Olá Julio eu tambem tive esse problema quando instalei o java, e o mesmo erro se repetia quando tentava instalar outro programa qualquer... oque fiz foi remover o sun-java6-doc (só ele), via gerenciador de pacotes.
pra mim funciou... não apareceu mais a mensagem de erro e o java continuou funcionando, tanto o sdk quanto o jre... espero ter ajudado... abraço -- Mais sobre o Ubuntu em português: http://www.ubuntu-br.org/comece Lista de discussão Ubuntu Brasil Histórico, descadastramento e outras opções: https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-br