Yth. Peserta ZOA-BIOTEK-2001,

Berikut kami sampaikan jawaban dari Dr. Edy Meiyanto tentang DNA 
array, menanggapi pertanyaan dari Sdr. Dedy.

Moderator

Dedy H.B. Wicaksono

==================================================

Dedy:
-------

>> >1. DNA array, sesuai dengan penjelasan Bapak, menurut
>>saya hanya bisa dipakai untuk menyelidiki interaksi
>>suatu chemical / calon obat secara langsung dengan
>>suatu gen tertentu. Padahal terjadinya penyakit pada
>>manusia, 'kan juga melibatkan interaksi suatu chemical
>>dengan biomolekul pada tingkat yang lain? Misalnya
>>interaksi dengan receptor di membran sel, atau
>>interaksi dengan signalling protein di bagian sel lain
>>di luar nukleus tempat chromosome berada. Bagaimana
>>farmakogenomik menangani hal ini? Artinya, interaksi
>>bukan terjadi pada level gen, tetapi terjadi pada
>>protein atau RNA yang diekspresikan oleh gen itu. Nah,
>>kalau yang begini 'kan tdk bisa ditangani DNA array.
>>Pakai apa, lalu, Pak Edy?

Dr. Edy Meiyanto:
===================

Pak Dedy Yth...
Pada dasarnya ada dua macam teknik yang dikembangkan dalam DNA chips 
ini 
sesuai dengan tujuannya. Pertama adalah DNA chips yang digunakan untuk 
analisis global gene expression. Model DNA chip ini sering juga dinamakan 

cDNA microarray, karena fragmen DNA yang ditata di atas chip tersebut 
adalah hasil amplifikasi cDNA dari target gen yang akan dianalisis.
Yang 
kedua dinamakan oligonucleotide chips, karena yang ditata diatas chip 
tersebut berupa potongan pendek DNA (oligo). Model ini sering digunakan 
untuk analisis adanya mutasi gen; misalnya untuk mengetahui adanya 
single 
nucleotide polymorphisms (SNPs).
Benar, bahwa adanya kelinan fisiologis (penyakit) bisa dikarenakan oleh 
adanya abnormalitas yang terjadi di dalam interaksi molekul biologi 
... 
namun bila kita telusuri, abnormalitas ini dapat merupakan akibat, atau 
mengakibatkan beberapa keadaan, misalnya:
1. Adanya perubahan struktur protein, karena sekuennya berubah;... yang 
berarti juga terdapat perubahan sekuen DNA pada gen yang mengekspresi 
...
2. Adanya perubahan pola ekspresi gen sehingga proteinnya over expressed,

atau suppressed.
3. Keadaan-keadaan tersebut bisa mengakibatkan pola ekspresi genetik di 
dalam sel sehingga akan muncul sebagai keadaan yang potologis.
Demikian halnya dengan obat/calon obat. Bahan ini dapat berinterkasi 
dengan 
molekul biologi sehingga mengakibakan respon yang bermacam-macam. 
Respon-respon tersebut pada dasarnya juga dipengaruhi dan mengakibatkan 
hal-hal seperti yang disebut di atas.
Nah, berkaitan dengan DNA chips technology, keadaan no. 2 dan 3 dapat 
dianalisis dengan cDNA microarray. Sedang untuk keadaan yang pertama,
dapat 
dianalisis dengan olygonucleotdes microarray.
Perlu dicatat di sini bahwa dalam analisis dengan DNA chip bukan 
berarti 
menganalisis adanya interaksi suatu bahan (chemicals) dengan gen 
tertentu, 
melainkan melakukan analisis ekspresi gen (untuk cDNA microarray) 
akibat 
adanya interkasi suatu bahan (chemiclas) dengan molekul biologi. Pola 
ekspresi gen inilah yang digunakan untuk menentukan status keadaan 
patologis dari sampel biologi yang dianalisis.
Maaf bila keterangan pada makalah saya kurang jelas ...


> > Dedy:
-----------
>>2. DNA Array dibuat dengan meng-immobilisasi deret
>>fungsional gen yang diketahui di atas permukaan suatu
>>substrat. Dengan "menimpakan" suatu zat atau bahan
>>kimia atau lainnya, kita bisa mengetahui ada tidaknya
>>interaksi dengan deret2 fungsional gen tsb. Tetapi,
>>masalahnya adalah, pada proses transkripsi yg asli
>>dalam sel, bukankah sering terdapat interaksi yang
>>rumit antara beberapa deret gen pada tempat yang bisa
>>dekat ataupun jauh. Misal, kita kenal adanya deret
>>enhacer, promoter, atau inhibitor,dll. BAgaimana ini
>>bisa diduplikasi/di-mimetik-i dengan DNA-array?


Dr. Edy Meiyanto:
==================
jumlah dan jenis serta cara penataan gen pada cDNA array dibuat sesuai 
dengan kebutuhannya. Atau sebaliknya, jika kita mau melakukan analisis 
untuk tujuan tertentu, kita bisa memilih jenis cDNA microarray yang 
sudah 
tersedia di pasaran. Memang, umumnya penataannya dikelompokkan sesuai 
dengan fungsinya yang saling berkaitan; misalnya kelompok TNF-a signaling 

dsb. Dan penempatan spot pada chip tersebut pada dasarnya tidak mempengarui 

pada analisisnya. Dan, sejauh ini, alat ini utamanya ditujukan untuk 
analisis ekspresi gen secara global ... dan ini sangat bermanfaat untuk 
mengetahui pola ekspresi gen serta sebagai langkah awal untuk menganalisis 

keterkaitan ekspresi gen satu dengan lainnya; apalagi setelah dikembangkan 

dengan sistem differential expression dengan dua jenis fluoresceins.
Sedang 
untuk mengetahui lebih rinci mekanisme ekspresi gen tertentu, maka 
diperlukan teknik lain sebagaimana pekerjaan biologi molekuler pada 
umumnya ....
Demikian dari saya, maaf bila kurang pas dengan pertanyaannya ... Saya 
senang bila ada yang bersedia menambah keterangan ... dan saya ucapkan 
terimakasih ...

Wassalam,
Edy Meiyanto






Reply via email to