[votca] Problem in reading mol id from .dump LAMMPS file

Sanjeet Singh Sun, 26 Feb 2023 10:38:57 -0800

Hello Everyone,

I am trying to generate RDF for a Homopolymer electrolyte system using 
csg_stat command as below:


csg_stat --top topology.xml --trj Trajectory2.dump --cg 
"PL.xml;SI.xml;L.xml" --options NONBON-RDF.xml 

But, I am getting the below error:

Reading frame, timestep 0
0.129656
 2.17926
 1.35263  1.58523
 1.21644
0.158685
an error occurred:
coarse-grained bead is bigger than half the box 
 (atoms CT1 (id 766), FT15 (id 780), molecule 12)

>From the above message, it can be seen that the error occurred at timestep 
0. So, I tried to verify the error. The coordinates of the atoms with id 
766 and id 780 are read correctly from the trajectory file. But, atom CT1 
and FT15 belong to molecule 13, and not 12. CT1 should be actually LI1 as 
per my topology.

Actually, my system consists of 10 polymer chains and 7 ion pairs. So, I 
have three types of molecules in my system: first polymer, second anion, 
and third cation. And, in the LAMMPS data file the atoms are listed such 
that first it gives the coordinates of the atoms of the 10 polymer chains, 
followed by the coordinates of the first anion and cation, then the 
coordinates of the second anion and cation, and so on.

But, csg_stat is reading the trajectory in such a way that the LAMMPS data 
file first lists the coordinates of the 10 polymer chains, followed by the 
coordinates of the 7 anions in my system, and then the 7 cations, which is 
not the correct order. 

I have also verified this using csg_dump command. 

Can you please suggest to me how to correct this? Maybe a possible 
workaround for this?

Please find attached my topology, and mapping file.

Thank you.

Sanjeet









-- 
Join us on Slack: https://join.slack.com/t/votca/signup
--- 
You received this message because you are subscribed to the Google Groups 
"votca" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email 
to [email protected].
To view this discussion on the web visit 
https://groups.google.com/d/msgid/votca/f7627abb-56c9-45e8-b614-6576eac1c22bn%40googlegroups.com.

<cg_molecule>
<name>PLCG</name>
<ident>PL</ident>
<topology>
<cg_beads>
    <cg_bead>
        <name>A1</name>
        <type>A</type>
        <mapping>A</mapping>
        <beads>1:PL:O1 1:PL:C1 1:PL:C2 1:PL:H1 1:PL:H2 1:PL:H3 1:PL:H4 1:PL:H5</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B1</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O2 1:PL:C3 1:PL:C4 1:PL:H6 1:PL:H7 1:PL:H8 1:PL:H9</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B2</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O3 1:PL:C5 1:PL:C6 1:PL:H10 1:PL:H11 1:PL:H12 1:PL:H13</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B3</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O4 1:PL:C7 1:PL:C8 1:PL:H14 1:PL:H15 1:PL:H16 1:PL:H17</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B4</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O5 1:PL:C9 1:PL:C10 1:PL:H18 1:PL:H19 1:PL:H20 1:PL:H21</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B5</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O6 1:PL:C11 1:PL:C12 1:PL:H22 1:PL:H23 1:PL:H24 1:PL:H25</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B6</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O7 1:PL:C13 1:PL:C14 1:PL:H26 1:PL:H27 1:PL:H28 1:PL:H29</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B7</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O8 1:PL:C15 1:PL:C16 1:PL:H30 1:PL:H31 1:PL:H32 1:PL:H33</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>B8</name>
        <type>B</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:PL:O9 1:PL:C17 1:PL:C18 1:PL:H34 1:PL:H35 1:PL:H36 1:PL:H37</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>C1</name>
        <type>C</type>
        <mapping>C</mapping>
        <beads>1:PL:O10 1:PL:C19 1:PL:C20 1:PL:C21 1:PL:H38 1:PL:H39 1:PL:H40 1:PL:H41 1:PL:H42 1:PL:H43 1:PL:H44</beads>
    </cg_bead>
</cg_beads>
<cg_bonded>

<!-- FIRST TYPE OF BOND -->
    <bond>
        <name>bond-AB</name>
        <beads>
        A1 B1
        </beads>
    </bond>
    
