Douglas, Please fond attached the fsgd file.
Cheers, Matthieu Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve" <gr...@nmr.mgh.harvard.edu> a écrit : > can you send the fsgd file? > > On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > > Hello experts, > > > > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ? > > > > Thanks in advance ! > > > > Best regards, > > > > Matthieu > > > > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte" > > <matthieuvanhou...@gmail.com <mailto:matthieuvanhou...@gmail.com>> a > > écrit : > > > > Dear Freesurfer's Experts, > > > > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit : > > > > Design matrix ------------------ > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.804 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -10.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -21.114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.936 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 15.129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.562 0.000 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.402 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -6.889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.584 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 37.017 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 5.243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7.675 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 20.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 43.865 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.287 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 23.719 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.735 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 3.734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.167 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -8.197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.765 0.000 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.431 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 -18.456 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 4.976; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -18.437 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.150 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -1.417 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -16.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.442 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.991 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.298 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.360 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -17.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 1.896 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -19.658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -5.226 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 1.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 10.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 6.266 0.000; > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.360 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.939 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.494 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -12.457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 -8.279 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 6.153; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 10.505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 7.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.889 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.457 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 3.680 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -8.888; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 1.769 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -8.799; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 -1.235 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 13.197; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 19.411 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -0.156; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 12.892 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -11.675; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 -0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 7.268; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 16.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.516 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 12.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 16.848 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.548 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.885 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 12.550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 37.983 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -17.897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 1.535 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -3.502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -11.069 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 15.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 34.161 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.574 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.142 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 0.000 2.965 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 9.397; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -6.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 14.459 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 -7.546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 19.887 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -19.266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.834 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -14.218 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -10.785 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 4.594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 25.026 0.000; > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -13.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.276 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.577 > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 8.855 0.000 0.000 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 7.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 6.161 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 9.202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -12.366 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 0.000 12.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > -3.551 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -4.449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 14.354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > 0.000 -0.386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > 0.000 0.000; > > -------------------------------- > > ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 > > -------------------------------- > > Possible problem with experimental design: > > Check for duplicate entries and/or lack of range of > > continuous variables within a class. > > If you seek help with this problem, make sure to send: > > 1. Your command line: > > mri_glmfit --y > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.all.subjects.fwhm3.cbf_s_oldz.mgh > > --fsgd > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/g6v2.demean.fsgd > > dods --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.age.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.duration.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.intercept.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.age.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.duration.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.intercept.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/perfusion_duration.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.age.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.duration.slope.mtx > > --C > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.intercept.mtx > > --surf fsaverage lh --cortex --glmdir > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.g6v2.demean.fwhm3.cbf_s.z > > > > 2. The FSGD file (if using one) > > 3. And the design matrix above > > > > You'll find attached my FSGD file. > > > > What's wrong with this ? > > > > Many thanks for helping ! > > > > Best regards, > > Matthieu > > > > > > > > _______________________________________________ > > Freesurfer mailing list > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > -- > Douglas N. Greve, Ph.D. > MGH-NMR Center > gr...@nmr.mgh.harvard.edu > Phone Number: 617-724-2358 > Fax: 617-726-7422 > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html > Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > The information in this e-mail is intended only for the person to whom it > is > addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the > e-mail > contains patient information, please contact the Partners Compliance > HelpLine at > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in > error > but does not contain patient information, please contact the sender and > properly > dispose of the e-mail. > >
g6v2.demean.fsgd
Description: Binary data
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
