Hello Christoph,
I am trying to use a manually made topology.xml file in VOTCA. But,
whenever I run it with the following command:
csg_dump --top topology.xml
It always shows Boundary Condition: Open, inspite of box dimension
specified in the topology.xml file.
Here are the first few lines of my topology.xml file, where I have
specified the box dimension.
<topology name="">
<molecules>
<clear/>
<box xx="100.0" yy="100.0" zz="100.0" />
<!-- define molecule, number of beads, number of mols -->
<molecule name="PEOAA" nmols="1" nbeads="75">
<!-- composition of molecule, bead definition -->
<bead name="C1" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C2" type="C" mass="12.0112" q="-0.159" />
Can you please help me with the reason as why the box dimension is not read
by the csg_dump command?
I am also attaching my topology.xml file for your reference.
Thank you.
Sanjeet
--
Join us on Slack: https://join.slack.com/t/votca/signup
---
You received this message because you are subscribed to the Google Groups
"votca" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email
to [email protected].
To view this discussion on the web visit
https://groups.google.com/d/msgid/votca/cb3c6b11-c818-42db-b4c8-07e1feb4ca07n%40googlegroups.com.
<topology name="">
<molecules>
<clear/>
<box xx="100.0" yy="100.0" zz="100.0" />
<!-- define molecule, number of beads, number of mols -->
<molecule name="PEOAA" nmols="1" nbeads="75">
<!-- composition of molecule, bead definition -->
<bead name="C1" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C2" type="C" mass="12.0112" q="-0.159" />
<bead name="O1" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H1" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H2" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H3" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H4" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C3" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C4" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O2" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H6" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H7" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H8" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H9" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C5" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C6" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O3" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H10" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H11" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H12" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H13" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C7" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C8" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O4" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H14" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H15" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H16" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H17" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C9" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C10" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O5" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H18" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H19" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H20" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H21" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C11" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C12" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O6" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H22" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H23" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H24" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H25" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C13" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C14" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O7" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H26" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H27" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H28" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H29" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C15" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C16" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O8" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H30" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H31" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H32" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H33" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C17" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C18" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="O9" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="H34" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H35" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H36" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H37" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="C19" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="C20" type="C" mass="12.0112" q="0.054" />
<bead name="H38" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H39" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H40" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H41" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H5" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="O10" type="O" mass="15.9994" q="-0.32" />
<bead name="C21" type="C" mass="12.0112" q="0.001" />
<bead name="H42" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H43" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
<bead name="H44" type="H" mass="1.00797" q="0.053" />
</molecule>
</molecules>
<!-- bonded terms -->
<bonded>
<bond>
<name>bond1</name>
<beads> PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:C14 PEOAA:C13
PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:C20 PEOAA:C19 </beads>
</bond>
<bond>
<name>bond2</name>
<beads> PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:O4
PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8
PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:O10 PEOAA:C21 </beads>
</bond>
<bond>
<name>bond3</name>
<beads> PEOAA:C2 PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:H3 PEOAA:C2 PEOAA:H5 PEOAA:C1 PEOAA:H1 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:C4 PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:H8 PEOAA:C3
PEOAA:H6 PEOAA:C3 PEOAA:H9 PEOAA:C6 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:H12 PEOAA:C5 PEOAA:H10 PEOAA:C5 PEOAA:H13 PEOAA:C8 PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:H16 PEOAA:C7
PEOAA:H14 PEOAA:C7 PEOAA:H17 PEOAA:C10 PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:H20 PEOAA:C9 PEOAA:H18 PEOAA:C9 PEOAA:H21 PEOAA:C12 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:H24
