A mi si me corre, tanto la prueba pequeña (FUCK.txt) que da una mutación y 
luego 10 mutaciones sucesivas.
El grande también me funciona, se demora más pero corre bien.El reporte del 
archivo pesa 14megas no lo puedo mandar por acá, pero acá esta una versión 
modificada del código que enviaste, que guarda la salida del script en un 
archivo llamado report.txt
http://pastebin.com/1F8rMi04

buena noche, 
fede
Date: Sat, 28 Feb 2015 13:59:21 -0500
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Subject: [un/loquer] ayuda en programacion, urgente

Hola! moachos ando haciendo un parcial de bioinformatica y el programa a usar 
es perl, estoy intentando hacer una rutina para que el programa a una secuencia 
de letras me le saque otras secuencias random, peor no me da....me da con una 
secuencia de letras pequeña , pero cuando meto mi secuencia no funciona, por fa 
alguien me puede ayudar a ver cual es el problema?? envío la rutina  y erl 
archivo de mi super secuencia, a ver si me pueden ayudar a encontrar el error, 
les agradeceria mucho...

o de pronto gaviria si esta ahora por la tarde noche en unloquer me puede 
colaborar? de todas formas intentare hacerla de otra forma ....a ver si me sale 
de otra forma.... 

nota: wolbachia es la secuencia grande, pero envío la secuencia pequeña para 
que vean que si funciona con la pequeña (la que se llama FUCK)
se los agradeceria mucho!!!!

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