<!-- SECOND TYPE OF BOND -->    
    <bond>
        <name>bond-BB</name>
        <beads>
        B1 B2
        B2 B3
        B3 B4
        B4 B5
        B5 B6
        B6 B7
        B7 B8
        </beads>
    </bond>
    
    <!-- THIRD TYPE OF BOND -->
    <bond>
        <name>bond-BC</name>
        <beads>
        B8 C1
        </beads>
    </bond>
    
<!-- FIRST TYPE OF ANGLE -->    
    <angle>
        <name>angle-ABB</name>
        <beads>
        A1 B1 B2
        </beads>
    </angle>
    
<!-- SECOND TYPE OF ANGLE -->    
    <angle>
        <name>angle-BBB</name>
        <beads>
        B1 B2 B3
        B2 B3 B4
        B3 B4 B5
        B4 B5 B6
        B5 B6 B7
        B6 B7 B8
        </beads>
    </angle>
    
<!-- THIRD TYPE OF ANGLE -->    
    <angle>
        <name>angle-BBC</name>
        <beads>
        B7 B8 C1
        </beads>
    </angle>
    
<!-- FIRST TYPE OF DIHEDRAL -->    
    <dihedral>
        <name>dihedral-ABBB</name>
        <beads>
        A1 B1 B2 B3
        </beads>
    </dihedral>
    
<!-- SECOND TYPE OF DIHEDRAL -->    
    <dihedral>
        <name>dihedral-BBBB</name>
        <beads>
        B1 B2 B3 B4
        B2 B3 B4 B5
        B3 B4 B5 B6
        B4 B5 B6 B7
        B5 B6 B7 B8
        </beads>
    </dihedral>  
    
<!-- THIRD TYPE OF DIHEDRAL -->    
    <dihedral>
        <name>dihedral-BBBC</name>
        <beads>
        B6 B7 B8 C1
        </beads>
    </dihedral>   
</cg_bonded>
</topology>

<!-- MAPPING SCHEME --> 
<maps>
    <map>
        <name>A</name>
        <weights>15.9994 12.0112 12.0112 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797</weights>
    </map>
    <map>
        <name>B</name>
        <weights>15.9994 12.0112 12.0112 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797</weights>
    </map>
    <map>
        <name>C</name>
        <weights>15.9994 12.0112 12.0112 12.0112 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797 1.00797</weights>
    </map>    
</maps>
</cg_molecule>

<cg_molecule>
<name>SICG</name>
<ident>SI</ident>
<topology>
<cg_beads>
    <cg_bead>
        <name>F1</name>
        <type>F</type>
        <mapping>A</mapping>
        <beads>1:SI:CT1 1:SI:FT13 1:SI:FT14 1:SI:FT15</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>S1</name>
        <type>S</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:SI:ST2 1:SI:OT8 1:SI:OT9</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>N1</name>
        <type>N</type>
        <mapping>C</mapping>
        <beads>1:SI:NT3</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>S2</name>
        <type>S</type>
        <mapping>B</mapping>
        <beads>1:SI:ST4 1:SI:OT6 1:SI:OT7</beads>
    </cg_bead>
    <cg_bead>
        <name>F2</name>
        <type>F</type>
        <mapping>A</mapping>
        <beads>1:SI:CT5 1:SI:FT10 1:SI:FT11 1:SI:FT12</beads>
    </cg_bead>
</cg_beads>

<cg_bonded>

<!-- FIRST TYPE OF BOND -->
    <bond>
        <name>bond-FS</name>
        <beads>
        F1 S1
        F2 S2
        </beads>
    </bond>
    
<!-- SECOND TYPE OF BOND -->    
    <bond>
        <name>bond-SN</name>
        <beads>
        S1 N1
        S2 N1
        </beads>
    </bond>
    
<!-- FIRST TYPE OF ANGLE -->    
    <angle>
        <name>angle-FSN</name>
        <beads>
        F1 S1 N1
        F2 S2 N1
        </beads>
    </angle>
    
<!-- SECOND TYPE OF ANGLE -->    
    <angle>
        <name>angle-SNS</name>
        <beads>
        S1 N1 S2
        </beads>
    </angle>
        
