Re: [R] JGR not installed. Attempting to install from CRAN...

Hi Jenny, Jenny Coetzee writes: > Hello > > I am new to R, and am running a programme called RDS Analyst which > uses R. When trying to open RDS i am getting the following message: > JGR not installed. Attempting to install from CRAN… > > I am not sure if the issue is a

[R] JGR not installed. Attempting to install from CRAN...

Hello I am new to R, and am running a programme called RDS Analyst which uses R. When trying to open RDS i am getting the following message: JGR not installed. Attempting to install from CRAN… I am not sure if the issue is a Java one or an R one… I am working off a Mac using High Sierra Any

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

On 18/02/2018 9:06 PM, Michael Hannon wrote: Greetings. The group that I work with has just started using the approach outlined in Karl Broman's handy primer: http://kbroman.org/pkg_primer/pages/vignettes.html to create vignettes for a couple of R packages. This works fine as long as we

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

Yes, 'C-c C-e l l' I think, but follow the pop-up, and everything should be ok. On Feb 19, 2018 07:05, "Rainer Krug" wrote: > > > > On 19 Feb 2018, at 12:25, Duncan Murdoch > wrote: > > > > On 19/02/2018 5:47

Re: [R] Problem installing libxml2 under Homebrew

You probably have a malconfigured homebrew installation of R. On MacOS it is recommended to use the CRAN version of R https://cran.r-project.org/bin/macosx/. The homebrew version depends on gcc compilers and does not support cran binary packages. If you really want to use the homebrew R try

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

Thanks, Duncan. The files in question are Emacs Org-mode files, and I think these are more or less isomorphic to Rmd files, but I haven't used Org-mode in a long time, so I think the mapping (Org-mode ==> Rmd) would be painful. -- Mike On Mon, Feb 19, 2018 at 1:20 AM, Duncan Murdoch

[R] questions regarding the svmpath package (functions svmpath and predict)

Hello, I have two questions. The svmpath package provides a svmpath function: --- fit <- svmpath(xtrain, ytrain, kernel.function = radial.kernel, param.kernel = 0.8) --- 1) How to get the optimal lambda value out of this result? The svmpath package also provides a predict function: --- ytest

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

On 19/02/2018 5:47 AM, Michael Hannon wrote: Thanks, Duncan. The files in question are Emacs Org-mode files, and I think these are more or less isomorphic to Rmd files, but I haven't used Org-mode in a long time, so I think the mapping (Org-mode ==> Rmd) would be painful. If they aren't LaTeX

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

Heh. Thanks, Ista, for your diplomatically-phrased suggestion :-) In fact, I *did* read the "vignettes" section of the Extensions manual, but evidently not closely enough. Upon further review, I see that one can use ".../vignettes/.install_extras" to list additional files that should be copied

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

> On 19 Feb 2018, at 12:25, Duncan Murdoch > wrote: > > On 19/02/2018 5:47 AM, Michael Hannon wrote: >> Thanks, Duncan. The files in question are Emacs Org-mode files, and I >> think these are more or less isomorphic to Rmd files,

Re: [R] Putting 733 discrete categories on Y-axis in qqplot2 as they are

Hi When you load external file to R, character variables are converted to factors by default and alphabetically sorted. I have limited connection to internet, so I cannot find the answer, you could try it yourself. Maybe you could try not to convert vector with names to factor, which, for

Re: [R] Putting 733 discrete categories on Y-axis in qqplot2 as they are

Hi Petr; Thanks for this. I have used the following code to overcome with the problem a$Meta <- factor(a$Meta, levels=a[order(a$Superpath,decreasing=T),]$Meta) Regards, Greg On Mon, Feb 19, 2018 at 4:04 PM, PIKAL Petr wrote: > Hi > > > > When you load external file

Re: [R] Include pre-existing PDF files as vignettes in an R package?

