I am getting an error in running Phaser in NMA mode based on the usage in the Phaser document. <pre> <B><FONT COLOR="#FF0000"> <html><!-- CCP4 HTML LOGFILE --> <!--SUMMARY_BEGIN-->
##################################################################################### ##################################################################################### ##################################################################################### ### CCP4 PROGRAM SUITE: Phaser 2.1.4 ### ##################################################################################### User: rx36953 Run time: Thu Jun 24 14:01:32 2010 Version: 2.1.4 OS type: linux Release Date: Thu Nov 13 10:53:32 2008 If you use this software please cite: "Phaser Crystallographic Software" A.J. McCoy, R.W. Grosse-Kunstleve, P.D. Adams, M.D. Winn, L.C. Storoni & R.J. Read J. Appl. Cryst. (2007). 40, 658-674 <!--SUMMARY_END--> <!--END--></FONT></B> <!--SUMMARY_BEGIN--> ************************************************************************************* *** Phaser Module: PREPROCESSOR 2.1.4 *** ************************************************************************************* <!--SUMMARY_END--> ENTER KEYWORD INPUT FROM FILE OR FROM STANDARD INPUT <!--SUMMARY_BEGIN--> TITLe beta normal mode analysis pdb file generation MODE NMA ENSEmble test PDB protein_A_CRYST.pdb IDENtity 100 ROOT test_nma_pdb # not the default EIGEn test_nma.mat NMAPdb MODE 7 MODE 10 RMS 0.5 FORWARD <!--SUMMARY_END--> -------------------- EXIT STATUS: SUCCESS -------------------- CPU Time: 0 days 0 hrs 0 mins 0.00 secs (0.00 secs) Finished: Thu Jun 24 14:01:32 2010 </pre> </html> <pre> <B><FONT COLOR="#FF0000"> <html><!-- CCP4 HTML LOGFILE --> ##################################################################################### ##################################################################################### ##################################################################################### ### CCP4 PROGRAM SUITE: Phaser 2.1.4 ### ##################################################################################### User: rx36953 Run time: Thu Jun 24 14:01:32 2010 Version: 2.1.4 OS type: linux Release Date: Thu Nov 13 10:53:32 2008 If you use this software please cite: "Phaser Crystallographic Software" A.J. McCoy, R.W. Grosse-Kunstleve, P.D. Adams, M.D. Winn, L.C. Storoni & R.J. Read J. Appl. Cryst. (2007). 40, 658-674 <!--END--></FONT></B> <!--SUMMARY_BEGIN--> ************************************************************************************* *** Phaser Module: NORMAL MODE ANALYSIS 2.1.4 *** ************************************************************************************* TITLe beta normal mode analysis pdb file generation ENSEmble test PDB protein_A_CRYST.pdb IDENtity 100 ROOT test_nma_pdb # not the default EIGEn test_nma.mat <B><FONT COLOR="#FF8800"> -------------------------------- SYNTAX ERROR: Use READ or WRITE -------------------------------- </FONT></B> <!--SUMMARY_END--> -------------------- EXIT STATUS: FAILURE -------------------- CPU Time: 0 days 0 hrs 0 mins 0.00 secs (0.00 secs) Finished: Thu Jun 24 14:01:32 2010 </pre> </html> Anyone knows how to use the NMA mode? Is the document not up-to-date? Thanks, Yong
