Con algo de esfuerzo, BibTex es una de las mejores opciones.
Para la creación de documentos académicos, el editor de textos Emacs mas
una serie de otros programas y complementos, son una excelente herramienta
quizás la mejor. Toma algo de tiempo sacarle provecho, pero vale la pena.
Te dejo
Te recomiendo también lo siguiente. Mira el demo.
Es software libre.
http://utopiadocs.com/
Yo uso los siguientes.
www.mdpi.com
http://publications.copernicus.org/
He realizado una serie de videos que te mostrarán de forma práctica y
simple, como utilizar Emacs para la producción de documentos académicos. En
esta primera entrega, aprenderás lo basico de Emacs.
No es una introducción técnica, es una introducción práctica para quienes
que no sepan nada