Puedes crear un Diario por cada secuencia que facturación que necesites desde, Contabilidad - Configuración - Diarios - Diarios - Crear nuevo, cada diario en tu caso deberá ser de tipo Ingresos, en el mismo formulario y desde la pestaña secuencias puedes asignarle la secuencia que utilizará ese Diario.
En el vista de facturas puedes elegir el Diario con que contabilizas la factura, según el Diario que elijas utilizará una u otra secuencia. Saludos
