Yo hace unos meses pregunté algo similar y en resumen la respuesta fue que
no me preocupara porque no tienen por qué haber problemas de
incompatibilidad. Tampoco será "mejor" instalar más escritorios, ya que
cuando instalas una aplicación por ejemplo de KDE te instala también las
dependencias internas que necesite del entorno KDE. Es decir, no te iba a ir
mejor un programa porque hayas instalado el entorno de escritorio entero.
A mí no me gusta hacerlo porque en el menú de aplicaciones me aparecen
todas mezcladas y me parece poco "limpio" u "ordenado". Pero se supone que no
hay inconvenientes.
Instala los entornos que vayas a utilizar y no instales un entorno entero por
querer utilizar alguna de sus aplicaciones.