Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / adapterremoval
Commits: 35b394eb by Andreas Tille at 2020-01-10T15:42:54+01:00 Fix build on some architectures - - - - - 6c2d8de0 by Andreas Tille at 2020-01-10T15:43:40+01:00 Set upstream metadata fields: Bug-Submit. - - - - - f9ec325b by Andreas Tille at 2020-01-10T15:54:34+01:00 Complete patch - - - - - 039cf0dc by Andreas Tille at 2020-01-10T15:58:55+01:00 Upload to unstable - - - - - 4 changed files: - debian/changelog - + debian/patches/fix_conversion.patch - debian/patches/series - debian/upstream/metadata Changes: ===================================== debian/changelog ===================================== @@ -1,3 +1,11 @@ +adapterremoval (2.3.1-3) unstable; urgency=medium + + * Fix build on some architectures + Closes: #923772 + * Set upstream metadata fields: Bug-Submit. + + -- Andreas Tille <[email protected]> Fri, 10 Jan 2020 15:43:41 +0100 + adapterremoval (2.3.1-2) unstable; urgency=medium * Build-Depends: markdown instead of python-markdown ===================================== debian/patches/fix_conversion.patch ===================================== @@ -0,0 +1,45 @@ +Description: Fix build on some architectures +Bug-Debian: https://bugs.debian.org/923772 +Author: Andreas Tille <[email protected]> +Last-Update: Fri, 10 Jan 2020 15:39:08 +0100 + +--- a/src/alignment_tables.cpp ++++ b/src/alignment_tables.cpp +@@ -82,7 +82,7 @@ std::vector<phred_scores> calculate_phre + #endif + + +-const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = { ++const signed char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = { + 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, + 0x22, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, + 0x22, 0x22, 0x24, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, +@@ -179,7 +179,7 @@ const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZ + 0x7d, 0x7d, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, + }; + +-const char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = { ++const signed char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = { + 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, + 0x22, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, + 0x23, 0x23, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, +--- a/src/alignment_tables.hpp ++++ b/src/alignment_tables.hpp +@@ -37,7 +37,7 @@ const size_t PHRED_TABLE_SIZE = 8836; + * Position is calculated as phred_1 * (MAX_PHRED_SCORE + 1) + phred_2, + * assuming that phred_1 >= phred_2. + */ +-extern const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE]; ++extern const signed char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE]; + + /** + * Table of Phred scores to assigned for mismatching positions during collapsing. +@@ -45,7 +45,7 @@ extern const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TA + * Position is calculated as phred_1 * (MAX_PHRED_SCORE + 1) + phred_2, + * assuming that phred_1 >= phred_2. + */ +-extern const char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE]; ++extern const signed char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE]; + + + } // namespace ar ===================================== debian/patches/series ===================================== @@ -2,3 +2,4 @@ adapt-benchmarking.patch reduce_benchmark_length.patch delete_adapterremoval1x_completely.patch 2to3.patch +fix_conversion.patch ===================================== debian/upstream/metadata ===================================== @@ -23,3 +23,4 @@ Registry: Bug-Database: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/issues Repository: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval.git Repository-Browse: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval +Bug-Submit: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/issues/new View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/adapterremoval/compare/bb4d0b2f8d10602a43ffe9dfb2d21dcbfcb5b525...039cf0dca33ed375589dfa45ccb1f4fe0827511e -- View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/adapterremoval/compare/bb4d0b2f8d10602a43ffe9dfb2d21dcbfcb5b525...039cf0dca33ed375589dfa45ccb1f4fe0827511e You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
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