Resolvendo em uma linha com sed:
$ sed -n '/>.*/{N;s/.*\n\(...\).*/\1/p}' dna.txt
gtg
atg
atg
atg
ou, se você quiser manter o identificador da sequência:
$ sed -n '/>.*/{N;s/\(.*\)\n\(...\).*/\1: \2/p}' dna.txt
>fig|674.13.peg.56: gtg
>fig|674.13.peg.57: atg
>fig|674.13.peg.58: atg
>fig|674.13.peg.59: atg
Nota: Eu criei o arquivo dna.txt com o exemplo que você passou.
> -----Original Message-----
> From: Graciela
>
> Trabalho com bioinformática e queria tirar uma dúvida com vocês
> Tou com essas sequências de DNA, cada '>' representa uma sequência
> Quero verificar apenas as três primeira letras de cada
> sequência, por shel script tem como?
>
> >fig|674.13.peg.56
> gtgacgttaggtgacaatgttgttgttgcctcgggagccgttgtgacaaagagttttggt
> agcaatgttgtcattggtggcaacccagcacgagtgttaaaagaaatcgagtaa
> >fig|674.13.peg.57
> atgtcaatatacccaactgcaccccaaggtgtgtcagttgatgccaatatgaaaatgata
> aagcaaaagtttggccgcattgttggcccaactgatttctattggttttatgaacaggtt
> agaaataaaggcccgtgggattataaacaaagtggcccgtttgaaaatttcggtaatttt
> cattatggggcagttggttatgcaggtggcattccagaagaagttttgttaagagctgct
> ggttgtgctcaaatgaaggcgggtacttcagctgatagctggggtagttgttggagcgat
> caaccatttggagatgatccaaacgatcaacgttatatagcactaggtattgaatatgca
> aaaagtaaaggctattag
> >fig|674.13.peg.58
> atgaacgtggataaagcgaaaaaacgcatattgaaacgagtacaaagaggtttcaaaggt
> tatccgcaaatatctttagagtatttcgggaaaacgacagattttgctaccgaagtagtc
> atcacttttgttcctgaagaaaacgctgaagcgcaaattcagagatttacgagtgataag
> gatgttcgtgaagatgaagcaattcaatcggtattgttgaaaattattgagcgagccgac
> gctgctacggttttagaaagccgagaagtatcagtttgttaa
> >fig|674.13.peg.59
> atgccagttgttggacaccttcaagtggtgacaaattgggatggtataccgatttgtatt
> atagaaatgacgtctgtaaccaagcaaaaatacagcgaagtaacaccggagttcgcggct
> ttagaaggtgagggtgacaagactttagcttggtggcgggaggcgcattggaacttcttc
> tcaaaagagtgcgtagagttagaaatatcaccgtcggaagatatgttgctggttctagag
> cagttcaaagtggtgtacaaataa
>
>