<!-- FIRST TYPE OF DIHEDRAL -->    
    <dihedral>
        <name>dihedral-FSNS</name>
        <beads>
        F1 S1 N1 S2
        F2 S2 N1 S1
        </beads>
    </dihedral>    
</cg_bonded>
</topology>

<!-- MAPPING SCHEME --> 
<maps>
    <map>
        <name>A</name>
        <weights>12.01115 18.99840 18.99840 18.99840</weights>
    </map>
    <map>
        <name>B</name>
        <weights>32.06400 15.99940 15.99940</weights>
    </map>
    <map>
        <name>C</name>
        <weights>14.00670</weights>
    </map>    
</maps>
</cg_molecule>

<cg_molecule>
 <name>LCG</name>
 <ident>L</ident>
 <topology>
  <cg_beads>
    <cg_bead>
        <name>L</name>
        <type>L</type>
        <mapping>A</mapping>
        <beads>1:L:LI1 </beads>
    </cg_bead>
  </cg_beads>
 </topology>

<!-- MAPPING SCHEME --> 
<maps>
    <map>
        <name>A</name>
        <weights>6.9400</weights>
    </map>
</maps>
</cg_molecule>

bond1 PL:C2 PL:C1 PL:C4 PL:C3 PL:C6 PL:C5 PL:C8 PL:C7 PL:C10 PL:C9 PL:C12 PL:C11 PL:C14 PL:C13 PL:C16 PL:C15 PL:C18 PL:C17 PL:C20 PL:C19 bond2 PL:C1 PL:O1 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:O10 PL:O10 PL:C21 bond3 PL:C2 PL:H2 PL:C2 PL:H3 PL:C2 PL:H5 PL:C1 PL:H1 PL:C1 PL:H4 PL:C4 PL:H7 PL:C4 PL:H8 PL:C3 PL:H6 PL:C3 PL:H9 PL:C6 PL:H11 PL:C6 PL:H12 PL:C5 PL:H10 PL:C5 PL:H13 PL:C8 PL:H15 PL:C8 PL:H16 PL:C7 PL:H14 PL:C7 PL:H17 PL:C10 PL:H19 PL:C10 PL:H20 PL:C9 PL:H18 PL:C9 PL:H21 PL:C12 PL:H23 PL:C12 PL:H24 PL:C11 PL:H22 PL:C11 PL:H25 PL:C14 PL:H27 PL:C14 PL:H28 PL:C13 PL:H26 PL:C13 PL:H29 PL:C16 PL:H31 PL:C16 PL:H32 PL:C15 PL:H30 PL:C15 PL:H33 PL:C18 PL:H35 PL:C18 PL:H36 PL:C17 PL:H34 PL:C17 PL:H37 PL:C20 PL:H39 PL:C20 PL:H40 PL:C19 PL:H38 PL:C19 PL:H41 PL:C21 PL:H42 PL:C21 PL:H43 PL:C21 PL:H44 bond4 SI:CT1 SI:FT13 SI:CT1 SI:FT14 SI:CT1 SI:FT15 SI:CT5 SI:FT10 SI:CT5 SI:FT11 SI:CT5 SI:FT12 bond5 SI:CT1 SI:ST2 SI:CT5 SI:ST4 bond6 SI:ST2 SI:OT8 SI:ST2 SI:OT9 SI:ST4 SI:OT6 SI:ST4 SI:OT7 bond7 SI:ST2 SI:NT3 SI:ST4 SI:NT3 angle1 PL:C2 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:O10 PL:C3 PL:C4 PL:O1 PL:C5 PL:C6 PL:O2 PL:C7 PL:C8 PL:O3 PL:C9 PL:C10 PL:O4 PL:C11 PL:C12 PL:O5 PL:C13 PL:C14 PL:O6 PL:C15 PL:C16 PL:O7 PL:C17 PL:C18 PL:O8 PL:C19 PL:C20 PL:O9 angle2 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:O10 PL:C21 angle3 PL:H2 PL:C2 PL:C1 PL:H5 PL:C2 PL:C1 PL:H3 PL:C2 PL:C1 PL:H4 PL:C1 PL:C2 PL:H1 PL:C1 PL:C2 PL:H7 PL:C4 PL:C3 PL:H8 PL:C4 PL:C3 PL:H6 PL:C3 PL:C4 PL:H9 PL:C3 PL:C4 PL:H11 PL:C6 PL:C5 PL:H12 PL:C6 PL:C5 PL:H10 PL:C5 PL:C6 PL:H13 PL:C5 PL:C6 PL:H16 PL:C8 PL:C7 PL:H15 PL:C8 PL:C7 PL:H14 PL:C7 PL:C8 PL:H17 PL:C7 PL:C8 PL:H20 PL:C10 PL:C9 PL:H19 PL:C10 PL:C9 PL:H18 PL:C9 PL:C10 PL:H21 PL:C9 PL:C10 PL:H24 PL:C12 PL:C11 PL:H23 PL:C12 PL:C11 PL:H22 PL:C11 PL:C12 PL:H25 PL:C11 PL:C12 PL:H27 PL:C14 PL:C13 PL:H28 PL:C14 PL:C13 PL:H26 PL:C13 PL:C14 PL:H29 PL:C13 PL:C14 PL:H31 PL:C16 PL:C15 PL:H32 PL:C16 PL:C15 PL:H30 PL:C15 PL:C16 PL:H33 PL:C15 PL:C16 PL:H35 PL:C18 PL:C17 PL:H36 PL:C18 PL:C17 