Exporting to LaTeX is a good idea. Thanks, guys. On Mon, Feb 19, 2018 at 4:22 AM, stephen sefick wrote: > Yes, 'C-c C-e l l' I think, but follow the pop-up, and everything should be > ok. > > On Feb 19, 2018 07:05, "Rainer Krug" wrote: > >> >> >> >

[R-es] Estudio posthoc de la interacción

Estimado Javier Marcuzzi, Antes que nada muchas gracias por sus sugerencias. Le comento que soy estudiante de posgrado en Mejoramiento animal y el ejemplo que planteo es simplemente un análisis apenas preliminar de efectos fijos, que busca estimar la influencia de recuento de células somáticas

Re: [R-es] Resumen de R-help-es, Vol 108, Envío 24

Hola Juan Bautista. Yo instalé agricolae la semana pasada y sin problemas.. No se cómo ayudarte. A no ser que desinstales R y lo vuelvas a instalar ( perderías todos los paquetes instalados) Saludos Yésica. El 17 de febrero de 2018, 13:21, escribió: >

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Hola, No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido. Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable predictora, vaya que al menos sea binaria... En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la predictora. No hay otro parámetro donde

Re: [R-es] Estudio posthoc de la interacción

Estimado Rodrigo López Correa Entonces deseas meterte dentro la matriz de variancias y covarianzas, para ese fin desde mi punto de vista busca otra librería que te permita calcular BLUP, mi preferencia es REML ante otros algoritmos, lógicamente en un concepto diferente puede usar gibbs. Como está

[R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no binaria? Gracias -- Dr Manuel Mendoza Department of Biogeography and Global Change National Museum of Natural History (MNCN) Spanish Scientific Council (CSIC) C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID Spain

Re: [R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

Hola, ¿Qué sistema operativo usas?. - Si usas Linux/MacOS puedes llamar al SO desde R y decirle que sustituya un elemento de la primera línea de tu fichero con lo que tú quieres. Lo puedes hacer con varias utilidades del SO (sed, awk, o incluso con echo). - Si usas Windows lo que

[R-es] Gráfica 3D

Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos? Muchas gracias [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org

[R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

Hola Escribo este mensaje porque llevo unas horas y no consigo solucionar un obstáculo. No consigo añadir unos caracteres en la primera línea de un archivo ".json" desde R. Utilizando el siguiente código *write(line,file="map_wgs91.js",append=TRUE)* *cat("var statesData =",

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Hola, Sí, tienes razón... ¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?... Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza escribió: > > Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay: > > El argumento

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Bueno, primero te comento que si no le indico la family me hace Bernuilli y da error por no ser binaria. La razón de aplicar gbm.step del paquete dismo es que da una información fundamental, como la interacción entre las variables o los partial plots. La interacción te la representa en

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Hola, Varias cosas: - Puedes usar "gbm" y para los "partial plots" utilizar el paquete "pdp" que considera varios tipos de modelos, entre ellos "gbm". - También puedes usar "xgboost" que tiene una función parecida a esta que quieres usar "xgb.cv" justamente para encontrar el modelo

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Gracias, les echaré un ojo. Quoting Carlos Ortega : Hola, Varias cosas: - Puedes usar "gbm" y para los "partial plots" utilizar el paquete "pdp" que considera varios tipos de modelos, entre ellos "gbm". - También puedes usar "xgboost" que tiene una

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

Hola de nuevo. Se me olvidaba la principal razón para utilizar gbm.step del paquete dismo. Como sabéis, los boosted si sobreajustan (a diferencia de los random forest o cualquier otro bootstrap) pero gbm.step hace validación cruzada para determinar el nº óptimo de árboles y evitarlo. Es

Re: [R-es] Gráficas 3D

Hola, Sí, mira estos ejemplos de cómo hacerlo... Busca las ecuaciones paramétricas de cada una de estas figuras geométricas (lo puedes encontrar en Wikipedia o en Wolfram Mathematica) y ya lo tendrás casi todo... https://alstatr.blogspot.com.es/2014/02/r-fun-with-surf3d-function.html Saludos,

Re: [R-es] Gráficas 3D

Manos a la.obra El lun., 19 de feb. de 2018 18:15, Carlos Ortega escribió: > Hola, > > Sí, mira estos ejemplos de cómo hacerlo... > Busca las ecuaciones paramétricas de cada una de estas figuras geométricas > (lo puedes encontrar en Wikipedia o en Wolfram Mathematica)

Re: [R-es] Gráficas 3D

Gracias Carlos, mi idea es construir un cono, un cilindro u otros cuerpos geométrico y luego graficarlos. Alguna idea de como empezar? Muchas gracias como siempre El lun., 19 de feb. de 2018 15:06, escribió: > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a >

Re: [R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

Hola. El lun, 19-02-2018 a las 16:37 +0100, Carlos Córcoles escribió: > No se si me podrías dar desde esta lista alguna sugerencia... Tomando un subconjunto del clásico conjunto de datos mtcars y convirtiéndolo a json para ejemplificar, puedes hacer lo siguiente: library(jsonlite)