ikiyaです。
地理院地図の標準地図タイルで表示される電子国土基本図（地図情報）は
「道路、建物などの電子地図上の位置の基準である項目（基盤地図情報の取得項目）と、植生、崖、岩、構造物などの土地の状況を表す項目とを一つにまとめたデータです。」
http://www.gsi.go.jp/kibanjoho/mapinfo_what.html
とうたわれています。
まったく同じではないということで「電子国土基本図（地図情報）≠ 基盤地図情報」とも言えます。
それでも、今年の春ごろ？までは地理院地図サイトの標準地図で拡大ズームしていくと
最大ズームで基盤地図情報2500レベルの地形図が表示されました。
一方、基盤地図情報は従来、縮尺1/2500と1/25000と2種類の地形データが公開されていましたが、
7月31日から基盤地図情報の縮尺レベル2500と縮尺レベル25000、他が統合されたデータで提供されるようになりました。
（データ統合で縮尺レベル2500と縮尺レベル25000という区分けは廃止）
それに伴って、地理院地図サイトの標準地図で最大ズームしても基盤地図情報2500レベルは表示されなくなったと記憶しています。
現状、地理院地図の標準地図タイルで表示される電子国土基本図（地図情報）のズーム18で見ている地形は
以前の基盤地図情報2500レベルの地形と25000レベルの地形が混在（統合）しているようなイメージになっています。（個人感）
例えば田辺市周辺の違いが出ている海岸線についても、海岸線は25000レベル、道路建物は2500レベルのデータ由来と見えます。
その場所の海岸線になぜ25000レベルが使われているかはわかりませんが、2500レベル由来の海岸線とは当然違ってきます。
どちらのデータをソースとするかは現状にあった精度の良いほうでかまわないと思います。
田辺市周辺で地理院地図zoom18と基盤地図情報2500レベルとで海岸線が違っている例
http://portal.cyberjapan.jp/site/mapuse4/index.html?lat=33.729368&lon=135.35932&z=18&did=std&lkey1=ccm2&lopa1=1&lkey2=fgd1_2&lopa2=0.4
地理院地図をズームアウト(Zoom17)すると
http://portal.cyberjapan.jp/site/mapuse4/index.html?lat=33.729367&lon=135.35932&z=17&did=std&lkey1=ccm2&lopa1=1&lkey2=fgd1_2&lopa2=0.4
これを見るとこの部分の海岸線は25000レベル由来ではと見えます。
すでに公開されている基盤地図情報はデータ統合されに25000レベル、2500レベルといった区別はなくなっています。
それでも以前公開されていた旧25000レベル、旧2500レベルはまだ公開年度で整理されダウンロード可能です。
http://2.bp.blogspot.com/-z_HKykm51pk/U_7mPO0SzZI/AAAAAAAAECo/bs6sGCZCwgQ/s1600/kiban2.png
いろいろ変化の時期とあって電子国土基本図（地図情報）と基盤地図情報の関係はわかりづらい面があります。
（私の説明もいまいち？）
以下は参考まで。
「全国の基盤地図情報をシームレスに接続して更新」
http://www.gsi.go.jp/kibanjoho/kibanjoho60023.html
「基盤地図情報についてのお知らせ」
http://www.gsi.go.jp/kibanjoho/kibanjoho40075.html
「基盤地図情報（統合）が整備中の市町村」遅れている市町村
http://fgd.gsi.go.jp/otherdata/pdf/notice.pdf
----- Original Message -----
>From: 下り専門 <kudarisen...@gmail.com>
>To: OpenStreetMap Japanese talk <talk-ja@openstreetmap.org>
>Date: 2014/8/27, Wed 19:47
>Subject: Re: [OSM-ja] 日本沈没
>
>みなさん、こんばんは。下り専門です。
>
>・・・・・・
>
>作業していて気づいたのですが、
>地理院地図と基盤地図情報２５００で海岸線の位置が違うのですね。
>OSM Wikiの natural=coastline のページには
>「理想的には、潮汐の平均海岸線にあるべき」、
>現地調査できるのなら「満潮時の海岸線を使って」と書かれています。
>この場所については地理院地図のほうが陸に近い方にありました。
>どちらが理想に近いのでしょうね？
>
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