¿Dices que instalaste otro sistema operativo en otra partición?Si es así, este ha reemplazado el cargador de arranque de Trisquel, y el nuevo cargador instalado puede no haber reconocido a Trisquel como sistema operativo.
Por otra parte, lo aconsejable sería primero instalar el nuevo escritorio y luego remover el antiguo, no obstante en la práctica no suele haber problemas con el procedimiento en el orden que lo has realizado.
Saludos,
