Dear all, ? I planned to do a NPT simulation with FPMD code. I adopted Nose thermostat for both ions and fictious electrons. However, in the output files, it says electronic and ionic temperature are not controlled.?Do not know why.?
? The input file: &control????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? calculation = 'fpmd',???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? restart_mode = 'from_scratch',??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ndr = 50,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ndw = -1,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? nstep? = 100000,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? iprint = 10,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? isave? = 100,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? tstress = .TRUE.,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? tprnfor = .TRUE.,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? dt??? = 5.0d0,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? etot_conv_thr = 1.d-8,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? prefix = 'h2-h2o',??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? pseudo_dir = '/pseudo/',????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? outdir="/tmp2/'?????????????????????????????????????????????????????????????????????????? /???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?&system????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ibrav = 14,?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(1)? =15.32039374349225306466,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(2) = 1.0,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(3) = .72241957765936451549,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(4) = 0.0,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(5) = 0.0,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? celldm(6) = 0.0,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? nat = 80,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ntyp = 2,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ecutwfc = 80.0,?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ecfixed = 78.0,?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?/??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?&electrons?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? emass = 100.d0,?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? emass_cutoff = 2.5d0,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? orthogonalization = 'ortho',????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ortho_eps = 5.d-8,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ortho_max = 100,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? electron_dynamics = 'sd',???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? electron_velocities = 'zero',???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? electron_temperature = 'nose',??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?/??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?&ions??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ion_dynamics = 'sd',????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ion_radius(1) = 0.8d0,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ion_radius(2) = 0.5d0,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ion_velocities = 'zero',????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? ion_temperature = 'nose'????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? tempw=300,??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?/??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?&cell??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? cell_dynamics = 'damp-pr',??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? cell_velocities = 'zero',???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? press = 200.0d0,????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ??? wmass = 70000.0d0???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?/??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ATOMIC_SPECIES??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?O 15.9994 O.pbe-mt.upf?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ?H 1.00794 H.pbe-vbc.UPF????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ATOMIC_POSITIONS (crystal)??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.12402 0.12402 0???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.12402 0.62402 0???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.62402 0.12402 0???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.62402 0.62402 0???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.37598 0.37598 0.5?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.37598 0.87598 0.5?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.87598 0.37598 0.5?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.87598 0.87598 0.5?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.12598 0.37402 0.25????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.12598 0.87402 0.25????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.62598 0.37402 0.25????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.62598 0.87402 0.25????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.37402 0.12598 0.75????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.37402 0.62598 0.75????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.87402 0.12598 0.75????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? O?????? 0.87402 0.62598 0.75????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.12256 0.02125 0.10225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.12256 0.52125 0.10225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.62256 0.02125 0.10225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.62256 0.52125 0.10225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.09972 0.13926 0.45107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.09972 0.63926 0.45107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.59972 0.13926 0.45107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.59972 0.63926 0.45107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.37744 0.47875 0.60225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.37744 0.97875 0.60225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.87744 0.47875 0.60225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.87744 0.97875 0.60225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.40028 0.36074 0.95107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.40028 0.86074 0.95107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.90028 0.36074 0.95107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.90028 0.86074 0.95107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.22875 0.37256 0.35225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.22875 0.87256 0.35225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.72875 0.37256 0.35225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.72875 0.87256 0.35225?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.11074 0.34972 0.70107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.11074 0.84972 0.70107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.61074 0.34972 0.70107?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? H?????? 0.61074 0.84972 0.70107 H?????? 0.27125 0.12744 0.85225 H?????? 0.27125 0.62744 0.85225 H?????? 0.77125 0.12744 0.85225 H?????? 0.77125 0.62744 0.85225 H?????? 0.38926 0.15028 0.20107 H?????? 0.38926 0.65028 0.20107 H?????? 0.88926 0.15028 0.20107 H?????? 0.88926 0.65028 0.20107 H?????? 0.12744 0.27125 0.14775 H?????? 0.12744 0.77125 0.14775 H?????? 0.62744 0.27125 0.14775 H?????? 0.62744 0.77125 0.14775 H?????? 0.15028 0.38926 0.79893 H?????? 0.15028 0.88926 0.79893 H?????? 0.65028 0.38926 0.79893 H?????? 0.65028 0.88926 0.79893 H?????? 0.37256 0.22875 0.64775 H?????? 0.37256 0.72875 0.64775 H?????? 0.87256 0.22875 0.64775 H?????? 0.87256 0.72875 0.64775 H?????? 0.34972 0.11074 0.29893 H?????? 0.34972 0.61074 0.29893 H?????? 0.84972 0.11074 0.29893 H?????? 0.84972 0.61074 0.29893 H?????? 0.02125 0.12256 0.89775 H?????? 0.02125 0.62256 0.89775 H?????? 0.52125 0.12256 0.89775 H?????? 0.52125 0.62256 0.89775 H?????? 0.13926 0.09972 0.54893 H?????? 0.13926 0.59972 0.54893 H?????? 0.63926 0.09972 0.54893 H?????? 0.63926 0.59972 0.54893 H?????? 0.47875 0.37744 0.39775 H?????? 0.47875 0.87744 0.39775 H?????? 0.97875 0.37744 0.39775 H?????? 0.97875 0.87744 0.39775 H?????? 0.36074 0.40028 0.04893 H?????? 0.36074 0.90028 0.04893 H?????? 0.86074 0.40028 0.04893 H?????? 0.86074 0.90028 0.04893 And the averaged physical quantities from output file: ????????????????????? accomulated????? this run ?? ekinc???????? :??????? 0.00655?????? 0.00655 (AU) ?? ekin????????? :????? 216.67593???? 216.67593 (AU) ?? epot????????? :???? -497.28571??? -497.28571 (AU) ?? total energy? :???? -293.97401??? -293.97401 (AU) ?? temperature?? :??????? 0.02392?????? 0.02392 (K ) ?? enthalpy????? :???? -274.59255??? -274.59255 (AU) ?? econs???????? :???? -274.58884??? -274.58884 (AU) ?? pressure????? :??????? 0.10872?????? 0.10872 (Gpa) ?? volume??????? :???? 2851.11076??? 2851.11076 (AU) ? Also, the averaged temperaure and pressure are far away from the target value set in the input file. Could someone please give me some clue? ? Thanks and Regards Lily (PhD candidate) Nanyang Technological University Singapore -------------- next part -------------- An HTML attachment was scrubbed... URL: http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20100729/ffc387db/attachment-0001.htm
