Re: [R-es] random forest y datos faltantes

2021-05-19 Por tema Eric Concha M. 


Hoal Carlos, muchas gracias por compartir tu experiencia.

Slds,

Eric.



On Wed, 19 May 2021 12:01:29 +0200
Carlos Ortega  wrote:

> Hola Eric,
> 
> La función "pool()" es una modificación de las funciones "tidy()" y
> "glance()" del paquete "broom" y permite extraer y presentar de forma
> muy amigable resultados de un modelo.
> El paquete "broom" incluye la posibilidad de extraer parámetros,
> coeficientes, valores de bondad de ajuste, etc de múltiples modelos
> de R. El paquete "mice" lo que hace es utilizar esta función para
> presentarte resultados del modelo ajustado de forma muy equivalente a
> lo que hacen las funciones de "broom".
> 
> En tu caso, simplemente imputa tus NAs con los paquetes "missForest"
> (te recomiendo muy especialmente otra alternativa con "missRanger") o
> cualquier otro, y sobre el conjunto imputado tendrás que definir un
> modelo ("lm", "glm"... lo que consideres) y sobre el modelo ajustado
> usa la función "tidy()" o "glance(), tendrás que haber incluido la
> librería "broom" previamente. Y tendrás tus resultados como en "mice".
> 
> Mira el ejemplo de la salida que producen las funciones "tidy()" y
> "glance()" del paquete "broom" para que veas que el resultado es
> equivalente al que produce "pool()"
> 
> > library(ggplot2)
> > library(dplyr)
> >
> > mod <- lm(mpg ~ wt + qsec, data = mtcars)
> >
> > tidy(mod)
> # A tibble: 3 x 5
>   termestimate std.error statistic  p.value
>   
> 1 (Intercept)   19.7   5.25   3.76 7.65e- 4
> 2 wt-5.05  0.484-10.4  2.52e-11
> 3 qsec   0.929 0.265  3.51 1.50e- 3
> > glance(mod)
> # A tibble: 1 x 12
>   r.squared adj.r.squared sigma statistic  p.valuedf logLik   AIC
>   BIC deviance df.residual  nobs
>  
>  
> 1 0.826 0.814  2.60  69.0 9.39e-12 2  -74.4  157.
>  163. 195.  2932
> >
> 
> 
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
> 
> 
> 
> El mié, 19 may 2021 a las 4:40, Eric Concha M.
> () escribió:
> 
> >
> > Hola chicos, una pregunta por favor, quizá alguien sabe ... tengo un
> > set de datos con missings y no lo puedo imputar con MICE, pero sí
> > con missForest. Mi problema es que MICE hace todo el trabajo de
> > calcular los parámetros del modelo de interés bajo el set de datos
> > imputados, las nuevas varianza, grados de libertad y así, con la
> > función pool() se obtienen esa información.
> >
> > Mi pregunta es: hay algo parecido a pool() de MICE para alguno de
> > los algoritmos que usan random forest como missforest o
> > missCompare, por ejemplo ? missforest hace un gran trabajo
> > obteniendo los datos faltantes, pero de lo que leí desde su viñeta,
> > no va más allá ... llevo buscando desde ayer, pero me ha ido mal.
> >
> > No quiero hacer el trabajo a mano pues me va a llevar mucho tiempo,
> > nosoy muy experto y tengo una alta probabilidad de equivocarme.
> >
> > Espero haber explicado bien mi necesidad.
> >
> > Saludos y gracias !!
> >
> > Eric.
> >
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[R-es] BioStatFLOSS y EpiLinux

2021-05-19 Por tema miguel.angel.rodriguez.muinos 
Hola.


Retomando este antiguo hilo, os anuncio la reciente publicaci�n de:


- BioStatfloss V5.0: https://www.sergas.es/Saude-publica/BioStatFLOSS?idioma=es?


- EpiLinux v6.0: https://www.sergas.es/Saude-publica/Epilinux?idioma=es



Notas (un poco al azar):


- Obviamente, R es una de las aplicaciones principales (junto con RCommander y 
RStudio como interfaces gr�ficas) en ambos proyectos.


- A los usuarios de Windows (BioStatFLOSS), os recomiendo que le ech�is un ojo 
a Radiant (otro GUI de R basado web -con Shiny-) y como proyectos derivados de 
R: JASP y Jamovi.


- Todas las aplicaciones de BioStatFLOSS son portables (no necesitan 
instalaci�n) e independientes unas de otras, por lo que se puede copiar la 
carpeta correspondiente y ejecutar por separado desde un pendrive, HD externo o 
en el propio equipo.


- La ISO de EpiLinux se puede probar desde una m�quina virtual o grab�ndola en 
un pendrive (con Rufus o Etcher, por ejemplo); en este caso, una vez grabado el 
pendrive o HD externo, hay que indicarle al equipo que arranque desde �l.


- Tanto en BioStatFLOSS como en EpiLinux se incluye Epidat (otro de nuestros 
proyectos de software). M�s info: 
https://www.sergas.es/Saude-publica/EPIDAT?idioma=es



Espero que a alguien el resulte de utilidad.

Un saludo,

-

Miguel �ngel Rodr�guez Mu��os

Direcci�n Xeral de Sa�de P�blica

Conseller�a de Sanidade

Xunta de Galicia

https://dxsp.sergas.gal/




[R-es] EpiLinux 5
miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es miguel.angel.rodriguez.muinos en 
sergas.es
Lun Ene 22 09:21:46 CET 2018


Hola.


Os anuncio la publicaci�n de la versi�n 5 de EpiLinux.


Es una distribuci�n cient�fica de Linux, basada en Ubuntu de 64 bits con 
entorno de escritorio LXDE, que incluye una recopilaci�n de software 
espec�ficamente orientado al an�lisis de datos, la bioestad�stica y/o la 
epidemiolog�a.


Obviamente, el "n�cleo central" de la distro es R (que viene con tres entornos 
gr�ficos preinstalados: RCommander, RKward y RStudio) aunque la selecci�n de 
software es amplia.


Ten�is m�s informaci�n aqu� -> 
https://www.sergas.es/Saude-publica/Epilinux?idioma=es


Se puede descargar en forma de ISO (4Gb aprox.). Esta ISO se puede montar 
virtualizada o pasarla a un pendrive para convertirla en una distribuci�n live 
-funciona aut�nomamente desde el propio pendrive-. Tambi�n se puede instalar en 
el disco duro del ordenador.


Espero que os pueda ser �til. Aunque es dif�cil que alguien de esta lista no 
tenga ya un entorno de trabajo estable y personalizado, este tipo de 
distribuciones "live" son bastante adecuadas para la formaci�n por no ser 
agresivas con el sistema operativo host del ordenador y/o para iniciarse en 
este campo (nota: para este prop�sito os recomiendo que prob�is JASP, a los que 
no lo conoc�is)


Si ten�is alg�n ordenador por ah� que ya no puede con las nuevas versiones de 
Windows, pod�is probarla tambi�n (mejor instalada en el HD porque ese tipo de 
equipos suele tener puertos USB "lentos"), igual os sorprende su ligereza.


Se agradecen comentarios, sugerencias, ideas, cr�ticas, 


Un saludo,
Miguel.











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