PL:H34 PL:C17 PL:C18 PL:H37 PL:C17 PL:C18 PL:H39 PL:C20 PL:C19 PL:H40 PL:C20 PL:C19 PL:H38 PL:C19 PL:C20 PL:H41 PL:C19 PL:C20 angle4 PL:H5 PL:C2 PL:H2 PL:H5 PL:C2 PL:H3 PL:H2 PL:C2 PL:H3 PL:H1 PL:C1 PL:H4 PL:H7 PL:C4 PL:H8 PL:H6 PL:C3 PL:H9 PL:H11 PL:C6 PL:H12 PL:H10 PL:C5 PL:H13 PL:H15 PL:C8 PL:H16 PL:H14 PL:C7 PL:H17 PL:H19 PL:C10 PL:H20 PL:H18 PL:C9 PL:H21 PL:H23 PL:C12 PL:H24 PL:H22 PL:C11 PL:H25 PL:H27 PL:C14 PL:H28 PL:H26 PL:C13 PL:H29 PL:H31 PL:C16 PL:H32 PL:H30 PL:C15 PL:H33 PL:H35 PL:C18 PL:H36 PL:H34 PL:C17 PL:H37 PL:H39 PL:C20 PL:H40 PL:H38 PL:C19 PL:H41 PL:H42 PL:C21 PL:H43 PL:H42 PL:C21 PL:H44 PL:H43 PL:C21 PL:H44 angle5 PL:H1 PL:C1 PL:O1 PL:H4 PL:C1 PL:O1 PL:H7 PL:C4 PL:O1 PL:H8 PL:C4 PL:O1 PL:H6 PL:C3 PL:O2 PL:H9 PL:C3 PL:O2 PL:H11 PL:C6 PL:O2 PL:H12 PL:C6 PL:O2 PL:H10 PL:C5 PL:O3 PL:H13 PL:C5 PL:O3 PL:H15 PL:C8 PL:O3 PL:H16 PL:C8 PL:O3 PL:H14 PL:C7 PL:O4 PL:H17 PL:C7 PL:O4 PL:H19 PL:C10 PL:O4 PL:H20 PL:C10 PL:O4 PL:H18 PL:C9 PL:O5 PL:H21 PL:C9 PL:O5 PL:H23 PL:C12 PL:O5 PL:H24 PL:C12 PL:O5 PL:H22 PL:C11 PL:O6 PL:H25 PL:C11 PL:O6 PL:H27 PL:C14 PL:O6 PL:H28 PL:C14 PL:O6 PL:H26 PL:C13 PL:O7 PL:H29 PL:C13 PL:O7 PL:H31 PL:C16 PL:O7 PL:H32 PL:C16 PL:O7 PL:H30 PL:C15 PL:O8 PL:H33 PL:C15 PL:O8 PL:H35 PL:C18 PL:O8 PL:H36 PL:C18 PL:O8 PL:H34 PL:C17 PL:O9 PL:H37 PL:C17 PL:O9 PL:H39 PL:C20 PL:O9 PL:H40 PL:C20 PL:O9 PL:H38 PL:C19 PL:O10 PL:H41 PL:C19 PL:O10 PL:H42 PL:C21 PL:O10 PL:H43 PL:C21 PL:O10 PL:H44 PL:C21 PL:O10 angle6 SI:FT13 SI:CT1 SI:FT14 SI:FT13 SI:CT1 SI:FT15 SI:FT14 SI:CT1 SI:FT15 SI:FT10 SI:CT5 SI:FT11 SI:FT10 SI:CT5 SI:FT12 SI:FT11 SI:CT5 SI:FT12 angle7 SI:FT13 SI:CT1 SI:ST2 SI:FT14 SI:CT1 SI:ST2 SI:FT15 SI:CT1 SI:ST2 SI:FT10 SI:CT5 SI:ST4 SI:FT11 SI:CT5 SI:ST4 SI:FT12 SI:CT5 SI:ST4 angle8 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT8 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT9 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT6 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT7 angle9 SI:CT1 SI:ST2 SI:NT3 SI:CT5 SI:ST4 SI:NT3 angle10 SI:OT8 SI:ST2 SI:NT3 SI:OT9 SI:ST2 SI:NT3 SI:OT6 SI:ST4 SI:NT3 SI:OT7 SI:ST4 SI:NT3 angle11 SI:OT8 SI:ST2 SI:OT9 SI:OT6 SI:ST4 SI:OT7 angle12 SI:ST2 SI:NT3 SI:ST4 dihedral1 PL:H5 PL:C2 PL:C1 PL:H1 PL:H5 PL:C2 PL:C1 PL:H4 PL:H2 PL:C2 PL:C1 PL:H1 PL:H2 PL:C2 PL:C1 PL:H4 PL:H3 PL:C2 PL:C1 PL:H1 PL:H3 PL:C2 PL:C1 PL:H4 PL:H7 PL:C4 PL:C3 PL:H6 PL:H7 PL:C4 PL:C3 PL:H9 PL:H8 PL:C4 PL:C3 PL:H6 PL:H8 PL:C4 PL:C3 PL:H9 PL:H11 PL:C6 PL:C5 PL:H13 PL:H11 PL:C6 PL:C5 PL:H10 PL:H12 PL:C6 PL:C5 PL:H13 PL:H12 PL:C6 PL:C5 PL:H10 PL:H15 PL:C8 PL:C7 PL:H14 PL:H15 PL:C8 PL:C7 PL:H17 PL:H16 PL:C8 PL:C7 PL:H14 PL:H16 PL:C8 PL:C7 PL:H17 PL:H19 PL:C10 PL:C9 PL:H18 PL:H19 PL:C10 PL:C9 PL:H21 PL:H20 PL:C10 PL:C9 PL:H18 PL:H20 PL:C10 PL:C9 PL:H21 PL:H23 PL:C12 PL:C11 PL:H22 PL:H23 PL:C12 PL:C11 PL:H25 PL:H24 PL:C12 PL:C11 PL:H22 PL:H24 PL:C12 PL:C11 PL:H25 PL:H27 PL:C14 PL:C13 PL:H26 PL:H27 PL:C14 PL:C13 PL:H29 PL:H28 PL:C14 PL:C13 PL:H26 PL:H28 PL:C14 PL:C13 PL:H29 PL:H31 