Hola Gonzalo, no encontré una solución para el problema, al prender la
máquina lo primero que hago es suspender y restaurar... lo simpático es
que me acostubré a eso al punto que ahora lo hago naturalmente y sin
chistar :P

Una semi-solución es poner   thermal.off=1 como argumento en la linea
del kernel que arrancás normalmente en /boot/grub/menu.lst, también
conviene poner en la linea defoptions (asi cuando se instala un kernel
actualizado, la linea que se genera para el kernel nuevo ya incluye tus
argumentos personalizados.

La desventaja de de usar thermal.off=1 es que ya no vas a poder
averiguar la temperatura (cat /proc/acpi/thermal_zone/THRM/temperature).
El kernel ignora completamente lo que tenga que ver con el cpu fan y la
temperatura.. y la ventaja (?) es que el fan gira todo el tiempo :) y
mantiene la maquina bien refrigerada.

Pero opté por la solución mas dolorosa: aguantarmelas. No uso
thermal.off=1.

Ahora mismo tengo  en /boot/grub/menu.lst esto:

defoptions=quiet vga=791 acpi.power_nocheck=1 thermal.psv=52
thermal.act=42

y la linea del kernel termina con:

ro quiet vga=791 acpi.power_nocheck=1 thermal.psv=52 thermal.act=42

acpi.power_nocheck=1  solo evita un molesto warning que inunda los logs de 
syslog luego de suspender la pc.
thermal.psv=52   ajusta la temperatura limite de la zona "pasiva" (uno de los 
"trip points")
thermal.act=42    ajusta la temperatura limite de la zona "activa" (otro  trip 
point)

Sospecho que estos dos últimos no están surtiendo ningún efecto. Si
descubrís algo nuevo, contame por favor.

Saludos.

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CPU fan doesn't get triggered even at high temps
https://bugs.launchpad.net/bugs/375132
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