With the new factor rewrite I've noticed a large slowdown, with the GMP path. No time to investigate at present...
$ time ~/git/coreutils/src/factor '44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444' gmp 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444: 2 2 239 4649 5237 21649 42043 513239 29920507 136614668576002329371496447555915740910181043 real 0m0.385s user 0m0.381s sys 0m0.002s $ time factor '44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444' 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444: 2 2 239 4649 5237 21649 42043 513239 29920507 136614668576002329371496447555915740910181043 real 0m0.019s user 0m0.016s sys 0m0.003s
