Apenas para informar, quem passar por problema semelhante, o gparted não estava exibindo minhas partições de um hd informando que não podem haver partições sobrepostas, a solução foi usar a ferramenta testdisk (do pacote testdisk, que tem nos repositórios). Não documentei todos os passos mas foi muito intuitivo, abri no terminal com o comando testdisk, mandei analisar o disco, foi detectado o erro, e em certo momento, mandei escrever a tabela de partições corrigidas. Agora todas aparecem no gparted =)
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