Algo que me parece interesante es que Gnome esté trabajando en un cliente de
escritorio para Matrix:
https://blogs.gnome.org/tbernard/2018/04/18/fractal-hackfest-2018/
La versión web que desarrolló la propia Matrix (Riot) está bien, pero
tiene algunos fallos, y no funciona bien el cifrado E2E. Pero esta versión
que está desarrollando Gnome tiene bastante buena pinta.
Mientras tanto, lo que yo recomendaría sería cualquier cliente de XMPP que
tenga OMEMO para encriptar (Gajim, Conversations...), que para chatear
funcionan muy bien.