o linux infelizmente não é tão bom quanto o windows no gerenciamento de energia, mas esquentar é uma coisa que definitivamente não é culpa do linux, e inclusive se sua maquina está esquentando pode ser um problema mais serio no seu hardware, mas como você falou que trocou o cooler eu não sei te dizer o que pode ser, o meu dell fica com libre office, video rolando, e n aplicações abertas durante uma tarde inteira e não esquenta nada.
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