PL:C16 PL:C15 PL:H30 PL:H31 PL:C16 PL:C15 PL:H33 PL:H32 PL:C16 PL:C15 PL:H30 PL:H32 PL:C16 PL:C15 PL:H33 PL:H35 PL:C18 PL:C17 PL:H34 PL:H35 PL:C18 PL:C17 PL:H37 PL:H36 PL:C18 PL:C17 PL:H34 PL:H36 PL:C18 PL:C17 PL:H37 PL:H39 PL:C20 PL:C19 PL:H38 PL:H39 PL:C20 PL:C19 PL:H41 PL:H40 PL:C20 PL:C19 PL:H38 PL:H40 PL:C20 PL:C19 PL:H41 dihedral2 PL:C2 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:C20 PL:C19 PL:O10 PL:C21 dihedral3 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:C19 dihedral4 PL:H5 PL:C2 PL:C1 PL:O1 PL:H3 PL:C2 PL:C1 PL:O1 PL:H2 PL:C2 PL:C1 PL:O1 PL:H7 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:H8 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:H11 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:H12 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:H15 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:H16 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:H19 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:H20 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:H23 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:H24 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:H27 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:H28 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:H31 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:H32 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:H35 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:H36 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:H39 PL:C20 PL:C19 PL:O10 PL:H40 PL:C20 PL:C19 PL:O10 dihedral5 PL:H1 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:H4 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:H6 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:H9 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:H10 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:H13 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:H14 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:H17 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:H18 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:H21 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:H22 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:H25 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:H26 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:H29 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:H30 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:H33 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:H34 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:H37 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:H38 PL:C19 PL:O10 PL:C21 PL:H41 PL:C19 PL:O10 PL:C21 dihedral6 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:H7 PL:C1 PL:O1 PL:C4 PL:H8 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:H11 PL:C3 PL:O2 PL:C6 PL:H12 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:H15 PL:C5 PL:O3 PL:C8 PL:H16 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:H19 PL:C7 