PEOAA:C11 PEOAA:H22 PEOAA:C11 PEOAA:H25 PEOAA:C14 PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:H28 PEOAA:C13 PEOAA:H26 PEOAA:C13 PEOAA:H29 PEOAA:C16 PEOAA:H31 PEOAA:C16
PEOAA:H32 PEOAA:C15 PEOAA:H30 PEOAA:C15 PEOAA:H33 PEOAA:C18 PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:H36 PEOAA:C17 PEOAA:H34 PEOAA:C17 PEOAA:H37 PEOAA:C20 PEOAA:H39
PEOAA:C20 PEOAA:H40 PEOAA:C19 PEOAA:H38 PEOAA:C19 PEOAA:H41 PEOAA:C21 PEOAA:H42 PEOAA:C21 PEOAA:H43 PEOAA:C21 PEOAA:H44 </beads>
</bond>
<!-- ANGLE TERMS -->
<angle>
<name>angle1</name>
<beads> PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5
PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10
PEOAA:C3 PEOAA:C4 PEOAA:O1 PEOAA:C5 PEOAA:C6 PEOAA:O2 PEOAA:C7 PEOAA:C8 PEOAA:O3 PEOAA:C9 PEOAA:C10 PEOAA:O4 PEOAA:C11 PEOAA:C12 PEOAA:O5
PEOAA:C13 PEOAA:C14 PEOAA:O6 PEOAA:C15 PEOAA:C16 PEOAA:O7 PEOAA:C17 PEOAA:C18 PEOAA:O8 PEOAA:C19 PEOAA:C20 PEOAA:O9 </beads>
</angle>
<angle>
<name>angle2</name>
<beads> PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12
PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 </beads>
</angle>
<angle>
<name>angle3</name>
<beads> PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H3 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:C1 PEOAA:C2 PEOAA:H1 PEOAA:C1 PEOAA:C2
PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H8 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H6 PEOAA:C3 PEOAA:C4 PEOAA:H9 PEOAA:C3 PEOAA:C4 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:C5
PEOAA:H12 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H10 PEOAA:C5 PEOAA:C6 PEOAA:H13 PEOAA:C5 PEOAA:C6 PEOAA:H16 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:C7
PEOAA:H14 PEOAA:C7 PEOAA:C8 PEOAA:H17 PEOAA:C7 PEOAA:C8 PEOAA:H20 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H18 PEOAA:C9 PEOAA:C10
PEOAA:H21 PEOAA:C9 PEOAA:C10 PEOAA:H24 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H22 PEOAA:C11 PEOAA:C12 PEOAA:H25 PEOAA:C11 PEOAA:C12
PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H28 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H26 PEOAA:C13 PEOAA:C14 PEOAA:H29 PEOAA:C13 PEOAA:C14 PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:C15
PEOAA:H32 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H30 PEOAA:C15 PEOAA:C16 PEOAA:H33 PEOAA:C15 PEOAA:C16 PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H36 PEOAA:C18 PEOAA:C17
PEOAA:H34 PEOAA:C17 PEOAA:C18 PEOAA:H37 PEOAA:C17 PEOAA:C18 PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H40 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H38 PEOAA:C19 PEOAA:C20
PEOAA:H41 PEOAA:C19 PEOAA:C20 </beads>
</angle>
<angle>
<name>angle4</name>
<beads> PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:H2 PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:H3 PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:H3 PEOAA:H1 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:H8
PEOAA:H6 PEOAA:C3 PEOAA:H9 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:H12 PEOAA:H10 PEOAA:C5 PEOAA:H13 PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:H16 PEOAA:H14 PEOAA:C7 PEOAA:H17
PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:H20 PEOAA:H18 PEOAA:C9 PEOAA:H21 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:H24 PEOAA:H22 PEOAA:C11 PEOAA:H25 PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:H28
PEOAA:H26 PEOAA:C13 PEOAA:H29 PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:H32 PEOAA:H30 PEOAA:C15 PEOAA:H33 PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:H36 PEOAA:H34 PEOAA:C17 PEOAA:H37
PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:H40 PEOAA:H38 PEOAA:C19 PEOAA:H41 PEOAA:H42 PEOAA:C21 PEOAA:H43 PEOAA:H42 PEOAA:C21 PEOAA:H44 PEOAA:H43 PEOAA:C21 PEOAA:H44
</beads>
</angle>
<angle>
<name>angle5</name>
<beads> PEOAA:H1 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:H4 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:O1 PEOAA:H8 PEOAA:C4 PEOAA:O1 PEOAA:H6 PEOAA:C3 PEOAA:O2
PEOAA:H9 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:O2 PEOAA:H12 PEOAA:C6 PEOAA:O2 PEOAA:H10 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:H13 PEOAA:C5 PEOAA:O3
PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:O3 PEOAA:H16 PEOAA:C8 PEOAA:O3 PEOAA:H14 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:H17 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:O4
PEOAA:H20 PEOAA:C10 PEOAA:O4 PEOAA:H18 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:H21 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:O5 PEOAA:H24 PEOAA:C12 PEOAA:O5
PEOAA:H22 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:H25 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:O6 PEOAA:H28 PEOAA:C14 PEOAA:O6 PEOAA:H26 PEOAA:C13 PEOAA:O7
PEOAA:H29 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:O7 PEOAA:H32 PEOAA:C16 PEOAA:O7 PEOAA:H30 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:H33 PEOAA:C15 PEOAA:O8
PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:O8 PEOAA:H36 PEOAA:C18 PEOAA:O8 PEOAA:H34 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:H37 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:O9
PEOAA:H40 PEOAA:C20 PEOAA:O9 PEOAA:H38 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:H41 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:H42 PEOAA:C21 PEOAA:O10 PEOAA:H43 PEOAA:C21 PEOAA:O10 PEOAA:H44 PEOAA:C21 PEOAA:O10
</beads>
</angle>
<!-- DIHEDRAL TERMS -->
<dihedral>
<name>dihedral1</name>
<beads> PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H1 PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H1
PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:H3 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H1 PEOAA:H3 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:H4 PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H6
PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H9 PEOAA:H8 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H6 PEOAA:H8 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H9 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H13
PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H10 PEOAA:H12 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H13 PEOAA:H12 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H10
PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H14 PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H17 PEOAA:H16 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H14
PEOAA:H16 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H17 PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H18 PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H21
PEOAA:H20 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H18 PEOAA:H20 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H21 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H22
PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H25 PEOAA:H24 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H22 PEOAA:H24 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H25
PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H26 PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H29 PEOAA:H28 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H26
PEOAA:H28 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H29 PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H30 PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H33
PEOAA:H32 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H30 PEOAA:H32 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H33 PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H34
PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H37 PEOAA:H36 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H34 PEOAA:H36 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H37
PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H38 PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H41 PEOAA:H40 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H38
PEOAA:H40 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H41 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral2</name>
<beads> PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8
PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14
PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral3</name>
<beads> PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7
PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13
PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral4</name>
<beads> PEOAA:H5 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:H3 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:H2 PEOAA:C2 PEOAA:C1 PEOAA:O1
PEOAA:H7 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:H8 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:H11 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3
PEOAA:H12 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:H15 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:H16 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4
PEOAA:H19 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:H20 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:H23 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6
PEOAA:H24 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:H27 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:H28 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7
PEOAA:H31 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:H32 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:H35 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9
PEOAA:H36 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:H39 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:H40 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral5</name>
<beads> PEOAA:H1 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:H4 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:H6 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6
PEOAA:H9 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:H10 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:H13 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8
PEOAA:H14 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:H17 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:H18 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12
PEOAA:H21 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:H22 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:H25 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14
PEOAA:H26 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:H29 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:H30 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18
PEOAA:H33 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:H34 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:H37 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:H38 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21
PEOAA:H41 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral6</name>
<beads> PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:H7 PEOAA:C1 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:H8 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:H11
PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:H12 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:H15 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:H16
PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:H19 PEOAA:C7 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:H20 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:H23
PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:H24 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:H27 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:H28
PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:H31 PEOAA:C13 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:H32 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:H35
PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:H36 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:H39 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:H40 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 PEOAA:H42
PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 PEOAA:H43 PEOAA:C19 PEOAA:O10 PEOAA:C21 PEOAA:H44 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral7</name>
<beads> PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H6 PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:H9 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H10
PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:H13 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H14 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:H17
PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H18 PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:H21 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H22
PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:H25 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H26 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:H29
PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H30 PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:H33 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H34
PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:H37 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H38 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:H41 </beads>
</dihedral>
<dihedral>
<name>dihedral8</name>
<beads> PEOAA:O1 PEOAA:C4 PEOAA:C3 PEOAA:O2 PEOAA:O2 PEOAA:C6 PEOAA:C5 PEOAA:O3 PEOAA:O3 PEOAA:C8 PEOAA:C7 PEOAA:O4
PEOAA:O4 PEOAA:C10 PEOAA:C9 PEOAA:O5 PEOAA:O5 PEOAA:C12 PEOAA:C11 PEOAA:O6 PEOAA:O6 PEOAA:C14 PEOAA:C13 PEOAA:O7
PEOAA:O7 PEOAA:C16 PEOAA:C15 PEOAA:O8 PEOAA:O8 PEOAA:C18 PEOAA:C17 PEOAA:O9 PEOAA:O9 PEOAA:C20 PEOAA:C19 PEOAA:O10 </beads>
</dihedral>
</bonded>
</topology>
