Hola Moisés, Hay muchas variables sutiles en juego. Como dice Micho, le tuvimos que echar muchas horas la vez que estuvimos jugando con esto... :)
Yo intentaría escarbar en los archivos de la lista de usuarios de GeoServer, donde se han descrito varios casos similares. Si no das con la solución, describe bien el proceso que sigues (formatos, comandos gdal, opciones publicación, algún ejemplo en un servidor público, si puedes) y lánzalo en esa lista. Ahí encontrarás el soporte de los autores de ImageMosaic e ImagePyramid, que sabrán afinar mucho más: https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/geoserver-users Salud, Oscar.
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