
>>> res
>>> }
>>> fiti <- fit[[i]]
>>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
>>> 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
>>> y = fiti[[1]]) else fiti)
>>> }
>>> g[[i]] <- h
>>> }
>>> if (type == "list")
>>> return(g)
>>> fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
>>> for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
>>> invisible(fun.name)
>>> }
>>> 
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Marcus Nunes
>>> Professor Adjunto
>>> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
>>> Centro de Ciências Exatas e da Terra
>>> Departamento de Estatística
>>> Laboratório de Estatística Aplicada
>>> marcus.nu...@ccet.ufrn.br
>>> http://marcusnunes.me/
>>>
>>>
>>> 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>>> via R-br :
>>>
 Amigos de R,

 Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
 maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo

 > trimws
 function (x, which = c("both", "left", "right"))
 {
 which <- match.arg(which)
 mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
 if (which == "left")
 return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
 if (which == "right")
 return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
 mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
 }
 
 

 No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como
 fazer. Por exemplo

 library(Hmisc)
 > 

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Tiago Fragoso via R-br]

Olá,

Essa função não aparece nem pra mim nem pro Marcus quando usamos methods(),
capaz que ela não esteja em versões posteriores do Hmisc.

O asterisco na saida do methods() indica uma função não exportada. Nesse
caso, Hmisc:::Function.cph deveria achar a função. Note os três ":".

2017-08-25 14:10 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via
R-br :

> Ei Marcus,
>
> No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
> asterisco que eu não sei o que é. Então...
>
> > Function.cph
> Error: object 'Function.cph' not found
> > Function.cph*
> +
>
> E a função não aparece.
>
> Pedro Brasil
>
> Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
> escreveu:
>
>> Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:
>>
>> > methods(Function)
>> [1] Function.areg.boot Function.transcan
>> see '?methods' for accessing help and source code
>>
>> Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
>> Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
>> interessa:
>>
>> > Function.areg.boot
>> function (object, type = c("list", "individual"), ytype =
>> c("transformed",
>> "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
>> {
>> type <- match.arg(type)
>> ytype <- match.arg(ytype)
>> if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
>> missing(pos)))
>> type <- "individual"
>> fit <- object$fit
>> k <- length(fit)
>> nam <- names(fit)
>> g <- vector("list", k)
>> xtype <- object$xtype
>> typey <- object$ytype
>> catl <- object$cat.levels
>> names(g) <- nam
>> for (i in 1:k) {
>> typ <- if (i == 1)
>> typey
>> else xtype[i - 1]
>> if (typ == "c") {
>> if (i == 1 && ytype == "inverse")
>> stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\" when
>> y is categorical")
>> h <- function(x, trantab) {
>> if (is.factor(x))
>>   x <- as.character(x)
>> trantab[x]
>> }
>> w <- fit[[i]]$y
>> names(w) <- catl[[nam[i]]]
>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
>> }
>> else {
>> h <- function(x, trantab) {
>> s <- !is.na(x)
>> res <- rep(NA, length(x))
>> res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
>> res
>> }
>> fiti <- fit[[i]]
>> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
>> 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
>> y = fiti[[1]]) else fiti)
>> }
>> g[[i]] <- h
>> }
>> if (type == "list")
>> return(g)
>> fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
>> for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
>> invisible(fun.name)
>> }
>> 
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> --
>> Marcus Nunes
>> Professor Adjunto
>> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
>> Centro de Ciências Exatas e da Terra
>> Departamento de Estatística
>> Laboratório de Estatística Aplicada
>> marcus.nu...@ccet.ufrn.br
>> http://marcusnunes.me/
>>
>>
>> 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>> via R-br :
>>
>>> Amigos de R,
>>>
>>> Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
>>> maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo
>>>
>>> > trimws
>>> function (x, which = c("both", "left", "right"))
>>> {
>>> which <- match.arg(which)
>>> mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
>>> if (which == "left")
>>> return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
>>> if (which == "right")
>>> return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
>>> mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
>>> }
>>> 
>>> 
>>>
>>> No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como
>>> fazer. Por exemplo
>>>
>>> library(Hmisc)
>>> > Function
>>> function (object, ...)
>>> UseMethod("Function")
>>> 
>>>
>>> Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função?
>>>
>>> Abraço forte,
>>>
>>> Pedro Brasil
>>>
>>> ___
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>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>>
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> código mínimo reproduzível.
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Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via R-br]

Ei Marcus,

No meu caso, eu gostaria de ver a Function.cph, mas ela aparece com um
asterisco que eu não sei o que é. Então...

> Function.cph
Error: object 'Function.cph' not found
> Function.cph*
+

E a função não aparece.

