В общем как и следовало ожидать, утром всё вернулось на круги своя - не пашет. Пытался запускать приложение с помощью xvfb-run, результата никакого, т.е. просто возврат в консоль. VNC настроить тоже не удалось, ему по-прежнему нужен номер дисплея.
На самом деле у меня серьёзные подозрения, что в составе Gnome есть некий отсутствующий элемент, который эту проблему устраняет (потому что раньше, когда собирал систему с Gnome/GDM запуск иксового приложения через ssh работал без проблем, достаточно было "export DISPLAY=:0"). Но тут уже интерес чисто спортивный: ну не могу я Gnome поставить. В общем набросайте ещё идей, пожалуйста. Если нужны какие-то логи, конфиги - скажите, покажу. С уважением, Евгений.