Olá Rodrigo,

Existem boas ferramentas como rkhunter (rootkit), tripwire (integridade dos
arquivos), outro fator importante deve ser a configuração do sistema lhe
passo um link bem interessante
http://even.archlinux-br.org/blog/melhore-a-seguranca-de-seu-linux-i

Espero que ajude!

[]'s
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Gustavo Sávio de Oliveira.
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