Isso acontece normalmente quando se usa o ambiente X11. Basta habilitar o ForwardX11 no arquivo /etc/ssh/ssh_config no SERVER, (não sei se é necessário, mas eu faço reboot pra ter certeza), logar via SSH e executar o aplicativo com interface gráfica desejado (via ssh). A interface aparecerá no "client", enquanto o programa está executando no server. -- Mais sobre o Ubuntu em português: http://www.ubuntu-br.org/comece
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