PL:O4 PL:C10 PL:H20 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:H23 PL:C9 PL:O5 PL:C12 PL:H24 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:H27 PL:C11 PL:O6 PL:C14 PL:H28 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:H31 PL:C13 PL:O7 PL:C16 PL:H32 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:H35 PL:C15 PL:O8 PL:C18 PL:H36 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:H39 PL:C17 PL:O9 PL:C20 PL:H40 PL:C19 PL:O10 PL:C21 PL:H42 PL:C19 PL:O10 PL:C21 PL:H43 PL:C19 PL:O10 PL:C21 PL:H44 dihedral7 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:H6 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:H9 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:H10 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:H13 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:H14 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:H17 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:H18 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:H21 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:H22 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:H25 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:H26 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:H29 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:H30 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:H33 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:H34 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:H37 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:H38 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:H41 dihedral8 PL:O1 PL:C4 PL:C3 PL:O2 PL:O2 PL:C6 PL:C5 PL:O3 PL:O3 PL:C8 PL:C7 PL:O4 PL:O4 PL:C10 PL:C9 PL:O5 PL:O5 PL:C12 PL:C11 PL:O6 PL:O6 PL:C14 PL:C13 PL:O7 PL:O7 PL:C16 PL:C15 PL:O8 PL:O8 PL:C18 PL:C17 PL:O9 PL:O9 PL:C20 PL:C19 PL:O10 dihedral9 SI:FT13 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT8 SI:FT13 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT9 SI:FT14 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT8 SI:FT14 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT9 SI:FT15 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT8 SI:FT15 SI:CT1 SI:ST2 SI:OT9 SI:FT10 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT6 SI:FT10 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT7 SI:FT11 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT6 SI:FT11 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT7 SI:FT12 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT6 SI:FT12 SI:CT5 SI:ST4 SI:OT7 dihedral10 SI:FT13 SI:CT1 SI:ST2 SI:NT3 SI:FT14 SI:CT1 SI:ST2 SI:NT3 SI:FT15 SI:CT1 SI:ST2 SI:NT3 SI:FT10 SI:CT5 SI:ST4 SI:NT3 SI:FT11 SI:CT5 SI:ST4 SI:NT3 SI:FT12 SI:CT5 SI:ST4 SI:NT3 dihedral11 SI:OT8 SI:ST2 SI:NT3 SI:ST4 SI:OT9 SI:ST2 SI:NT3 SI:ST4 SI:OT6 SI:ST4 SI:NT3 SI:ST2 SI:OT7 SI:ST4 SI:NT3 SI:ST2 dihedral12 SI:CT1 SI:ST2 SI:NT3 SI:ST4 SI:CT5 SI:ST4 SI:NT3 SI:ST2

[votca] Problem in reading mol id from .dump LAMMPS file

Reply via email to