Pedro Brasil

Em 25 de agosto de 2017 13:37, Marcus Nunes 
escreveu:

> Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:
>
> > methods(Function)
> [1] Function.areg.boot Function.transcan
> see '?methods' for accessing help and source code
>
> Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
> Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
> interessa:
>
> > Function.areg.boot
> function (object, type = c("list", "individual"), ytype = c("transformed",
> "inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
> {
> type <- match.arg(type)
> ytype <- match.arg(ytype)
> if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
> missing(pos)))
> type <- "individual"
> fit <- object$fit
> k <- length(fit)
> nam <- names(fit)
> g <- vector("list", k)
> xtype <- object$xtype
> typey <- object$ytype
> catl <- object$cat.levels
> names(g) <- nam
> for (i in 1:k) {
> typ <- if (i == 1)
> typey
> else xtype[i - 1]
> if (typ == "c") {
> if (i == 1 && ytype == "inverse")
> stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\" when y
> is categorical")
> h <- function(x, trantab) {
> if (is.factor(x))
>   x <- as.character(x)
> trantab[x]
> }
> w <- fit[[i]]$y
> names(w) <- catl[[nam[i]]]
> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
> }
> else {
> h <- function(x, trantab) {
> s <- !is.na(x)
> res <- rep(NA, length(x))
> res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
> res
> }
> fiti <- fit[[i]]
> formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
> 1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
> y = fiti[[1]]) else fiti)
> }
> g[[i]] <- h
> }
> if (type == "list")
> return(g)
> fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
> for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
> invisible(fun.name)
> }
> 
>
>
>
>
>
>
> --
> Marcus Nunes
> Professor Adjunto
> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
> Centro de Ciências Exatas e da Terra
> Departamento de Estatística
> Laboratório de Estatística Aplicada
> marcus.nu...@ccet.ufrn.br
> http://marcusnunes.me/
>
>
> 2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
> via R-br :
>
>> Amigos de R,
>>
>> Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
>> maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo
>>
>> > trimws
>> function (x, which = c("both", "left", "right"))
>> {
>> which <- match.arg(which)
>> mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
>> if (which == "left")
>> return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
>> if (which == "right")
>> return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
>> mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
>> }
>> 
>> 
>>
>> No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como
>> fazer. Por exemplo
>>
>> library(Hmisc)
>> > Function
>> function (object, ...)
>> UseMethod("Function")
>> 
>>
>> Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função?
>>
>> Abraço forte,
>>
>> Pedro Brasil
>>
>> ___
>> R-br mailing list
>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo 
m�nimo reproduz�vel.

Re: [R-br] Como ver o que uma função faz

[Marcus Nunes via R-br]

Use `methods` para encontrar os métodos da função desejada:

> methods(Function)
[1] Function.areg.boot Function.transcan
see '?methods' for accessing help and source code

Esta função tem dois métodos associados a ela: Function.areg.boot e
Function.transcan. Agora é só pedir pra ver o código fonte do método que te
interessa:

> Function.areg.boot
function (object, type = c("list", "individual"), ytype = c("transformed",
"inverse"), prefix = ".", suffix = "", pos = -1, ...)
{
type <- match.arg(type)
ytype <- match.arg(ytype)
if (missing(type) && !(missing(prefix) & missing(suffix) &
missing(pos)))
type <- "individual"
fit <- object$fit
k <- length(fit)
nam <- names(fit)
g <- vector("list", k)
xtype <- object$xtype
typey <- object$ytype
catl <- object$cat.levels
names(g) <- nam
for (i in 1:k) {
typ <- if (i == 1)
typey
else xtype[i - 1]
if (typ == "c") {
if (i == 1 && ytype == "inverse")
stop("currently does not handle ytype=\\"inverse\\" when y
is categorical")
h <- function(x, trantab) {
if (is.factor(x))
  x <- as.character(x)
trantab[x]
}
w <- fit[[i]]$y
names(w) <- catl[[nam[i]]]
formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = w)
}
else {
h <- function(x, trantab) {
s <- !is.na(x)
res <- rep(NA, length(x))
res[s] <- approxExtrap(trantab, xout = x[s])$y
res
}
fiti <- fit[[i]]
formals(h) <- list(x = numeric(0), trantab = if (i ==
1 && ytype == "transformed") list(x = fiti[[2]],
y = fiti[[1]]) else fiti)
}
g[[i]] <- h
}
if (type == "list")
return(g)
fun.name <- paste(prefix, nam, suffix, sep = "")
for (i in 1:k) assign(fun.name[i], g[[i]], pos = pos)
invisible(fun.name)
}







--
Marcus Nunes
Professor Adjunto
Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Centro de Ciências Exatas e da Terra
Departamento de Estatística
Laboratório de Estatística Aplicada
marcus.nu...@ccet.ufrn.br
http://marcusnunes.me/


2017-08-25 13:21 GMT-03:00 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil via
R-br :

> Amigos de R,
>
> Gostaria de poder ver a sequencia de operações que uma função faz. Na
> maioria das funções, basta digitar o nome da função no console, por exemplo
>
> > trimws
> function (x, which = c("both", "left", "right"))
> {
> which <- match.arg(which)
> mysub <- function(re, x) sub(re, "", x, perl = TRUE)
> if (which == "left")
> return(mysub("^[ \t\r\n]+", x))
> if (which == "right")
> return(mysub("[ \t\r\n]+$", x))
> mysub("[ \t\r\n]+$", mysub("^[ \t\r\n]+", x))
> }
> 
> 
>
> No entanto, algumas funções não seguem essa regra e eu não sei como fazer.
> Por exemplo
>
> library(Hmisc)
> > Function
> function (object, ...)
> UseMethod("Function")
> 
>
> Alguma dica pra conseguir enxergar as operações dessa função?
>
> Abraço forte,
>
> Pedro Brasil
>
> ___
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
___
R-br mailing list
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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m�nimo reproduz�vel.