Mariano, abajo resumo los datos del sql profiler para ambas ejecuciones, 
iguales parámetros y servidor.
 
              CPU      Reads   Duration
Mgm.Studio    469      27332       480
Aplic.     413442  258713577    413738
 
Lucio, probé cambiarle la referencia al servidor en el web.config, pero 
obtengo el mismo resultado; el servidor tiene seguridad mixta, la 
aplicación se conecta con un usuario de Sql.
 
De todos modos, en contra de tu hipótesis, pude ver que la aplic, para la 
mayoría de otras consultas, funciona bien, incluso con esta misma consulta 
modificada o simplificada funciona bien.
 
Se trata de una consulta que tiene que armar una cuenta conrriente de 
proveedor para lo cual hace unos 11 union (union all) de conjuntos; pude ver 
que comentariando ciertos conjuntos, la consulta responde bien desd ado.net 
también, con lo cual tendría la solución bastante focalizada.
 
Lo que me confunde es porqué de la diferencia de comportamiento desde 
ado.net y desde sql mgm, dado que la mayoría de las veces , uno asume que 
la performance de una consulta son iguales o similares y ejecuta las pruebas 
asumiendo eso.
 
Lo único que se me ocurre pueda estar pasando, es algún issue relacionado 
con bloqueos que ocurran desde ado.net dado el contexto con que se ejecutan 
las consultas.
 
Gracias

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