Então galera, graças a valiosa ajuda do Rodrigo e conforme prometi,
vou passar aqui como consegui resolver este problema:

Antes de iniciar, alerto que utilizei um Set Access Rule para poder
utilizar um skin para front-end e outro para back-end, que pode ser
conferido na seguinte URL:  

http://plone.org/documentation/how-to/select-skin-by-url

A minha estrutura ficou semelhante a esta:

{root_folder}/portal{folder}/site{plone_site com portal-skin}
e
{root_folder}/portal{folder}/admin{acess_rule que muda a skin para
portal-skin-admin}

1) Criei as duas skins que precisava usando o DIYPloneStyle através do
comando:
front-end:
# python generator.py -p portal-skin 

back-end:
# python generator.py -p portal-skin-admin 

* no diretório Products/DIYPloneStyle/bin (ele vai gerar os produtos
em {caminho_do_plone}/Products/{nome_da_skin}.

* Instale as skins e restarte o zope.

* confira a pilha de diretórios através da aba "Properties" da
ferramenta portal_skins. Caso você tenha instalado algum produto
anterior a instalação destas skins, a pilha de tais skins poderão não
vir a conter as camadas de produtos instalados anteriormente e
possivelmente apresentar erros no portal. 

2) Customizei a skin do front-end conforme as especificações do
projeto e fiz leves customizações na skin do back-end.

3) Para as seções que no front-end eram totalmente customizadas, eu
tive que criar Page Templates específicos para tais seções e atribuir
essas Page Templates como "Exibição" em "folder", "document" e "Plone
Site" que no meu caso eram necessárias modificar completamente o page
template respectivo.

3.1) Isso você pode fazer através da ferramenta portal_types
Ex.: /portal/site/portal_types/Document (página) e em "Available view
methods" adicione a exibição (ZPT) que deseja estar disponível para
aquele objeto de conteúdo selecionado, que em um de meus casos, se
chamava videos (não coloque o .PT), onde deverá existir o page
template videos.pt no diretório portal-skin_templates (de seu produto
skin gerado pelo DIYPloneStyle).

3.2 Você também pode definir visões através dos arquivos XML que estão
localizados no diretório portal-skin/profile/types, conforme o exemplo
a seguir:
Arquivo: Document.xml (deve-se criar os arquivos que terão as visões):

<?xml version="1.0" ?> 
<object name="Document">
<property name="view_methods" purge="False">
<element value="videos"/>
</property>
</object>

- Salve o arquivo e restarte o Zope.

Assim você poderá definir page templates customizados para páginas,
diretórios e quaisquer outros objetos de conteúdo disponíveis no Plone.

E para finalizar, como fazer para que os Page templates customizados
do Front-End não alterem no Back-end? Simples, basta criar os mesmos
page templates respectivos que foram criados no Front-End, e seu
conteúdo deve chamar o main-template.pt ou possuir um conteúdo
customizado diferente do front-end. 

Mais uma vez, obrigado Rodrigo! Através desta solução pude pensar em
outras formas de resolver outros problemas que vinha enfrentado aqui.
Espero que isto possa ajudar a outras pessoas.

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