Claro tengo entendido cuando instalas Ubuntu con Wubi desde Windows, toma 
una porcion del disco de Windows y hace como si fuera suyo, pero no crea 
particiones ni nada por el estilo. Por eso te dio ese error.

Creo q lo ideal para vos seria que particiones el disco en 3 o 4 
particiones. Yo actualmente tengo mi disco de la notebook de 80 gb en esta 
situacion:
1 particion para Windows y Autocad (en tu caso). 15Gb son mas que 
suficientes.
1 particion para Ubuntu de 10 Gb o mas
(si tenes ganas podes hacer una /home de un par de Gb para las 
configuraciones de los programas y no tengas problemas a la hora de 
actualizar o migrar tu ubuntu, etc.)
1 para Swap (le di 512mb)
1 para Datos en FAT32 o NTFS con el resto de tamaño del disco, asi puedas 
leer indistintamente desde windows o ubuntu tus documentos. Tambien esta la 
posibilidad de que uses ext2 como sistema de archivos e instales un 
complemento que hace que windows lea ext2.

A mi particularmente 9.04 me dio problemas con la aceleracion de Video en 
Compiz ya que intel 965 esta en blacklist por unos inconvenientes de 
controladores que estan verdes... (se soluciona comentando la lineas de 
Unset de /usr/bin/compiz pero a perdida de estabilidad)
Luego el sonido que es una Realtek tiene un nivel de volumen mas alto que en 
8.10 pero al estar el volumen al maximo produce unos ruidos/distorsion que 
en Windows no suceden.
Ahora ya no necesito Ndis Wrapper con la Atheros AR5007EG, la HP 1020 q 
tengo se clava al mandar mas de una copia del documento / hoja. En 8.10 
funcionaba de pelos era enchufe y anda.
Las teclas de funcion de la notebook que antes funcionaban de pelos con las 
notificaciones ahora no funcionan muy bien (mas especificos la que sube y 
baja el brillo de la pantalla) no funcionan bien pero calculo que es un 
problema derivado del mismo driver de intel.
Me olvidaba que intentar usar ext4 fue catrastrofico... mas cuelgues que 
Windows...
Creo que falto un poquito de maduracion en la distro. Se mejoro muchisimo el 
tiempo de arranque. La escritura demorada por ahi hace q todo parezca 
muchisimo mas rapido... pero ojo con quedarse sin bateria...

Esa es mi experiencia personal con el nuevo ubuntu 9.04 

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