Hii,
I've a LAMMPS trajectory file for all atomic(AA) simulation for
4,5-Diethyloctane molecule and now i wanna generate a CG trajectory file
from it by using VOTCA. For this i use
"csg_map --top topo-AA.xml --trj traj-AA.dump --out traj-CG.dump --cg
map-AA-CG.xml"
this command however when i run this command, every time it shows me
"Segmentation fault (core dumped)". I'm not understanding where is the
error.
Can you please help me with this?
I attached the mapping files for your references, please find them
Thank you
Missi
--
Join us on Slack: https://join.slack.com/t/votca/signup
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups
"votca" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email
to [email protected].
To view this discussion on the web visit
https://groups.google.com/d/msgid/votca/ddc189fb-7055-4db8-8fed-78bd63c7c759n%40googlegroups.com.
<cg_molecule>
<name>DEOCG</name>
<ident>DEOAA</ident>
<topology>
<cg_beads>
<cg_bead>
<name>A1</name>
<type>A</type>
<mapping>A1</mapping>
<beads>1:DEOAA:C1 1:DEOAA:H1 1:DEOAA:H2 1:DEOAA:H3 1:DEOAA:C2
1:DEOAA:H4 1:DEOAA:H5 1:DEOAA:C3 1:DEOAA:H6 1:DEOAA:H7 1:DEOAA:C4 1:DEOAA:H8
1:DEOAA:C9 1:DEOAA:H17 1:DEOAA:H18 1:DEOAA:C10 1:DEOAA:H19
1:DEOAA:H20 1:DEOAA:H21</beads>
</cg_bead>
<cg_bead>
<name>A2</name>
<type>A</type>
<mapping>A2</mapping>
<beads>1:DEOAA:C5 1:DEOAA:H9 1:DEOAA:C6 1:DEOAA:H10 1:DEOAA:H11 1:DEOAA:C7
1:DEOAA:H12 1:DEOAA:H13 1:DEOAA:C8 1:DEOAA:H14 1:DEOAA:H15 1:DEOAA:H16 1:DEOAA:C11
1:DEOAA:H22 1:DEOAA:H23 1:DEOAA:C12 1:DEOAA:H24 1:DEOAA:H25
1:DEOAA:H26</beads>
</cg_bead>
</cg_beads>
<cg_bonded>
<bond>
<name>bond.A-A</name>
<beads>
A1 A2
</beads>
</bond>
</cg_bonded>
</topology>
<maps>
<map>
<name>A1</name>
<weights> 12 1 1 1 12 1 1 12 1 1 12 1 12 1 1 12 1 1 1 </weights>
</map>
<map>
<name>A2</name>
<weights> 12 1 12 1 1 12 1 1 12 1 1 1 12 1 1 12 1 1 1</weights>
</map>
</maps>
</cg_molecule>
<topology name="">
<molecules>
<clear/>
<molecule name="DEOAA" nmols="600" nbeads="38">
<bead name ="C1" type="1" mass="12.011" q="-0.18"/>
<bead name ="H1" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H2" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H3" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C2" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H4" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H5" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C3" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H6" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H7" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C4" type="1" mass="12.011" q="-0.06"/>
<bead name ="H8" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C5" type="1" mass="12.011" q="-0.06"/>
<bead name ="H9" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C6" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H10" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H11" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C7" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H12" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H13" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C8" type="1" mass="12.011" q="-0.18"/>
<bead name ="H14" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H15" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H16" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C9" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H17" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H18" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C10" type="1" mass="12.011" q="-0.18"/>
<bead name ="H19" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H20" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H21" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C11" type="1" mass="12.011" q="-0.12"/>
<bead name ="H22" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H23" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="C12" type="1" mass="12.011" q="-0.18"/>
<bead name ="H24" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H25" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
<bead name ="H26" type="2" mass="1.0079" q="0.06"/>
</molecule>
</molecules>
<bonded>
<bond>
<name>bond.1</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:C2
DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:C5 DEOAA:C6
DEOAA:C6 DEOAA:C7
DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:C11 DEOAA:C12
</beads>
</bond>
<bond>
<name>bond.2</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:H1
DEOAA:C1 DEOAA:H2
DEOAA:C1 DEOAA:H3
DEOAA:C2 DEOAA:H4
DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:C3 DEOAA:H6
DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:C4 DEOAA:H8
DEOAA:C5 DEOAA:H9
DEOAA:C6 DEOAA:H10
DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:C7 DEOAA:H12
DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:C8 DEOAA:H14
DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:C9 DEOAA:H17
DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:C10 DEOAA:H19
DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:C11 DEOAA:H22
DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:C12 DEOAA:H24
DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:C12 DEOAA:H26
</beads>
</bond>
<angle>
<name>angle.1</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12
DEOAA:C6 DEOAA:5 DEOAA:C11
</beads>
</angle>
<angle>
<name>angle.2</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H4
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:C2
DEOAA:H2 DEOAA:C1 DEOAA:C2
DEOAA:H3 DEOAA:C1 DEOAA:C2
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H6
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:H4 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:H5 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:H8
DEOAA:H6 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:H7 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H17
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:H9
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H10
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H22
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C6
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:C7
DEOAA:H11 DEOAA:C6 DEOAA:HC7
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H12
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:H12 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C13 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H14
DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H19
DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H24
DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H26
DEOAA:H17 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:H18 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:H22 DEOAA:C11 DEOAA:C12
DEOAA:H23 DEOAA:C11 DEOAA:C12
</beads>
</angle>
<angle>
<name>angle.3</name>
<beads>
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:H2
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:H3
DEOAA:H2 DEOAA:C1 DEOAA:H3
DEOAA:H4 DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:H6 DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:H12 DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:H14 DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:H14 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:H15 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:H17 DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:H19 DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:H19 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H20 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H22 DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:H24 DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:H24 DEOAA:C12 DEOAA:H26
DEOAA:H25 DEOAA:C12 DEOAA:H26
</beads>
</angle>
<dihedral>
<name>dihedral.1</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6
DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12
DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12
DEOAA:C7 DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11
</beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral.2</name>
<beads>
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H4
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:H2 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H4
DEOAA:H2 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:H3 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H4
DEOAA:H3 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:H5
DEOAA:H4 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H6
DEOAA:H5 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H6
DEOAA:H4 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:H5 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:H6 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:H8
DEOAA:H7 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:H8
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:H9
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H17
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H10
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H22
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H12
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:H11 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H12
DEOAA:H11 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:H12 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H14
DEOAA:H12 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:H12 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:H13 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H14
DEOAA:H13 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:H13 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:H17 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H19
DEOAA:H17 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:H17 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H18 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H19
DEOAA:H18 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:H18 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H22 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H24
DEOAA:H22 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:H22 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H26
DEOAA:H23 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H24
DEOAA:H23 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:H23 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H26
</beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral.3</name>
<beads>
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H6
DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:H7
DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:H8
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H17
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:H1 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:H2 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:H3 DEOAA:C1 DEOAA:C2 DEOAA:C3
DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:H9
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H10
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H19
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H20
DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10 DEOAA:H21
DEOAA:H4 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:H5 DEOAA:C2 DEOAA:C3 DEOAA:C4
DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H17
DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:H18
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:H11
DEOAA:H6 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H12
DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:H13
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H22
DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:H7 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C5
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C6
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H14
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H15
DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8 DEOAA:H16
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H24
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H25
DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12 DEOAA:H26
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C6 DEOAA:C7
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H22
DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:H23
DEOAA:H11 DEOAA:C6 DEOAA:C7 DEOAA:C8
DEOAA:H6 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:H7 DEOAA:C3 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C4 DEOAA:C9
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C9 DEOAA:C10
DEOAA:H8 DEOAA:C4 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:H10 DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:H11 DEOAA:C6 DEOAA:C5 DEOAA:C11
DEOAA:H9 DEOAA:C5 DEOAA:C11 DEOAA:C12
</beads>
</dihedral>
</bonded>
</topology>
